Inicialmente os jesuítas, e, algumas décadas após, os franciscanos, empreenderam com vigor e coragem a obra da salvação dos gentios japoneses. Empolgantes lances e dolorosas decepções, a par de conversões espetaculares, acompanharam passo a passo esses valentes soldados de Cristo. Em menos de meio século, eram já cerca de 300 mil cristãos no Império do Sol Nascente, e esse número tendia a aumentar cada vez mais.
Porém, a missão progredia em ambiente hostil à Fé, num país conturbado pela guerra civil. Sua reunificação, iniciada por um senhor feudal chamado Nobunaga, estava em processo de consolidação. Mas, com a súbita morte deste em 1582, seu sucessor, Hideyoshi, submeteu a nação a um despótico governo baseado na força das armas.
De início, Hideyoshi não perseguiu os católicos. Com o passar do tempo, porém, percebeu que seus vassalos convertidos ao Catolicismo - muitos dos quais ocupavam postos de destaque no exército - constituíam um empecilho para a realização de seus desígnios ditatoriais; e que a Lei de Deus era um obstáculo para os seus desmandos morais.
Em conseqüência, assinou em 1587 um decreto de expulsão dos missionários. Devido às medidas de prudência tomadas pelos jesuítas, essa iníqua decisão não foi executada. Não só permaneceram lá os filhos de Santo Inácio, mas, a partir de 1593, começaram a chegar missionários franciscanos provenientes das Filipinas, intensificando-se mais ainda a obra de evangelização.
Nessas delicadas circunstâncias, deu-se em 1596 o lamentável incidente do naufrágio do galeão espanhol San Felipe, no litoral japonês. Tendo ficado sem leme, devido à tempestade, a nau encalhou e começou a afundar. A tripulação e os passageiros, missionários franciscanos vindos das Filipinas, foram salvos em pequenos barcos. Houve tempo também para retirar toda a carga, constituída de preciosos tecidos de seda.