Fábio de Souza Gomes, do Omelete, escreveu que o programa apresenta ficção cansativa, tramas paralelas desnecessárias, porém conta com atuações de destaque. Comentou também que "apesar de no início parecer um pouco forçado, [Selton] Mello melhora muito ao longo do seriado e consegue conduzir bem a história pelas sombras enquanto [Caroline] Abras cria uma detetive complexa e forte que busca encontrar a corrupção por trás do país." Completou dizendo que "O Mecanismo poderia ter sido muito melhor do que realmente foi."[19]
Adolfo Molina, do Observatório do Cinema, resume que "O Mecanismo é uma falha como representação de fatos históricos do Brasil por tentar buscar isenção no viés e não conseguir, e uma obra de ficção também falha por cair nessa armadilha."[20]
Ritter Fan, do Plano Crítico, escreveu que "Os roteiros dos episódios, todos escritos por Elena Soarez, são para lá de didáticos, com repetições infindáveis que batem na mesma tecla monocórdia praticamente a todo capítulo como o “combater o câncer não deixa ninguém incólume” e coisas assim. No campo das atuações, Selton Mello mais uma vez mostra que é um dos melhores atores brasileiros de sua geração, mesmo considerando sua irritante incapacidade de falar para fora, marca registrada sua desde os primórdios que torna a compreensão do que ele balbucia bastante complicada." Elogiou Enrique Díaz, dizendo que a atuação "imediatamente lembrou a de Robert Knepper como T-Bag, em Prison Break, ou seja, um bandido safado e cafajeste moldado para que o odiemos, mas ao mesmo tempo que o amemos." E finalizou dizendo que "O Mecanismo é uma série com potencial, mas que não é plenamente realizado."[21]
Embora haja um aviso informando que a série é inspirada livremente em eventos reais e que personagens, situações e outros elementos foram alterados para efeito dramático, alguns personagens (mas não todos os fatos a eles atribuídos na série) e elementos têm clara correspondência à real Operação Lava Jato.[22][23][24][25]
A série foi classificada pela ex-presidente Dilma Roussef como propaganda política, que afirmou que a direção do programa não tem conhecimento do impacto político da série.[26] E foi retrucada pelo criador dasérie, que a chamou de iletrada, por estar escrito que os fatos estavam dramatizados e se tratava de uma obra de ficção.[27] Isso se deve ao fato de o roteiro da série, em seu quinto episódio, atribuir ao personagem Higino, personagem correspondente ao ex-presidente Lula, frase emblemática do Senador Romero Jucá obtida em grampo telefônico sobre "estancar a sangria", referindo-se à interromper as investigações da Lava-Jato.
Após o vazamento de conversas da Operação Lava a Jato, Padilha admitiu em auto-crítica que: "Fiz um erro de julgamento sobre Moro, mas não sobre Lula.":[28]