O tratamento da enxaqueca abdominal nas crianças é complexo. Além de não existir ainda um tratamento específico, muitos medicamentos usados na forma habitual da enxaqueca, não podem ser usados nas crianças. Assim, assume particular importância a identificação e controlo dos fatores que desencadeiam esta forma de enxaqueca.
No caso das crianças serem diagnosticadas com enxaqueca e já estiverem em idade escolar, é muito importante que o professor esteja a par da situação e informado de quais as medidas que deve adotar quando a criança estiver em crise: A criança deve ter a possibilidade de descansar num local calmo e com pouca luz, que lhe possibilite relaxar e dormir. Também a medicação prescrita pelo médico assistente deverá ser dada aquando do início da crise, uma vez que atrasar a toma da medicação só vai piorar os sintomas.