As filmagens ocorreram em Nova Gales do Sul, na Austrália, com locações em Sydney, entre o final de 1997 e setembro de 1998. Como não se previa nenhuma sequência para o primeiro Babe, a casa da fazenda dos Hoggett, construída nas terras altas da aldeia de Robertson, no sul do estado, acabou sendo demolida; para Pig in the City, a casa foi reconstruída no mesmo local. Muitas sequências foram filmadas no Fox Studios Australia, na época recém-inaugurado no local antes ocupado pelo Sydney Showgrounds, onde foram construídos o Hotel Flealands e seus arredores.[50][6] As cenas que se passam no aeroporto de Metropolis foram registradas no Aeroporto Internacional de Sydney[49] e as tomadas externas da sequência final exibem a ala norte do Sydney Hospital, situado na Macquarie Street. Entre outros pontos de referência de Sydney nos quais foram registradas sequências do filme, estão algumas áreas do centro financeiro, a ponte Pyrmont e o atualmente removido monotrilho da cidade.[6]
Assim que chegou ao set, Szubanski foi preparada para usar um dispositivo semelhante a um arnês para "voar" durante as sequências do salão de baile e afirmou que foi "a experiência mais assustadora" de sua vida, pois ela ficou "coberta de gesso com apenas um canudo em cada narina para respirar". A respeito da cena de seu "voo", ela comentou: "Os dublês são incríveis. [...] Quando os via realizar uma proeza, eu pensava: 'Parece fácil', então, quando chegava a minha vez, eu olhava para baixo e dizia: 'Oh, meu Deus!'". Em outro momento, Szubanski e Stein teriam de andar em uma bicicleta tandem, o que exigiu muito treino e persistência de ambas, uma vez que os pés de Szubanski não alcançavam o chão e toda a frenagem do veículo teve que ser feita por Stein. Sem auxílio de dublês, as duas atrizes pedalaram corajosamente em tráfego real pela ponte Pyrmont, segurando a porta traseira de uma ambulância.[25]
Cromwell também foi atraído pela ideia de realizar suas próprias sequências de ação. Em sua primeira cena, ele deveria sofrer uma queda de mais de 12 metros no fundo de um poço, cujo topo havia sido construído na locação da fazenda em Robertson e a seção transversal lateral de 12,19 metros foi erguida no Fox Studios, ao lado do set do salão de baile. Após analisar o cenário e consultar um coordenador de dublês, o ator concluiu que ele próprio poderia realizar, em etapas, a arriscada sequência. Miller concordou e, como resultado, a cena ganhou um aspecto mais realista, não precisando de cortes superficiais frequentemente vistos em sequências como essa.[25]