O Caçador de escravos - Debret Quase todas as ordens religiosas aceitaram, sem resistência, o papel de amansadora de indígenas para a incorporação na força de trabalho ou nas expedições armadas da colônia. Os Jesuítas, porém, arrependidos de seu papel inicial de aliciadores de indígenas para os colonos, inspirados na experiência dos seus companheiros paraguaios, quiseram pôr em prática, também no Brasil, um projeto utópico de reconstrução intencional da vida social dos indígenas destribalizados. As missões ou reduções jesuíticas, mais tarde seriam o alvo preferencial das bandeiras.
Antes ainda da chegada de Martim Afonso a São Vicente, em 1532, a caça ao indígena já era praticada na região. Os portugueses que aí se haviam estabelecido dedicavam-se ao resgate de escravos e prisioneiros de guerra das tribos com que tinham contatos amigáveis. Dois centros de tráfico se distinguiram: o de Tumiam, no antigo povoado que precedeu a vila de São Vicente, e o de Cananéia, tendo à frente Antônio Rodrigues e o célebre Bacharel, sendo que cabia a João Ramalho e seus mamelucos estabelecidos no planalto abastecer o primeiro daqueles entrepostos.
Os vicentinos souberam aproveitar as lutas dos tupiniquim com os carijó e tupinambá para ampliar o tráfico com os prisioneiros feitos nessas guerras, que "desciam para S. Vicente, então conhecido como 'boca do sertão' e 'porto dos escravos'". Incursionavam os colonos até às regiões de São Francisco do Sul e Laguna, despovoando-as de indígenas. Outros, ainda, buscavam os do Paraguai escambando-os com os espanhóis por ferro e outras mercadorias. À medida que São Paulo de Piratininga ia substituindo Santo André como ponto avançado de colonização do sertão, atiçava-se a resistência indígena à ocupação de suas terras. A reação de carijó e tamoio fazia com que se organizassem, a partir de São Paulo, expedições contra eles. Eram as chamadas "lutas defensivas" ou "guerras justas", que acabavam por "limpar" de indígenas as terras ao mesmo tempo em que justificavam sua escravização. Inúmeras arremetidas contra eles foram feitas nesse período pelos vales do Paraíba, Tietê, Moji Guaçu e alto do Paranapanema. Jerônimo Leitão, capitão-mor da Capitania de São Vicente (1571-1592), destacou-se na luta contra os tamoio no Rio de Janeiro e contra os tupiniquim e carijó no vale do Tietê. Em 1581, rumando em direção sudoeste, atravessou o Paranapanema e chegou até à região do Guayrá, onde realizaria novas incursões nos anos seguintes, de lá trazendo as primeiras levas de indígenas.