No atual contexto de mudanças globais (climáticas, demográficas e socio-económicas) as águas subterrâneas são já hoje recursos utilizados para suprir necessidade de abastecimento de pequenos agregados populacionais, da agricultura e da indústria e cada vez mais são consideradas reservas estratégicas de água de qualidade com potencial para combater situações de seca extrema e desertificação. Também os aproveitamentos geotérmicos e os emblemáticos setores do termalismo e das águas minerais naturais de Portugal dependem de particularidades do ciclo hidrológico, nomeadamente das propriedades adquiridas pelas águas subterrâneas em extensos percursos no interior das formações geológicas e ao abrigo da contaminação com águas superficiais.
O LNEG, no âmbito do apoio a entidades públicas e a setores empresariais, desenvolve trabalhos de prospeção, de monitorização e de avaliação quantitativa e qualitativa das águas subterrâneas, incluindo a avaliação de potenciais recursos geotérmicos e hidrominerais, a avaliação de contaminações e da vulnerabilidade à poluição e a definição de estratégias para a proteção e remediação de aquíferos.
O uso dos isótopos estáveis da molécula da água (16O, 18O, 1H e 2H) no apoio à delimitação das áreas de recarga de aquíferos em zonas com declive.