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O Colegiado de Ensino, Pesquisa e Extensão (Cepe) é um órgão normativo e consultivo que trata de políticas educacionais, de pesquisa e de extensão do IFSC. É formado por representantes dos professores e dos técnicos administrativos, além dos pró-reitores de Ensino (presidente), de Extensão e Relações Externas e de Pesquisa, Pós-graduação e Inovação.