Tem a opção de IE para recolhimento do ICMS DIFAL que são os serviços de transporte direcionados a não contribuintes localizados no Estado do RS pela EC 87/15.
Por essa opção eu consegui abrir uma IE ST para transportadora no Estado do RJ e recolher o ICMS no final do período de apuração, inclusive sobre os serviços iniciados no RJ.
Mais uma dúvida, meu cliente transportadora do estado de São Paulo, optante do Simples Nacional, que realiza transportes que se iniciam em outro estado. Como ele faz o recolhimento da GNRE em favor do estado de origem e no PGDAS eu informo esse valores como Substituição Tributária - Transporte com substituição tributária de ICMS (o substituído tributário deve utilizar essa opção) - é correto que esses valores sejam informados no campos ICMS-ST do CTE?
Não haverá destaque de icms na base , porém quando houver ST sim , ao meu ver a sua apuração está errada , pois a transportadora entra como substituta tributária e não substituida , na sua apuração está retirando o ICMS , onde na verdade terá quer tributado o ICMS .
Realmente não haverá destaque do ICMS no CT-e, porém, a informação do Ruben Cunha quanto a apuração estar errada não procede visto que a transportadora já recolheu o ICMS antecipadamente.	
Complementando a informação dos colegas, o ICMS pago em transporte iniciado em outro estado, não da direito ao abatimento no seu simples Nacional.