Existe uma saída que não requer customização: Você pode criar domínios (Domínio dentro do Ax, e não no Active Directory) agrupando empresas dentro deles, e dar acesso aos usuários somente aos domínios que contém as empresas que eles deverão acessar. Desta forma, ele ainda consegue trocar de empresa pela barra de status, mas não consegue fazer nada nela. O ruim desta solução, é que se o usuário por acidente escolher a empresa errada, ele terá que fechar e abrir o Ax para poder voltar a mexer no sistema.
Outra saída, é fazer uma customização, onde você atribui empresas por usuário, e no momento da listagem das empresas (no formulário de empresas), fazer valer esta relação, ou seja, o usuário só poderá selecionar empresas para as quais ele tiver sido atribuído. Esta solução deve ser implementada.