No sistema nervoso dos répteis ocorre uma mudança do centro de atividade encefálica que nos anfíbios estava situado no mesencéfalo e nos répteis muda para os hemisférios cerebrais (cérebro). Tal mudança resulta da invasão do palio por muitas células nervosas (camada cinzenta) para começar a formar o neopalio. O cerebelo dos répteis é mais desenvolvido do que dos anfíbios porém não se compara ao das aves e mamíferos.