A madeira de algumas espécies, especialmente de Ploiarium alterniflorum, é usada localmente devido à sua alta durabilidade como material de construção, embora não tenha importância económica relevante nem seja comercializada a nível global. Algumas espécies apresentem potencial para utilização como planta ornamental.
As Bonnetiaceae são ricas em xantonas e antraquinonas, que também são encontradas nas plantas da família Clusiaceae, o que pode ser identificado como evidência de uma relação de parentesco mais próxima entre as duas famílias.
Um estudo de filogenética molecular, realizado em 2012, usou dados resultantes da análise de um número alargado de genes e por essa via obteve uma árvore filogenética com maior resolução que a disponível nos estudos anteriormente realizados.[5] Nesse estudo foram analisados 82 genes de plastídeos de 58 espécies (a problemática família Rafflesiaceae não foi incluída), usando partições identificadas a posteriori pela aplicação de um modelo de mistura com recurso a inferência bayesiana. Esse estudo identificou 12 clados adicionais e 3 clados basais de maior significância.[6][5] A posição da família Bonnetiaceae no contexto da ordem Malpighiales é a que consta do seguinte cladograma:[7]
A família Bonnetiaceae é parte do clado das clusioides, cujo táxon mais conhecido é a família Hypericaceae, com a qual partilha algumas características morfológicas. Por sua vez, este clado é o grupo irmão da família Ochnaceae.
Os Bonnetiaceae estão intimamente relacionados com as Clusiaceae e com o grupo de outra forma parafilético formado com as Theaceae. No entanto, um estudo de filogenética realizado em 2004 também revelou evidências de uma grande afinidade com as Kielmeyeroideae e com as Ternstroemiaceae, mas estas estas relações são consideradas incertas.[8]