Os vereadores de São Paulo voltaram a tratar de Canudos na sessão de 27 de outubro, quando Roberto Penteado propôs “um voto de congratulação com o general Arthur Oscar, pela victoria de Canudos, com as forças em operações e com o brioso 1º batalhão de S. Paulo pela bravura com que revelou o seu patriotismo”. Dessa vez não houve a mesma unanimidade. Vereadores propuseram que a congratulação fosse feita à “Patria Brazileira” e a “todos os altos poderes da nação”. Sem acordo, a discussão foi retomada na sessão seguinte, em 3 de novembro, quando o vereador João Bueno afirmou que, “quando se iniciou a questão, teve que manifestar o seu descontentamento contra a degolação dos prisioneiros em Canudos, e que nessa occasião apresentou emenda para que a Camara se manifestasse contra esses factos”. O mesmo parlamentar, contudo, retirou a tal emenda, por entender que cabia ao governo “syndicar os fatos” e propôs, em seu lugar, uma congratulação “com o Paiz pela victoria da guerra em Canudos, trazendo a paz aos brasileiros”. Novamente, não houve acordo e a votação acabou adiada.
O desconforto com que os vereadores retomaram a questão de Canudos fazia parte de um processo de mudança na mentalidade da “consciência letrada” do País, que, após o massacre do arraial, “termina reconhecendo os jagunços (como eram chamados os canudenses) como compatriotas e a guerra como fratricida”, segundo Walnice. O auge desse “mea-culpa” é a obra-prima Os Sertões, publicado em 1902, em que o jornalista Euclides da Cunha relata as execuções de sertanejos prisioneiros, sobre as quais ele mesmo havia silenciado em sua cobertura para o jornal O Estado de S.Paulo, e afirma que a campanha de Canudos “foi, na significação integral da palavra, um crime”. Para as vítimas, porém, protestos como os de Euclides ou do parlamentar João Bueno, além de ocorrerem tarde demais, nunca levaram a qualquer punição.
Das seis mudanças de nome feitas pela Câmara em 1897, apenas duas perduraram – a General Carneiro e a Capitão Salomão. Situação parecida ocorreu no Rio de Janeiro, que na mesma época rebatizou a Rua do Ouvidor como Moreira César, nome que também não pegou. Houve, porém, um nome originado de Canudos que atravessou o século, levado por antigos soldados da Guerra que foram morar no Rio de Janeiro. Descartados pelo Exército após a batalha, os antigos combatentes subiram em um morro para ali erguer casebres onde pudessem morar. Em homenagem a um morro de Canudos, batizaram o local de Favela. O nome “favela” se espalhou pelo País e passou a designar conjuntos de habitações precárias das cidades que, ao longo das décadas seguintes, algumas autoridades tratam do mesmo jeito que trataram Canudos – com a mesma brutalidade e, quase sempre, com impunidade.
Alguns dos homens que lideraram bandeiras à procura de ouro e índios foram também vereadores de São Paulo por Revista Apartes