No fim dos anos 90, Israel era liderado por Benjamin Netanyahu. Com a assinatura do Memorando de Wye River, a 28 de setembro de 1995, o país abdicou de Hebrom, cedendo à Autoridade Nacional Palestina o controlo da região. Deste modo, Ehud Barak, que fora elegido para Primeiro-Ministro, em 1999, iniciou por tirar as tropas israelitas do Sul do Líbano e, durante a Cúpula de Camp David de 2000, realizou negociações com a Autoridade Palestina Yasser Arafat e o Presidente dos Estados Unidos, Bill Clinton. Durante esta conferência, Barak propôs um plano para a formação de um estado palestino na Faixa de Gaza e 91% da Cisjordânia, ficando com a posse de todas as fronteiras e dos principais rios, porém anexaria 12% do Vale do Jordão – região mais fértil da Cisjordânia – ao território israelita, garantindo a permanência entre 12 a 30 anos em 10% dessa região. Como era de esperar, Yasser Arafat não aceitou a proposta, e ainda exigiu que Israel se retirasse para as fronteiras de junho de 1967, como pré-condição. Após o fim das negociações iniciou-se a Segunda Guerra das Pedras. Em 2001, elegeram um novo Primeiro-Ministro, desta vez foi escolhido Ariel Sharon. Enquanto esteve no poder, Sharon elaborou um plano para a saída unilateral da Faixa de Gaza e comandou a edificação da barreira israelita da Cisjordânia. Passados 5 anos, em janeiro, Ariel Sharon foi vítima de um AVC – Acidente Vascular Cerebral -, que o deixou em coma, obrigando-o a entregar o comando do país ao gabinete de Ehud Olmert.
A Segunda Guerra do Líbano deu-se em julho de 2006, devido a um ataque da artilharia do Hezbollah realizado à população da fronteira Norte de Israel e também ao sequestro de dois soldados israelitas. Este ataque durou cerca de um mês até o Conselho de Segurança das Nações Unidas ter colocado um cessar-fogo, que ficou conhecido como a Resolução 1701 da Organização das Nações Unidas.
Um ano depois, a 27 de novembro o Primeiro-Ministro israelita, Ehud Olmert, e o Presidente palestino, Mahmoud Abbas, assentiram numa negociação acerca de todas as inquietações e batalhar por um acordo até ao final do ano de 2008. Em abril deste ano, o Presidente Sírio, Bashar al-Assad, divulgou a um jornal do Qatar que Israel e a Síria teriam chegado a um acordo e debateram um Tratado de Paz pelo período de 1 ano, sendo a Turquia o seu intermediário. No mês seguinte, tudo isto foi confirmado por Israel.
No final do ano, em dezembro, o cessar-fogo que existia entre Hamas e Israel terminou, depois de terem sido disparados foguetes a partir da Faixa de Gaza, que era controlada pelo Hamas. Israel não se deixou ficar, e retorquiu com intensos ataques aéreos. No entanto, protestos surgiram por todo o mundo. Já em 2009, no terceiro dia do mês de janeiro milícias israelitas invadiram Gaza, assinalando o princípio de uma ofensiva terrestre.
Em julho de 2014, surgiu outro ataque entre as forças militares de Israel e o Hamas, localizado na Faixa de Gaza. Este conflito durou cerca de dois meses e resultou na morte de mais de 2 mil pessoas, das quias 70 israelitas.