Entre as diversas irregularidades identificadas pelos auditores do TCE que motivaram a desaprovação das contas encontram-se: não realização de processos licitatórios; ausência de Lei que regulamente a contratação temporária de servidores; ausência de demonstrativos referentes a Encargos Sociais; não apresentação dos balanços contábeis e balancetes de verificação e ausência de Lei que trata do subsídio do Prefeito.
João José Gonçalves de Souza Lima foi condenado a devolver aos cofres públicos a quantia de R$ 12.132,621,00 e multas que totalizam R$ 1.544.461,00.