O solo é considerado o habitar na Terra mais rico em termos de diversidade e dimensão microbiana. Os microrganismos do solo podem encontrar-se em vários micro-habitats e estão presentes na superfície de agregados de partículas do solo e em espaços porosos, entre e dentro de agregados (Foster, 1988).
Através de moléculas ou sinais específicos, interagem com o ambiente e têm um papel fundamental em processos ambientais como os ciclos bioquímicos de nutrientes e de matéria (percursos de um elemento químico na natureza) e na manutenção da sanidade das plantas e da qualidade do solo (Lugtenberg et al., 2009).
A interação dos microrganismos com as raízes das plantas e constituintes presentes na interface raiz-solo torna esta interface um ambiente dinâmico conhecido como rizosfera (Lynch, 1990). A rizosfera pode ser definida como a porção de solo adjacente ao sistema radicular da planta e que influenciada pelos exsudatos das raízes (Buyer et al., 2002; Mukerji et al., 2006).

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