No território de atuação do Programa Gigante Guarani estão presentes dois biomas concomitantemente: o Cerrado Paulista e a Mata Atlântica. Esta situação denota que esta região está inserida numa zona de Ecótono, ou seja, zona de contato entre diferentes biomas, incluindo suas áreas de transição.
O bioma Cerrado, em termos gerais, é uma formação vegetal com grande biodiversidade. Conhecido como a savana brasileira, é o segundo maior bioma do Brasil e da América do Sul. Está localizado em uma área com grande potencial aquífero e diversos tipos de vegetações. Abrange cerca de 22% do território brasileiro, o que equivale a 200 milhões de quilômetros quadrados. Os estados do Brasil abrangidos pelo Cerrado são: Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Tocantins, Minas Gerais, Bahia, Maranhão, Piauí, Rondônia, Paraná, São Paulo e Distrito Federal, além de alguns encraves (terreno dentro de outro) no Amapá, Amazonas e Roraima. Compreende também territórios do nordeste do Paraguai e do leste da Bolívia.
É o Bioma mais degradado por práticas de agricultura convencional, mineração e desmatamento. O Cerrado Paulista, possui uma área remanescente estimada em menos de 1%, mas apresentando manchas significativas na sua área de abrangência. O desmatamento intenso provoca o assoreamento das áreas das bacias hidrográficas, o que acarreta contaminação das águas, principalmente em virtude do uso excessivo de agrotóxicos nas plantações.
Possui grande biodiversidade contando com cerca de 11 627 espécies nativas, das quais 4400 são endêmicas, ou seja, existem apenas em um determinado local.
Há um diversificado número de espécies animais, dos quais se destacam os insetos. Encontra-se no Cerrado: lobo-guará, jararaca, veado-campeiro, anta, tatu, cachorro-do-mato, papagaio, seriema, tucano, ema, tamanduá-bandeira, onça-pintada, entre outros.
Devido à grande biodiversidade e estar localizado em uma região de extremo potencial aquífero, abastecendo diversas bacias hidrográficas, abrigando diversas populações, a conservação desse bioma é de extrema importância.
O bioma Cerrado compreende uma área formada por diversas bacias hidrográficas e por grandes aquíferos, representando cerca de 8% da disponibilidade de água a nível nacional.