Após a extinção dos Homens de Sambaqui, os índios que viriam a dar origem à tribo Temiminé passaram a enterrar seus mortos nesses sambaquis, dentro de grandes potes de barro chamados igaçabas, juntamente com os pertences dos mortos. Na região de Iguape, inúmeros sambaquis ainda podem ser encontrados.
Em 1494, Portugal e Espanha assinaram o Tratado de Tordesilhas para dividir as terras “descobertas e por descobrir” por ambas as Coroas, fora da Europa. Foi traçada uma linha imaginária a 370 léguas de Cabo Verde. A região onde se situa Iguape ficava bem no limite do Tratado de Tordesilhas.
Acredita-se que desde 1498, já vivia, na região, o aventureiro espanhol Ruy Garcia Moschera, a quem é oficialmente atribuída a fundação do município.
O degredado português Cosme Fernandes, conhecido como “Bacharel de Cananeia”, também tornou-se uma figura poderosa na região, vindo a possuir muitos escravos e não prestando obediência à coroa portuguesa.