De acordo com Lafer, os acordos internacionais de cooperação mantidos atualmente pela FAPESP permitem tanto o apoio ao intercâmbio entre pesquisadores e à organização de reuniões científicas com universidades e instituições de pesquisa quanto o financiamento a projetos de pesquisa selecionados pela Fundação e por uma instituição parceira de fora do país, seja uma agência de fomento ou uma empresa.