Em criança, Isabel tinha uma relação muito próxima com o seu irmão, o futuro rei Cristiano II da Dinamarca e sabia ler e escrever em dinamarquês e alemão. A 10 de Abril de 1502, casou-se com o príncipe-eleitor Joaquim I Nestor de Brandemburgo num casamento duplo no qual também se casaram o seu tio, o futuro rei Frederico I da Dinamarca, e a princesa Ana de Brandenburgo. Isabel e Joaquim entenderam-se bastante bem durante os primeiros vinte anos de casamento e conviveram de forma harmoniosa. Em 1507, Isabel recebeu a visita da sua mãe, em 1515 esteve presente no casamento do irmão Cristiano na Dinamarca e recebeu a sua visita em 1523.