Eu recomendaria o trem, embora o trajeto demore 5 horas, eu ainda acho o trem mais prático do que efetuar os deslocamentos entre os aeorportos, no entanto, voar de Roma à Veneza também pode ser uma opção.
Para pegares o trem recomendo que vá de Civitavecchia até Roma Termini e de lá pegue o trem rápido para Veneza Mestre. Dependendo do horário também existirá uma opção com parada em Bologna porem, pelo que observei, você terá que ir à Roma Termini de qq forma e nesse caso seriam 2 paradas ao invés de uma.