Com o ultimato britânico e a Revolta de 1891, o regime fica desgastado, e para piorar o Rotativismo já não estava a funcionar como antes, as despesas para manter a infraestrutura do país ajudam para o esgotamento das finanças obrigando o governo a decretar falência em 1891. Em 1901, uma ala do Partido Regenerador dissocia-se formando o Partido Regenerador Liberal sob a liderança de João Franco. Em 1905, ocorre uma rutura no Partido Progressista formando um outro chamado Dissidência Progressista. No início do século XX, a situação estava complicada, a Questão dos Tabacos gerou confusão e a queda de dois gabinetes. Quando o primeiro-ministro Hintze Ribeiro caiu D. Carlos I nomeou João Franco como novo primeiro-ministro em maio de 1906. Franco resolveu a Questão dos Tabacos conseguindo o monopólio estatal sobre a Companhia dos Tabacos de Portugal. Em 1907, uma greve académica na Universidade de Coimbra e as agitações sociais foram utilizadas como pretexto para Franco convencer o rei a dissolver o Parlamento e adiar as novas eleições, os progressistas que acreditavam que seriam chamados para governar após a queda de Franco ficaram irritados com as atitudes dele, a oposição acusou o governo de Franco de ditadura. Em 1907, o príncipe-herdeiro D. Luis Filipe de Bragança viaja para as colónias portuguesas africanas, onde reafirma a soberania portuguesa sobre estas impedindo que os britânicos as tomassem. Em 1908, o clima político estava tenso, os republicanos planeavam um novo golpe com o apoio dos dissidentes progressistas, não havia certeza sobre o objetivo do golpe, inicialmente era para obrigar o rei a abdicar, depois preferiram derrubar João Franco e depois assassiná-lo enquanto outros achavam que era para implantar a república. Entretanto, um policia soube do golpe por intermédio de um amigo que o tentou convencer a participar. No entanto, o polícia avisou os superiores e Franco, ao saber do plano, colocou as tropas leais em alerta, assim como a guarda municipal em pontos estratégicos. Prendeu ainda líderes golpistas, desorganizando assim o movimento. Em 28 de janeiro de 1908, os golpistas reuniram-se no Elevador da Biblioteca, onde pretendiam proclamar a república, vários republicanos concentraram-se ali, entre eles estava Afonso Costa, houve algumas escaramuças em algumas partes da capital entre os golpistas e governistas, finalmente o golpe foi esmagado e vários golpistas foram presos. Franco aproveitou essa oportunidade para conseguir a autorização do rei para deportá-los para as colónias africanas.
Em 1 de fevereiro de 1908, o rei D. Carlos I, a sua esposa D. Amélia de Orleães e os príncipes D. Luis Filipe de Bragança e D. Manuel regressaram a Lisboa após as suas férias em Vila Viçosa, antiga morada dos Bragança Depois de apanharem um comboio que descarrilou, chegaram na capital a bordo do vapor "D. Luís", desembarcando no Terreiro do Paço. De lá seguiram em carruagem aberta pela praça, quando dois republicanos e membros da Carbonária, Manuel Buíça e Alfredo Costa, assassinaram o rei. O príncipe D. Luís Filipe tentou reagir, mas foi ferido no peito, tendo entretanto conseguido dar quatro tiros em Alfredo Costa. No entanto, Buíça atinge-lhe a face esquerda. O infante D. Manuel tentou socorrer o irmão, enxugando o sangue que escorria, mas foi também atingido no braço por um atirador desconhecido. A rainha foi a única que saiu ilesa, tendo os assassinos sido mortos pela polícia, o que acabou com o tiroteio.