Os não-indígenas começam a ser uma parte importante desta dinâmica guerreira por volta da década de 1920, quando intensificam as expedições e ataques às regiões das cabeceiras dos rios Gálvez, Choba, Javari e Curuçá. Um emblema desta época é a aquisição das armas de fogo pelos Matsés, que relatam como sua utilização lhes foi ensinada por uma mulher roubada dos peruanos
No auge do período da borracha no rio Javari, aproximadamente entre as décadas 1870 e 1920, os Matsés perderam o acesso a este rio, que freqüentavam nas estações secas para coletar nas praias ovos de tracajá e tartaruga. Não há menções a malocas ou grupos que poderiam ser Matsés nos documentos elaborados por aqueles que exploraram o Javari nessa época (Melatti, 1981: 69). Durante este período, os Matsés evitaram conflitos com os brancos, recolhendo-se às áreas de interflúvio, e mantiveram um padrão de dispersão que possibilitou o seu afastamento das frentes seringueiras que subiam os rios (ver Mobilidade dos grupos locais no período de guerras).
Um episódio narrado pelos Matsés que vivem no Brasil conta a primeira vez em que seus antepassados viram uma colocação seringueira. Essa narrativa tem uma estrutura mítica marcada por uma sucessão de equívocos: os Matsés experimentam em suas orelhas os cartuchos pensando que são brincos; os palitos de fósforo usam como enfeites labiais; bebem o leite da borracha pensando ser mingau de mandioca; se assustam com suas imagens num espelho e fogem. Desse “primeiro contato” levaram apenas uma galinha, animal que antes nunca haviam visto.
Conflitos diretos começam a aparecer nos relatos a partir da década de 1920. Em 1926, um peruano que trabalhou no rio Gálvez, entrevistado por Romanoff (Romanoff, 1984), afirmou que não era possível para os patrões seringueiros estabelecer-se no rio Choba por causa dos ataques dos índios.
Tais ataques foram retribuídos com expedições punitivas ou as chamadas “correrias”, em que mulheres e crianças Matsés eram capturadas. Certamente isso acarretou a intensificação das atividades guerreiras matsés. Atualmente alguns velhos contam como foi empreendido por seus avôs um ataque de vingança contra brancos na cidade de Requena. Nestes ataques capturaram mulheres e adquiriram armas de fogo e objetos de metal.
Enquanto isso, as guerras entre os Matsés e outros povos continuavam. No Brasil, em depoimentos colhidos por Melatti e Montagner-Melatti (2005 [1975]) há a referência a um conflito ocorrido em 1933 entre os Marubo da comunidade Maronal, no Curuçá, e os Matsés que viviam no Pardo (citados no relatório como “Mayo” e “Mayoruna”, como eram chamados pelos informantes não-índios). Neste episódio, um Matsés morreu e os Marubo levaram suas mulheres. Segundo esta fonte, este grupo de Matsés vivia na região desde a década de 20 (Melatti, 1981: 69).
A partir da década de 1950, a exploração da borracha na região da fronteira foi sendo substituída ou complementada pela atividade madeireira e pelo comércio de carne e pele de animais da floresta, para abastecer principalmente as cidades da Amazônia peruana.