São ainda frequentes as iniciativas que apontam para a fragilização do BNB e sua limitação enquanto indutor do desenvolvimento. Exemplo disso é que na atual conjuntura a Medida Provisória (MP) 785, de autoria do Executivo prevê a retirada de recursos dos fundos constitucionais – incluindo o FNE, para financiar o programa estudantil FIES, numa clara tentativa de menosprezar e até mesmo esvaziar o significado da importância que tem o FNE para os investimentos feitos pelo Banco na Região.