Em 2017, a operação Pegadores, deflagrada pela Polícia Federal, apurou indícios de desvios de recursos públicos federais por meio de fraudes na contratação e pagamento de pessoal, na execução de contratos de gestão e termos de parceria firmados pelo governo do Maranhão com entidades do terceiro setor.
Atualmente, o Maranhão é o maior cliente do Instituto Acqua, administrando 13 unidades. As recomendações do governo maranhense contaram pontos a favor da escolha para gestão do Hospital Regional Dr. José de Simone Netto, em Ponta Porã.
Titular da SES (Secretaria Estadual de Saúde), Geraldo Resende afirma não conhecer nenhuma denúncia contra o instituto contratado, inclusive com boa avaliação do secretário estadual de Saúde do Maranhão e o governador Flávio Dino (PCdoB).