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O Projeto Mamíferos Marinhos foi criado em 1988 com objetivo de Proteger os Mamíferos Marinhos e seus ecossistemas no Litoral Sul do Brasil através de ações em Pesquisa, Monitoramento e Educação Ambiental.
ABaleia Franca (Eubalaena australis) migra para o litoral Sul do Brasil em períodos de reprodução e criação de filhotes (inverno e primavera) onde, seu principal ponto de concentração é a Ilha dos Lobos. Dóceis e lentas, apresentam calosidades na cabeça.
O Boto (Tursiops truncatus) durante todo o ano pode ser avistado nas desembocaduras dos rios Mampituba e Lagoa dos Patos em busca de cardumes de peixes.
A lontra (Lutra longicaudis) ocorre em uma grande variedade de habitats como arroios e banhados e os oceanos associados a lagoas costeiras.
Já o lobo marinho do peito branco (Arctocephalus tropicalis) é habitante das ilhas isoladas subantárticas e ocasionalmente, durante deslocamentos erráticos, aparecem no litoral Sul
Para estudo e proteção destas espécies, o IBAMA criou em 1988, junto com o Núcleo de Monitoramento Ambiental do Rio Grande do Sul - NEMA, o Projeto Mamíferos Marinhos do Litoral Sul. Este Projeto tem atribuições de monitoramento das duas áreas: comportamento, alimentação, abrangência, marcação e interações com a pesca e de ações de Educação Ambiental junto às comunidades.
Em 1992, o Projeto implantou o "Programa de Conservação dos Pinípedes", leões e lobos marinhos. À exemplo do que já ocorre na Ilha dos Lobos, foi criada uma Unidade de Conservação no Molhe Leste da Barra do Rio Grande. Isso significa que a área está protegida legalmente já que, a espécie está incluída na Lista Oficial da Fauna Ameaçada de Extinção como "insuficientemente conhecida e presumivelmente ameaçada de extinção"; e há Portarias proibindo a perseguição, caça, pesca ou captura de pequenos cetáceos, Pinípedes e Sirênios, nas águas sob jurisdição nacional.
A população de Pinípedes está estimada em cerca de 320 mil leões marinhos e 2 milhões de lobos marinhos.