Os órgãos de deliberação superior da Embasa estão definidos em seu estatuto social.
A administração desta empresa de grande porte segue o princípio da descentralização geográfica. A presença da Embasa, , acontece por meio de 19 unidades regionais (URs), sendo seis na região metropolitana de Salvador e 13 no interior, além de vários escritórios locais nos municípios do interior.