Haddad só deixou o cargo de ministro, em 2012, já no governo de Dilma, para disputar a eleição para prefeito da cidade de São Paulo, da qual saiu vitorioso, com 3.387.720 votos (55,5% do eleitorado). Na prefeitura, Haddad implementou programas em parceria com o governo federal como o Pronatec, Casa da Mulher Brasileira, Plano Juventude Viva e São Paulo Carinhosa. Sua gestão também ficou conhecida pela vanguarda em programas sociais como o “De braços abertos”, para população em situação de rua, o Hora Certa, na área da saúde, o fundo municipal de cultura e uma série de programas relacionados à mobilidade urbana, como o Transporte municipal 24 horas, passe único pra estudantes e beneficiários de programas sociais e ciclovias, investimento em iluminação pública e pontos de wifi gratuitos pelas praças da cidade.