Após a retirada da linha 716L do território carioca (Mariópolis), a empresa fez diversas modificações em outras linhas para tentar cobrir o trajeto, considerando integrações e extensões. Como alternativa à extinção da linha 716L, a empresa criou linhas de integração para manter o serviço entre os dois pontos.
431L Nilópolis x Deodoro, foi a linha que originou a atual 718L Nova Iguaçu x Sulacap, uma das primeiras linhas intermunicipais da empresa.
Em 2015 a Nilopolitana passa a integrar o Consórcio Serra do Vulcão, após uma reestruturação feita pela Prefeitura de Nova Iguaçu. Além das linhas que já operava no município, a Nilopolitana assumiu as linhas das empresas Niturvia e Alto Minho.
Em 2015 a empresa chegou a colocar número nas linhas para facilitar o usuário. Atualmente as linhas não apresentam mas a numeração.
As linhas do setor Vila São Luiz, oriundas das empresas Alto Minho e Niturvia começaram a ser operadas pela Nilopolitana na manhã do 21 de março de 2016. Embora tenha perdidoo direito de operá-las, a Niturvia ainda manteve a operação da maioria das linhas do setor Vila São Luiz através de uma ação Judicial.
Em abril de 2017, mais uma linha entra para a grade da Nilopolitana. A empresa Cruzeiro do Sul sofre interveção do DETRO e a 420T (Barra da Tijuca x Nilópolis) também passa a ser operada pela Nilopolitana.
Porém, por conta de uma decisão judicial, a amarelinha só conseguiu rodar na linha por apenas um dia. A Cruzeiro do Sul havia entrado na Justiça e retornou as operações. O imbróglio só se resolveu em agosto, quando uma nova decisão beneficiou a Nilopolitana.
Com isso, surge a Costa Verde Transportes, operando as linhas nos destinos entre a região metropolitana e o Sul Fluminense, mas especificamente na Costa Verde.
A Costa Verde Transportes é uma das principais empresas da Costa Verde Fluminense. A empresa foi fundada em 7 de agosto de 1997, a empresa opera diversas linhas entre as cidades do Rio de Janeiro, Angra dos Reis, Niterói, Itaguaí, Paraty, Nova Iguaçu Mangaratiba e Queimados.
Como o foco da Costa Verde são as cidades turísticas, principalmente no Rio de Janeiro, há um aumento da procura por passagens durante finais de semana, feriados e férias.
Em períodos de maior temporada como nas épocas festivas de fim de ano e carnaval, a empresa recebe reforço de frota com ônibus da Coesa Transportes, pertencente ao mesmo grupo administrativo.
O nome ostentado pela empresa representa a sua área de atuação principal que é a região da Costa Verde, no Sul Fluminense.
O nome dado, a uma faixa de terra que vai do litoral sul do estado do Rio de Janeiro até o norte do litoral do estado de São Paulo. Engloba os municípios de Mangaratiba, Angra dos Reis, Itaguaí e Parati no estado do Rio de Janeiro e Ubatuba, Caraguatatuba, São Sebastião e Ilhabela no estado de São Paulo.