Em 1979, al-Bakr começou a fazer acordos com a Síria, também sob a liderança do partido Ba'ath, que levaria a unificação entre os dois países. O presidente sírio, Hafez al-Assad se tornaria vice-líder de uma união, e isso levaria Saddam à obscuridade. Saddam agiu para garantir sua permanência no poder. Ele forçou o doente al-Bakr a renunciar em 16 de julho de 1979, e assumiu formalmente a presidência.
Saddam assumiu então os títulos de chefe de Estado, presidente do Conselho do Comando Supremo da Revolução, primeiro-ministro, comandante das Forças Armadas e secretário-geral do partido Ba'ath. Quinze dias depois, uma suposta conspiração surgida entre os membros do partido do recém-nomeado líder máximo do Iraque terminou com a execução de 34 pessoas, entre elas membros do exército e alguns dos mais íntimos colaboradores de Saddam Hussein.[23][24]
A operação Anfal foi uma campanha de genocídio[25] contra o povo curdo (e outras etnias) no Curdistão iraquiano sob ordens de Saddam Hussein e comandado por Ali Hassan al-Majid. A campanha foi uma série de ataques contra rebeldes de peshmerga e contra a população civil curda no norte do Iraque, conduzida entre 1986 e 1989, culminando em 1988. Esta campanha também mirou os shabaks, os yazidis, os assírios, os turcomanos e os mandeístas, além de outras pequenas etnias não sunitas. Relatórios indicam que os exércitos de Saddam foram responsáveis pelos assassinatos de mais de 250 000 civis iraquianos.[26][9]
Tendo sido ardoroso admirador de Stalin na adolescência, como presidente, Saddam acabou por desenvolver um culto à personalidade característico do regime totalitário de Stalin.[27][28][29] Tinha milhares de retratos, cartazes, estátuas e pinturas murais erigidas em sua honra por ruas e avenidas de todo o Iraque, criação de uma imagem de islamita devoto e bom pai de família (embora fosse considerado um cético do ponto de vista religioso e apreciasse bebidas alcoólicas proibidas pelo Islão), ao mesmo tempo que eliminava violentamente toda a oposição política e censurava à imprensa. Saddam acabou por parecer, aos olhos do iraquiano comum, como o retrato da autoridade infalível, ainda que tirânica.[27]