As pesquisas mais recentes mostram que o vírus de baixa patogenicidade pode, após circular por períodos curtos nas aves, sofrer mutações para formas de alta patogenicidade.
Desde meados de dezembro de 2003 alguns países asiáticos notificaram surtos de influenza aviária de alta patogenicidade em galinhas e patos, a saber: Cambodja, China, Coréia do Sul, Indonésia, Japão, Laos, Paquistão, Taiwan, Tailândia, Vietnã. Infecções em outras espécies (aves selvagens e suínos) também foram notificadas. A rápida propagação da influenza aviária de alta patogenicidade, com ocorrência de surtos em vários países ao mesmo tempo, é historicamente inédita e de grande preocupação para a saúde humana e animal. Especialmente alarmante, em termos de riscos para a saúde humana, é a detecção da cepa de alta patogenicidade conhecida como o H5N1, como a causa da maioria desses surtos.
Há evidências de que esta cepa tem uma capacidade singular de pular a barreira das espécies e causar doença grave, com alta mortalidade em humanos.
Destaca-se a possibilidade de que a situação presente possa originar outra pandemia de influenza em humanos. Cientistas reconhecem que os vírus da influenza aviária e humana podem trocar material genético quando uma pessoa é infectada simultaneamente com vírus de ambas espécies. Este processo de troca genética no organismo pode produzir um subtipo completamente diferente de vírus influenza para o qual poucos humanos teriam imunidade natural.
As vacinas existentes, desenvolvidas para proteger os humanos durante epidemias sazonais, não seriam eficazes contra um vírus influenza completamente novo.