O governo Quércia também sofreu acusações de adquirir sem licitação equipamentos israelenses para as universidades estaduais e polícias civil e militar num valor de 310 milhões de dólares, onde o estado perdeu um valor estimado em US$ 40 milhões.[8] Em julho de 1990, foram iniciadas as obras do VLT de Campinas que custaram cerca de 50 milhões de dólares.[15]
Seu predomínio junto ao PMDB e sua defesa em favor dos cinco anos de mandato para o então presidente José Sarney levaram seus adversários internos a deixar a legenda e fundarem o PSDB em 24 de junho de 1988. Naquele mesmo ano, perdeu as eleições municipais em São Paulo e Campinas. Apesar do revés, teve seu nome cogitado para disputar as eleições presidenciais em 1989, entretanto o candidato escolhido pelo partido foi Ulysses Guimarães.[carece de fontes?]
Ao fim do mandato, Quércia obtinha 50% da população paulista julgando ótima ou boa sua administração contra 12% de ruim e péssimo – bons índices de aprovação – e conseguiu eleger o seu sucessor, Luiz Antônio Fleury Filho, o qual até pouco tempo antes ainda era o semi-desconhecido secretário de Segurança Pública do governo Quércia.[carece de fontes?]