A escola de teologia de Lisboa foi a que ganhou maior projeção: o capítulo geral de Assis de 1340 elevou-a a estudo geral da ordem e em 1453 o papa Nicolau V incorporou-a na Universidade de Lisboa.
Entretanto, desde meados do século XIV, dcfrontavam-se duas tendências na ordem: o conventualismo (ou a Claustra, como se dizia em Portugal) e a observância.
Os conventos da Claustra eram normalmente desenhados com amplidão, privilegiavam a disciplina regular da vida comum de estilo monástico, praticavam a regra com dispensas pontifícias, em matéria de pobreza, estavam geralmente localizados em centros urbanos e bastantes mantinham escolas públicas. Em geral, era este o perfil dos conventos portugueses em meados do século XIV.
A vida quotidiana, marcada pela regularidade dos ofícios litúrgicos e das lições escolares, assumira um ritmo quase monacal, diferente da itinerância e da espontaneidade das primeiras gerações franciscanas.