Em 1872, Henrique Bauer casou-se, em Iporanga (SP), com Joana Dias Bauer, filha de João Paulo Dias, de tradicional família daquela cidade. O sogro era dono de minas de chumbo em Iporanga, tendo falecido de febre amarela no Rio de Janeiro em 1873 quando encontrava-se na Corte para tratar de assuntos referentes a essas minas.
Ao decidir transferir-se ao Vale do Ribeira, Henrique Bauer se estabeleceu inicialmente em Jaguari (depois Itauna e atualmente Itapeuna), em Xiririca, primitivo nome do município de Eldorado (SP). Naquela modesta povoação, rodeado por cerca de uma dúzia de pequenos ranchos, Henrique Bauer viveu isolado do mundo, dedicando todo o seu tempo livre a estudos científicos. (2)