Pós-Graduação em Evolução e Diversidade - Disciplinas do Curso
Propriedades e fatores que estabelecem e mantêm a diversidade nos diferentes níveis de organização em ecologia: organismos, populações, comunidades, ecossistemas, paisagens e biomas. 1-Conceitos de organismos e de populações. 2-Crescimento populacional independente e dependente de densidade. 3-Distribuição das populações no espaço e tempo (séries temporais). 4-Tamanho populacional mínimo viável. 5-Fatores de regulação populacional. 6-Conceitos de comunidades e de ecossistemas. 7-Importância de fatores abióticos e bióticos na estrutura de comunidades. 8-Modelos nulos em ecologia de comunidades. 9-Dinâmica de comunidades: sucessão ecológica. 10-Fluxo de energia, estrutura e funcionamento de ecossistemas. 11-Diversidade biológica em comunidades e ecossistemas. 12-Conceitos de paisagens e de biomas (escala geográfica). 13-Estrutura de paisagens. 14-Fragmentação, metapopulações e metacomunidades. 15-Regiões e Províncias biogeográficas. 16-Macroecologia. 17-Diversidade em paisagens e em escala geográfica.
TPI: 6-0-12
Begon, M.; Mortimer, M.; Thompson, D. J. 1996. Population ecology: a unified study of animals and plants, 3 ed. Blackwell Publishing, Oxford.
Begon, M.; Townsend, C. R.; Harper, J. L. 2007. Ecologia: de indivíduos a ecossistemas, 4 ed. Artmed, Porto Alegre.
Forman, R. T. T. & Godron, M. 1986. Landscape ecology. Wiley, London.
Gaston, K.; Blackburn, T. 2000. Pattern and process in macroecology. Blackwell, London.
Gotelli, N. J. 2007 Ecologia. Ed. Planta, Londrina.
Morin, P. J. 2011. Community ecology, 2nd ed. Wiley-Blackwell, Oxford.
Odum, E. & Barret, G. W. 2005. Fundamentals of ecology. 5th ed. Brooks/Cole.
Ricklefs, R. E.; Miller, G. L. 1999. Ecology. W. H. Freeman & Co., New York.
Rockwood, L. L. 2006. Introduction to population ecology. Blackwell Publishing, Oxford.
Rosenzweig, M. L. 1995. Species diversity in space and time. Cambridge University, Cambridge.
Turner, M. G.; Gardner, R. H.; O'Neill, R. V. 2001. Landscape ecology in theory and practice: pattern and process. Springer, New York.
Vandermeer, J. H. & Goldberg, D. E. 2003. Population ecology: first principles. Princeton University Press, Princeton.
EVD 002: Ecologia Evolutiva
Ecologia evolutiva é o estudo de processos evolutivos que operam sobre a interação entre populações e fatores ambientais (bióticos e abióticos), contribuindo para a origem e manutenção da diversidade biológica. Tópicos abordados: Conceitos básicos em Evolução. Ciclos vitais. Forrageamento. Seleção Sexual. Evolução de interações ecológicas. Evolução e conservação biológica. 1-Conceitos básicos em Evolução = Seleção Natural, Deriva Genética, Aptidão darwiniana ("fitness"), Adaptação e Especiação; 2-Ciclos vitais = Demandas Conflitantes ("trade-offs"): Crescimento X Longevidade X Reprodução, Idade X Tamanho na Maturidade, Número X Tamanho de Descendentes, Senescência, Restrições Filogenéticas; 3-Ecologia Comportamental: Forrageamento. Vida em grupo. Luta e avaliação. Introdução à Teoria de Jogos; 4-Seleção Sexual = Sistemas de Acasalamento, Cuidado Parental; 5-Interações ecológicas = Coevolução, Competição, Predação e Parasitismo, Cooperação e Mutualismo, Sociedades; 6-Evolução e conservação biológica = subsídio para ações preservacionistas.
Alcock, J. 2010. Comportamento animal: uma abordagem evolutiva. Artmed, Porto Alegre.
Begon, M.; Mortimer, M.; Thompson, D. J. 1996. Population ecology, 3 ed. Blackwell, Oxford.
Danchin, E.; Giraldeau, L. A.; Cézilly, F. 2008. Behavioural ecology: an evolutionary perspective on behaviour. Oxford University Press, Cambridge.
Del-Claro, K. 2010. Introdução à ecologia comportamental. Technical Books, Rio de Janeiro
Fox, C. W.; Roff, D. A.; Fairbairn, D. J. 2001. Evolutionary ecology: concepts and case studies. Oxford University Press, New York.
Freeman, S; Herron, J. C. 2009. Análise evolutiva. 4 ed. Porto Alegre, Artmed.
Futuyma, D. J. 2009. Biologia evolutiva, 3 ed. FUNPEC, Ribeirão Preto.
Krebs, J. R.; Davies, N. B. 1996. Introdução à ecologia comportamental. Atheneu, São Paulo.
