O intuito de cobrança desta taxa é para que a instituição consiga manter os dados referentes aos investimentos feitos, além de atualizá-los conforme necessário. Não há regra fixa, e cada instituição pode definir como a cobrança será feita, dentro de certos limites.
No entanto, no caso do Tesouro Direto (os títulos públicos voltados para Pessoas Físicas), existe uma regra: a Taxa de Custódia é paga semestralmente ao custodiante, no primeiro dia útil dos meses de janeiro ou julho.