Após uma avaliação multifatorial, o médico pode chegar à conclusão de que se trata da doença de Crohn. Após o diagnóstico, é preciso localizar as áreas afetadas do aparelho digestivo por meio de exames de imagem, como endoscopia digestiva, colonoscopia, raios-X, tomografia e ressonância magnética, para que seja estabelecido um diagnóstico diferencial.