A necessidade de levar a cabo uma reestruturação da defesa costeira, concretizada por D. João IV, na eminência dos ataques marítimos decorrentes das guerras com Espanha e Holanda, levou à construção de vários fortes na costa portuguesa, de que o Forte de Santiago consiste num dos mais emblemáticos e importantes exemplos.
Tal como anteriormente referido, a necessidade de proteger a costa portuguesa de eventuais ataques marítimos, após a Restauração de 1640, motivou a construção de pequenos fortes por todo o Reino. Será este o contexto da construção da Fortaleza de Santiago, ocorrida entre 1642-1649, sob traço do arquiteto e engenheiro militar neerlandês João de Cosmander (Hertogenbosh, 7 de abril de 1602 - Olivença, 20 junho de 1648), a qual resultou, muito provavelmente, do reaproveitamento das estruturas do antigo Forte de Ancua.
De acordo com a planta mais antiga da Fortaleza até ao momento identificada, datada de 1693, podemos observar que a estrutura é pautada pela dicotomia entre a área virada a mar e a área virada a terra. Se a primeira apresenta um ar eminentemente bélico, semelhante às edificações congéneres, a segunda tem um aspeto civil, indiciando a intenção de a dotar de um ar mais ligeiro e menos ameaçador para a população local, consistindo este aspeto uma verdadeira inovação para a época.