A Associação também teve forte atuação na reforma do Poder Judiciário, elaborando, com a participação de vários juízes, um projeto de reforma que foi apresentado à Comissão de Constituição e Justiça e de Cidadania (CCJ) da Câmara dos Deputados. A entidade também lutou contra o aumento de poderes do Conselho da Justiça Federal – CJF e contestou, no STF, o critério de ocupação no STJ da vaga destinada a juízes federais. Foram criados, ainda, vários projetos, como o Cidadania também faz escola, o Fórum da Cidadania e o Ver Direito.
Em junho de 2010, o juiz federal Gabriel Wedy assumiu a Presidência da Ajufe. A gestão notabilizou-se pela defesa da independência da magistratura e da democracia interna, com mais de 20 consultas diretas aos associados sobre temas relevantes e realizou ampla reforma estatutária, com a criação do Colégio de Delegados, de Associações Regionais e de Ex-Presidentes. Foi uma gestão que estimulou a ampla participação do associado o que culminou, após diversas mobilizações, em duas conquistas importantes para a carreira e sociedade, a simetria constitucional com o Ministério Público junto ao Conselho Nacional de Justiça e a aprovação em tempo recorde no Congresso Nacional de Projeto de Lei responsável pela estruturação da segunda instância dos juizados especiais federais com a criação de 225 cargos de juiz federal que teve como resultado direto uma justiça mais célere ao jurisdicionado, em especial ao cidadão de mais baixa renda nos processos previdenciários e atinentes ao direito à saúde. A entidade também teve participação marcante nos grandes debates nos Tribunais Superiores, Conselho Nacional de Justiça, Conselho da Justiça Federal e no Congresso Nacional na defesa de uma justiça mais acessível, ágil, democrática e implacável contra a corrupção. A gestão também defendeu a ampliação da segunda instância da justiça federal com a finalidade de evitar o congestionamento de processos e a competência da justiça federal para o julgamento de processos eleitorais.
O juiz federal Roberto Carvalho Veloso assumiu a presidência da Associação em junho de 2016, para o biênio 2016-2018. Durante o período, as principais lutas foram em torno da valorização da magistratura, o fortalecimento e independência do Poder Judiciário e a busca por uma reforma previdenciária digna, diferente daquela proposta pelo Governo Federal à época. O enfrentamento à corrupção, por meio da Operação Lava Jato, também teve o apoio incondicional da AJUFE. Outra questão defendidaspela gestão foi a equidade da mulher no Sistema Judiciário. Na gestão de Roberto Veloso, a AJUFE completou 45 anos de criação, atingindo a marca de mais de 2 mil membros associados.
Em 13 de junho de 2018, o juiz federal Fernando Mendes assumiu a presidência da instituição para o biênio 2018-2020.