Com uma administração marcada pelo desprezo às reivindicações dos povos indígenas e pela decisão de seguir com a construção da usina hidrelétrica de Belo Monte, no Pará, Dilma Rousseff, foi a presidente que menos demarcou terras indígenas nos últimos 31 anos. Menos até do que no governo do ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva (2003 a 2006 e de 2007 a 2010), que lhe indicou como sua candidata à Presidência da República nas eleições de 2010. No primeiro mandato (2011 a 2014) do governo Dilma foram dez áreas declaradas e 11 homologadas. No mandato encurtado (2015 a 2016) foram 15 declaradas e dez homologadas. Sendo que no auge do processo do impeachment foram reglarizadas 12 terras.
A maioria das terras regularizadas às pressas pela presidente Dilma Rousseff estavam engavetadas há bastante tempo. Entre elas está a Terra Indígena Sawré Muybu, ameaçada pelo projeto de um conjunto de usinas hidrelétricas na Bacia do Rio Tapajós (PA), dos índios Munduruku, que ainda precisa ser homologada.
Na Amazônia Legal concentra-se 98% das 700 terras indígenas existentes do país, o que equivale a 111, 4 milhões de hectares. Nos estados do Amazonas, Acre, Amapá, Rondônia, Roraima, Pará, Maranhão, Mato Grosso e Tocantins vivem 433 mil índios.
Os índios também estão apreensivos com a mudança no comando da Funai. Ainda não foi nomeado o novo presidente da fundação após a exoneração, no último dia 03 de junho, do ex-senador João Pedro Gonçalves da Costa (PT), indicado pelo PMDB. O cargo está ocupado interinamente por Artur Nobre, que é diretor de Promoção ao Desenvolvimento Sustentável e servidor de carreira da Funai.
Simpatizantes de João Pedro achavam que ele permaneceria no cargo pela sua ligação com o senador Eduardo Braga (PMDB-AM), que é aliado de Dilma e que não assumiu cargos em ministérios de Temer , apesar de ter sido convidado pelo presidente interino, como apurou a reportagem. No entanto, a presidência da Funai seria alvo de interesse do Partido Social Cristão (PSC), presidido pelo pastor Everaldo Pereira.
Segundo o blog Coluna Esplanada do UOL , o próprio pastor Everaldo teria pedido a Temer a prerrogativa para indicar o novo presidente da Funai. Procurado pela reportagem, a assessoria de imprensa do pastor Everaldo negou a indicação, dizendo que "não tem uma posição a respeito do assunto". O PSC foi um dos partidos que apoiaram o afastamento de Dilma da Presidência.
Lideranças indígenas ouvidas pela reportagem da Amazônia Real temem que o governo de Michel Temer, que tem principais aliados os ruralistas e evangélicos, reveja os processos de 13 terras identificadas, declaradas e homologadas no governo Dilma na região amazônica.
Durante o período que ficou à frente da Funai, o petista João Pedro teve uma passagem controversa. Foi dele a polêmica autorização para que o Instituto Brasileiro de Meio Ambiente e Recursos Naturais Renováveis (Ibama) licenciasse as obras da segunda fase do Linhão de Tucuruí, dentro da Terra Indígena Waimiri Atroari, para Roraima. Gonçalves também demorou para intervir no conflito interétnico na Terra Indígena Vale do Javari, no Amazonas, e a dar uma resposta ao protesto dos indígenas Matís. Ele ainda assinou a transferência do pivô da manifestação à época, o agente indigenista Bruno Pereira, para a coordenação da Frente Etnoambiental Vale do Javari, o que provocou o retorno da tensão no Vale do Javari.