Pianka, E. R. 1994. Evolutionary ecology, 5 ed. Harper Collins, New York.
Ridley, M. 2006. Evolução, 3 ed. Porto Alegre: Artmed.
Stearns, S. C.; Hoekstra, R. F. 2003. Evolução: uma introdução. Atheneu, São Paulo.
Histórico e bases filosóficas da Sistemática. Métodos e conceitos da inferência filogenética. Histórico da Sistemática; Importância do conceito de monofiletismo para a biologia comparada; Escolas de pensamento sistemático; Conceitos de homologia, homoplasia, caráter, apomorfia, plesiomorfia; Tipos de caracteres (binários, multiestados, ordenados e não-ordenados); Bases filosóficas dos diferentes métodos de inferência filogenética; Codificação de caracteres; Grupos-externos, enraizamento e polarização; Otimização de caracteres, Codificação e montagem de matrizes. Análise de congruência; Algoritmos de busca (exatos e heurísticos); Introdução aos softwares de análise filogenética; Consenso de árvores; Comprimento de árvores, índices de consistência e retenção; Medidas de suporte: bootstrap, jacknife, suporte de Bremer; Análise de sensibilidade; Papel dos missing values; Dados paleontólogicos. Dados morfológicos versus dados moleculares. Dados de ontogenia; Pesagem de caracteres; Análise filogenética de dados moleculares: alinhamentos de sequências de DNA e proteínas, Análises baseadas em modelos (Análise Bayesiana e Análise de Verossimilhança); Aplicações dos métodos, conceitos e resultados da análise filogenética em estudos sobre biodiversidade: teste de cenários evolutivos, evolução de caracteres ecológicos e comportamentais, diversidade e conservação de linhagens, análises espaciais de diversidade filogenética, utilização da informação filogenética em decisões sobre conservação da biodiversidade e tratamento de questões estratégicas (e.g. agropecuária e saúde).
Amorim, D. S. 2002. Fundamentos de sistemática filogenética. Editora Holos, Ribeirão Preto.
de Pinna, M. C. C. 1991. Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm. Cladistics, 7:367-394.
Brooks, D. and McLennan, D. A. 1991. Phylogeny, Ecology, and Behavior: a research program in comparative biology. University of Chicago Press.
Farris, J. S. 1983. The logical basis of phylogenetic analysis. In: Platnick, N. I.; Flunk, V.A. (Eds.), Advances in cladistics, vol. 2, Columbia. University Press, New York, p.7-36.
Goloboff, P. A. 1993. Estimating character weights during tree search. Cladistics, 9:83-91.
Grandcolas, P. 1997. The Origin of Biodiversity in Insects: Phylogenetic Tests of Evolutionary Scenarios. Memoires du Museum National d'Histoire Naturelle, 173.
Huson, D and Bryant, D. 2006. Applications of Phylogenetic Networks in Evolutionary Studies. Molecular Biology and Evolution, 2: 254-267.
Kitching, I. J.; Forey, P. L.; Humphries, C. J.; Williams, D. M. 1998. Cladistics: the theory and practice of parsimony analysis. Oxford University Press, second edition.
Nelson, G.; Platnick, N. I. 1981. Systematics and biogeography: cladistics and vicariance. Columbia University Press, New York.
Nixon, K. C.; Carpenter, J. M. 1993. On outgroups. Cladistics 9:413-426.
Schuh, R. T.; Brower, A. V. Z. 2009. Biological systematics: principles and applications. Cornell University Press, Ithaca
Wiley, E. O.; Lieberman, B. S. 2011. Phylogenetics: theory and practice of phylogenetic systematics, 2 ed. Wiley-Blackwell, Hoboken.
Williams, D. M.; Forey, P. L. 2004. Milestones in systematics. CRC Press.
EVD 004: Estágio em Docência (MESTRADO)
TPI: 2-0-0
EVD 005: Estágio em Docência (DOUTORADO)
EVD 101: Curso de campo
A disciplina "Curso de Campo" tem como objetivo principal fornecer aos alunos uma oportunidade para aplicação prática de conceitos teóricos de metodologia científica, análise de dados, redação científica e apresentação oral em várias disciplinas que se dedicam aos estudos sobre Evolução e Diversidade. Para isso, ao longo de cada curso, os alunos desenvolverão pequenos projetos que terão como tema central as interações entre os organismos e também com o ambiente. Os alunos serão introduzidos às principais teorias e ideias vigentes e então estimulados a propor questões que possam ser respondidas através de descrições e/ou experimentações por meio do desenvolvimento de seus projetos interdisciplinares com análises de amplitude variada. Espera-se, com esta conduta, produzir uma interação complementar entre docentes, linhas de pesquisa e disciplinas como Ecologia, Sistemática (Botânica e Zoologia), Evolução e Biologia Molecular. Os alunos terão a oportunidade de percorrer todo o caminho da produção científica, desde a observação de fatos, formulação de perguntas (hipóteses), registros de dados, descrições e experimentações em campo e laboratório, até a discussão, redação e apresentação de relatórios e/ou artigos, experimentando metodologias e visões diferentes, com um maior intercâmbio entre as diferentes disciplinas, proporcionando a base para a interdisciplinaridade. Esta disciplina será dividida em três módulos:
Módulo I (duração de uma semana) – Realizado na Instituição. Será composto da apresentação da disciplina e revisão dos principais conceitos teóricos que deverão ser abordados durante as atividades práticas, além do planejamento de expedições; uso de mapas e GPS; legislação básica que regulamenta as atividades de coleta ou manutenção de organismos; técnicas de coleta, anestesia, fixação e conservação de organismos e demais procedimentos em campo; importância de coleções científicas; noções de amostragem etc.
