A Reforma Protestante deixou um grande legado às gerações seguintes. O sistema representativo de governo eclesiástico, ou seja, o modelo presbiteriano implantado por João Calvino para administrar a igreja foi o mesmo adotado por países que aboliram regimes imperialistas e autocráticos. Outros benefícios foram conquistados:
aboliram-se as missas realizadas em latim, surgindo uma nova liturgia baseada exclusivamente nas Escrituras, cujo culto passou a ser celebrado na língua de cada povo;
a Bíblia Sagrada passou a ser publicada em vários idiomas e a sua leitura comum a todos os crentes;
a Bíblia Sagrada assumiu lugar de destaque na vida da igreja, como única regra de fé e prática;
aboliu-se a penitência e o pagamento de indulgências para a remissão de pecados, restabelecendo a obra salvífica de Jesus Cristo em favor do pecador e a manifestação da graça de Deus;
enfatizou-se a fé como meio de graça para a obtenção da salvação em Cristo Jesus;
estabeleceu-se uma igreja cristocêntrica onde Cristo é o pastor por excelência, a quem todo o crente tem acesso livre, sem qualquer restrição ou interferência sacerdotal.