A maioria dos casos têm sua fístula operada em dois tempos (duas cirurgias) com intervalo aproximado de 2 a 4 meses entre as duas. Neste caso, é aplicado um cordão de fio cirúrgico ou de algodão chamado sedenho, com vistas a facilitar a segunda cirurgia e poupar o músculo esfíncter. Outro tipo de cirurgia utilizado atualmente é o retalho indicado em determinados casos de maior complexidade ou que envolvem uma porção significativa do esfíncter. A recidiva em todos os tipos de técnica é possível, mas pode ser minimizada através da atenção necessária às recomendações de seu cirurgião.