Com base na Lei Municipal nº 1.467/2012, que "Dispõe sobre o Sistema de Controle Interno do Município de Boa Esperança/ES e dá outras providências", integram o Sistema de Controle Interno Municipal os Poderes Executivo e Legislativo, incluindo as Administrações Direta e Indireta, de forma integrada, ou seja, todas Secretarias da Prefeitura Municipal, a Câmara Municipal e o Instituto de Previdência e Assistência dos Servidores (IPASBE). Não há subordinação dos Poderes e órgãos citados a um controle único no município, mas sim, ao controle instituído no âmbito de cada um deles, resguardando a sua autonomia e independência. A integração entre os Poderes e órgãos referenciada no texto constitucional sobre o Sistema de Controle Interno não envolve subordinação de um ao outro, mas a harmonia e obediência a um mesmo comando legal.
Conforme artigos 59 a 63 da Lei Municipal nº 1.574/2015, a CGM é composta também pela Área de Apoio a Controladoria, que exerce o controle interno por meio de auditorias, inspeções, verificações e perícias, objetivando preservar o patrimônio municipal e controlar o comportamento praticado nas operações.
São as Secretarias Municipais com seus Departamentos e Setores, a Câmara Municipal e o IPASBE.
As diversas unidades componentes da estrutura organizacional dos Poderes Executivo e Legislativo, abrangendo as administrações Direta e Indireta, ou seja, cada setor cria as suas instruções normativas, com o apoio da CGM, e após é enviada para aprovação do Gestor. (Artigo 3º, §§ 1º e 2º do Decreto Municipal nº 1.188/2012).
Em nosso município foram divididos em 20 sistemas, cada um com seu Órgão Central (Unidade Executora responsável). Esses sistemas administrativos dividem a administração, considerando as suas características específicas, em grandes grupos de atividades, tais como: controle interno, planejamento e orçamento, compras, licitações e contratos, tributação, contabilidade, recursos humanos, saúde, educação, transportes, etc. Estão listados no artigo 2º do Decreto Municipal nº 1.188/2012, que "Regulamenta a aplicação da Lei Municipal nº 1.467/2012, que Dispõe sobre o Sistema de Controle Interno do Município de Boa Esperança".