No período de janeiro (férias) o Museu também está aberto às segundas-feiras. Durante o período de Carnaval fechará apenas no dia 10 de fevereiro.
Dentre as atrações do museu, destaca-se hoje o esqueleto fóssilizado do crocodilomorfo do Cretáceo Superior Uberabasuchus terrificus – descoberto na região no ano 2000 e um dos mais completos do tipo já encontrado no mundo – que está exposto no museu ao lado de uma réplica do animal. O Uberabasuchus terrificus pertence a uma família de crocodilomorfos denominada Peirosauridae em homenagem a Peirópolis. Estima-se que ele media aproximadamente 2,5 metros de comprimento e pesava cerca de 300 kg.
Mais recentemente foram descobertos na região fosseis do Uberabatitan ribeiroi, o maior dinossauro brasileiro já encontrado. Fósseis de três indivíduos dessa espécie foram descobertos em 2004 na região de Serra da Galga, entre as cidades de Uberaba e Uberlândia, durante a realização das obras da duplicação da rodovia BR-050. O trabalho de retirada dos fósseis foi concluído em 2006, após os técnicos escavarem manualmente cerca de 300 toneladas de rochas que datavam do período Cretáceo e Paleogeno para a extração do material. Em 2011, foram feitas novas descobertas na mesma área, que incluem um fêmur de 1,4 metros do Uberabatitan
Em 2003/2004 o Governo Federal, por meio do Ministério da Ciência e Tecnologia, liberou recursos para a construção em Peirópolis da sede da Rede Nacional de Pesquisas Científicas em Paleontologia. Diversas controvérsias envolveram o projeto que teria como objetivo proteger sítios fossilíferos e divulgar a paleontologia.