O Museu esteve instalado desde 1992 na histórica Fortaleza de São Tiago, no Funchal, um espaço lindo mas que acabou se tornando pequeno conforme o acervo foi aumentando. Então, o Museu foi transferido em 2015 para o Centro das Artes – Casa das Mudas. Uma mudança importante para acolher todo o acervo de obras da arte contemporânea portuguesa.
O espaço Casa das Mudas já funcionava, desde 2004, como um centro de artes com exposições temporárias e uma programação variada em seu auditório. Aém de ser um belíssimo espaço, tem uma vista do Oceano Atlântico de tirar o fôlego e aqui de cima é possível ter uma das melhores vistas da Praia e da Marina da Calheta.
O novo Museu dispõe de uma área de 1800 m2, com reservas, áreas técnicas, centro de documentação, auditório, cafeteria e loja.
A coleção que encontramos no Museu tem importantes obras de arte dos anos 60, tendo sido engrandecida esta coleção nos anos 90, sendo hoje uma importante referência nacional da produção artística portuguesa.