ReP USP - Detalhe do registro: Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais
Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais (2006)
Autor USP: KOIDE, TIE - IQ
Subjects: EXPRESSÃO GÊNICA; BACTÉRIAS FITOPATOGÊNICAS; BIOLOGIA MOLECULAR
Abstract: Xylella fastidiosa é uma bactéria fitopatogênica, responsável por doenças em diversas plantas de importância econômica. Diversas cepas têm sido estudadas, porém, pouco se sabe a respeito da resposta a estresses ambientais em X fastidiosa. Utilizando a tecnologia de microarranjos de DNA, verificou-se a resposta global aos estresses térmico, salino e osmótico em nível de transcrição. Os experimentos foram realizados em séries temporais, os perfis de expressão gênica dos genes diferencialmente expressos foram agrupados e validados por RT-PCR quantitativo. No choque térmico, 261 genes foram induzidos (9,7 'POR CENTO') e 222 genes foram reprimidos (8,3 'POR CENTO'). Dentre os genes altamente induzidos, destacam-se os que codificam proteínas de choque térmico (Hsps), que previnem a desnaturação e a formação de agregados protéicos ou degradam polipeptídeos irreversivelmente desnaturados. A partir da determinação do início de transcrição de seis genes altamente induzidos no choque térmico, propôs-se um consenso para promotores dependentes do fator sigma alternativo que controla a resposta ao choque térmico, 'SIGMA POT.32'. Observou-se também a indução de genes relacionados ao estresse extracitoplasmático, que são regulados pelo fator sigma alternativo 'SIGMA POT.E'. No choque osmótico e salino, os genes codificando a maioria das Hsps foram reprimidos na exposição prolongada a esses estresses, indicando que a resposta não é mediada por 'SIGMA POT.32'ou 'SIGMA POT.E'. Dos 142 genes induzidos tanto no estresse salino como osmótico, 57 'POR CENTO' codificam proteínas hipotéticas ou hipotéticas conservadas, indicando uma possível função na resposta a estes estresses. ) Observou-se a repressão de genes relacionados à síntese protéica e ao metabolismo intermediário nos três estresses analisados, além da indução de genes relacionados à virulência como toxinas e adesinas, revelando a complexa rede de genes envolvida na resposta a estresses ambientais. Para auxiliar a análise de dados de microarranjos de DNA, foram desenvolvidas três ferramentas de bioinformática: HTself, utilizada na determinação de genes diferencialmente expressos; BayGO, utilizada na análise categorias funcionais altamente representadas dentre os genes de interesse e SpotWhatR, uma plataforma que integra programas utilizados nas diversas etapas da análise e pré-processamento de dados de microarranjos, com uma interface de fácil utilização. Estas ferramentas foram utilizadas com sucesso e estão disponíveis livremente para outros pesquisadores
KOIDE, Tie; GOMES, Suely Lopes. Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais. 2006.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2006. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-20092006-014126/ >.
Koide, T., & Gomes, S. L. (2006). Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-20092006-014126/
Koide T, Gomes SL. Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais [Internet]. 2006 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-20092006-014126/