As obras por que vem passando o prédio desde 1995, têm tido, pela primeira vez, um caráter de restauração, valorizando-se as várias etapas de sua existência: fundação, remodelação e momento atual. Durante esses trabalhos, tem sido possível resgatar elementos valiosos da construção original, como: partes do arco cruzeiro e dos degraus do presbitério da antiga igreja.
Por ocasião da morte do Padre Anchieta, o cortejo fúnebre foi acompanhado por mais de 3.000 índios, num percurso de 90 quilômetros, de Reritiba até Vitória – ES, e foi sepultado no Colégio São Tiago, atual Palácio Anchieta.
Atualmente, o Museu Histórico Nacional possui amplo acervo de bens patrimoniais, o conjunto arquitetônico, onde o Museu está instalado, é considerado como uma das mais importantes "peças" de seu acervo.
Sua origem remonta ao período em que o Brasil era colônia de Portugal e os franceses ainda disputavam com os portugueses a posse da Baía de Guanabara.
Após a expulsão dos franceses, os portugueses fundaram em 1565 a cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro, e, a partir daí, foram erguidas, em pontos estratégicos, fortificações que visavam conter a aproximação de novos invasores. Como forma de defesa, foi construído o forte de SÃO TIAGO ou Forte do Calabouço, como ficou sendo conhecido mais tarde quando passou a ser utilizado, no século XVII, como prisão de escravos.
Para abrigar o conjunto de armas (trem de artilharia) trazido de Portugal, o então vice-rei Gomes Freire de Andrade, conde de Bobadela, mandou construir em 1762, próximo ao forte de São Tiago, a Casa do Trem. Uma edificação pequena de três pavimentos em linhas arquitetônicas retas e fachada equilibrada.