O Colégio Bom Pastor, anteriormente denominado como Escola Santa Maria Eufrásia sempre teve como sua mantenedora o Instituto Bom Pastor (desde 16/07/1901) representado pelas "Irmãs Religiosas da Congregação Nossa Senhora da Caridade do Bom Pastor". A Instituição foi de início instalada no Convento da Lapa, e, só em 1957, transferida para o endereço atual, à rua Waldemar Falcão, 567, Brotas. Antes da inauguração da Escola Santa Maria Eufrásia, o Instituto Bom Pastor manteve um orfanato durante muitos anos, onde acolhia crianças, jovens e idosos. Também, nesta época, funcionava uma fábrica de macarrão e uma padaria e a renda auxiliava na manutenção das obras sócio-assistenciais do Instituto. No início da década de 70, surgiram algumas dificuldades com as indústrias. Diante disso, a Congregação optou por criar uma escola, a partir da orientação dos padres vinculados à Instituição, para continuar a manter as obras sociais do Instituto. A Escola Santa Maria Eufrásia começou a funcionar como instituição escolar dedicada a Educação Infantil e foi ampliando os ciclos escolares progressivamente, e durante muitos anos atendeu crianças e adolescentes até a 8ª série do Ensino Fundamental. Assim, surgiu a necessidade de expandir sua oferta e, em 2001, foi implantado o Ensino Médio. No ano de 2009, a Instituição iniciou um novo projeto de educação tendo como referência as inovações tecnológicas, a educação inclusiva, as reflexões étnicas raciais e a ampliação do Ensino Fundamental de nove anos. A partir de outubro de 2009, conforme parecer CEE nº0032010-6/2009, a Escola Santa Maria Eufrásia passa a ser conhecida como Colégio Bom Pastor. A alteração de nome fundamenta-se na concepção de modernidade, que a instituição pretende seguir nesta nova etapa do desenvolvimento de suas atividades. O Colégio Bom Pastor instaura-se no tempo e espaço, como uma instituição comprometida com a instância educacional, que se fundamenta na base mediadora e articuladora de um projeto social, pautado nos valores humanos e um projeto político pedagógico centrado numa educação questionadora, crítica e transformadora da sociedade pós-moderna.