No cais em si, serão criadas quatro áreas distintas. Duas delas destinam-se aos barcos de carreira, com uma das zonas a servir a linha fluvial que parte de Tavira e a outra a que parte das 4 Águas. Os demais pontões servirão para cargas e descargas e para uso dos barco-táxi e das empresas maritimo-turísticas.