A campanha do filho Flávio, deputado estadual e candidato à prefeitura do Rio de Janeiro, também afastou o deputado do PSC. Bolsonaro foi repreendido pelo pastor Everaldo porque recusou, aos gritos, a ajuda da deputada Jandira Feghalli (PCdoB), que é médica, quando Flávio desmaiou durante um debate na TV e a concorrente foi ajudá-lo. A repreensão de Everaldo irritou Bolsonaro.
Outro desentendimento entre o deputado e o PSC ocorreu quando Bolsonaro gravou um vídeo recusando as doações em dinheiro para a campanha do filho no Rio de Janeiro, pedida pelo partido. A direção da legenda se queixa que o parlamentar não aceita orientação partidária, não gosta de trabalhar em conjunto e é considerado personalista. Bolsonaro avisou que pretende criar um sistema pessoal de arrecadação para a campanha, o que é proibido por lei, mas o PSC é contra.
O deputado também é o sonho da bancada evangélica na Câmara para ser o puxador de votos nas eleições de 2018. Aliados do deputado no Congresso garantem que, se ele deixar o PSC, levará consigo vários outros colegas da legenda, entre eles o pastor Marco Feliciano (SP), líder da bancada de oito deputados na Câmara, e o líder do governo na Casa, André Moura (SE).
Militar da reserva, o deputado já foi vereador no Rio de Janeiro. Na década de 1980, quando era capitão, foi expulso do Exército por incitar os colegas a fazer uma rebelião por aumento do soldo. Ele está no sétimo mandato, atua como uma espécie de sindicalista da caserna e defensor da ditadura militar (1964-1985).