Aos 14 anos substitui o pai, nas funções de organista da Sé de Coimbra e, dois anos mais tarde parte para Lisboa onde chega já com grande fama.
Ao contrário dos seus contemporâneos, Seixas parece nunca ter saído de Portugal, tendo-se formado muito provavelmente na escola de seu pai, herdeira da tradição organística ibérica do século XVII.
Morreu com apenas 38 anos, (a 25 de agosto de 1742, de febre reumática) e se bem que uma grande parte da sua música tenha desaparecido aquando do terramoto de 1755, o pouco que nos chegou, apresenta-o como um compositor cheio de génio, digno representante da escola portuguesa.
Na mesma altura, D. João V contrata Scarlatti (cravista italiano para professor da sua filha D. Maria Bárbara e seu tio, o infante D. António) que ficou impressionado com o talento do músico português, quando o ouviu tocar.
Reza a história que, tendo o Infante D. António sugerido que Seixas tivesse lições com Scarlatti, este tenha respondido que deveria ser o músico português a dar-lhe lições a ele.
As sonatas de Carlos Seixas reflectem a ambiguidade estilística do período de transição das épocas Barroca e Clássica. Possuindo uma elegância e inspiração melódica, o seu fraseado é de carácter irregular e assimétrico e a sua linguagem é simples. As sua obras podem encontrar-se na Biblioteca Nacional de Lisboa, Biblioteca do Palácio Nacional da Ajuda e na Biblioteca Geral da Universidade de Coimbra.