O INBEQMeDI contempla projetos colaborativos, focados no desenvolvimento de estudos estruturais e biológicos em alvos moleculares específicos em microorganismos e parasitas. Tais estudos estão associados a doenças infecciosas tropicais negligenciadas, visando ao desenvolvimento de novos candidatos a fármacos para o tratamento de doenças endêmicas como leishmaniose, esquistossomose, doença de Chagas e malária. Para isso, o INBEQMeDI utiliza uma abordagem multidisciplinar, incluindo a aplicação de técnicas de Biologia Molecular, Bioquímica, Biologia Estrutural, Química Medicinal baseada tanto em Produtos Naturais como Síntese Química, Imunologia Molecular, Biologia Celular e Farmacologia. Ainda, a integração e colaboração com o setor privado, particularmente com as empresas farmacêuticas e institutos de pesquisa no setor da saúde, são atividades intensas neste INCT. Estas atividades têm sua relevância evidenciada quando se constata a escassez de fármacos disponíveis para doenças tropicais, além da comum reemergência de doenças controladas devido à resistência aos tratamentos disponíveis.