Os atletas tomados reféns, um policial alemão e cinco terroristas morreram durante a operação de libertação. Esse foi o dia mais horrível do meu longo mandato como integrante do governo alemão. "Eu não desejo essa experiência para ninguém, disse", mais tarde. Genscher havia se empenhado pela libertação dos reféns sem emprego da violência.
De 1974 a 1992, Genscher foi ministro do Exterior e, concomitantemente, vice-chanceler, inicialmente no governo do chanceler Helmut Schmidt. Em 1982, o FDP rompeu com os social-democratas, abrindo a possibilidade de uma coalizão com os conservadores da União Democrata Cristã (CDU) e da União Social Cristã (CSU). Genscher foi muito criticado por essa decisão. Mais tarde, ele diria que ela não foi fácil, também porque tinha um grande apreço por Schmidt, que ele via como uma personalidade forte.