O tratamento com a cirurgia, requer a remoção completa do teratoma. Como os teratomas geralmente são separados dos tecidos circundantes, isso facilita completamente sua remoção. No entanto, mesmo após uma cirurgia, o teratoma pode ser regenerado no mesmo ou no local próximo.
Teratomas no cérebro podem ser difíceis de remover devido à sua proximidade com tecidos saudáveis. A cirurgia é frequentemente acompanhada de quimioterapia para o teratoma maligno. O acompanhamento médico também deve ser feito mesmo no caso do teratoma benigno, que tende a ser maligno.
A quimioterapia e radioterapia podem ser necessárias após a cirurgia no caso de tumores malignos. Os tumores localizados em locais inacessíveis tornam-se malignos devido ao diagnóstico ou tratamento tardio.
Apesar de poder ocorrer no ovário, a mulher que tenha um teratoma ainda consegue engravidar. No entanto, o impedimento da concepção pode ocorrer devido a uma distensão do ovário que ocorre pelo crescimento do tumor. Cerca de 95% dos teratomas de ovário são benignos.
Caso uma mulher com teratoma no ovário deseje engravidar, aconselha-se primeiramente a realização de uma cirurgia para remover o tumor. Isto é aconselhado, pois as alterações hormonais comuns na gravidez, podem causar um aumento rápido do tamanho do teratoma, podendo causar o rompimento do mesmo.
Durante uma gravidez, pode ocorrer ainda o teratoma sacrococcígeo. Este tende a surgir na região sacral (entre as nádegas) de um feto ou na região do pescoço do feto. Na maioria dos casos, a cirurgia de remoção do teratoma sacrococcígeo só ocorre após o nascimento.