O primeiro é de natureza fiscal. A empresa é alvo de uma investigação do TCU, que questionou prejuízos causados pela empresa ao BNDES, dono de 21,3% da JBS e credor da companhia.
Além dos irmãos Batista, a JBS sempre teve um acionista misterioso: a Blessed Holding, uma sociedade incorporada no Estado de Delaware, nos EUA, onde as regras para abertura de empresas são menos rígidas.