Os dois programas mais importantes do Conasp foram a implantação do Sistema de Atenção Médico-Hospitalar da Previdência Social (SAMHPS) e o das ações integradas de saúde (AISs): o primeiro, voltado para disciplinar o financiamento e o controle da rede assistencial privada contratada; o segundo, com a finalidade de revitalizar e racionalizar a oferta do setor público, estabelecendo mecanismos de regionalização e hierarquização da rede pública das três esferas governamentais, até então completamente desarticuladas.
Enquanto o SAMHPS permitiu melhorar o controle institucional sobre os gastos hospitalares, viabilizando maior racionalidade para planejar, as AISs constituíram-se no principal caminho de mudança estratégica do sistema. A partir deste último programa, o sistema caminhou progressivamente para a universalização de clientelas, para a integração/unificação operacional das diversas instâncias do sistema público e para a descentralização dos serviços e ações em direção aos municípios.