Em 1997, é editado pela Valentim de Carvalho o álbum Segredo com gravações inéditas realizadas entre 1965 e 1975.[4] É ainda publicado o livro (Versos) com os seus poemas. É-lhe feita uma homenagem nacional na Exposição Mundial de Lisboa (Expo 98).[1]
Em Abril de 1999, Amália desloca-se pela última vez a Paris, sendo condecorada na Cinemateca Francesa, pelos muitos espectáculos que deu naquela cidade e, por dever-se a ela o facto da França começar a apreciar o fado. Já ligeiramente debilitada, agradeceu aos franceses o facto de se ter começado a projectar no mundo, pois foi a partir de França que os seus discos se começaram a espalhar.
A 6 de Outubro de 1999, Amália Rodrigues morre, em sua casa, repentinamente, ao início da manhã, com 79 anos, poucas horas depois de regressar da sua casa de férias, no litoral alentejano. Imediatamente, o então primeiro-ministro, António Guterres, decreta Luto nacional por três dias. No seu funeral, centenas de milhares de lisboetas descem à rua para lhe prestar uma última homenagem. Foi sepultada no Cemitério dos Prazeres, em Lisboa. Dois anos depois, a 8 de Julho de 2001, o seu corpo foi trasladado para o Panteão Nacional da Igreja de Santa Engrácia, em Lisboa (após pressão dos seus admiradores e uma modificação da lei que exigia um mínimo de quatro anos antes da trasladação), e onde repousam personalidades consideradas expoentes máximos da nacionalidade.
Bruno de Almeida realizou quatro filmes sobre Amália: Amália, Live in New York City (um filme-concerto de 1990 de um espectáculo em (Nova Iorque no Town Hall - auditório da cidade), Amália - uma estranha forma de vida (um documentário de cinco horas, em formato de série), Amália - Expo'98 (a respeito de um dia dedicado a Amália Rodrigues, por ocasião da Exposição Mundial de 1998 em (Portugal), e A Arte de Amália (documentário de 90 minutos, pensado para uma audiência internacional, que se estreou no Cinema Quad, em Nova Iorque, em Dezembro de 2000).