As nascentes do rio, que também ficaram fora das terras indígenas, estão comprometidas pelo assoreamento. Se não fosse pelas terras indígenas que preservam quase 40% da bacia, possivelmente toda essa região já teria sido ocupada.
Quando a floresta é retirada, a chuva lava os solos e carrega os sedimentos para dentro dos rios; a água fica turva e muitos peixes desaparecem. Além disso, no sistema de monocultura a baixa rotatividade exige a aplicação de maiores quantidades de insumos agrícolas para manter a fertilidade do solo. Uma pesquisa realizada pelo Instituto Agronômico de Campinas mostra que no ano de 1997 cerca de 10 milhões de toneladas de fertilizantes foram utilizados nos 40 milhões de hectares cultivados com grãos no país. Essa grande quantidade de insumos sobre as camadas superficiais do solo, vem causando também à contaminação de águas superficiais.
Hoje a principal liderança xinguana é o cacique Aritama, da tribo Yawalapiti. Ele é o responsável por negociar com o governo as questões que envolvem a reserva. Atualmente o principal impasse entre o governo e os índios xinguanos é a construção da Usina hidroelétrica de Belo Monte. A obra prioritária do Programa de Aceleração do Crescimento que visa geração de energia afetará cerca de 3,2 mil famílias, de acordo com cálculo de organizações locais.
A ultima vez que o governo reuniu-se com os índios para debater sobre a usina o engenheiro da Eletrobrás, Paulo Fernando Rezende, acabou ferido por guerreiros do povo Kayapó.
Um dos pontos mais contestados pelos indígenas diz respeito ao impacto da construção da barragem sobre os peixes do Rio Xingu. O desequilíbrio do ciclo ecológico com a cheia permanente afetará a vida dos peixes, base alimentar para a subsistência de indígenas da região.