Um importante rio desta Microbacia é o rio Cedro, com maior comprimento de curso d’água (aproximadamente 51 km). Este rio nasce no interior da reserva do Aguaí e percorre a Área Particular de Preservação Ambiental São Francisco, onde nascem o rio Cantão e Águas frias.
A beleza de suas águas naturais é caracterizada pela brusca variação topográfica do relevo. Pelas encostas rochosas lançam-se inúmeras cachoeiras, com os mais belos cenários, como a Cachoeira da Clinica e Salto do Rio Cantão.