A reforma estatutária da USP, aprovada por decreto estadual de 24 de novembro de 1969, determinou que a menor fração da estrutura universitária, para todos os efeitos de organização administrativa, bem como didático-científica, é o Departamento, compreendendo disciplinas afins e que a Universidade é constituída por Unidades formadas pela união de Departamentos afins.
O novo Estatuto estabeleceu, como órgãos de administração de cada Unidade, a Congregação e a Diretoria e, como órgãos de direção dos Departamentos, o Conselho do Departamento e a Chefia.
O Instituto de Química, uma das 21 unidades que passaram a integrar a USP, reuniu cadeiras e departamentos de seis faculdades distintas e iniciou formalmente as suas atividades em 1° de janeiro de 1970, data em que o Estatuto entrou em vigor.
O professor Simão Mathias assumiu interinamente a direção do Instituto, na qualidade do Professor Titular da unidade com o maior tempo de serviço docente como titular na USP. Foi Diretor Pró-Tempore de 01/01/1970 a 15/03/1970. Havia um prazo legal de 30 dias para a redistribuição dos membros do corpo docente pelos Departamentos, 45 dias para constituir os Conselhos de Departamento e eleger os Chefes respectivos e 60 dias para constituir a Congregação e eleger o Diretor e o Vice-Diretor.
Decidiu-se pela criação de dois departamentos no Instituto, o Departamento de Bioquímica (DBQ) e o Departamento de Química Fundamental (DQFL), que foram oficializados por Portaria assinada pelo Reitor Miguel Reale, aos 15 de janeiro de 1970. Uma vez publicada a distribuição dos docentes nos departamentos, os professores Simão Mathias do DQFL e Lucio Penna de Carvalho Lima do DBQ assumiram interinamente a chefia dos respectivos departamentos. Convocaram eleições para formar os Conselhos Departamentais, que em reunião no dia 16 de fevereiro de 1970 elegeram cada qual o Chefe do Departamento e seu suplente com mandatos de 4 anos. Passou-se então aos trâmites para constituir a Congregação, que em sua primeira reunião, aos 27 de fevereiro de 1970, elegeu as listas tríplices para Diretor e Vice-Diretor, a serem encaminhadas para a escolha pelo Reitor.
Os Diretores, Vice-diretores e Chefes de Departamento do Instituto de Química e os respectivos mandatos, desde 1970, estão relacionados a seguir.