Nos primeiros quarenta anos as comunidades evangélicas, que mais tarde viriam a formar a Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil, estavam bastante abandonadas. Organizavam suas comunidades sem muitas formalidades. De simples cultos domésticos evoluíram depois para comunidades, elaborando seus estatutos e elegendo as diretorias. Nas comunidades conviviam inicialmente luteranos, reformados e unidos.
Não podendo construir locais de culto com aspecto de igreja, as comunidades construíram escolas, usando-as também como capelas para os cultos. A falta de pastores fez com que as comunidades escolhessem entre os seus membros pessoas com melhor formação para exercer o magistério e o ministério pastoral. Tinham neste aspecto uma profunda vinculação ao sacerdócio geral de todas as pessoas batizadas.
Esse processo perdura até 1864 quando começa, de forma mais regular, a chegada de pastores da Alemanha. Eles são enviados pela Igreja Evangélica da Prússia, pela Sociedade Missionária de Basiléia(Suíça) e pela Sociedade Evangélica para os Alemães Protestantes na América, de Barmen(Alemanha). Até o final do século 19 há inúmeras comunidades espalhadas nos Estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná, São Paulo, Rio de Janeiro, Minas Gerais e Espírito Santo. Constata-se a necessidade de uma maior articulação entre as comunidades. Esta organização regionalizada recebeu o nome de Sínodo.