O Ensino Médio da IENH é oferecido na Unidade de Ensino Fundação Evangélica, em um espaço privilegiado com ampla área de preservação ambiental, além de Laboratórios de Informática, Ciências Biológicas, Química, Física, Microscopia e Matemática, que oportunizam espaços diferenciados e contribuem para o desenvolvimento dos estudantes.