Uma loja física precisa de ter stock porque se se arriscar a esgotar o produto que o cliente deseja levar, arrisca-se a perder uma oportunidade para a concorrência. Na loja online, mais do que stock, o que é necessário é uma plataforma de gestão de stock automatizada que faça a contagem dos artigos e atualize os números em tempo real, para evitar indisponibilidade de mercadorias.
Numa loja física existe uma caixa registadora, e isso é quanto basta para ser necessário um controlo de fluxo de caixa diário e rígido. Num e-commerce, basta saber quanto é que a empresa tem em caixa, quanto fatura e quanto gasta todos os dias, e sendo que com a integração de diferentes opções de pagamento é possível fazer esta gestão de fluxo de caixa através de um único software.
Em relação às formas de pagamento, nos dois modelos há diferentes opções para chegar aos desejos de diferentes tipos de clientes, mas na loja virtual pagar com dinheiro vivo não é possível, é sempre necessário recorrer e confiar num dos métodos de pagamento oferecido: de transferência bancária a PayPal.