Voltando a Lisboa (1749), foi nomeado secretário dos Negócios Estrangeiros por Dom José I (1750) e, em pouco tempo, adquiriu poderes absolutos, praticamente dirigindo o governo por quase 30 anos.
Lisboa destruída por um terremoto (1755), foi sua oportunidade de assumir poderes ditatoriais: proclamou a lei marcial e enfrentou a situação com mão de ferro.
Impediu a fuga da população amotinada e determinou a imediata inumação dos quarenta mil cadáveres espalhados pela cidade, e por fim, reconstruiu e transformou a capital em uma cidade moderna.
Sufocou o motim dos taberneiros e da população do Porto (1757), provocado por uma alta de preços que se seguiu à criação da Companhia Geral de Agricultura dos Vinhos do Alto Douro, e executou seus líderes (1759), acusado-os de atentados contra o rei.
Condecorado como primeiro conde de Oeiras (1759), promulgou uma reforma dos estudos menores, com a implementação do ensino comercial (1759) e criou outras instituições, como a Impressão Régia e bibliotecas, assim como cursos de náutica e de desenho no Porto.
Expulsou os jesuítas Companhia de Jesus de Portugal e das colônias por se oporem às suas reformas educacionais, e o seqüestrou seus bens.