Ainda, há a possibilidade e é algo recorrente na homologação dos acordos de colaboração o cometimento de crimes em distintas jurisdições territoriais.
Nesse sentido, poderá haver mais de um juiz competente para julgar o caso específico, sendo ideal que haja um acordo de colaboração negociado em conjunto por esses membros do Ministério Público nas diversas circunscrições judiciárias, possibilitando uma investigação mais efetiva na persecução penal (VERÍSSIMO, 2017, p. 122).
Há ainda os casos de modificação de competência, e questões relativas a conexão e continência processual. Nesse sentido aduz VERÍSSIMO (2017, p. 123):
a conexão e a continência têm por fundamento a necessidade de reunir delitos conexos ou diferentes agentes num mesmo processo, para julgamento simultâneo. Enquanto na conexão o interesse é probatório, na continência o que se pretende é manter a coerência diante de um mesmo fato praticado por duas ou mais pessoas. A colaboração premiada tem um efeito multiplicador de investigações preliminares, o que pode gerar novas colaborações, que levarão a mais investigações. Nesse quadro, a ideia de reunir delitos conexos num mesmo processo não é viável. A racionalidade da regra da conexão significa, então que as investigações e ações penais de delitos conexos sejam julgadas pelo mesmo juízo, em razão, principalmente, do conhecimento do material probatório e dos esquemas criminosos que se desvelam.