A Igreja foi interditada desde o dia 15 de abril de 2018, quando um princípio de incêndio assustou os fiéis que estavam na missa das 18h. Vistorias elétricas foram feitas, mas problemas maiores foram encontrados pelo Corpo de Bombeiros e Defesa Civil.
Um dos cartões postais mais belos de Barcarena, a Igreja Matriz de Nossa Senhora de Nazaré, na sede do município, ofereceu riscos de desabamento. A notícia foi anunciada em uma coletiva de imprensa, no dia 31 de maio de 2018, ainda na administração do padre Márcio Baía.
Com isso, agentes do Demutran realizaram no dia 11 de setembro de 2018, o isolamento da Igreja Matriz, colocando faixas de sinalização nas vias do entorno do prédio. O procedimento foi necessário já que o risco de desabamento aumentava com a Igreja sem o teto. Deu-se início então ao desmonte do templo, com a retirada das telhas, forro, janelas e derrubada das paredes.
Em outro momento, o bispo da Diocese de Abaetetuba, Dom José Maria, anunciava em uma missa de crisma, seu desejo para Barcarena, de não construir mais uma igreja matriz, e sim, um Santuário. No início de 2019, na troca de padres entre os municípios, assumiu a Paróquia São Francisco Xavier, o padre Idaltino dos Prazeres, com a missão de construir a igreja.
Já na administração de Idaltino, em 15 de junho de 2019, ocorreu a apresentação do projeto arquitetônico do santuário, projetado pelo arquiteto sacro Eduardo Faust. Na cerimônia, a pedra fundamental da igreja foi enterrada no centro da assembleia onde era a antiga matriz.
Uma pedra de mármore que guardou dentro, o nome de milhares de católicos de Barcarena que assinaram uma lista. Também guardou uma foto do círio, um jornal do dia, moedas do ano, terço, medalhas, crucifixo, além da assinatura das autoridades.