Trata-se da história de Chise Hatori, uma jovem de 15 anos, que teve uma vida difícil: o seu pai abandonou-a e a sua mãe suicidou-se e, para tornar as coisas ainda mais complicadas, ela teve a capacidade de ver espíritos e monstros estranhos à sua volta durante toda sua vida. Como ninguém na sua família queria acolhê-la, ela vê-se na estranha posição de ser leiloada num leilão como uma "sleigh beggy" (alguém capaz de absorver toda a magia ao seu redor) e a ser rapidamente comprada por um homem misterioso com crânio animal como cabeça. Esse indivídio misterioso leva-a para a sua pacata casa rural. O seu nome é Elias Ainsworth e ele pretende que Chise seja a sua aprendiz de magia… E a sua futura noiva!