Nos finais do Século XIII, fundação em Moura (Alentejo). Em 1421 viviam, nesse convento, 42 religiosos professos. Por muito tempo a casa de Moura foi o único convento da Ordem em Portugal, até que a piedade do "Santo Condestável", o Beato Nuno Álvares Pereira, construiu o célebre Convento do Carmo de Lisboa, em louvor da Santíssima Virgem, entre 1394 e 1397, entregando-o aos Carmelitas e vindo a viver nele como irmão donato.
Em 1423 é erecta a Província de Portugal. Há um grande florescimento. Em 1580 começa a sua expansão missionária com a ida para o Brasil.
Em 1755, um grande terramoto, em Lisboa, mata muitos dos frades existentes. Em 1834, a Ordem é extinta em Portugal por um decreto governamental de extinção das Ordens Religiosas.
Em 1930, a Província da Bética (Espanha) começa restauração do Carmelo Português, em Lisboa. Por impossibilidade desta Província espanhola, são os Carmelitas do Brasil, a Província de Santo Elias do Rio de Janeiro, que assumem a continuidade desta restauração, a partir de 1954.
Em 8 de Dezembro de 1992, o Conselho Geral decreta que Comissariado Provincial de Portugal se transforme em Comissariado Geral.