A estrutura curricular do PEC, como os demais cursos de pós-graduação da UFC, é composta por disciplinas e atividades. A carga horária das disciplinas é expressa em créditos (cr), correspondentes ao número de horas de aula semanais. Na UFC, cada período letivo corresponde a 16 semanas, assim cada crédito corresponde a 16 horas-aula (1 cr = 16 h).
Atualmente, o Programa conta com sendo 9 da área de Estruturas e 14 da área de Construção Civil e 1 disciplina comum para as duas áreas. Cada área de concentração possui 2 disciplinas obrigatórias. As disciplinas visam fornecer aos alunos uma formação ampla e sólida na sua área de concentração, além dos conhecimentos específicos necessários ao desenvolvimento de sua dissertação. A grande maioria das disciplinas são de 3 créditos (48h).
Além das disciplinas, os alunos de cada área devem realizar 5 atividades obrigatórias que contam créditos (cr) como: Seminário (1 cr), Proficiência em língua estrangeira (1 cr), Qualificação (1 cr), Estágio de Docência I (4 cr) e Dissertação (6 cr). A atividade de Qualificação visa avaliar os conhecimentos do aluno no seu tema de dissertação, bem como a relevância e viabilidade da sua proposta de dissertação.
Os alunos devem concluir os 24 créditos obrigatórios referentes às disciplinas nos dois primeiros semestres. Nesse período, o aluno deve cumprir a atividade Seminário. As atividades de Qualificação e Proficiência devem ser concluídas no terceiro semestre, pois são requisitos para a matrícula em Dissertação que deve ser feita no quarto semestre. A atividade de Estágio de Docência I pode ser realizada no terceiro ou quarto semestre, a critério do orientador e do aluno.