Outro entrave à expansão do mercado é a instabilidade regulatória. Há frequentes disputas jurídicas entre governo, ANP e produtores de biodiesel.
O último leilão, por exemplo, o L75, deveria ter sido realizado para atender uma mistura obrigatória em vigor no país de 12% de biodiesel no diesel, mas devido a uma alegada falta de matéria-prima, o governo determinou a redução provisória no "blend" para 10%, o que irritou as empresas produtoras do biocombustível.
Os produtores negociaram toda a oferta, e agora há uma expectativa por um certame complementar para atender o consumo do Brasil no bimestre setembro e outubro, mas a ANP não confirma. Enquanto isso, o Projeto de Decreto Legislativo PDL 371/20 suspendeu a vigência da resolução da ANP e o percentual da mistura deve voltar a 12% nos meses de setembro e outubro deste ano.
A ANP já chegou a cancelar certames por causa de reclamações de preços elevados por parte de distribuidoras. Isso porque mais de 70% do biodiesel brasileiro é produzido a partir de óleo de soja, oleaginosa que vem sendo muito demandada para a exportação neste ano, principalmente pela China.
Juntamente com o câmbio, isso tem elevado os custos do setor de biodiesel, o que acaba impactando as distribuidoras.