O parque nacional se situa a sudeste da Terra Indígena Kadiweu, com 538 mil ha, uma das maiores áreas pouco alteradas na borda do Pantanal Sul. A manutenção de uma matriz que permita o fluxo de indivíduos entre o parque, que é relativamente pequeno, e áreas de florestas e cerrados extensas como esta terra indígena é fundamental para assegurar a viabilidade de populações de espécies que ocorrem em baixas densidades populacionais, como harpias e onças-pintadas.
Embora a atividade pecuária (especialmente a engorda de gado) seja dominante, o turismo baseado nos atrativos naturais do municípios de Bonito, Jardim e Bodoquena tem adquirido importância crescente na economia regional e, especialmente, na geração de empregos. Os atrativos turísticos, na maioria associados aos rios e cavernas da região, distribuem-se, na maior parte, em propriedades privadas na zona de amortecimento do parque.
O Parque Nacional, apesar do pouco tempo de existência, conta com equipe atuante e seu plano de manejo está sendo concluído. É digno de nota que a área nunca sofreu um incêndio que obrigasse mobilizar uma brigada, embora a unidade conte com os equipamentos e equipe necessários. Cerca de 15% de sua área já foi regularizada pelo IBAMA.
Existem hoje quatro assentamentos rurais no entorno do Parque Nacional da Serra da Bodoquena, todos constituídos antes da criação do parque. O Assentamento Santa Lúcia (aproximadamente 40 famílias) dista cerca de 9 km do limite do Parque Nacional, o Assentamento Guaicurus (aproximadamente 500 habitantes) cerca de 2 km, e o Assentamento Campina cerca de 10 km. O Assentamento Canaã, feito pelo Governo Estadual.