Veja neste artigo uma explicação sobre a Biblioteca PDO do PHP.
Quem programa em Java e .NET, esta acostumado a trabalhar com Frameworks para conexão com banco de dados, tanto de forma nativa ou não.
Para desenvolvedores PHP, surge a dúvida da falta de bibliotecas para conexão com banco de dados de forma nativa. O que na verdade poucos sabem, é a existência de uma biblioteca chamada PDO (PHP Data Object). A mesma é uma biblioteca de conexão com "N" banco de dados, o que torna as famosas funções "mysql_connect" sem grande ajuda.
Diferente dessas, na PDO, você possui método exclusivos para conexão com qualquer banco, sem haver necessidade de usar uma função especifica para cada banco. Isso garante que você pode desenvolver uma aplicação e depois alterar seu banco em alguns segundos.
Mas, a PDO, não gera comandos SQL dinamicamente, então, não adianta você utilizar algum comando SQL especifico do SQL Server e, depois, mudar para MySQL. Neste caso seria necessário alterar este comando.
A ideia deste artigo é simplesmente dar uma rápida introdução a PDO, deixando para uma próxima parte, exemplos com a mesma.
Para aqueles que procuram bibliotecas como NHibernate ou Hibernate, lembre-se que a PDO é totalmente diferente. O grande objetivo dela é realizar conexão com multi-banco de dados, além de possui uma interface totalmente orientada a objetos.
Para aqueles procuram bibliotecas desse gênero para o PHP, é claro que é possível encontrar, como o PHP Doctrine (http://www.doctrine-project.org). Esse último conhecido como as famosas ferramentas de mapeamento objeto relacional.
Lembre-se também, que a PDO, por realizar a conexão dinamicamente através do banco que for informado, pode vir apresentar uma performance inferior as funções "mysql_connect", em contra partida, você ganha independência de banco de dados.
Você pode encontrar mais informações sobre a biblioteca PDO no próprio site do PHP (http://www.php.net/pdo). Para utilizar a mesma é necessário somente estudar os métodos e suas classes. Lembrando que ter conhecimento em orientação a objetos é muito importante. Por fim, saliento que este artigo é somente uma ideia do que você pode encontrar sobre a PDO. O próprio manual do PHP possui "N" explicações e exemplos de códigos, sem dúvida, uma ótima referencia de estudo. Outro ponto importante, é que a maioria dos servidores de hospedagem do mercado, já dão suporte há um bom tempo a PDO, o que facilita (e muito) na escolha de utilizar a mesma.