No entanto, é de salientar que esta questão não foi pacífica, uma vez que as Actas do Episcopado português sobre esta matéria dizem que dos vinte Bispos presentes na votação, dez terão votado favoravelmente para a manutenção do monumento sob a tutela da diocese de Lisboa, enquanto nove bispos manifestaram opinião contrária, contabilizando-se uma abstenção. Perante esta situação, D. Manuel Falcão, actual Bispo Emérito de Beja e na época Secretário da Conferência Episcopal, escreveu no final da mesma acta que “os Senhores Bispos já estavam muito cansados quando votaram”.
Com o decorrer dos anos, tanto o Patriarcado de Lisboa como a Diocese de Setúbal, foram verificando que do ponto de vista eclesial era de todo o interesse que o Monumento a Cristo Rei e o Seminário de Almada passassem para a jurisdição de Setúbal, uma vez que o rio Tejo é uma fronteira natural, não fazendo muito sentido que Lisboa tivesse um pequeno território administrativo em Almada. Face a isto, com o acordo da Santa Sé, o primeiro Bispo de Setúbal, D. Manuel da Silva Martins, antes de resignar, deixou todo o processo burocrático resolvido ao seu sucessor e pediu ao então Cardeal Patriarca de Lisboa, D. António Ribeiro, a passagem do referido Seminário e Santuário de Cristo Rei para a tutela diocesana de Setúbal, intenção que foi aceite com toda a naturalidade.
Contudo, a transição já não foi efectuada por estes dois bispos, uma vez que o de Setúbal cessou funções e o Patriarca de Lisboa faleceu entretanto. A entrega oficial foi assim feita no dia 21 de Julho de 1999 pelo Cardeal Patriarca de Lisboa, D. José da Cruz Policarpo, a D. Gilberto Canavarro dos Reis, segundo bispo da diocese setubalense.
Foi nomeado como primeiro Reitor do Santuário - sob a tutela da Diocese de Setúbal - o Rev.do Padre Jaime Silva, até então Pároco da Paróquia de Almada, sucedendo assim ao Cónego Manuel Pires de Campos, último Reitor do Patriarcado de Lisboa.