Os graves problemas começam com as alterações já provocadas na dinâmica dos caudais do rio, que tradicionalmente alterna ciclos de grandes cheias e de grandes secas. A região do Sudeste Asiático é assolada anualmente pela temporada das Chuvas da Monção, fortes ventos gerados no Oceano Índico que carregam pesadas nuvens na direção do Sul e Sudeste da Ásia, provocando uma fortíssima temporada de chuvas e grandes enchentes. Essas chuvas carreiam grandes quantidades de sedimentos e matéria orgânica para a calha do rio, que distribui esses materiais sobre os solos das margens alagadas.
Quando as águas baixam, as populações locais tem a sua disposição grandes extensões de solo fértil para plantar e produzir os alimentos que consumirão ao longo de todo o ano. Com a formação de sucessivas represas ao longo do rio Mekong, todo esse ciclo natural está sendo modificado: as grandes enchentes não existem mais e os antigos solos agrícolas não conseguem renovar a sua fertilidade. A produtividade de alimentos vem caindo ano após ano.