A atividade de investimento em empresas consiste na aplicação de recursos do FNDCT em Fundos de Investimento em Participações (FIP) e em Fundos Mútuos de Investimentos em Empresas Emergentes (FMIEE), regulamentados pelas Instruções CVM 391/03 e 209/94, conhecidos como fundos de venture capital e private equity, respectivamente.
A participação dos fundos nas empresas se dá através de efetiva influência no processo decisório e de planejamento estratégico. A principal instância de participação dos gestores é o conselho de administração, mas não raramente o fundo é responsável por indicar executivos para a empresa.