O filho da mãe deixa Asuka louca, entrando na mentre dela e a destruindo. Na orbita da terra, o único meio de destrui-lo é usar uma lança sagrada que a NERV possui e arremessá-la no anjo. Você terá que usar os direcionais para mirar a lança no anjo. Se você conseguir acertar, use A mais C-baixo rapidamente para fazer a lança passar pelo Campo AT. Feito isso, anjo destruído.
Armisael, o décimo sexto anjo, também não tem missão, pois ele é uma projeção de luz que ataca a mente dos pilotos. Rei se auto destroi para destruir o anjo. Chegou a hora do anjo final, e, o mais triste da série.
Uma nova criança foi encontrada. Kaworu Nagisa, um garoto muito estranho, com niveis de sincronia altíssimos, e sem nenhum dado ou registro. Ele rapidamente se torna amigo de Shinji. E, numa das cenas mais gays da historia dos animes, ele diz que ama Shinji enquanto os dois tomam banho numa sauna. Yaoi fans brilham agora XD. Mas então, um alerta de campo AT do padrão azul(o que define um anjo) foi sentido. Dentro do terminal Dogma(a base da NERV). E o anjo estava descendo para onde estava trancafiado Adão. Agora eles tinham menos de um minuto para alcança-lo, ou ele toca adão e o terceiro impacto ocorre, destruindo o mundo todo dessa vez. Quando Shinji chega no anjo, ele tem uma surpresa. Kaworu Nagisa. E ele estava controlando o EVA-02 sem estar dentro dele. Agora Shinji, mesmo contra seus princípios, deve derrotá-lo. Agora, lute contra o EVA-02. Vai ser uma das lutas mais dificeis do jogo. Ele te agarra facil. Uma hora ou outra você vai acabar tendo que disputar forças contra o outro EVA. É só usar A mais C-baixo. Derrotando-o, acaba a missão. Kaworu alcança Adão. Mas na verdade aquilo não é Adão. É Lilith. Então, Kaworu pede para o proprio Shinji matá-lo. Shinji reluta. Kaworu o convence com um papo tocante. Depois de um minuto de pausa, Shinji o esmaga por completo, só sobrando a cabeça(mas isso só aparece no anime). Salve e passe para a antepenultima missão.
Todos os anjos foram derrotados. Porém, o inimigo final é o homem, como diz Fuyuutsuki. Todas as outras 12 potências mundiais mandam seus EVAS de produção em massa para destruir o Japao. Shinji tenta ir a luta, mas com Asuka praticamente doida, e com Rei sem EVA, ele é facilmente derrotado. Depois de muita enrolação, Asuka dá um rage supremo e sai do hospital e vai a luta sozinha contra todos eles. Aprecie a cena em que Asuka dá um show, onde nem misseis gigantes param ela. Você tem 5 minutos, já que seu cabo umbilical saiu da bateria. É só dar um tapinha e os aviões já eram. Depois de derrotar todos, os EVAS de produção em massa Como no anime Asuka só derrota dos 12, aqui você só precisa abater 9 também. Não é tão dificil quanto parece, mas ainda sim é um terror supremo. Acabou, não se preocupe. Ainda vem o mais dificil de todos. E não tem pausa pra save.