Eu sempre estou utilizando os codecs atualizados. Ja tive problemas com meu iPod video tambem. O pior que no caso do filme da Deu a Louca na Chapeuzinho, ate mesmo depois de convertido o filme, eu rodo no computador e tambem esta fora de sincronismo.
Eu não tenho iPod video nem Touch .... AINDA! Mas já converti uma infinidades de videos baixados na net com o QuickTime. Ocorre que eu tenho o QuickTime PRO e todos os codecs existentes para ver esses filmes Divx e Xvid da vida. Tudo que converti e enfiei legenda etc etc estão OK hoje. De fato eu já tive esse problema de sincronismo no passado, provavelmente por falta do codec atualizado. Hoje está tudo tranks. Sugiro correr atrás dos codecs e atualizações em geral para o sistema e seus softs.