Com o Ibama, o ministério do Meio Ambiente agilizou o processo de licenciamento ambiental, aumentando o rigor e as compensações – como Minc havia feito no Rio de Janeiro. De acordo com o site pessoal do ministro, prazos e burocracias foram reduzidos, por meio da informatização dos processos. Com critérios mais rigorosos, descartando empreendimentos inviáveis, obrigaram os proponentes a investir no saneamento local, no custeio de parques nacionais e de reservas indígenas.
Em janeiro de 2009, Minc e o ministro da Agricultura Reinhold Stephanes foram chamados a atenção pelo presidente Lula por tornarem públicas suas discordâncias sobre determinados temas relativos à exploração dos recursos naturais. Minc colocou-se contra a plantação de cana-de-açúcar na região conhecida como Planalto Pantaneiro, em Mato Grosso e Mato Grosso do Sul, pois significaria uma ameaça às espécies do Pantanal; já Stephanes, em entrevista concedida a O Globo de 25 de janeiro, afirmava que o projeto do governo previa a ampliação da lavoura canavieira numa região mais elevada da Bacia do Alto Paraguai, sem causar danos à natureza. Os ministros divergiam também sobre a revisão do Código Florestal que, dentre outros pontos, estabelecia que na região de Mata Atlântica cada propriedade rural teria de proteger uma área de 20%; Minc e Stephanes não se entenderam sobre uma eventual redução desse percentual ou uma compensação pelo uso de toda a propriedade.
Em maio, Minc, ao discursar para 4.000 agricultores familiares que marchavam em frente ao Congresso na manifestação do “Grito da Terra”, chamou os ruralistas de “vigaristas”. A fala do ministro gerou reação no Congresso, obrigando-o a se retratar, por intermédio do líder do governo, Henrique Fontana (PT-RS). No mês seguinte, em evento na cidade de Alta Floresta (MT), em que discursava sobre as novas medidas de regularização ambiental e fundiária na Amazônia, foi bastante vaiado pela platéia, composta basicamente por agricultores e pecuaristas. A presidente da Confederação Nacional de Agricultura (CNA), senadora Kátia Abreu (DEM-TO), protocolou uma denúncia contra Minc na Procuradoria-Geral da República, por crime de responsabilidade. A senadora afirmou, por meio de uma nota, que o ministro Minc mostrava-se “desqualificado para o cargo” que ocupava.