Segundo refere Alberto F. Gomes, o nosso poeta de Machico, durante o longo período de prisão, dirigiu-se em verso a vários protectores, entre eles um britânico e enaltece os que o atendem ou a seu favor se pronunciam. Ao Regente D. João VI, Príncipe do Brasil, também dedicou da cadeia do Limoeiro, 15 sonetos impetrando o perdão.
Depois, protesta que não havia cometido qualquer crime ou delito, e fez questão de demonstrar que respeitava a Monarquia:
Sabemos ainda que o seu grande amigo, Manuel José Moreira Pinto Baptista, em cuja casa o poeta estava acolhido, no malfadado dia em que foi preso pela última vez, também moveu vastas diligências para que libertassem o inditoso vate de Machico, que vivia aterrado; numa situação muito idêntica à tão bem resumida, dois séculos antes, pelo genial António Ferreira.
Com grande dignidade, mas comovido, o nosso Camões Pequeno anunciava a esse dedicado amigo do coração:
Até que, não sabemos a data precisa em que Francisco Álvares de Nóbrega foi posto em liberdade, mas podemos afirmar que, em fins de 1803, o nosso poeta publicou a tradução duma novela da autoria de Florian, intitulada Sélico ou Heroísmo Filial, o que nos dá a certeza que nessa era já estaria solto, sendo também certo que, em 13 de Agosto de 1803, o processo da Inquisição foi encerrado, abruptamente.
Nos cerca de três anos de vida que lhe restaram, o nosso poeta de Machico, aumentou, retocou, e editou as suas primorosas Rimas, que ofereceu ao livreiro que o acolhera na sua casa, Manuel José Moreira Pinto Baptista. Ainda teve tempo para traduzir, além da indicada novela de Florian, o livro de Fulchiron, Algar e Ainorex- Os Efeitos da Funesta Ambição de Um Pai; e uma novela de Mr. Gardy intitulada O Poder da Primeira Inclinação.
Até que, em dia incerto de 1806, sempre infeliz, minado e desfigurado pela lepra que grassava cada vez mais, Francisco Álvares de Nóbrega, cansou-se de lutar contra as adversidades, o infortúnio e os males do amor; e com apenas 33 anos de idade, na casa do amigo dilecto Baptista, à Calçada de São João Nepomuceno em Lisboa, depois de se fechar no quarto e enrolar-se num lençol que coseu até aos ombros, preparou-se para dormir o último sono, e sem mais alentos, quiçá em Paz, suicidou-se, ingerindo grandes porções de láudano, que antes havia comprado na botica.
Esventrando essa trágica morte, o jornalista Januário Justiniano de Nóbrega, sobrinho do nosso infeliz poeta e avô do poeta João Marinho de Nóbrega, refere que o seu tio levantou a própria eça no silêncio da noite, rodeou-se dos livros a que consagrava as longas horas de insónia, pôs à cabeceira os seus escritos, e libando, como Sócrates, a bebida fatal, adormeceu no seio do Criador.