O Programa Wajãpi é o mais antigo, e mesmo anterior à fundação do Iepé. As atividades junto a este povo se iniciaram em 1992, no âmbito do Centro de Trabalho Indigenista – CTI.
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Programa Oiapoque	
O Programa Oiapoque atua desde 2008 em parceria com os povos Karipuna, Galibi Marworno, Galibi Ka’lina e Palikur que habitam as Terras Indígenas Uaçá, Juminã e Galibi, na fronteira com…
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Programa Tumucumaque	
O Programa Tumucumaque (PTMC) foi criado em 2006, tendo como foco inicial ações de valorização cultural junto aos povos oficialmente reconhecidos como Tiriyó…
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Programa Zo’é	
Embora o Programa Zo’é tenha sido criado em 2016, a atuação de membros fundadores do Iepé junto a este povo teve início ainda na década de 90, quando foram realizados…
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Áreas de atuação
Os principais interlocutores do Iepé são os povos e comunidades indígenas do Amapá e norte do Pará que vivem em 10 Terras Indígenas legalmente reconhecidas.