O conto se passa na cidade de Itaguaí, em tempos remotos, e é iniciado pela apresentação de Simão Bacamarte "filho da nobreza da terra e o maior dos médicos no Brasil" e, logo de início expõe uma situação singular: a escolha da esposa D. Evarista, que não era bonita nem simpática, mas que, segundo Bacamarte "reunia condições fisiológicas e anatômicas de primeira ordem (...) apto para dar-lhe filhos robustos" (p.10). Dizia ainda o médico que estava agradecido pela feiúra da esposa, pois não corria o risco de preterir os interesses da ciência na contemplação exclusiva da consorte. Apesar do diagnóstico D. Evarista não lhe deu filhos, assim, o médico pôde mergulhar no estudo da medicina, especificamente no exame da patologia cerebral. Como era uma ciência quase inexplorada, Simão imaginou que a ciência brasileira poderia cobrir-se de "louros imarcescíveis" (p.11). Chegando a tais conclusões, decide abrir um asilo: a Casa Verde, que, em apenas quatro meses já era uma povoação, tamanha a quantidade de "loucos" ali abrigados. Os outros habitantes da cidade, liderados pelo barbeiro Porfírio Caetano das Neves (que ansiava tornar-se senhor de Itaguaí, demolindo a Casa Verde, derrocando a influência do alienista e apoderando-se da Câmara) manifestaram sua revolta pedindo a cabeça do médico. Bacamarte, seguro de si, aparece à janela e profere um discurso dizendo que não daria razão de alienista seus atos a ninguém, salvo aos mestres e a Deus. A multidão fica atônita, e a revolta esfria. O barbeiro, contudo, consegue tornar-se o senhor de Itaguaí, ainda que por pouco tempo, pois logo em seguida é substituído por João Pina (o barbeiro concorrente), e entregue à Casa Verde. Até mesmo D. Evarista foi parar no hospício devido a uma certa obsessão por roupas e jóias que o alienista chamou de "mania sumptuária" (p.65). Quando a quantidade de internos da Casa Verde já contava com 4/5 da população de Itaguaí, Bacamarte os liberta sob a alegação de que mudara sua teoria, e, a partir de agora, normal seria o indivíduo com desequilíbrio das faculdades, enquanto que os loucos seriam os equilibrados. Foi então autorizado que o alienista recolhesse ao asilo as pessoas com perfeito equilíbrio das faculdades mentais. Bacamarte pôs-se a trabalhar no sentido de curá-los das várias moléstias: humildade, inteligência, etc. Cada beleza moral era atacada. Por fim, quando todos foram curados e não restava mais ninguém na Casa Verde, Simão convoca seus amigos e lhes pergunta se não viam nele algum defeito. Como a resposta foi não, o alienista se internou no asilo e lá morreu, sendo enterrado com toda a pompa.
· O autor e a escola literária
Joaquim Maria Machado de Assis nasceu em 21 de julho de 1839. Mestiço, epiléptico, de origem humilde, foi um polígrafo autodidata, que ganhou fama com seus contos e romances, principalmente os vinculados ao Realismo-Naturalismo. Em seus textos, Machado faz análises críticas e, por vezes, sarcásticas das almas, valores, intenções e sentimentos, desnudando seus personagens e trazendo à superfície todas as mesquinharias do comportamento humano. Sua produção literária divide-se em duas fases: a primeira, romântica, com criações como Ressurreição, A mão e a Luva, etc. A segunda, ousadamente realista-naturalista, com Memórias Póstumas de Brás Cubas, Dom Casmurro, O Alienista.
O Realismo-Naturalismo chegou ao Brasil em 1881, com a publicação de Memórias Póstumas de Brás Cubas, de Machado de Assis, e O Mulato, de Aluísio Azevedo. A partir daí a literatura passa por uma transformação. Ao contrário do escapismo e do apelo ao sonho do romantismo, surge uma literatura mais comprometida com a realidade, mais "pé no chão", objetiva e impessoal, que leva em conta a análise psicológica e sociológica do indivíduo.
No conto O Alienista, Machado faz críticas a sociedade, sempre movida por interesses mesquinhos, através de personagens como o boticário Crispim Soares, o barbeiro Porfírio, entre outros. Mas não pára aí. O autor também faz uma dura crítica ao cientificismo, tão em voga nesta época. O personagem principal, o alienista Simão Bacamarte, a procura da verdade científica, ora prende qualquer indivíduo que ele julgue ter algum distúrbio mental, totalizando mais de 80% da população da cidade, ora solta todos eles e afirma que os loucos, na verdade são aqueles que não têm nenhum distúrbio mental, e se põe a prender todos os sãos da cidade. Por fim, ele mesmo se interna e lá morre, a procura, talvez, de um remédio que combata a perfeição. Em nome da ciência, Simão, com seus discursos arrogantes, promove tumulto na cidade e comete grandes injustiças.