À frente da Liga Cristã foi posto um jovem de 25 anos: Dom João de Áustria, filho natural de Carlos V e, portanto, meio-irmão do Rei de Espanha, Filipe II. A frota pontifícia, constituída graças à ajuda decisiva dos Cavaleiros de Santo Estêvão, era comandada por Marco António Colonna, Duque de Paliano, a quem o Papa confiou a bandeira da Igreja.
A frota cristã concentrou-se em Messina, na Sicília, em Agosto de 1571. Posteriormente, no final de Setembro, zarpou e, após vinte dias de navegação para Leste, chegou, às onze da manhã daquele domingo, 7 de Outubro do ano 1571, de fronte ao inimigo.
Na vanguarda da armada Cristã avançavam seis galeaças, duas na frente de cada esquadrão, dotadas de um novo tipo de canhão com poder de fogo superior a todos os outros. Essas tinham a função de despedaçar, com a sua força de choque, o ímpeto do primeiro ataque inimigo.
No centro da frota estava o chefe da Armada Cristã, Dom João de Áustria, com 61 galés. Ao seu lado navegavam Marco António Colonna, almirante do esquadrão pontifício, e Sebastiano Venier, comandante do esquadrão veneziano.
Na ala esquerda estava o provedor veneziano, Agostino Barbarigo, ao comando de 51 galeras; na ala direita o almirante genovês, Giovanni Andrea Doria, com 53 galeras. A frota da retaguarda, sobre a qual ondulava a bandeira branca, em honra da Imaculada, era composta por 37 galés, comandadas por Dom Álvaro de Bázan, Marquês de Santa Cruz. Era previsto que essa entrasse em acção no momento mais quente do embate.