Assim, com o passar do anos, Molly criou uma maneira de investigar e rastrear a presença de ovnis no planeta, com o objetivo de se aproximar da MIB.
Ao ser aceita como agente, ela é mandada para Londres para investigar sobre um novo caso. E nesse momento, descobrimos uma nova ameaça.
Como as missões sempre dão errado, e os vilões parecem sempre ter informações acesso a informações sigilosas, os protagonistas passam a desconfiar que existe um traidor dentro da MIB.