A Constituição Federal de 1988 estabeleceu em seu artigo 70 que: "A fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial da União e das entidades da administração direta e indireta, quanto à legalidade, legitimidade, economicidade, aplicação das subvenções e renúncia de receitas, será exercida pelo Congresso Nacional, mediante controle externo, e pelo sistema de controle interno de cada Poder.", e ainda, pelo artigo 74, a carta magma definiu a finalidade do sistema de controle interno aos poderes legislativo, executivo e judiciário. Em 06 de Setembro de 2000, o Presidente da República estabeleceu por meio do decreto nº 3.591, as finalidades, atividades, organização, estrutura e competências do sistema de controle interno do poder executivo federal, que visa à avaliação da ação governamental e da gestão dos administradores públicos federais. Este decreto revogou o decreto nº 93.874, de 23 de dezembro de 1986, alterado pelo decreto nº 96.774, de 26 de setembro de 1988.
Atendendo ao exposto no artigo 14 do decreto nº 3.591, de 06 de setembro de 2000, a UFRRJ criou, em 01 de dezembro de 2006, a auditoria interna da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro – AUDIN, sendo nomeado através da Portaria nº 983, de 01 de dezembro de 2006, o administrador Duclério José do Vale, matrícula SIAPE nº 0386373, para a função de Auditor Interno da UFRRJ, tendo sido submetido ao Conselho Universitário, em sua 224ª Reunião Ordinária, realizada em 15 de dezembro de 2006, conforme deliberação nº 30, de 15 de dezembro de 2006, assinada pelo Presidente do Conselho, Professor Doutor Ricardo Motta Miranda, e considerando o que consta do processo nº 23083.012380/2006-51.
Artigo 14 do Decreto nº 3.591: "As entidades da Administração Pública Federal indireta deverão organizar a respectiva unidade de auditoria interna, com o suporte necessário de recursos humanos e materiais, com o objetivo de fortalecer a gestão e racionalizar as ações de controle."
Promover o desenvolvimento administrativo da UFRRJ através da auditoria preventiva e propositiva, assessorando a alta administração na busca da eficiência e eficácia organizacional.
Ser reconhecida pela sua excelência em eficiência, eficácia e efetividade no controle governamental.