O controle é feito com o uso de substratos leves (baixa densidade dos componentes) e da adequação da irrigação às características físicas do substrato, de modo que estes fiquem bem drenados, sem excesso de água.
A podridão de estacas pode ser causada por Cylindrocladium spp., Rhizoctonia solani, Fusarium spp., Botryosphaeria ribis e Colletotrichum sp. Essa doença foi problemática quando se utilizavamacroestacas provenientes de macrojardim clonal em condiçõesde campo. Com a evolução dos jardins clonais em campopara os minijardins clonais, tem-se verificado reduções na ocorrênciadesta doença devido à utilização de soluções nutritivas efertirrigações sistemáticas, que permitiran melhor estado nutricional das miniestacas em relação às macroestacas e ao uso deareia e substratos inertes no processo de produção em vez de solo,que é fonte de propágulos.Na maioria das vezes, a ocorrência de podridão em miniestacasse deve a desequilíbrios nutricionais e não ao ataque depatógenos. Um nutriente que está bastante associado a estas podridõesé o cálcio, quando em deficiência.
O sintoma da podridão é caracterizado por uma lesão escura na base da estaca, a qual progride para o ápice, causando morte das gemas e impedindo o enraizamento. Podem ser encontradas as estruturas dos diferentes patógenos relacionados à doença: frutificações branco-cristalinas de Cylindrocladium, estruturas marrom-avermelhadas de Fusarium, pontuações escuras (picnídios) de B. ribis ou acérvulos de Colletotrichum com ou sem massa alaranjada.