Neste episódio, Elizabeth, o Capitão Barbossa (que retornara dos mortos por uma feitiçaria de Tia Dalma) e Will partem rumo à Singapura, a fim de obter do pirata São Feng um valioso mapa para resgatar Jack Sparrow dos domínios de Davy Jones. A viagem ao fim do mundo não é fácil e a tripulação de São Feng planeja trair Barbossa, com a ajuda de Will que precisa do Pérola Negra para resgatar seu pai (O Pérola e o único navio capaz de fazer páreo ao Holandês), e entregar Jack a Lord Beckett, que não pretende ajudar pirata algum muito menos São Feng. Mas quando vê que é traído por Beckett (que prometera entregar o Pérola Negra a ele), São Feng aceita a proposta de Barbossa de libertar a deusa Calipso, que esta o tempo todo ao lado deles na forma da "Tia Dalma" de Jack, porem pede que possa levar Elizabeth com ele pois está convencido que a moça é a deusa Calipso.
Começa uma rebelião e enquanto Jack negocia com Beckett, Barbossa ataca o navio de Beckett é Barbossa e Jack (que prende Will, como traidor) levam o Pérola Negra à Ilha dos Naufrágios (Shipwreck Island) e Feng faz o mesmo mas por outro caminho, porem é pego de surpresa pelo Holandês Voador e quando está prestes a morrer nomeia Elizabeth capitã e faz dela um dos nove lordes piratas. James Norrington, agora almirante, ajuda Elizabeth (que a beija) mas recusa a fugir com ela, então ele é morto, pelo pai de Will, então Davy começa a pensar que uma revolta não é algo impossível e deixa claro a Will (que fugiu do Pérola e se uniu a eles) que logo tudo mudaria e ele não deveria ser arrogante, o fato é que Will agora estava do lado da Companhia das Índias Orientais e tinha o status de traidor.
Os piratas se reúnem e decidem lutar contra o inimigo, mas para isso elegem Elizabeth (graças a Jack) rainha dos piratas, e decidem seguir seu código de honra assegurado pelo Capitão Teague (interpretado por Keith Richards), pai de Jack, e lutar contra Davy Jones.
Eles libertam a deusa Calipso (que estva aprisionada em Tia Dalma) mas ela recusa ajudá-los, então ela faz um grande redemoinho e o Pérola Negra e o Holandês Voador começam a lutar no redemoinho. O Pérola Negra resiste aos ataques do Holandês Voador, neste momento Jack rouba o coração de Davy Jones e está prestes a apunha-lo quando Jones mata Will como vingança, esperando que Jack se assuste Jones é distraido pela fúria de Bootstrap, pai de Will, então Jack ajuda Will a apunhalar o coração e Will torna-se assim o capitão do Holandês Voador, ajudando ao Pérola Negra a vencer o navio de Lord Beckett, que morre queimado. Depois da batalha Will sabe que deve seguir seu destino como capitão do holandês voador, e após um dia um uma ilha com Elizabeth, Will entrega seu coração dentro de um baú para Elizabeth e diz que ele sempre será seu, e sai rumo ao mar. Elizabeth e Will estão assim casados e o tempo passa, Jack é deixado para trás novamente mas leva consigo o mapa de Sao Feng e vai em busca da Fonte da Juventude para se tornar imortal. Esta aventura será em princípio relatada no quarto filme dos Piratas do Caribe (Piratas do Caribe: Navegando em Águas Misteriosas).