Animado com o sucesso como docente, decidiu deixar a carreira jurídica. Concorreu à cadeira de lógica no Colégio D. Pedro II. Passou em primeiro lugar, mas Euclides da Cunha, o candidato classificado em segundo no concurso e protegido do Barão do Rio Branco, é nomeado. Entretanto, a morte trágica de Euclides da Cunha faz-lhe insistir na vaga, sendo nomeado para a disciplina que seria extinta três anos depois por uma reforma educacional que extinguiu a filosofia e a lógica.
No Rio travou amizade com Jackson de Figueiredo (1891 — 1928). Ele em 1916 escreveria a primeira avaliação acadêmica da obra do amigo: Algumas reflexões sobre a filosofia de Farias Brito, publicada pela Revista dos Tribunais em 1919.
Tentou, sem sucesso, uma vaga na Academia Brasileira de Letras. Morreu de tuberculose em 1917 aos 55 anos.
O método de Farias Brito é sistemático. Partindo de questões fundamentais, analisa várias alternativas em filosofia, apontando suas limitações e potencialidades, para então apresentar seu pensamento original. Vale ressaltar que nesse método valoriza a introspecção e a intuição. Para o autor, a busca pela verdade é totalizante e existencial: nesse processo de busca, o sujeito é afetado.
Com uma familiaridade profunda com os textos filosóficos de seu tempo e da história do pensamento, enxergava na filosofia a busca de sentido moral para a vida.
Desconfiado do progressismo otimista da virada do século, propunha que esses sistemas de pensamentos eram incompletos para reformar o homem. As mudanças deveriam não vir por ideologias ou mesmo pela religião, mas por uma reforma moral interior mediante a filosofia. As questões metafísicas deveriam sim ser abordadas, sem um desprezo cientificista ou dogmático. A filosofia serviria para mediar as interações produtivas e conciliatórias entre ciência, arte e religião.
Farias Brito resgata a noção socrática de filosofia como o amor à sabedoria. A disciplina, não seria um mero método de compreensão do mundo, seria antes um meio de ligar o conhecimento à moral.