O povoamento do local foi iniciado, provavelmente, em 1615, quando padres capuchinos iniciaram as obras das primeiras igrejas e conventos da região.
Em 1799, por Edital de 10 de janeiro, foi criada a Freguesia de São Sebastião de Araruama.
Até 1852 a Freguesia fez parte do município de Cabo frio, porém, a partir de outubro desse mesmo ano, passou a pertencer ao de Saquarema. Em fevereiro de 1859, tornou-se sede deste último, devido a extinção da Vila de Saquarema e a criação da Freguesia de São Sebastião de Araruama.