Embora os daimyos não fossem oficialmente taxados com impostos, eram regularmente taxados com contribuições para o apoio logístico, militar e, para obras públicas, como: castelos, palácios, estradas e, pontes. Os vários regulamentos e taxações não só fortaleciam os Tokugawa, mas também esgotavam as riquezas dos daimyos, consequentemente diminuindo a ameaça para a administração central. Os hans, que no passado eram domínios altamente militarizados, tornaram-se meras unidades administrativas. Os daimyos tinham total controle administrativo sobre suas terras e seu complexo sistema de serventes, burocratas e cidadãos. Foi exigida lealdade das fundações religiosas, que já tinham tido seu poder enfraquecido por Nobunaga e Hideyoshi, através de uma variedade de mecanismos de controle.
Como Hideyoshi, Ieyasu encorajou o comércio exterior, mas também não confiava em estrangeiros. Ele queria fazer de Edo uma grande cidade portuária, favorecendo seus portos, mas a partir do momento que ele observou que os europeus favoreciam portos em Kyushu e que a China havia rejeitado seus planos para estabelecer um comércio oficial, ele agiu para tomar controle do comércio existente e permitiu que somente certos portos manejassem tipos específicos de mercadoria.
O início do período Edo coincide com a última década do período de Comércio Nanban, durante o qual uma intensa interação com os poderes europeus ocorrera tanto a nível econômico quanto religioso. Foi no início do período Edo que o Japão construiu seu primeiro navio de guerra em estilo ocidental com capacidade de navegação oceânica, como o San Juan Bautista, um navio estilo galeão de 500 toneladas que transportou uma embaixada japonesa comandada por Hasekura Tsunenaga para as Américas e depois para a Europa.