Frente à colonização francesa, alguns pontos estratégicos da Baía eram subsequentemente conquistados e ocupados pelos portugueses ao longo daqueles anos. Em 1566, uma decisão da coroa portuguesa culminaria nas ações que determinaram a conquista definitiva das terras do Rio de Janeiro. Nesse ano, Mem de Sá, governador do Brasil, saía de Salvador e se unia a seu sobrinho Estácio de Sá, que há dois já disputava o domínio das terras do rio Karioka. Em 20 de janeiro de 1567, no dia de São Sebastião, ocorreu o combate ao aldeamento de Uruçumirim, uma consolidada taba onde hoje se encontra o Morro da Glória, ocupada por centenas de tupinambás e alguns aliados franceses, sobreviventes da batalha de 1560. Mem de Sá relatou, em documento publicado posteriormente, que, mesmo com a morte massiva de indígenas e franceses, entre os “cristãos” foram também contados muitos óbitos.
Depois da batalha de Uruçumirim, muitos guerreiros indígenas foram presos e outros tantos fugiram para a região de Cabo Frio. O evento acabou se tornando uma referência da ocupação portuguesa no Rio de Janeiro, sobretudo pela memória de Estácio de Sá, morto semanas após o evento, por ter sido atingido por uma flecha envenenada na batalha.