O novo modelo setorial restringiu ou suprimiu funções tradicionalmente exercidas pela Eletrobrás. A criação do ONS consagrou a perda do papel da empresa como agente coordenador da operação do sistema elétrico brasileiro, desempenhada por intermédio do GCOI. Em março de 1999, o ONS tomou posse do Centro Nacional de Operação dos Sistemas (CNOS) e dos centros de operação das supridoras regionais do grupo Eletrobrás, assumindo de fato a coordenação da operação do SIN. Dois meses depois, o GCOI foi extinto.
O mesmo aconteceu com o GCPS, organismo colegiado dirigido pela Eletrobrás, responsável desde o início da década de 1980 pela execução dos planos de expansão do setor. Em seu lugar, o MME criou, em maio de 1999, o Comitê Coordenador do Planejamento da Expansão dos Sistemas Elétricos (CCPE). Em dezembro, o GCPS concluiu a elaboração do plano decenal de expansão 2000-2009, encerrando suas atividades. Diretamente vinculado ao ministério, o CCPE não chegou a constituir uma estrutura técnica capaz de levar a bom termo suas tarefas.
A permanência da Eletrobrás como agente financeiro do setor foi recomendada pelos consultores estrangeiros, considerando a experiência da estatal nesta área. A questão suscitou intensa disputa entre a holding e o BNDES, interessado em agregar o setor de energia elétrica às suas operações de financiamento da infra-estrutura. O banco assumiu, de fato, um papel cada vez mais importante como agente provedor de recursos de longo prazo para o financiamento do setor. Já a Eletrobrás, nos termos da Lei nº 9.648, ficou encarregada de contribuir para a expansão do sistema elétrico nacional, sob a forma de participação minoritária em empreendimentos e/ou constituindo um comprador de última instância através de contratos de aquisição de energia.
Em julho de 2000, a Eletrobrás assumiu o controle da Companhia de Geração Térmica de Energia Elétrica (CGTEE), proprietária de usina termelétrica Presidente Médici e de mais duas pequenas centrais térmicas no Rio Grande do Sul. Pertencentes anteriormente à CEEE, essas usinas haviam sido transferidas para a União em troca do pagamento de parte da dívida do governo gaúcho com o governo federal.
O posto de presidente da Eletrobrás durante o primeiro governo Fernando Henrique Cardoso foi ocupado pelos engenheiros Mario Fernando de Melo Santos, Antônio José Imbassahy da Silva e Firmino Ferreira Sampaio Neto, os dois últimos estreitamente relacionados ao senador Antonio Carlos Magalhães, líder do Partido da Frente Liberal (PFL). Mario Santos comandou a empresa de janeiro a maio de 1995, tornando-se mais tarde o primeiro diretor-geral do ONS. Antonio Imbassahy exerceu o cargo durante um ano, deixando a presidência da Eletrobrás em maio de 1996 para disputar, e vencer, as eleições à prefeitura de Salvador. Firmino Sampaio permaneceria à frente da holding até abril de 2001.