A linha de pesquisa em saneamento se dedica a estudar e acompanhar os serviços do setor (abastecimento de água, esgotamento sanitário, manejo de resíduos sólidos e águas pluviais). Assim, realiza estudos sobre a situação dos serviços através de indicadores de acesso, qualidade e gestão, bem como discute as políticas públicas que são implementadas para o desenvolvimento do setor e as suas consequências na saúde da população e na economia.