De volta ao Brasil, suas ideias ultraliberais pouco se coadunavam com o pensamento reinante nas duas mais importantes Faculdades de Economia do Rio, a FGV, meca da ortodoxia, e a PUC-Rio, polo heterodoxo. Em ambas, ele chegou a dar aulas como professor horista (tempo parcial), mas não se ambientou.
Além do ideário exótico à época, contribuiu para seu isolamento a baixa propensão a escrever e a publicar. A história registra também pelo menos um conflito entre Guedes e alunos da pós-graduação. Estes acusavam-no de negligência nas obrigações docentes, enquanto Guedes dizia que as críticas eram motivadas pelo baixo aproveitamento da turma.
Na época, os “Chicago boys” (denominação depreciativa para os conselheiros econômicos oriundos da universidade) assessoravam o regime militar chileno encabeçado pelo general Augusto Pinochet. Guedes chegou a dar aulas na Universidade do Chile, mas uma busca da polícia chilena em seu apartamento e o incômodo da família com um terremoto fizeram-no voltar ao Rio.
Em 1983, deu os primeiros passos no mercado financeiro ao participar da fundação do Banco Pactual, onde chegou a ocupar a proeminente posição de sócio e estrategista-chefe.
Foi dessa posição que combateu o Plano Cruzado, do governo José Sarney (1985-1990), à frente do qual estavam alguns de seus ex-colegas da PUC Rio, como Pérsio Arida, André Lara Resende e Edmar Bacha, este último também veterano da UFMG.
Pelos ataques ao plano e, especialmente, ao controle de preços, foi apelidado de “Beato Salu”, referência ao pregador alucinado que previa o iminente fim do mundo na novela de TV Roque Santeiro.
Transplantadas para os terrenos da política e das finanças, as rusgas acadêmicas dos anos 1980 deixariam marcas profundas. O Pactual teve dificuldades com o Banco Central (BC) comandado por Luiz Carlos Mendonça de Barros, que se recusou a autorizar a instituição a atuar como banco de investimentos. O então presidente do BC e Guedes estavam em campos opostos em relação ao Plano Cruzado. O sinal verde acabou vindo durante uma licença de Mendonça de Barros por motivos de saúde.
No fim dos anos de governo Sarney, Guedes passou a atuar na coordenação do plano econômico do candidato à Presidência Guilherme Afif Domingos (PL). Apresentando-se como liberal numa conjuntura marcada pela queda do Muro de Berlim, Afif foi relegado às margens de uma disputa marcada pela polarização entre Fernando Collor, do minúsculo PRN, e Luiz Inácio Lula da Silva, em sua primeira candidatura presidencial pelo PT. O candidato do PL teve 4,8% dos votos.
Distante da carreira universitária e com as portas momentaneamente fechadas na política, Guedes dedicou-se com afinco ao mercado financeiro. Nessa seara, é tido como meticuloso e arrojado: fundou bancos e fundos de investimento, fez parcerias com fundos de previdência de estatais e expandiu negócios para áreas tão diversas como ensino superior, energia e óleo e gás.
Seu endereço profissional atual é o Bozano Investimentos, fundo que chegou a administrar cerca de R$ 2,7 bilhões em plataformas de private equity e asset management, mas detinha no início de outubro sob sua gestão apenas R$ 316,3 milhões.