Desenvolvido pelo brasileiro Alfredo Kojima como um aperfeiçoamento do AfterStep, o WMaker não apenas foi por muito tempo o gerenciador de janelas padrão do GNU/Linux, como ainda hoje é o recomendado pelo projeto GNUStep (a versão livre do AfterStep).
Com o passar dos anos, o desenvolvimento da tecnologia de hardware permitiu a criação de ambientes de área de trabalho graficamente mais trabalhados, como o GNOME e o KDE, e o WMaker foi aos poucos sendo abandonado pela maioria dos usuários do pinguim.
A principal razão para esse abandono pode ser definida como preguiça: as pessoas não se incomodavam em usar esses ambientes de área de trabalho que, notoriamente, consomem mais recursos do computador, porque não precisavam editar diretamente os arquivos de configuração para personalizar o sistema.