O programa está organizado a partir de uma estrutura pedagógica de ensino em serviço que envolve uma carga horária total de 5.760 horas, distribuídas em 60 horas semanais ao longo de dois anos (anos R1 e R2). A estrutura curricular contempla a área temática Atenção Básica/Saúde da Família e suas atividades estão organizadas em dois conjuntos principais, de acordo com o caráter predominante das mesmas: Atividades de Formação (AF), com 1.152 horas (20% da carga total do programa) e Atividades de Ensino em Serviço (AES) com 4.608 horas (80% da carga total do programa).
As atividades da residência estão inseridas neste processo com a participação dos residentes em quatro equipes de Estratégia de Saúde da Família, desenvolvendo ações que visam à promoção da saúde, prevenção das doenças e recuperação dos agravos. Nestes campos de atuação são realizados: acolhimento, atendimento individual, atividades em grupo, visitas domiciliares, programações eventuais, entre outros.
No segundo ano da residência, além da atuação junto das ESFs, os profissionais residentes vivenciam por um período, em diversos setores do sistema, contribuindo com intervenções no local, através das trocas de saberes. Esta experiência tem se tornado de grande valia, pois tem contribuído para a formação de profissionais com experiência em diversos setores do complexo sistema de saúde. A inserção dos profissionais de saúde residente complementa o trabalho das equipes dos vários setores do sistema, com a participação no processo de trabalho. Neste sentido, as vivências têm possibilitado acompanhar as transformações do modelo assistencial de forma a fortalecer a atenção básica através de equipes multiprofissionais.
Além disso, a FUMSSAR conta com os residentes para organização e execução das programações institucionais, como por exemplo: mobilização de combate ao câncer de mama, campanha de prevenção da AIDS, carnaval saudável, campanhas de vacinação e de combate à violência no trânsito. Ressalta-se também a participação efetiva dos residentes nas instâncias de controle social. No Conselho Municipal de Saúde os residentes têm uma vaga como conselheiro. Na organização e debates da 10ª Conferência Municipal de Saúde houve importante participação dos residentes, inclusive com a escolha de um residente como conselheiro para a 6ª Conferência Estadual de Saúde realizada em 2011. Em abril do ano de 2013, houve também a participação dos residentes na 1ª Plenária Municipal de Saúde.