Em 2004 entram ao serviço os novos navios catamarã encomendados pela Transtejo para esta ligação, reduzindo o tempo de viagem de 30 para cerca de 20 minutos.
Em 2013, foi anunciado que o grupo Transtejo seria fundido operacionalmente com as empresas Metropolitano de Lisboa e Carris[2], processo que ficou concluído no início de 2015, com a criação da marca Transportes de Lisboa.[3] A fusão foi anulada pelo XXI Governo Constitucional em 1 de janeiro de 2017 e as empresas voltaram a ser autónomas do ponto de vista da gestão.[4]
Em 25 de janeiro de 2017, uma embarcação proveniente do Barreiro, transportanto 561 passageiros, sofreu um acidente no cais do Terreiro do Paço. Determinou-se que a principal causa do embate foi devido à falta de visibilidade devido a um nevoeiro que ocorria àquela hora. O barco teria partido da margem sul às 8h10 da manhã e às 8h30 teria chocado e 34 pessoas ficaram feridas e tiveram que ser assistidas pelo INEM e pela Polícia Marítima. Apesar dos ferimentos dos passageiros não terem sido graves, a Soflusa abriu um inquérito para apurar as causas do acidente. [5][6]
Em outubro de 2020, a empresa espanhola Astilleros Gondán venceu o concurso da Transtejo para o fornecimento de 10 navios totalmente elétricos, num contrato com o valor global de 52,44 milhões de euros para as ligações fluviais de Cacilhas, Montijo e Seixal a partir de 2022.
Actualmente o grupo Transtejo organiza a sua oferta com vista à prestação de um serviço de interesse económico geral e não em busca de rentabilização do negócio[1]. A procura do serviço prestado pelo grupo caiu 46% entre 1998 e 2009, o equivalente a 23,8 milhões de passageiros[1], pese o esforço feito da renovação da frota das carreiras do Seixal, Montijo e Barreiro com a afectação de rápidos e confortáveis navios. A abertura da ponte Vasco da Gama, o início da exploração ferroviária na ponte 25 de Abril ditaram novos hábitos de mobilidade aos quais se associam a crescente procura de bairros habitacionais no interior da península de Setúbal e a saída de muitas actividades terciárias da Baixa de Lisboa para a zona alta da cidade[1] como factores responsáveis pela quebra do número de passageiros. Pode-se, também, apontar a falta de intermodalidade nalguns terminais a Sul.
Além das carreiras de serviço público, a Transtejo oferece também alguns produtos turísticos e aluguer de navios.