Assim como outros componentes, a caixa de marchas do tipo cassete também é semelhante às utilizadas em motos de pista. Com seis marchas, o câmbio conta com sistema quick shift, com o qual se pode subir de marcha sem fechar o acelerador ou acionar a embreagem – outro item muito usado em motos de competição. A Aprilia ainda adotou uma embreagem deslizante para evitar trancos e derrapagens nas reduções de marcha.
Com quadro de dupla trave superior em alumínio, a Tuono V4R teve sua geometria revisada para oferecer uma melhor dirigibilidade desta naked em ruas e estradas. O conjunto de suspensão conta com garfo telescópico invertido Sachs na dianteira e uma balança traseira também em alumínio com amortecedor Sachs com reservatório de nitrogênio separadamente. Ambos são completamente ajustáveis.