O inquérito também é alvo de questionamento da procuradora-geral, Raquel Dodge, que questiona a competência da Corte para abrir e conduzir a investigação - ela quer saber quem são os alvos do processo. O jornal O Estado de S. Paulo apurou que o inquérito não cita nomes, mas entre os alvos estão os procuradores Deltan Dallagnol e Diogo Castor, além de auditores da Receita Federal. A ação da Rede diz que, "a prevalecer o objetivo por ele pretendido, a própria Suprema Corte estaria a editar, em pleno regime democrático, mecanismo de auspícios análogos ao do famigerado AI-5, dispondo de ferramental para intimidar livremente, como juiz e parte a um só tempo, todo aquele que ousar questionar a adequação moral dos atos de seus membros'.
Em parecer sobre a ação do partido, o advogado-geral da União, André Luiz Mendonça, a secretária-geral de Contencioso, Isabel de Andrade, e a advogada da união Carolina Vasconcelos defendem que o Supremo tem a prerrogativa para abrir e conduzir a investigação, o sigilo dos autos, e ainda rechaça o argumento de que o inquérito não possui alvos específicos. Para a AGU, o presidente do STF, Dias Toffoli, agiu "dentro de sua atribuição de velar pelas prerrogativas da Corte e diligenciar pelo resguardo da integridade dos órgãos da instituição".