Em agosto de 1943, Auschwitz recebeu um grupo de 40 mulheres que deveriam ser executadas com gás. Com a ajuda dos SS, Kramer as despiu, as enfiou nas câmaras e ficou olhando pelo lado de fora através de um pequeno visor vendo-as gritarem desesperadas até caírem mortas ao chão. Perguntado sobre o que sentia com isso, ele respondeu: “Eu não sentia nada em fazer estas coisas porque eu estava simplesmente obedecendo a ordens. Esta era a maneira como fui treinado”.
Em dezembro de 1944, investido do comando no campo de Belsen, as regras e o comportamento de Kramer eram tão duros e cruéis que ele foi apelidado pelos internos de “Besta de Belsen”. A medida que a Alemanha ia entrando em colapso e a administração dos campos ruía em sua organização, Kramer continuava devoto à burocracia. Em março de 1945, ele preencheu um relatório dizendo que dos 25 mil prisioneiros em seu campo, 300 haviam morrido de tifo na semana anterior. Com o fim da guerra cada vez mais próximo e a Alemanha invadida por todos os lados, a população de Belsen continuava a crescer, recebendo prisioneiros trazidos de outros campos que tinham sido alcançados pelos Aliados. No meio de abril, Belsen tinha mais de 80 mil prisioneiros sob o tacão de Josef Kramer.