Módulo II (duração de duas semanas) – Realização das atividades práticas in loco no campo (ambientes terrestres, aquáticos dulcícolas ou marinhos costeiros). Definição dos projetos de pesquisa, coleta de dados e/ou de material biológico, experimentação em Ecologia e Sistemática (Botânica, Zoologia e Microbiologia). Elaboração de hipóteses e modelos em Ecologia.
Módulo III (duração de uma semana) – Realizado na Instituição. Análises moleculares com material coletado. Análise dos dados, redação dosrelatórios e apresentação dos trabalhos.
TPI: 4-4-16
Altmann, J. 1974. Observational study of behavior: sampling methods. Behavior 49: 227-265.
Bertness, M. D.; Gaines, S. D.; Hay, M. E. 2001. Marine community ecology. Sinauer Associates, Inc.
Bridson, D; Forman, L. 1998. The herbarium handbook, 3 ed. Royal Botanic Gardens, Kew.
Departamento de Zoologia. 1967. Manual de coleta e preparação de animais terrestres e de água doce. Secretaria da Agricultura do Estado de São Paulo, São Paulo.
Kaufman, P. B. 1983. Practical botany. Reston Publishing, Reston.
Knudsen, J. W. 1966. Biological techniques: collecting, preserving, and illustrating plants and animals. Harper Row, New York.
Krebs, C. J. 1989. Ecological methodology, 2 ed. Benjamin Cummings, Menlo Park.
Lehner, P. N. 1998. Handbook of ethological methods, 2 ed. Cambridge University Press, Cambrigde.
Littler, M. M.; Littler, D. 2008. Handbook of phycological methods, volume 4. Ecological field methods: macroalgae. Cambridge University Press, Cambridge.
Ludwig, J. A.; Reynolds, J. F. 1988. Statistical ecology: a primer in methods and computing. John Wiley Sons, New York.
Magurran, A. E. 2003. Measuring biological diversity. Blackwell, Malden.
Martin, P; Bateson, P. 2007. Measuring behaviour: an introductory guide. 3rd ed. Cambridge University Press, Cambridge.
Metsger, D. A.; Byers, S. C. 1999. Managing the modern herbarium: an interdisciplinary approach. Society for Preservation of Natural History Collections.
Ministério do Meio Ambiente. 2007. Instrução normativa nº 154/2007. IBAMA, Brasília.
Nybakken, J. W. 2004. Marine biology: an ecological approach. 6th ed. Benjamin Cummings.
Papavero, N. 1994. Fundamentos práticos de taxonomia zoológica: coleções, bibliografia, nomenclatura. Editora UNESP e FAPESP.
Sokal, R. R.; Rohlf, F. J. 1994. Biometry: the principles and practice of statistics in biological research, 3 ed. W. H. Freeman & Company, New York.
Zar, J. H. 2009. Biostatistical analysis, 5 ed. Prentice Hall, Englewood Cliffs.
Estatística descritiva. Formulação e teste de hipóteses. Noções de amostragem em Ecologia. Análises de regressão e correlação. Análise de variância uni e bifatorial. Análise de dados categóricos. Estatísticas não-paramétricas. Técnicas de análises multivariadas e aplicações à ecologia e sistemática. Utilização de planilhas eletrônicas e sofwares para análise e apresentação de dados. 1 - Medidas de posição (média aritimética, média geométrica, moda, mediana, quartis, percentis) de dispersão (desvio padrão, variância, erro padrão e coeficiente de variação) e de forma (assimetria e curtose). 2 - Teste de Hipóteses; Tipos de erros (tipo I e tipo II). 3 - Princípios amostrais; Desenho amostral; Determinação do tamanho da amostra. 4 - Correlação e regressão simples; Regressão múltipla. 5 - Testes para uma e duas amostras. 6 - ANOVA uni e bifatorial; Testes de comparações múltiplas. 7 - Tabelas de contingência; X2, Teste G e Teste exato de Fisher. 8 - Estatísticasnão-paramétricas: Caso de uma amostra; Caso de duas amostras relacionadas e independentes; Caso de k amostras relacionadas e independentes; Medidas de correlação. 9 - Técnicas de classificação: análise de Cluster, TWINSPAN. 10 - Análise de função discriminante. 11 - Técnicas de ordenação e análise de gradientes: análise de componentes principais, análise de correspondência canônica e retificada.
