No dia 14 de abril de 2016, lembrou o MST, um colegiado de três juízes, tendo a presidência cabeça o juiz da Comarca de Santa Helena de Goiás (GO), expediu mandado de prisão contra os pequenos agricultores Luiz Batista Borges, Diessyka Santana e Natalino de Jesus, integrantes do acampamento Padre Josimo, e contra José Valdir Misnerovicz, conhecido nacional e internacionalmente como militante e defensor da Reforma Agrária. Luiz foi preso ao atender convite para prestar esclarecimentos na delegacia local.
Pela primeira vez, o MST foi enquadrado na Lei nº 12.850/2013, que tipifica as organizações criminosas.
A decisão judicial refere-se à ocupação por mais de 1.500 famílias ligadas ao MST de uma parte da Usina Santa Helena, em recuperação judicial. A usina faz parte do grupo econômico NAOUM, que está sendo processado por ocultação de documentos e equipamentos de informática com a finalidade de apagar provas de fraudes e de descumprimento das obrigações trabalhistas. Há mais de duas mil ações trabalhistas em curso contra o grupo. Os trabalhadores desempregados têm feito constantes manifestações contra a usina.
Os antigos administradores, Monir Naoum, Willian Naoum e Georges Naoum, foram condenados pela prática do crime de apropriação indébita de contribuições sociais, pois descontavam dos funcionários as contribuições devidas e não as repassavam aos cofres públicos, segundo relatos do MST.