O São Caetano era apenas mais uma equipe pequena no Brasil até participar da Copa João Havelange em 2000. Entrou no torneio no Módulo Amarelo, equivalente à segunda divisão nacional. Um ano antes, em 1999, disputou a Campeonato Brasileiro de Futebol – Série B, liderou com folga a primeira fase do campeonato, mas caiu diante do Santa Cruz.