A USF sustenta o princípio de que uma Universidade não existe sem pesquisa e, por isso, investe em programas de Pós-Graduação Stricto Sensu que vêm mostrando sua consolidação ao longo dos anos por meio dos conceitos obtidos pela avaliação da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES).
Os cursos são ofertados nos campi Bragança Paulista e Itatiba. O corpo docente é formado exclusivamente por professores doutores, cujas linhas de pesquisa são desenvolvidas com profunda experiência na área.