A nota continua e diz que, devido à "natureza, magnitude, ineditismo, complexidade e necessidade de transferência" inerentes ao projeto, não foi possível estabelecer um "projeto básico inicial único" e que a mudança no valor da obra ocorreu devido a adaptações do projeto básico inicial e a recomendações feitas por órgãos reguladores do setor de energia nuclear do Ibama (Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e Recursos Naturais Renováveis) e dos parceiros franceses.
A Marinha disse ainda que a obra é acompanhada pelo TCU (Tribunal de Contas da União) e que desconhece qualquer suspeita de superfaturamento relativa ao programa.
À reportagem, o ministro do TCU, André Carvalho, relator dos processos de fiscalização do PROSUB no tribunal, confirmou que o órgão acompanha as obras. Ele disse, porém, que os autos estão sob sigilo e que informações sobre o caso não poderiam ser divulgadas.
Em relação ao não envio de documentos solicitados pela PR-DF, a Marinha disse que "atendeu a todas as demandas da Procuradoria da República no Distrito Federal" e que todos os documentos solicitados foram encaminhados em meio digital.
Inicialmente, a Odebrecht havia informado a reportagem que não iria se manifestar sobre o caso. Posteriormente, a companhia solicitou os trechos de delações que seriam mencionados na reportagem, que foram enviados. Até a última atualização deste texto, porém, a empresa não havia se manifestado.