Ajudada por um tio que era Bispo de Bamberga, Isabel consegue voltar a corte e teve seus direitos e de seus filhos novamente reconhecidos. Isto porque os companheiros de cruzada do falecido rei tinham voltado com a missão de dar proteção à Isabel, pois nisto consistiu o último pedido de Luís IV.
Santa Isabel não quis retornar à Hungria. Renunciou aos títulos, além de entrar na Ordem Terceira de São Francisco e pôs se a servir aos doentes e enfermos até morrer. Fundou um convento de franciscanos em 1229, e três hospitais para auxiliar os doentes: um para mulheres pobres, outro só para crianças, e um terceiro para todos em geral.
No dia 16 de novembro de 1231, a Santa adoeceu. Após receber a unção dos enfermos e o viático, Nosso Senhor lhe apareceu e revelou-lhe que dentro de três dias viria levá-la para o Céu. Depois desta visão, seu rosto ficou tão resplandecente que era quase impossível fixar-lhe os olhos. Faleceu com apenas 24 anos. Foi solenemente canonizada em 1235 pelo Papa Gregório IX. A igreja celebra a festa de Santa Isabel da Hungria no dia 17 de novembro.