Também é possível instalar um prefixo do Gentoo (fornecido por um projeto que mantém métodos de instalação alternativos para o Gentoo) em um ambiente Cygwin no Windows, mas esta configuração é experimental.
O Gentoo pode ser instalado de várias maneiras. A maneira mais comum é usar o CD mínimo do Gentoo com um tarball de stage3 (explicado abaixo). Como acontece com muitas distribuições Linux, o Gentoo pode ser instalado de quase qualquer ambiente Linux, como o Live CD de outra distribuição Linux, Live USB ou inicialização de rede usando o "Guia de instalação alternativa do Gentoo". Uma instalação normal requer uma conexão com a Internet, mas também há um guia para uma instalação sem rede.
Anteriormente, o Gentoo suportava instalação de tarballs de stage1 e stage2; entretanto, a Fundação Gentoo não os recomenda mais. Stage1 e stage2 são voltados apenas para desenvolvedores Gentoo.
Seguindo os passos iniciais de instalação, o processo de instalação do Gentoo Linux no Manual do Gentoo descreve a compilação de um novo kernel Linux. Este processo geralmente não é exigido por outras distribuições Linux. Embora isso seja amplamente considerado uma tarefa complexa, o Gentoo fornece documentação e ferramentas como Genkernel para simplificar o processo. Além disso, os usuários também podem usar um kernel existente conhecido por funcionar em seus sistemas, simplesmente copiando-o para o diretório de inicialização ou instalando um dos pacotes de kernel pré-compilados fornecidos e atualizando seu carregador de inicialização. O suporte para instalação é fornecido no fórum do Gentoo e no IRC .