O Instituto de Energia e Ambiente da USP mantém sob sua responsabilidade dois Programas de Pós-Graduação, em nível de excelência na CAPES, que contribuem diretamente para o desenvolvimento do ensino e da pesquisa no país. Os Programas de Pós-Graduação em Ciência Ambiental (PROCAM), conceito 7 e, em Energia (PPGE), conceito 6 na CAPES, formam doutores e mestres anualmente, assim como abrem processos seletivos para ingresso de novos alunos para os Cursos de Mestrado, todos os anos e, Doutorado, semestralmente.
O Ensino no Instituto está, administrativamente, sob os cuidados dos Serviços de Graduação e Apoio Acadêmico e de Pós-Graduação, ambos supervisionados pela Divisão Acadêmica do IEE.