Já em 1997, por meio da Lei nº 1.797, cria-se a Secretaria de Habitação e Desenvolvimento Urbano - SHDU, com atribuição de planejar, executar e implementar a política habitacional e de desenvolvimento urbano do Distrito Federal. Ficando, assim, o IPDF vinculado a então SDHU até o ano de 2000, quando foi publicado o Decreto 21.289/00 que colocava o IPDF em processo de extinção, e suas atividades ficaram sob a supervisão da Secretaria de Estado de Desenvolvimento Urbano e Habitação do Distrito Federal - Seduh, criada por meio do Decreto nº 21.170, de 5 de maio de 2000, que dispôs sobre a reestruturação administrativa do Distrito Federal.