TPI: 4-0-8
Bussab, W. O.; Morettin, P. A. 2006. Estatística básica, 5 ed. Saraiva, São Paulo.
Callegari-Jacques, S. M. 2003. Bioestatística: princípios e aplicações. Artmed, Porto Alegre.
Gotelli, N. J.; Ellison, A. M. 2010. Princípios de estatística em ecologia. Artmed, Porto Alegre.
Jongman, R. H. G.; ter Braak, C. J. F.; van Tongeren, O. F. R. 1995. Data analysis in community and landscape ecology. Cambridge Univ. Press, Cambridge.
Larson, R.; Farber, B. 2004. Estatística aplicada. 2 ed.Pearson Prentice Hall, São Paulo.
Legendre, P.; Legendre, L. 1998. Numerical ecology, 2 ed. Developments in Environmental Modelling, 20. Elsevier, Amsterdan.
Magnusson, W.; Mourão, G. 2005. Estatística [sem] matemática: a ligação entre as questões e a análise. Editora Planta, Londrina.
Morettin, L. G. 2010. Estatística básica: probabilidade e inferência. Pearson, São Paulo.
Valentin, J. L. 2000. Ecologia numérica – Uma introdução à análise multivariada de dados ecológicos. Editora Interciência, Rio de Janeiro.
Zar, J. H. 2010. Biostatistical analysis, 5 ed. Pearson, Upper Saddle River.
EVD103: Biogeografia histórica
Histórico e filosofia da biogeografia. Métodos e escolas de reconstrução biogeográfica. Filogeografia. Sobre a necessidade de filogenias para a biogeografia e importância da biogeografia para a Biologia Evolutiva. O problema biogeográfico: a diversidade biológica e sua distribuição no espaço; Precedentes históricos – livro do Gênesis, Grécia Antiga, Navegações, Revolução Científica, Linnaeus, Buffon, Candolle; O pensamento biogeográfico de Darwin, Wallace e Matthew; Teoria Sintética da Evolução – implicações na Sistemática e na Biogeografia: "New York School of Zoogeography"; Teorias dispersionistas: descrição de suas premissas e métodos; crítica ao dispersalismo; Noções gerais de vicariância: diferenças em relação ao processo de dispersão e suas conseqüências; Panbiogeografia de León Croizat: conceitos e método de análise. Importância no desenvolvimento dos métodos de análise biogeográficos baseados na vicariância, e não na dispersão aleatória. Tectônica de placas e deriva continental. Flutuações climáticas no Quaternário e teoria dos refúgios: descrição e crítica; Biogeografia Histórica e Biogeografia Ecológica; Áreas de endemismo: definições, critérios de delimitação; PAE: descrição, crítica e utilização em estudos panbiogeográficos (estabelecimento de "homologias biogeográficas primárias", sensu Morrone); Biogeografia filogenética – Brundin, Hennig; Biogeografia Cladística: pressupostos (assumptions) e métodos; Filogeografia; Métodos a priori e a posteriori: a divisão de van Veller & Brooks; Limites atuais da Biogeografia de Vicariância; Papel dos fósseis na biogeografia; Biogeografia de Ilhas; Reconstituição biogeográfica das relações intercontinentais; História biogeográfica da região Neotropical.
Avise, J. C. 2000. Phylogeography: the history and formation of species. Harvard University Press, Cambridge.
Brown, J. H.; Lomolino, M. V. Biogeografia. FUNPEC-Editora, Ribeirão Preto.
Carvalho, C. J. B.; Almeida, E. A. B. 2011. Biogeografia da América do Sul: Padrões e Processos. Editora Roca, São Paulo.
Crisci, J. V.; Katinas, L.; Posadas, P. 2003. Historical biogeography: an introduction. Harvard University Press, Cambridge.
Ebach, M. C.; Humphries, C. J. 2002. Cladistic biogeography and the art of discovery. Journal of Biogeography, 29: 427-444.
Humphries, C. J.; Parenti, L. R. 1999. Cladistic biogeography: interpreting patterns of plant and animal distributions, Second edition. Oxford University Press, Oxford.
Morrone, J. J. 2008. Evolutionary biogeography: An integrative approach with case studies. Columbia University Press, New York.
Morrone, J. J.; Crisci, J. V. 1995. Historical biogeography: introduction to methods. Annual Review of Ecology and Systematics 26: 373-401.
Parenti, L. R.; Ebach, M. C. 2009. Comparative biogeography: discovering and classifying biogeographical patterns of a dynamic Earth. University of California Press, Berkeley and Los Angeles.
