O fruto é um hesperídio oblongo, ovado ou globoso, raramente piriforme, de até 30 cm de diâmetro, estreitando em direcção ao extremo estilar, com o estilete bem marcado e por vezes permanecendo no fruto maduro (constituindo o pitom do etrog). No entanto, o formato do fruto da cidra é bastante variável, diferindo grandemente entre espécimes e mesmo num mesmo espécime, devido à grande quantidade de albedo, que se forma em função da posição dos frutos na árvore, orientação do ramo e muitos outros factores.
O fruto é recoberto por uma casca grossa, frequentemente rugosa, carnuda e aderente ao endocarpo, de coloração amarela ou verdosa, com glândulas oleosas pequenas. A parte interna é espessa, branca e dura; o exterior é uniformemente fino e muito perfumado. A polpa geralmente é ácida, mas também pode ser doce, existindo algumas variedades que são totalmente desprovidas de polpa. Apresenta 10 a 15 carpelos, firmes, pouco sumarentos, doces ou ácidos segundo a variedade.
A maioria das variedades de cidra contém um grande número de sementes pequenas, monoembriónicas, lisas, brancas com camadas internas escuras e manchas de calaza avermelhadas nas variedades ácidas e incolores nas doces. Algumas variedades de cidra possuem estiletes persistentes que não caem após a fecundação. Esses são geralmente preferidos para uso ritual como etrog no judaísmo.
Algumas cidras apresentam grandes oleoplastos que formam bolhas de óleo de grande tamanho na superfície externa da casa, medialmente distantes umas das outras. Algumas variedades são estriadas e ligeiramente verrugosas na superfície externa. Uma variedade de cidra apresenta o fruto em forma de dedos, sendo conhecida por cidra-mão-de-buda.
A coloração do fruto varia de verde, quando imaturo, a amarelo-alaranjado quando demasiado maduro. A cidra não cai da árvore e pode chegar a pesar 4–5 kg se não for colhida antes de estar totalmente madura.[6][7] No entanto, os frutos devem ser colhidos antes do inverno, pois os podem podem dobrar ou quebrar para o chão e os frutos podres podem causar doenças fúngicas para a árvore.
A espécie é muito vigorosa, não apresentando períodos de dormência significativos, florescendo várias vezes por ano, sendo por isso frágil e extremamente sensível às geadas.[8]
Apesar da grande variedade de formas assumidas pelo fruto, as variedades e cultivares de cidra estão todas intimamente relacionadas geneticamente, representando uma única espécie.[9][10]