Para Gregório o mal é, precisamente, esta escolha livre de optar contra Deus: não é "algo", mas a inexistência de algo que deveria existir, a saber, a decisão por Deus ("A Grande Catequese" 5, 24 C). Este estado não é, porém, irreversível, pois - como aduz continuamente ao longo da sua Teologia -, segundo a Biblia todo o Homem foi chamado a uma Nova Vida em Jesus Cristo que o pode levar, ao cooperar com os dons deste, à restauração da semelhança com Deus perdida pelo pecado. Para Gregório, Jesus só pôde salvar o Homem na medida em que, como atestam incoativa, mas inequivocamente, os textos bíblicos, era «verdadeiramente Homem e verdadeiramente Deus», pois «aquilo que Deus não assumiu, não redimiu».
Gregório de Nissa, neste ponto, mostra-se bastante fiel a Orígenes. Contudo, diferencia-se dele nalgumas doutrinas: nega ideias como a da pré-existência ou transmigração das almas, e ainda que a sua união ao corpo se deva a um castigo pelo pecado. Partilha com Orígenes, porém, a doutrina da apocatástase.
Para S. Gregório, as penas infernais nunca poderão ser eternas, mas apenas temporárias, e têm um sentido de purificação. Apesar de ameaçar, nos seus escritos, os pecadores com o fogo eterno, tal expressão tem para ele o significado dum longo período de tempo, pois não pode conceber uma separação definitiva entre Deus e as suas criaturas. No fim dos tempos, virá a restauração completa, em que Deus será tudo em todos, e essa será a conclusão de toda a história da salvação (enquanto para Orígenes era apenas um fim dum ciclo, devendo repetir-se tudo de novo)
A teologia mística é, em Gregório de Nissa, um dos pontos cimeiros. Ultimamente, foi dada a importância devida a esta dimensão da sua obra, reconhecendo-se o seu contributo para a mística cristã e a sua influência, direta ou indireta, em muitos teólogos místicos posteriores.
À semelhança de variados filósofos, S. Gregório concebe o homem como um microcosmos: ele exibe em si, na devida proporcionalidade, a mesma ordem que encontramos no universo. Contudo, a sua maior grandeza está, não em ser à imagem do universo, mas sim à imagem de Deus. O homem é ícone de Deus, devido aos dons com que a sua alma está dotada: razão, livre arbítrio e virtude. Por isso, o homem é superior a todas as criaturas do mundo, porque nenhuma, senão ele, foi feita à imagem de Deus.
A semelhança com Deus permite ao homem conhecê-Lo, pois, como diziam os antigos (e S. Gregório partilha a ideia), o “semelhante é conhecido pelo semelhante”. A imagem de Deus que existe em cada homem supera todas as insuficiências da sua humana fragilidade e permite alcançar a visão mística de Deus.
“A divindade é pureza, ausência de toda a paixão e separação de todo o mal. Se em ti existe tudo isto, Deus está efetivamente em ti. Por conseguinte, se o teu pensamento não tem mistura de mal e está livre de toda a paixão e livre de mancha, és feliz pela tua clarividência, pois, por estares purificado, podes perceber o que é invisível para os que não estão purificados” (6º sermão sobre as bem-aventuranças)
Esta visão mística é antecipação da visão beatífica, “uma divina e sóbria embriaguez”, graça que só pode ser dada a quem estiver disposto a uma purificação total, a fim de encontrar Deus dentro de si.