A maioria das disciplinas do ciclo profissional oferecidas no curso de Farmácia a partir do 5º período (diurno) ou 6º período (noturno), em particular as relacionadas às ênfases em Indústria de Medicamentos e Cosméticos e Farmácia Hospitalar e Serviços de Saúde, são ministradas e coordenadas pelos docentes do PFA.
As disciplinas ministradas e os projetos de ensino, pesquisa e extensão desenvolvidos no PFA referem-se ao planejamento e desenvolvimento de fármacos, controle de qualidade de fármacos e medicamentos, uso racional de medicamentos e fitoterápicos, desenvolvimento de medicamentos mais eficazes com melhor perfil de segurança, direcionados para o alvo de ação, além de projetos no âmbito hospitalar, envolvendo cuidado ao paciente.