Existe uma diferença óbvia entre as plataformas Linux e Windows: o sistema operacional. Tecnicamente falando, enquanto os servidores Windows rodam uma versão do software Internet Information Services (IIS), os servidores Linux são configurados com o servidor Apache e podem rodar uma das diversas distribuições que existem (CentOS, Debian, Red Hat, Ubuntu etc.).
É importante dizer, no entanto, que o sistema operacional do servidor não tem nenhuma relação com o do computador. Assim, é possível hospedar em um servidor Linux mesmo que você utilize o Windows para criar o site. O que muda são algumas funções. Para saber mais sobre o comparativo técnico, acesse: Hospedagem Linux ou Windows: saiba como escolher a melhor opção.