Essa capela foi construída como casa de oração do Asilo de Nossa Senhora da Anunciação e Remédios, fundada pelo incasável missionário, em 1572. Enquanto se realizavam as obras do recolhimento e da capela, concluídas ambas em agosto de 1753, o asilo funcionou em casa do Padre José Teles Vidigal, no então Largo de João do Vale(atual Praça Benedito Leite), onde está a Escola Técnica do Centro Caixeiral do Maranhão.
Vinculadas por Malagrida às Ursulinas do Coração de Jesus, as recolhidas, cedendo as pressões para que estabelecessem a maior distância possível da memória ultrajada de seu benfeitor e pai espiritual, tiveram, em 1768, deferimento do pedido para que trocassem o seu instituto pelo das agostinianas de Santa Mônica, livrando-se, assim, da antiga "vestimenta e hábitos para não conservarem em si o menor indício dos ditos jesuítas".
Em 1871, D. Luís da Conceição Saraiva inaugurou as novas instalações do Recolhimento, a que dera reorganização em 1865, criando um colégio - o de Nossa Senhora da Anunciação e Remédios - além do de Santa Teresa, e incorporado a ele o Asilo de Santa Teresa, em razão da Lei No 918, de 20.jul.1870.
Em sucessão às Agostinianas, chegaram, a 19 de janeiro e 1894, as Irmãs Dorotéias Virginia Janozzi, provincial, Dorotéia Morais, superiora, Maria Carolina Beltrão e Francisca Cunha. A 6 de janeiro, após cerimônia religiosa oficiada na Capela do Recolhimento, foram solenemente empossadas na direção do estabelecimento pelo Bispo D. Antônio Alvarenga.
Além de painéis e azulejos antigos, de bela pia de pedra lioz e das lápides existentes na sala mortuária, merece referência, na Capela de Nossa Senhora da Anunciação e Remédios, um banco tosco em que, reza a tradição, o Padre Malagrida "costumava dormir e descansar das fadigas de seu apostolado".