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O Jardim Botânico do Rio de Janeiro foi criado em 13 de junho de 1808 pelo príncipe regente d. João. Instituído no âmbito do Ministério dos Negócios Estrangeiros, com a função inicial de aclimatar as especiarias vindas das Índias Orientais e introduzir novas plantas na colônia, após a Independência, em 1822, ficou vinculado ao Ministério do Império.
Só em 1824, depois de 16 anos, teve o primeiro diretor com formação em botânica, o cientista Frei Leandro do Sacramento. Formado em filosofia e membro de academias de ciências na Europa, Frei Leandro, cuja gestão foi de 1824 a1829, levou o Jardim Botânico a ser reconhecido internacionalmente, tendo promovido o intercâmbio científico com instituições estrangeiras e também incrementado a função agrícola da instituição.
A partir de 1860, a instituição ficou subordinada ao Imperial Instituto Fluminense de Agricultura, quando foram priorizadas as pesquisas agrícolas e agronômicas em lugar das investigações botânicas. Em 1869 era lançada a Revista Agrícola do Imperial Instituto Fluminense de Agricultura, primeira revista para a divulgação da ciência agrícola brasileira, que circulou até 1891.
Em 1890, o Jardim Botânico foi desvinculado do Imperial Instituto Fluminense de Agricultura, ficando diretamente subordinado ao Ministério da Agricultura, Comércio e Obras Públicas. Seu primeiro diretor nessa nova fase, nomeado nesse mesmo ano, foi o cientista botânico João Barbosa Rodrigues. Ele fortaleceu a pesquisa botânica da flora brasileira, que até então era desvinculada, na instituição, da pesquisa agronômica. Barbosa Rodrigues é autor de algumas das mais relevantes publicações científicas sobre botânica do país e responsável pela publicação do periódico Contributions du Jardin Botanique de Rio de Janeiro, que circulou de 1901 a 1909 e integrou o acervo apresentado pelo Brasil na Exposição Nacional de 1908, realizada no Rio de Janeiro. Em 1909, o Jardim Botânico passou a integrar o Ministério da Agricultura, Indústria e Comércio (criado em 1906), com novas atribuições, como a de ser o repositório da flora brasileira e manter um instituto de pesquisa científica sobre plantas úteis e suas aplicações. A partir de então os estudos elaborados pelos pesquisadores da instituição foram divulgados no Boletim do Ministério da Agricultura, Indústria e Comércio, publicado de 1912 a 1930.
Em 1915, a direção do Jardim Botânico passou ao cientista Antônio Pacheco Leão, que incrementou as atividades de pesquisa na instituição e o intercâmbio com instituições e cientistas estrangeiros. Durante sua gestão, as investigações realizadas na instituição levaram o Jardim Botânico à liderança da pesquisa científica nacional sobre a flora brasileira. Já no primeiro de sua gestão, Pacheco Leão lançou o periódico científico Archivos do Jardim Botânico, o primeiro do país voltado exclusivamente para a botânica. Sua finalidade principal era a divulgar os trabalhos produzidos pelos pesquisadores da
instituição. Com a Revolução de 1930, o Ministério da Agricultura, Indústria e Comércio foi extinto e em seu lugar foram criadas duas novas pastas, o Ministério do Trabalho, Indústria e Comércio e o Ministério da Agricultura. A instituição, nesse mesmo ano, ainda sob a gestão de Pacheco Leão, passou a integrar o Ministério da Agricultura. Em 1934, ficou subordinada ao Instituto de Biologia Vegetal (IBV), entidade de pesquisa pura, responsável pelo lançamento do periódico científico Archivos do Instituto de Biologia Vegetal, que circulou de 1934 a 1938 e se destinava a publicar trabalhos originais realizados por cientistas e técnicos do instituto e de outras instituições.
Em 1935, foi lançada a revista Rodriguésia, publicada pelo Jardim Botânico em parceria com o IBV e a Estação Ecológica de Itatiaia. Esse periódico tinha, inicialmente, o objetivo de divulgar a pesquisa científica para o público leigo. A partir de 1947, começou a divulgar exclusivamente trabalhos originais e, após a interrupção da publicação dos Arquivos do Jardim Botânico do Rio de Janeiro em 1996, tornou-se o único periódico científico da instituição.
Subordinado diretamente ao Serviço Florestal a partir de 1938, o Jardim Botânico iniciou a publicação de sua produção científica nos Arquivos do Serviço Florestal, publicação editada por esse instituto entre 1939 e 1957. Esse título veio substituir o periódico Archivos do Instituto de Biologia Vegetal, com os mesmos objetivos do título anterior, isto é, a publicação de trabalhos originais realizados por técnicos do instituto e por cientistas externos à instituição.
O botânico João Geraldo Kuhlmann, um dos grandes nomes da botânica brasileira e dirigente do Jardim Botânico de 1944 a 1951, foi homenageado pela instituição com a inauguração do Museu Kuhlmann, em 1960. Esse museu foi responsável pela criação do Boletim do Museu Botânico Kuhlmann (1978 a 1985), destinado a difundir a vida e a obra desse naturalista e também os estudos realizados pelos pesquisadores da instituição.
Em 2001, o Jardim Botânico do Rio de Janeiro passou a ser autarquia federal vinculada ao Ministério do Meio Ambiente (MMA). Hoje a instituição é referência nacional em pesquisas para a conservação da biodiversidade e preservação do meio ambiente, bem como no ensino e pesquisas científicas sobre a flora brasileira. O Jardim Botânico tem estreito vínculo com as políticas e ações ambientais do país e executa várias atribuições designadas pelo MMA, destacando-se o estudo e conservação das espécies vegetais, em especial as ameaçadas de extinção, os inventários florísticos de áreas prioritárias para conservação e a geração, manejo e disseminação de informações sobre a conservação da biodiversidade no âmbito nacional. As ações institucionais do JBRJ não só atendem as demandas do governo, nas esferas federal, estadual e municipal, como promovem o desenvolvimento de atividades de pesquisa e ensino, gerando, ampliando e divulgando o conhecimento científico sobre a biodiversidade brasileira.
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