Para ser integrante do FIES, o curso tem que ter obtido conceito maior ou igual a 3 na edição mais atualizada do Exame Nacional de Desempenho dos Estudantes – ENADE. Este exame é feito com alunos que estão ingressando na faculdade e alunos que estão se formando e, através de pesos e medidas justos, são avaliados em conjunto com o nível dos professores e as condições da Faculdade para que a nota seja aferida. Cursos não avaliados pelo ENADE poderão ser habilitados excepcionalmente para concessão do financiamento, a critério do MEC. A matrícula em cursos com avaliação inferior a 3 veda a concessão do financiamento até a melhora na avaliação. Mas quem já obteve o financiamento não fica prejudicado caso o curso tenha sua nota rebaixada.