No início do tratamento da água procede-se à etapa de pré-oxidação das substâncias presentes, nomeadamente da matéria orgânica, micropoluentes, metais e desinfeção microbiológica, com recurso a ozono produzido no local, a partir de oxigénio líquido. No caso de existir excesso de manganês e/ou ferro na água bruta, procede-se à sua oxidação através da adição de permanganato de potássio. Esta etapa de pré-oxidação com Ozono substitui, com grandes vantagens, a tradicional pré-oxidação com Cloro.
Após a pré-oxidação, procede-se a uma operação de coagulação química nas câmaras de mistura rápida (CMR), através do doseamento de Coagulante líquido (Policloreto de Alumínio), que permite desestabilizar os colóides, promovendo a formação e agregação de partículas em suspensão em flocos de maiores dimensões. Nas CMR é adicionado também Carvão Ativado em pó para eliminar por adsorção, substâncias indesejáveis presentes na água, em particular as que estão associadas ao cheiro e ao sabor.
Nas câmaras de floculação, de modo a otimizar o processo de formação de flocos, é adicionado um Floculante (polieletrólito) o qual é misturado em regime de baixa agitação.
A água coagulada e floculada passa numa zona de estabilização (desaceleração) e é decantada em decantadores convencionais do tipo lamelar. As lamas geradas no processo de decantação, são purgadas frequentemente e armazenadas temporariamente até que decorra o respetivo tratamento.
Nesta fase do processo de tratamento procede-se à destruição ou à inativação dos microrganismos patogénicos eventualmente ainda existentes na água. A desinfeção é efetuada com Cloro, de modo a garantir a existência de um residual desinfetante ao longo de todo o sistema de adução e distribuição de água aos municípios, e posteriormente até ao consumidor final.
A água tratada é armazenada em cisternas na ETA, com 11.700 m3 de capacidade total, sendo posteriormente elevada para os dois adutores do sistema: Oriental e Ocidental.
As águas residuais do processo de tratamento (correspondentes às lamas produzidas nos decantadores - espessadores, à água de lavagem dos filtros e ao filtrado da desidratação de lamas) são tratadas e reintroduzidas no início do processo de tratamento.
As lamas resultantes do processo de tratamento são desidratadas através de filtros prensa, após acondicionamento com leite de cal. As lamas desidratadas são armazenadas temporariamente e posteriormente encaminhadas para valorização.