Em 1942 Pe. Fernando recebeu da Santa Sé o título de Monsenhor. Neste mesmo ano, com a calamidade climática que atingiu a região sertaneja, ele criou a Casa dos Pobres, oportunidade em que o prédio adquirido na Rua Deodoro da Fonseca passou a atender as pessoas mais carentes. Transpondo vários obstáculos reformou a estrutura transformando-a em um pequeno hospital. Seus mais lembrados feitos são a composição do Hino de Nossa Senhora da Guia e construção da atual Igreja Catedral de Patos.
Aos 09 de janeiro de 1943, Monsenhor Fernando Gomes dos Santos foi eleito por Sua Santidade o Papa Pio XII, Bispo Diocesano de Penedo-AL. Recebeu a sagração episcopal no dia de seu aniversário na Igreja por ele construída em sua terra natal em cerimônia presidida por Dom Moisés Coelho (Arcebispo da Paraíba) e, conforme antiquíssima tradição do Pontifical Romano, concelebrada por Dom Mário de Miranda Vilas Boas (Garanhuns-PE), Dom João da Mata Amaral (Manaus-AM), Dom José Tomaz Gomes da Silva (Aracaju-SE) e Dom José de Medeiros Delgado (Caicó-RN).
Em 1949 o mesmo Papa Pio XII o nomeou Bispo Diocesano de Aracaju-SE, onde se destacou com sua atuação marcante no campo social, nas vocações e na Ação Católica. Em 1952, Dom Fernando Gomes teve participação ativa, juntamente com Dom Hélder Câmara, na criação da Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB).
Em 1957 Dom Fernando foi nomeado 1º Arcebispo Metropolitano de Goiânia-GO. Na recém-criada Arquidiocese, ele lançou uma revista periódica, intitulada “A Verdade nos Libertará”, promovendo uma divulgação ampla do trabalho de evangelização e promoveu a circulação diária do Jornal “Brasil Central”. Em 1958 fundou a Rádio Difusora de Goiânia e a Universidade Católica do Estado de Goiás, a primeira instituição de ensino superior da região.