Sendo um órgão integrante do Sistema Nacional de Saúde, tem por finalidade o estudo, o planejamento, a execução e o controle dos assuntos relativos à saúde pública no Estado do Amazonas, competindo-lhe especialmente:
IV- Elaborar, executar e ou coordenar a execução de Planos, Programas de Assistência médico-sanitária e hospitalar à população;
V- Coordenar todas as ações de saúde desenvolvidas no Estado pelas entidades Federais, Estaduais, Municipais e Autárquicas, de caráter público e particular;
VII- Coordenar supervisionar ou executar as ações relacionadas com o sistema de Informações de Saúde;
VIII- Estabelecer normas técnico-científicas relativas às ações de promoção, proteção e recuperação de Saúde e fiscalizar seu cumprimento;
IX- Assistir técnica e financeiramente os Municípios visando a implantação e operação dos serviços básicos de saúde à população local.