Pompeu passou o resto do ano e começo do próximo visitando as cidades da Cilícia e da Panfília ajudando no estabelecimento dos governos dos territórios recém-conquistados. Em sua ausência de Roma (66 a.C.), foi nomeado para suceder a Lúcio Licínio Lúculo como comandante da Terceira Guerra Mitridática contra Mitrídates VI, o rei do Ponto. A troca do comando foi proposta pelo tribuno Caio Manílio em sua Lex Manilia, apoiada por César e justificada por Cícero em seu discurso, ainda existente, "Pro Lege Manilia".[30] Seu cunhado, Quinto Cecílio Metelo Céler serviu sob seu comando e seguiu-o em suas vitórias no oriente. Como no caso da Lex Gabinia, esta lei também foi duramente criticada pela aristocracia, mas acabou aprovada ainda assim.
Lúculo, um nobre de família plebeia, ficou furioso por ser substituído por um descendente de um "homem novo" como Pompeu e os dois trocaram insultos. Lúculo chamou Pompeu de "abutre", por se alimentar do trabalho de outros, uma referência não apenas ao recém-conquistado comando da guerra contra Mitrídates, mas também por sua alegação de ter terminado a Guerra Servil de Espártaco, que foi vencida principalmente pelas campanhas de Crasso.[31]