Abadia de Monte Cassino. Tomás estudou ali até ser obrigado a se mudar por causa de guerras políticas. Após recusar o convite para ser abade do mosteiro anos depois, Tomás se viu ali novamente pouco antes de morrer quando se hospedou no mosteiro para se recuperar de uma doença.
Em 1245, Tomás foi enviado para estudar na faculdade das artes da Universidade de Paris, onde é muito provável que ele tenha encontrado o estudioso dominicano Alberto Magno (que seria depois proclamado Doutor da Igreja como Aquino), que era na época o catedrático da cadeira de Teologia do Colégio de São Tiago em Paris.[22] Quando Alberto foi enviado por seus superiores para ensinar no novo studium general em Colônia, em 1248, Tomás foi junto[23] depois de recusar uma oferta do papa Inocêncio IV de nomeá-lo abade de Monte Cassino mesmo sendo dominicano.[11] Em seguida, Alberto nomeou o relutante Tomás magister studentium.[12] Por ser calado e não falar muito, alguns dos companheiros de Tomás acreditavam que ele era "devagar", ao que Alberto rebateu, profeticamente, "Vocês o chamam de boi mudo, mas em sua doutrina ele produzirá um dia um mugido tal que será ouvido pelo mundo afora".[11]
Tomás lecionou em Colônia como professor aprendiz (baccalaureus biblicus), instruindo seus alunos nos livros do Antigo Testamento e escrevendo "Comentário Literal sobre Isaías" ("Expositio super Isaiam ad litteram"), "Comentário sobre Jeremias" ("Postilla super Ieremiam") e "Comentário sobre as Lamentações" ("Postilla super Threnos").[24] Então, em 1252, Tomás retornou para Paris para tentar obter o mestrado em teologia e passou a ensinar estudos bíblicos como professor aprendiz. Quando tornou-se "baccalaureus Sententiarum" ("bacharel das Sentenças"),[25] dedicou seus três anos finais de estudo a comentar sobre as "Sentenças" de Pedro Lombardo. Na primeira de suas quatro sínteses teológicas, Tomás compôs um enorme comentário sobre elas chamado "Comentário sobre as Sentenças" ("Scriptum super libros Sententiarium"). Além destas obras de seu mestrado, Tomás escreveu ainda "Sobre o Ser e a Essência" ("De ente et essentia") para seus companheiros dominicanos de Paris.[11]
Na primavera de 1256, Tomás foi nomeado regente principal em teologia em Paris e uma de suas primeiras obras depois de assumir o cargo foi "Contra Aqueles que Ameaçam a Devoção a Deus e a Religião" ("Contra impugnantes Dei cultum et religionem") defendendo as ordens mendicantes que estavam na época sob ataque por Guilherme de Saint-Amour.[26] Durante seu mandato, que foi de 1256 até 1259, Tomás escreveu diversas obras, incluindo: "Questões em Disputa sobre a Verdade" ("Questiones disputatae de veritate"), uma coleção de vinte e nove questões controversas sobre aspectos da fé e da condição humana[27] preparada para os debates universitários públicos que ele presidia na Quaresma e no Advento;[28] "Quaestiones quodlibetales", uma coleção de suas respostas às questões propostas pela audiência acadêmica nos debates[27] e o par "Comentários sobre 'De trinitate' de Boécio" ("Expositio super librum Boethii De trinitate") e "Comentário sobre 'De hebdomdibus' de Boécio" ("Expositio super librum Boethii De hebdomadibus"), comentários sobre as obras do filósofo romano do século VI Boécio.[29] Quando terminou sua regência, Tomás estava trabalhando numa de suas obras-primas, a "Suma contra os Gentios".[30]