A formação superior de professores de Língua Portuguesa e de Língua Estrangeira Moderna tem início em Tubarão (SC) com a criação do Curso de Letras da então Fundação Educacional do Sul de Santa Catarina (FESSC) em 1971. Com a criação da Universidade do Sul de Santa Catarina (UNISUL) em 1989, é em meados dos anos 1990 que a criação de um curso de stricto sensu na área de letras/linguística recebe contornos mais explícitos que culminam com a formalização de um projeto elaborado pela congregação do curso em 1998.
No mesmo ano, em atendimento à decisão institucional, o Curso de Mestrado em Ciências da Linguagem alinhou-se ao Sistema Nacional de Pós-Graduação (SNPG/CAPES). Como resultado desse processo, passou a ser organizado em uma única área de concentração, denominada "Linguagem, Mídias e Processos Discursivos", e três linhas de pesquisa: "Análise Discursiva de Processos Semânticos", "Textualidades e Práticas Discursivas" e "Linguagem, Cultura e Mídia".
Em 2 de dezembro de 2008, o Programa foi avaliado in loco por Comissão Verificadora da CAPES formada pelas professoras Diana Luz Pessoa de Barros (UPM) e Célia Marques Telles (UFBA). O PPGCL foi então aprovado na 106a. Reunião do Conselho Técnico Consultivo da CAPES em 10 de dezembro de 2008. A Câmara de Educação Superior do Conselho Nacional de Educação homologou a aprovação (Parecer n. 122/2009), e o Curso de Doutorado em Ciências da Linguagem foi reconhecido pela Portaria n. 589 de 18 de junho de 2009. No primeiro semestre de 2009, procedeu-se ao primeiro processo seletivo de alunos do curso de Doutorado. As aulas iniciaram-se no dia 6 de julho em Palhoça (SC) e 16 de julho em Tubarão (SC).
O Programa de Pós-graduação em Ciências da Linguagem - PPGCL apresenta relevância singular entre os cursos de stricto sensu da mesorregião sul catarinense e mesorregião metropolitana de Florianópolis. Seu Curso de Mestrado foi o primeiro curso de stricto sensu da Universidade do Sul Santa Catarina - UNISUL a alinhar-se ao Sistema Nacional de Pós-Graduação (SNPG) em 2003; seu Curso de Doutorado foi também o primeiro curso da instituição a ser aprovado pela CAPES em 2008; e, em 2017, o primeiro Programa da Universidade a ser avaliado com nota "5".
Dado seu pioneirismo, o PPGCL vem exercendo forte impacto na qualificação dos quadros pós-graduados das instituições de ensino superior e tecnológico de seu entorno. Em 31 de dezembro de 2017, o PPGCL havia titulado 344 mestres e 59 doutores (dentre os quais 16 mestres e 12 doutores no quadriênio 2017-2020).
Além disso, o Programa constitui forte referência nos estudos textuais, discursivos e culturais, com reconhecida liderança na promoção de eventos na área de letras e literatura, qualificada publicação, incluindo em seu portfólio os periódicos Linguagem em (Dis)curso (A1), Crítica Cultural (B1) e Memorare (B2), e sólido comprometimento com a vocação comunitária da Universidade do Sul de Santa Catarina.