Roddenberry morreu em 24 de outubro de 1991, deixando o produtor executivo Rick Berman no controle da franquia. A The Next Generation tinha os maiores índices de audiência de qualquer série de Star Trek. Em resposta ao sucesso de TNG, a Paramount começou a desenvolver um spin-off, Star Trek: Deep Space Nine, que foi lançada em 1993. Apesar de nunca ter sido tão popular como TNG, sua audiência foi o suficiente para durar sete temporadas., terminando em 1999.
Em janeiro de 1995, alguns meses após o final de TNG, uma quarta série de televisão, Star Trek: Voyager, foi lançada. A saturação de Star Trek chegou ao máximo na década de 1990, com DS9 e VOY indo ao ar simultaneamente e três filmes da TNG sendo lançados em 1994, 1996 e 1998. Voyager foi ao ar pela UPN, se tornando a primeira série de Star Trek a ir ao ar por uma grande emissora desde a série original. Voyager também teve sete temporadas e terminou em 2001.
Um nova série prequela, Star Trek: Enterprise, que se passava antes da série original, foi produzida ao final de Voyager. Enterprise não teve altas audiências como seus antecessores e em sua terceira temporada houve ameaças de cancelamento. Fãs criaram campanhas, similar a aquela que salvou a terceira temporada da série original, para impedir o cancelamento da série. A Paramount renovou a série porém a moveu para o "horário da morte" de sexta-feira. Como a série original, a audiência de Enterprise continuou a cair e ao final de sua quarta temporada ela foi cancelada pela UPN. Seu cancelamento encerrou o período de 18 anos de produção ininterrupta de programas de Star Trek. Isso, junto com o fracasso de bilheteria de Star Trek Nemesis (2002) levou-se a acreditar que a franquia estava terminada. Berman, que havia sido responsável por muito do sucesso comercial da franquia, saiu do controle de Star Trek ao final de Enterprise.
Em 2007, a Paramount contratou um novo time criativo para reiniciar a franquia. Roteiristas Roberto Orci e Alex Kurtzman e o produtor J. J. Abrams receberam liberdade total para reinventar Star Trek. Um décimo primeiro filme, Star Trek, foi lançado em maio de 2009. O filme teve uma campanha de divulgação mirada nos não-fãs da série. Star Trek obteve sucesso de críticas e bilheteria, se tornando o filme da franquia mais rentável da história. Entre as realizações do filme, está o primeiro Oscar da série (Melhor Maquiagem). O elenco principal do filme têm contrato para mais duas sequências, com a primeira sendo lançada em 2013, Star Trek Into Darkness (Além da Escuridão - Star Trek), e o segundo, sem Abrams, foi lançado em 2016 para celebrar o 50° aniversário da franquia, Star Trek Beyond (Star Trek: Sem Fronteiras).