O kefir está contraindicado em caso de câncer no sistema gastrointestinal, não deve ser consumido 2 horas antes e depois de tomar remédios com bifosfanato, fluoretos ou tetraciclinas, apenas para evitar que interfira na absorção do medicamento. A fermentação do kefir leva à uma pequena produção de álcool e por isso pode ser prejudicial para portadores de doenças do fígado.