O Convento de Santa Clara surgiu nos finais do século XV, fundado por João Gonçalves da Câmara, filho do descobridor da ilha e 2º capitão donatário do Funchal.
Foi em Dezembro de 1496 que habitaram pela primeira vez neste mosteiro as primeiras religiosas.
Este templo foi alvo de ampliações no século XVII, tornando-se assim numa avultada e notável construção que possuía, nos inícios do século XVIII. O templo é constituído por dezassete capelas com altar próprio e decoradas com ricas pinturas.
O Convento de Santa Clara foi propriedade da família Câmara passando para a posse do Estado com a chegada do Liberalismo e extinção das Ordens Religiosas.
Actualmente, o património do Convento de Santa Clara encontra-se reocupado pelas Irmãs Franciscanas Missionárias de Maria.