O curso de doutorado em Ciências da Saúde é reconhecido pela CAPES pela portaria nº 259, de 15 de fevereiro de 2017.
A FMJ encontra-se fortemente inserida na saúde pública de Jundiaí e região, contribuindo com a organização e desenvolvimento social, econômico, político e sanitário. Neste sentido, o programa visa favorecer a expansão da base científica nas questões ligadas à saúde, estreitando os laços entre a graduação e pós-graduação e integrando a sociedade com a pesquisa e a academia.
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A Faculdade de Medicina de Jundiaí é uma autarquia municipal que oferece cursos de graduação em medicina, residência médica, especialização e programa de mestrado e doutorado.
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