EVD 104: Biologia comparada e filogenia de Metazoa
Discussão contextualizada de estudos filogenéticos de grandes grupos de animais; avaliação da evolução morfo-funcional em Metazoa considerando-se diferentes hipóteses de relacionamento filogenético entre as principais linhagens de animais. Relação entre a biologia evolutiva do desenvolvimento e compreensão da evolução morfológica de Metazoa. 1- Análise comparativa dos planos corporais de Metazoa (Homologia, Multicelularidade, Tecidos, Sistemas de Órgãos, Tamanho corporal e mudanças evolutivas relacionadas); 2-Planos corporais e Desenvolvimento (Evolução do Desenvolvimento em Metazoa; Genes reguladores do Desenvolvimento) 3-Filogenias morfológicas e moleculares de Metazoa; 4-Registro Fóssil de Metazoa e seu significado evolutivo (Qualidade do Registro Fóssil; Explosão Cambriana; Registro marinho versus terrestre) 5- Síntese dos grandes clados e filos de Metazoa (Diversidade, Classificação, Filogenia, Registro Fóssil).
Brusca, G. J.; Brusca, R. 2007. Invertebrados. Guanabara Koogan, São Paulo.
Minelli, A. 2009. Perspectives in animal phylogeny and evolution. Oxford University Press, New York.
Nielsen, C. 2001. Animal evolution: interrelationships of the living phyla. Oxford University Press, New York.
Ruppert, E. E.; Fox, R. S.; Barnes, R. D. 2003. Invertebrate zoology: a functional evolutionary approach, 7 ed. Brooks Cole, Pacific Grove.
Valentine, J. 2006. On the origin of phyla. University of Chicago Press, Chicago.
EVD 105: Biologia da conservação
Apresentar os conceitos ecológicos que embasam as estratégias conservacionistas e discutir as várias perspectivas e abordagens envolvidos nas ações e planejamento em prol da conservação da biodiversidade. Princípios conservacionistas aplicados a diferentes níveis de diversidade biológica. Conceitos de biodiversidade. Ameaças à biodiversidade. Políticas e estratégias de conservação da biodiversidade. Ecologia da Paisagem. Fundamentos de manejo e restauração. 1-O que é Biologia da Conservação?; 2-Diversidade Biológica: conceitos e medições; 3-Padrões de diversidade global; 4-Valores conservacionistas e ética; 5-Extinção e destruição de habitat; 6-Fragmentação, degradação e poluição de habitat; 7-Introdução de espécies exóticas e Super-exploração; 8-Dispersão de doenças e Problemas de pequenas populações (populações mínimas viáveis); 9-Estratégias de conservação Ex Situ e proteção legal de espécies (listas das espécies ameaçadas - IUCN e Brasil, com enfoque nos estados); 10-Prioridades para proteção, Planejamento e manejo de áreas protegidas (SNUC); 11-Conservação de redes ecológicas de interações mutualistas e antagonistas e o uso de filogenias em estratégicas de conservação; 12- Estabilidade e Resiliência; 13-Ecologia e Conservação de Paisagens; 14-Ecologia de Restauração; 15-Sustentabilidade.
Begon, M., Harper, J. L.; Townsend, C. R. 2007 Ecologia - de indivíduos a ecossistemas. Artmed, Porto Alegre.
Kormondy, E. J.; Brown, D. E. 2002. Ecologia humana. Atheneu, São Paulo.
Lewinsohn, T. M.; Prado, P. I. 2004. Biodiversidade brasileira. Contexto, São Paulo.
Meffe, G. K.; Carroll, C. R. 2006. Principles of conservation biology, 3 ed. Sinauer, Sunderland.
Primack, R. B.; Rodrigues, E. 2006. Biologia da conservação. Planta, Londrina.
Ricklefs, R. E. 2003. A economia da natureza, 5 ed. Guanabara, Rio de Janeiro.
Rocha, C. F. D.; Bergallo, H. G.; Van Sluys, M.; Alves, M. A. S. 2006. Biologia da conservação: essências. Rima, São Carlos.
Towsend C. R.; Begon, M.; Harper, J. L. 2006. Fundamentos em ecologia, 2 ed. Artmed, Porto Alegre.
EVD 106: Biossistemática vegetal
Biologia evolutiva de plantas. Genecologia. Variação e evolução vegetal. Espécies e especiação: mecanismos de isolamento, hibridização, poliploidização, aterações cromossômicas. Sistemas de reprodução: expressão sexual, incompatibilidade, endocruzamento e autogamia, agamospermia. Taxonomia experimental: emprego de técnicas de biologia reprodutiva, citogenética, morfometria e marcadores micromoleculares (genéticos e químicos) na sistemática. 1- Introdução ao estudo da variação. 2- Genecologia I - Plasticidade; Variação intraespecífica e ecótipos. 3- Genecologia II - Hierarquia e taxonomia; Experimentação; Variação em pequena escala e efeitos da seleção. 4- Genecologia III - Marcadores genéticos e parâmetros populacionais. 5- Sistemas de reprodução I - Expressão sexual. 6- Sistemas de reprodução II - Incompatibilidade. 7- Sistemas de reprodução III - Endocruzamento e autogamia. 8- Sistemas de reprodução IV - Agamospermia. 9- Alterações cromossômicas. 10- Mecanismos de isolamento. 11- Especiação. 12- Poliploidia I - Tipos básicos. 13- Poliploidia II - Complexos poliplóides. 14- Apresentação de seminários. 15- Discussão - A natureza de espécies.
Briggs, D.; Walters, S. M. 1997. Plant variation and evolution, 3 ed. Cambridge University Press, Cambridge.
Coyne, J. A.; Orr, H. A. 2004. Speciation. Sinauer, Sunderland.
Grant, V. 1981. Plant speciation, 2 ed. Columbia University Press, New York.
Guerra, M. S. 1988. Introdução à citogenética geral. Guanabara Koogan, Rio de Janeiro.
Howard, D. J.; Berlocher, S. H. 1998. Endless forms: species and speciation. Oxford University Press, Oxford.
Levin, D. A. 2000. The origin, expansion and demise of plant species. Oxford University Press, New York.
Otte, D.; Endler, J. A. 1989. Speciation and its consequences. Sinauer, Sunderland.
Richards, A. J. 1997. Plant breeding systems, 2a. ed. Chapman & Hall, London.
Soltis, P. S.; Soltis, D. E.; Doyle, J. J. 1992. Molecular systematics of plants. Chapman & Hall, London.
Stace, C. 1992. Plant taxonomy and biosystematics, 2a. ed. Cambridge University Press, Cambridge.
Templeton, A. R. 2006. Population genetics and microevolutionary theory. Wiley, Hoboken.
EVD 107: Citogenética aplicada à biossistemática
Estrutura dos cromossomos. Relação entre estrutura cromossômica e informação genética. Análise de cromossomos em mitose e meiose. Técnicas de visualização cromossômica. Meiose e fertilidade dos gametas. Regulação genética dos processos cromossômicos. Mapeamento cromossômico. Variações cromossômicas numéricas (poliploidia: alopoliploidia, autopoliploidia, aneuploidia, cromossomos B) e estruturais (deleções, duplicações, inversões, translocações, fusões e fissões cromossômicas). Evolução cariotípica. Técnicas de Bandamento para diferenciação cromossômica (Banda-C, Banda-NOR, DAPI e CMA). Técnicas de citogenética molecular: hibridação de ácidos nucléicos in situ fluorescente (FISH-GISH). Citogenética para caracterização taxonômica (citotaxonomia). Cariótipo como ferramenta filogenética. 1 – Estrutura cromossômica: o DNA e as proteínas nucleares. 2 – Ciclo celular. Características da mitose. 3 – Análise do processo meiótico. 4 – Técnicas clássicas de citogenética vegetal. 5 – Técnicas clássicas de citogenética animal. 6 – Diferenciação cromossômica – técnicas de bandamento. 7 – Técnicas citomoleculares e suas aplicações. 8 – Processos envolvidos nas variações cromossômicas – variações numéricas. 9 - Processos envolvidos nas variações cromossômicas – variações estruturais. 10 – Evolução dos cariótipos. 11 – Princípios da citotaxonomia. 12 - Cariótipo como ferramenta filogenética. 13 – Coleta e processamento do material. 14 – Preparações citológicas clássicas para preparação dos cariótipos vegetais. 15 – Preparações citológicas clássicas para preparação dos cariótipos animais. 16 - Montagem de idiogramas cromossômicos. 17 – Análise do processo meiótico em vegetais – viabilidade dos gametas. 18 – Observação de material citológico corado com fluorocromos.
TPI: 2-2-8
Alberts, B.; Johnson, A.; Lewis, J. Biologia molecular da célula, 4 ed. Artmed, Porto Alegre.
Figueroa, D. M.; Bass, H. W. 2010. A historical and modern perspective on plant cytogenetics. Briefings in Functional Genomics 9 (2):95-102.
Guerra, M. S. 1986. Introdução à citogenética geral. Guanabara Koogan, Rio de Janeiro.
Guerra, M. S. 2004. FISH - Conceitos e aplicações na citogenética. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto.
Singh, R. J. 2002. Plant cytogenetics, 2 ed. C.R.S. Press. Boca Raton.
Westerman, M.; Meredith, R. W.; Springer, M. S. 2010. Cytogenetics meets phylogenetics: a review of karyotype evolution in Diprotodontian (Marsupials). Journal of Heredity 101 (6):690–702.
