Se o BD é gerenciado pelo Enterprise Manager Grid Control e você utilizou o método com DBUA ou Manual Upgrade, atualize o registro do agente (cliente do Enterprise Manager) para contemplar o novo Oracle Home. Se você utilizou o método com Export/Import, migrando o BD para uma nova máquina, você terá que instalar o agent na nova máquina e registrar o BD.
Recrie objetos DIRECTORY que apontavam para diretórios da instância antiga. Antes de recriá-los, é necessário recuperar privilégios de usuários sobre eles para aplicar novamente estes privilégios, após a recriação.