A Polícia Militar também entrou na mira das manifestações. Em diversos atos, manifestantes provocaram PMs gritando "Cadê o Amarildo?". O nome do ajudante de pedreiro se proliferou em cartazes e muros da cidade.
No dia 18 de julho, quatro policiais militares da UPP da Rocinha foram afastados de suas funções operacionais. Nas últimas semanas, houve troca de comando na corporação. Saiu o coronel Erir Costa Filho, exonerado, e entrou o coronel José Luís Castro Menezes.
O novo comandante da PM informou que o sumiço de Amarildo gerou investigação interna, mas disse ao UOL que não há motivo para punir policiais que levaram Amarildo.
Inicialmente sob o comando do delegado Orlando Zaccone, titular da delegacia da Gávea (15ª DP), as investigações do desaparecimento de Amarildo foram repassadas no último dia 31 para a Divisão de Homicídios, liderada pelo delegado Rivaldo Barbosa.
Na semana passada, o ex-delegado adjunto da 15ª DP, Ruchester Marreiros, pediu a prisão preventiva da mulher de Amarildo. Nas suas investigações, ele indicava o envolvimento do casal com o tráfico na comunidade. O relatório foi desconsiderado pelo delegado Zaccone.
Elizabete negou as acusações e disse que elas têm como objetivo desviar o foco de atenção das investigações sobre o desaparecimento do marido.
A mulher de Amarildo já afirmou ter certeza de que não voltará a ver o marido com vida. "Já procuramos em tudo o que é lugar e não tivemos resposta de nada. Tenho certeza de que meu marido está morto", declarou no dia 24 de julho, quando foi recebida pelo governador Sérgio Cabral.
No último dia 5, a família pediu ao Tribunal de Justiça do Estado do Rio o reconhecimento da morte presumida de Amarildo para lavrar a certidão de óbito e para que os familiares entrem com um pedido de pensão junto ao governo do Estado.
A polícia também já demonstrou não acreditar que ele esteja vivo. Nos últimos dias 7 e 8, foram realizadas buscas pelo corpo de Amarildo em uma mata próxima à sede da UPP da Rocinha e no aterro sanitário de Seropédica, na região metropolitana do Rio.