Logo teve que ingressar na clandestinidade. Acabou indo para o Rio de Janeiro , onde passou a ter contatos mais atuantes na luta armada e aderiu à Dissidência do Rio de Janeiro (DI/GB), que depois iria se transformar no Movimento Revolucionário 8 de Outubro (MR-8). Passou a manter contatos com Vladimir Palmeira, Franklin Martins e uma série de outros que acabaram seqüestrando o embaixador americano. Com esses contatos logo passou a ser o secretário político do MR-8.
Em dezembro de 1968, Juca Ferreira afirma que foi eleito presidente da União Brasileira dos Estudantes Secundaristas - Ubes, o que é contestado por ex-militantes do movimento secundarista.
De volta a Salvador, em outubro de 1970, a polícia encontrou-o na casa dos pais, durante uma rápida visita, quando foi preso. Na prisão encontrou-se com o seu delator e o convenceu a mudar seu depoimento, inocentando-o. Em conseqüência acabou sendo solto e, novamente, voltou para a clandestinidade.
No Rio de Janeiro passou a desenvolver uma série de ações armadas, em geral assaltos a bancos, fábricas, supermercados.
Com a prisão de vários militantes, a estrutura do MR-8 estava esfacelada. Muitos haviam sido presos, alguns mortos e outros se refugiado no exterior. Nessa ocasião, a organização contava, apenas, com pouco mais de 15 militantes para realizar suas atividades, passando a atuar “em frente” com outros grupos. Em contrapartida, crescia o grupo do MR-8 no exterior, que contava com os militantes que fugiram para o Chile e com a adesão de membros de outras organizações. Grande parte do comando estava no Chile e as palavras de ordem do MR-8 passaram a ser ditadas daquele país.
As divergências eram evidentes e havia uma divisão clara entre “militaristas” - que defendiam o imediatismo revolucionário - e “massistas” que, primeiro, queriam preparar melhor as massas.
Em novembro de 1972, em Santiago do Chile, a organização convocou uma assembléia-geral, com o comparecimento de seus principais militantes, onde se oficializou o “racha”. Em dezembro, durante três dias, os “massistas” realizaram reuniões preparatórias para a assembléia que fariam ainda nesse mês, a qual foi denominada Pleno.
No artigo primeiro dos “Estatutos Provisórios” aprovados no Pleno, o MR- 8 definia os objetivos da organização: