Em 1951, assume no plano federal a Secretaria Geral da Campanha Nacional de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), que realizou extenso aperfeiçoamento de pessoal universitário e, em 1952, a direção do Instituto Nacional de Estudos Pedagógicos (INEP), quando cria o Centro Brasileiro de Pesquisas Educacionais (CBPE) e organiza uma rede de Centros Regionais voltados para levantamentos e pesquisas na matéria.
No final da década de 50, por ocasião dos debates no Congresso Nacional sobre o projeto da Lei de Diretrizes e Bases da Educação, lidera a campanha em defesa da Escola Pública, participando das articulações para que esse projeto privilegiasse o sistema público de ensino. Já na década de 60, participa, juntamente com Darcy Ribeiro, da criação da Universidade de Brasília, vindo a ser seu segundo reitor (1962-1 964).
A partir de 1964, é professor visitante em várias universidades norte-americanas e se dedica à publicação e reedição de seus livros, vindo a falecer no Rio de Janeiro, em março de 1971.