A ecoendoscopia alta geralmente é realizada com paciente sedado e deitado. Para o procedimento, podem ser instalados uma cânula nasal para fornecer oxigênio e um bocal para facilitar a passagem do aparelho pela boca. Após a sedação inicial, o ecoendoscópio é inserido na cavidade oral do paciente, passando para o esôfago e estômago, alcançando até o duodeno.