Para auxiliar a criança a enfrentar os primeiros desafios do Ensino Fundamental, o Colégio Santa Cecília reforça o vínculo estabelecido com as famílias, aliando a conquista do conhecimento e o desenvolvimento de competências à vivência de valores éticos e morais.
Nos anos iniciais (1.°, 2.° e 3.°), os alunos contam com uma docente polivalente e, a partir do 4.° ano, as turmas começam, gradativamente, a experimentar a rotina do Ensino Fundamental II, com professores específicos para determinadas disciplinas. Assim como na Educação Infantil, as aulas de Língua Inglesa, Informática, Educação Física e Arte são ministradas por educadores com formação específica.