Quando a ação foi apresentada em julho, o juiz Márcio de França Moreira, da 8ª Vara Federal do Distrito Federal, determinou que o processo fosse remetido para Santa Catarina, que havia julgado um caso semelhante envolvendo Salles. A medida desagradou tanto a União quanto a Procuradoria - ambos pedem que o processo continue em Brasília, sendo que o governo quer que ele seja julgado pela 1ª Vara Federal enquanto o MPF defende a competência da 8ª Vara.
Salles é acusado pelo MPF de cometer 'desestruturação dolosa' e 'esvaziamento' de políticas ambientais para 'favorecer interesses que não têm qualquer relação com a finalidade da pasta'.
Entre as medidas adotadas pelo ministro estão a exoneração de servidores do Ibama que participaram de operação contra o garimpo, o esvaziamento do Conselho Nacional do Meio Ambiente (Conama) e a consequente concentração de poder de decisão nas mãos do governo e, recentemente, a declaração sobre 'passar a boiada' em regulamentos ambientais durante reunião ministerial do dia 22 de abril.
Em manifestação enviada ao TRF-1 no último dia 1º, a Advocacia-Geral da União (AGU) alegou que 'não é possível concluir' que o aumento do desmatamento no Brasil são reflexos de ações e atos do ministro de Salles à frente do Ministério do Meio Ambiente.