Em 1º. de março de 1565 ajudou Estácio de Sá a instalar-se junto ao Pão de Açúcar, na entrada da Barra do Rio de Janeiro, para dar combate aos franceses. Estes tinham invadido o Brasil para fundar a chamada “França Antártica”. Eram todos hereges calvinistas. Como não tinham tropas suficientes para enfrentar a reação portuguesa, para auxiliá-los no combate, uniram-se aos índios tamoios, no que ficou conhecida como “Confederação dos Tamoios”.
Como uma vitória dos franceses seria um triunfo do protestantismo em nossa pátria, o Pe. Nóbrega e o Irmão Anchieta dirigiram-se a Iperoig, hoje Ubatuba, para tentar convencer os indígenas tamoios à paz, ficando o Irmão refém deles. Isso foi uma grande prova para o puríssimo José, num meio inteiramente bárbaro, cercado de índias nuas circulando por toda parte. Fez então o voto a Nossa Senhora de contar sua vida em versos, caso Ela lhe ajudasse a guardar intacta sua pureza. Como isso se deu, o Santo escreveu na areia da praia 5786 versos em honra à Mãe de Deus, que guardou na memória e, quando voltou a paz, pôs no papel em São Vicente.
Em Salvador pôde, em três semestres, dar um acabamento meio precário a seus estudos, e receber a ordenação sacerdotal aos 32 anos, das mãos de um antigo colega em Coimbra, D. Pedro Leitão, o segundo bispo do Brasil. Pode-se imaginar com que fervor esse santo missionário, tão amante da Eucaristia, celebrou sua primeira Missa!