Três anos depois, o Tribunal de Contas da União (TCU) interveio na Funai, que ele presidia na época, por irregularidades financeiras. Uma delas, que lhe rendeu investigação em 1990, era a suspeita de que Jucá teria recebido propina para liberação de contratos de exploração madeireira em território indígena. Em 1989, já como governador nomeado de Roraima, esteve no centro das disputas entre índios ianomâmi e garimpeiros, que invadiam território demarcado para exploração de ouro. Jucá foi ferrenho defensor da legalização do garimpo, mas o governo Sarney acabou retirando cerca de 15 mil garimpeiros da região ao final daquele ano. Em Roraima, também criou o Disque Corrupção.