Em 3 de julho de 1611 foi promulgada uma lei declarando os aborígines livres do cativeiro. Por causa dessa lei, os embates entre os capturadores de índios e os jesuítas se acirrou e eclodiu em um grande conflito em 1612, em que os jesuítas viram-se ameaçados de expulsão do seu colégio.
Em 1619, a Câmara instalou-se em prédio próprio, comprado de Francisco Roiz Velho, localizado, provavelmente, na Rua São Bento.
No século XVII, São Paulo havia se tornado um expressivo centro produtor de gêneros agrícolas, que utilizava farta mão-de-obra escrava. Com a mortandade de índios no século XVI, aumentou a necessidade de buscar braços em regiões cada vez mais distantes. Os escravos índios eram chamados de "negros da terra".
A posição da monarquia portuguesa era ambígua: em alguns momentos, proibia; em outros, tolerava a escravidão indígena.
A maior oposição à escravidão dos índios vinha dos jesuítas, que por sua vez tentavam inseri-los no cotidiano dos aldeamentos, onde seriam levados a viver de acordo com os modelos europeus de agricultura e pecuária.
Na Câmara Municipal de São Paulo, os vereadores nem sempre concordavam a respeito da situação dos índios. Entretanto, por sua própria composição, prevaleceu a posição favorável aos colonos, contra os jesuítas.
Na década de 1640, ocorria na vila de São Paulo um conflito entre duas famílias dominantes, os Pires e Camargo, em uma disputa de poder que durou anos, envolvendo o comando da Câmara Municipal e o controle da grande quantidade de índios na vila, principalmente após a expulsão dos jesuítas.
Em um clima de instabilidade social, ambas os lados mobilizaram homens, incluindo muitos índios, em verdadeiras batalhas campais, cujo auge foi a década de 1650.
Diante dessa situação, o governador geral sancionou uma concordata em 1655, propondo a alternância das duas famílias no controle da Câmara Municipal. A paz entre as duas facções foi firmada apenas em 1660