Novamente com um time formado quase que exclusivamente por garotos da base e já sem o atacante Fred, principal revelação da equipe, o América voltou a fracassar na Série B em 2004 e terminou a competição em vigésimo lugar. Naquela ano, 8 equipes foram rebaixadas para e o Coelho não conseguiu escapar do descenso para a Terceira Divisão após 15 anos.
O meia Wagner, outra grande revelação americana do período, ainda decepcionou os torcedores ao abandonar o barco rumo ao Cruzeiro antes do fim do Campeonato, em mais uma negociação controversa com o rival. Como resultado, o jogador foi vaiado em sua última partida pelo clube, durante a derrota por 1×0 para o América-RN no Independência, e ainda desperdiçou um pênalti na ocasião. Wagner já revelou o desejo de se aposentar no América para se redimir de um “erro que cometeu na juventude”, segundo as palavras do jogador.
O América foi campeão da Taça Minas Gerais pela segunda vez na história em 2005. (Reprodução: Super Esportes)
Depois de mais de quinze anos, o Coelho retornou a Terceira Divisão do Campeonato Brasileiro em 2005. Foi a segunda vez na história que o clube disputou a competição. Em seu direito, a torcida esperava o acesso relâmpago, mas, apesar das altas expectativas, a campanha foi decepcionante e o América foi eliminado logo na segunda fase da competição, aumentando ainda mais a insatisfação da torcida com o desempenho de um clubes que havia conquistado títulos significativos há poucos anos atrás.
Apesar da eliminação precoce na Série C, o bicampeonato da Taça Minas Gerais serviu como consolação para o América durante uma temporada de poucas glórias. Foi a segunda vez que o Coelho venceu a competição, já que o clube também é tido como campeão de 1980, apesar da polêmica decisão contra o Uberaba.
O adversário da final foi o Caldense, de Poços de Caldas, que não facilitou a vida do Coelho no estádio do Independência. Depois de empatar por 1×1 no tempo regulamentar, o América só conseguiu levar a taça na disputa por pênaltis, por 4×3. O capitão da conquista foi Wellington Paulo, que venceu seu quinto título pelo clube, entre seis no total. A taça serviu como um alívio para a torcida, em um ano de poucas alegrias para o Coelho.