O Jardim Botânico da Ajuda (JBA), Unidade de Apoio Tecnológico do ISA, pertence-lhe desde 1910, integrado como infra-estrutura de ensino e investigação. Foi fundado em 1768, tendo sido projectado por um botânico italiano, Domingos Vandelli, vindo de Pádua e chamado pelo rei D. José para ensinar os seus príncipes.
Apesar de Lisboa ter sido lugar de muitos hortos que albergaram as colecções de plantas vindas de África, Ásia e América, o JBA é o primeiro Jardim Botânico de Portugal desenhado com o fim de manter, estudar e coleccionar o máximo de espécies do mundo vegetal. Chegou a ter 5000 espécies dispostas segundo o sistema sexual proposto por Lineu, mestre de Vandelli.
Possui uma área de 3,5 ha, divididos por dois tabuleiros com um desnível de 6,8 m entre eles. A arquitectura do Jardim segue os modelos renascentistas em terraços talhados na encosta, tendo três elementos fundamentais, pedra esculpida, plantas e água em fontes e lagos. No entanto, os ornamentos existentes no jardim têm influências marcadamente barrocas (nomeadamente a fonte central e as escadarias (laterais e central). O jardim tem dois tipos de uso: no tabuleiro superior a colecção botânica e no tabuleiro inferior o jardim de passeio ornamental com buxo e traçado conforme as regras do jardim de recreio. Existe ainda, «o jardim dos aromas» com plantas aromáticas e medicinais, desenhado para invisuais e o arborinho.
Na sua área envolvente encontra-se o Palácio da Ajuda, o Jardim-Museu Agrícola Tropical, o Mosteiro do Jerónimos, o Centro Cultural de Belém e a Torre de Belém.
Visitas Guiadas - Jardim Botânico da Ajuda - A ensinar ciência desde 1768
Jardim histórico com cerca de 250 anos de existência, oferece ao público em geral e aos vários níveis de ensino escolar uma série de visitas e oficinas temáticas que vão de encontro à sensibilização, em particular da camada mais jovem, para a Conservação da Biodiversidade.
Com mais de 1640 plantas e um Banco de Conservação de Sementes, o JBA dispõe de ótimos recursos de aprendizagem para melhor conhecimento do mundo das plantas. Existe um pequeno laboratório, devidamente apetrechado, para observação dos diferentes órgãos das plantas à lupa e um destilador para se proceder à extração de óleos essenciais de plantas aromáticas.