EVD 108: Ecofisiologia Vegetal
Estudo da interação ambiente x fisiologia no crescimento e desenvolvimento da planta, considerando estresse hídrico, estresse luminoso e déficit nutricional como principais fatores. Aspectos da fisiologia evolutiva, com ênfase nas adaptações das diferentes espécies à condições adversas. Evolução do metabolismo fotossintético nos diferentes grupos de plantas. Consideração do panorama de mudanças climáticas, para o próximo século, no contexto fisiológico e bioquímico de plantas. 1- Planta e o ambiente. 2- Balanço energético em folhas. 3- Relações hídricas. 4- Fotossíntese e respiração. 5- Uso do carbono e acúmulo de biomassa. 6- Uso de elementos minerais. 7-Influências ambientais no crescimento e desenvolvimento. 8- Estresse em plantas. 9-Papel das plantas nos ecossistemas e processos globais.
Buchanan, B.B.; Gruissem, W.; Jones, R.L. 2000. Biochemistry and molecular biology of plants. American Society of Plant Physiologists, 1406p.
Larcher, W. 2005. Ecofisiologia Vegetal. Rima Editora, 531p.
Lambers, H; Chapin III, F.S; Pons, T. 2008. Plant Physiological Ecology. 2nd edition. Springer-Verlag, 610p.
Taiz, L. and Zeiger, E. 2010. Plant Physiology (5th edition). Sinauer, 782p.
EVD 109: Ecologia marinha
Introdução a conceitos básicos de biologia marinha, incluindo a caracterização físico-química dos oceanos e as principais interações tróficas relacionadas ao fluxo de energia e matéria entre os organismos. Distribuição horizontal e vertical dos organismos e sua relação com fatores bióticos e ambientais. Exemplos de trabalhos científicos no campo e discussão sobre as principais questões atuais referentes à conservação marinha. 1-Características físico-químicas dos oceanos (temperatura, salinidade, correntes e marés). 2-Divisões do ambiente marinho e costeiro (distribuição geográfica dos ambientes de substratos consolidados – ambientes recifais rochosos e coralíneos; substratos inconsolidados – ambientes lodosos, arenosos e cascalhosos; estuários e manguezais; repartição espacial das comunidades, biogeografia e zonação). 3-Métodos de estudo, coleta e registro de dados no campo (incluindo estudos subaquáticos e amostragens). 4-Diversidade e ecologia de organismos planctônicos (produtividade primária e sustentação dos níveis tróficos superiores). 5- Diversidade e ecologia de organismos nectônicos. 6-Diversidade e ecologia de organismos bentônicos. 7- Comunidades abissais. Fossas termais. 8-Ecologia trófica (comparação com ecossistemas terrestres). 9-Áreas Marinhas Protegidas (metapopulações e dispersão larval). 10- Impactos humanos recentes e conservação marinha.
TPI: 3-1-8
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Ecologia química é o estudo ecológico da origem, função e significância de produtos naturais (principalmente substâncias do metabolismo secundário) e das interações entre organismos das quais essas substâncias tomam partem. 1-Histórico da Ecologia Química. 2-Evolução de substâncias do metabolismo secundário. 3-Coevolução. 4-Efeitos de substâncias do metabolismo secundário em interações ecológicas: Infoquímicos, aleloquímicos, alomônios, cairomônios, sinomônios e feromônios. 5-Mecanismos de detoxificação de substâncias do metabolismo secundário em animais. 6-Alocação de substâncias do metabolismo secundário em plantas e animais. 7-Bioensaios para determinação de atividade ecológica de substâncias do metabolismo secundário. 8-Métodos de isolamento e identificação de substâncias do metabolismo secundário. 9-Constituintes químicos em interações entre organismos: ocorrência, biossíntese, isolamento e identificação e atividade em interações ecológicas de hidrocarbonetos cuticulares, terpenos (hemi-, mono-, sesqui-, di-, e triterpenos), esteróides, cardenolidas, cumarinas, taninos, ligninas, flavonóides e outros compostos fenólicos, aminoácidos não protéicos, alcalóides, ácidos aristolóquicos, glicosídeos cianogênicos e glucosinolatos.
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EVD 111: Genética de populações e microevolução
Princípios de probabilidade. Detecção e quantificação da variabilidade genética nas populações. Frequências gênicas e genotípicas. Equilíbrio de Hardy-Weinberg. Mecanismos Evolutivos e suas consequências na variabilidade genética das populações; modelos de seleção natural, endogamia, deriva genética, mutações e migrações; tamanho populacional efetivo; teoria neutralista; testes de detecção de neutralidade; distribuição geográfica e estruturação populacional; teoria da coalescência; adaptação e microevolução; relação entre microevolução e macroevolução; genômica. Estrutura genética populacional. Fundamentos da filogeografia. Divergência populacional e especiação. Conceito de espécie.
