A espécie H3O+ é a única carga positiva gerada, a qual vai ser atraída pelo eletrodo. A formação da espécie iônica ocorre uma vez a cada 105 átomos de carbono introduzidos na chama, sendo possível relacionar a resposta do FID com o número de átomos de carbono.[114]
O detector FID responde a compostos orgânicos que queimam na chama hidrogênio-ar. Isso porque a resposta dada pelo detector é em relação ao número de átomos de C por tempo. A altura do pico de resposta gerado é dividida pela massa de soluto injetada no cromatógrafo. O fator de resposta não é alterado com mudanças no fluxo do gás de arraste, porém é afetado pela presença de heteroatomos, como O, N e halogênios. Para que fosse possível a identificação de qualquer composto, foi inferido ao FID o número de carbonos efetivos (do inglês, effective carbon numbers - ECN) o qual explica o porquê compostos com heteroatomos diminuem o fator resposta no FID. Contribuições são adicionadas a átomos e grupos funcionais que alteram o fator de resposta dos compostos. Das particularidades do FID, destacam-se principalmente a alta faixa linear alcançada, em torno de 107, e LDs na faixa de 10-13 g C/s, além do baixo ruído. Baixos sinais de fundo (10-13 A) são obtidos desde que os gases utilizados sejam de elevada pureza. Os gases tem grande influência também na sensibilidade, principalmente com as proporções e os tipos de gases utilizados. Quando utilizado N2, por exemplo, como gás de makeup ou carreador a resposta do FID é maior. A proporção inicial indicada é utilizar 30 mL/min de H2, gás carreador e gás de makeup enquanto que para o ar é indicado no mínimo um fluxo dez vezem maior, em torno de 300 a 500 mL/min.[114][115][116]
A GCxGC-FID é muito utilizada principalmente para a análise petroquímica, servindo como “impressão digital” na geoquímica, através da identificação estrutural de compostos. Como por exemplo, o número de carbonos nas estruturas de n-parafinas pode indicar a fonte de entrada da matéria orgânica. Números pares ou ímpares de carbono na estrutura do composto pode indicar a fonte de petróleo. Números pares de C, referem-se a óleos marinhos de fontes de carbonato, enquanto que números ímpares indicam óleo marinho de rochas de xisto.[120]