As crianças que consomem quantidades excessivas de flúor numa idade precoce, enquanto os dentes se estão a formar, podem desenvolver manchas nos dentes, conhecidas como fluorose dentária. No entanto, este fenómeno ocorre normalmente com níveis muito elevados de fluoretos naturais na água canalizada.
Como normalmente não se engole a pasta de dentes, o risco de fluorose dentária é baixo. No entanto, os pais devem vigiar as crianças pequenas enquanto escovam os dentes para evitar que engulam a pasta. Em geral, os efeitos da fluorose dentária são cosméticos e não prejudicam a saúde.
Os problemas de saúde relacionados com os fluoretos estão associados ao uso na água bebida e não na pasta de dentes. Quando são ingeridos, os fluoretos passam através do sistema digestivo para a corrente sanguínea e tendem a acumular em áreas do corpo com elevado teor de cálcio, tais como os ossos ou dentes.
A Environmental Protection Agency norte-americana definiu uma quantidade máxima de fluoretos admissível na água para beber de 4 mg por litro. A exposição a longo prazo a níveis superiores a este pode provocar uma condição chamada fluorose óssea (ou osteofluorose), que pode eventualmente conduzir a rigidez das articulações e dor, ossos fracos e fraturas em pessoas idosas. Estudos científicos não encontraram qualquer ligação entre os fluoretos e o cancro.
Escovar os dentes duas vezes ao dia com pasta de dentes com fluor pode reduzir as cáries dentárias nas crianças em até 50%, quando comparado com escovar uma vez ao dia.