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Estrutura e propriedades físico-químicas dos ácidos nucléicos. Os mecanismos moleculares da transmissão dos caracteres hereditários, mutação e mecanismos de reparo do DNA. Mecanismos de controle da expressão gênica em procariontes e eucariontes e a metodologia do DNA recombinante. Organização e evolução de genomas, genes e proteínas. Utilização de técnicas de bioinformática para estudos de evolução molecular. 1.Estrutura e propriedades físico-química dos ácidos nucléicos e dogma central. 2. Mutação, mecanismos de reparo e recombinação. 3. Princípios e aplicações das técnicas de DNA recombinante: isolamento de DNA e RNA, isolamento e clonagem de genes, reação em cadeia da polimerase, expressão de proteínas recombinantes, métodos de detecção direta e indireta de sequências de DNA para estudo de variação genética. 4. Organização genômica dos organismos eucariontes e procariontes. 5. Evolução molecular, tipos e taxas de mutação, relógio molecular e princípios da datação molecular. 6. Homologia de dados moleculares e alinhamento de sequências; aplicações da verossimilhança e inferência bayesiana para estudo da evolução molecular; modelos de substituição. 7. Inferências filogenéticas utilizando dados moleculares. 8. Aplicações de métodos comparativos filogenéticos para estudos microevolutivos e macroevolutivos. 9. Bancos de dados moleculares.
Alberts, B.; Johnson, A.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K.; Walter, P. 2008. Molecular biology of the cell, 5 ed. Garland Science, New York.
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EVD 113: Genômica comparada
Genomas de Bactéria, Archaea, Eucaria e Vírus. Estrutura e expressão gênicas comparadas para estudos de evolução. Aplicação de técnicas de bioinformática e softwares para estudos evolutivos em genômica, transcriptômica. proteômica, metabolômica e interactômica. Adaptação molecular funcional. 1.Comparação da organização genômica dos grupos Bacteria, Archea, Eucaria e vírus. 2. Estrutura e expressão gênica comparada, RNAs codantes e não codantes. 3. Adaptação, divergências e convergências moleculares. 4. Proteínas: sequência, função, modificações pós-traducionais, estrutura e interações moleculares. 5. Técnicas básicas de programação para estudos de bioinformática. 6. Transcriptômica, genômica e proteômica, metabolômica e interactômica, discussão de organismos modelos e práticas de bioinformática.
Alberts, B.; Johnson, A.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K.; Walter, P. 2007. Molecular biology of the cell. Garland Science, New York.
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EVD 114: Macroevolução: padrões e processos
Padrões e processos relacionados ao surgimento e evolução dos táxons superiores. O significado do registro fóssil para a compreensão da evolução. Mecanismos genéticos e geológicos que modulam a evolução da biota terrestre em escalas continental e macroevolutiva. 1- Histórico dos debates sobre padrões e processos macroevolutivos. 2- Escala de tempo geológico e significado do Tempo Profundo na Biologia Evolutiva. 3- Padrões de diversificação, registro paleontológico e seu significado para o estudo de dinâmicas macroevolutivas. 3- Extinções em massa e suas causas. 4- Importância dos processos tectônicos e climáticos globais na dinâmica da evolução da Biota terrestre. 5- Taxas evolução, de especiação e extinção de grandes grupos taxonômicos. 6- Principais eventos na história da terra e suas relações com a história das linhagens de organismos. 7- Processos genéticos relacionados ao surgimento de novidades evolutivas importantes do ponto de vista macroevolutivo. 8-Equilíbio pontuado e gradualismo filético.
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EVD 115: Morfologia, sistemática e filogenia de grupos vegetais
Visão geral do atual estado da classificação e da evolução dos caracteres nos grupos de organismos fotossintetizantes com clorofila a (ênfase em Viridiplantae), com base no paradigma filogenético. 1.- Origem e evolução dos organismos fotossintetizantes: procariontes e eucariontes; 2. Evolução e filogenia dos cloroplastos: estrutura e pigmentos; 3. Impacto dos dados moleculares na delimitação dos grupos, em vários níveis hierárquicos; 4. "Algas" –caracterização, relações filogenéticas:Cyanobacteria, Rhodophyta, "Chlorophyta", Ochrophyta; 5. - "Briófitas" – caracterização, relações filogenéticas: Marchantiophyta, Anthocerophyta e Bryophyta; 6. - "Pteridófitas" – caracterização, relações filogenéticas: Lycophyta e Monilophhyta; 7. – Gimnospermas – caracterização, relações filogenéticas: Cycadophyta, Ginkgophyta, Conipherophyta, Gnetophyta; 8. – Angiospermas - os grandes grupos de angiospermas: grupos basais, magnoliídeas, monocotiledôneas e eudicotiledôneas; eudicotiledôneas: grupos basais, Caryophylídeas, Rosídeas e Asterídeas.
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EVD 116: Tópicos em evolução e diversidade I
As disciplinas Tópicos em Evolução e Diversidade serão disciplinas de ementa aberta, que poderão ser utilizadas para o oferecimento de uma série de disciplinas mais específicas relacionadas às áreas de atuação dos docentes, a critério do programa e em vista da demanda por parte dos alunos. Já foram discutidas e elaboradas ementas para o oferecimento dos seguintes tópicos pelos docentes do programa: Taxonomia, Bioquímica Comparada, Ecofisiologia Vegetal, Ecologia de Zoonoses Brasileiras Emergentes.