A frequência de tumores cromossomicamente instáveis ??é aumentada em adenocarcinomas de junção gastroesofágico, e a maioria dos tumores positivos para o vírus Epstein-Barr foi localizada no fundo ou no corpo do estômago. Os tumores positivos para este vírus ocorrem principalmente em homens (81%).
A mutação germinativa em um gene de reparação é herdada, e provoca a síndrome de Lynch, ou síndrome não poliposa colorretal hereditária, que na maioria das vezes conduz à neoplasia colorretal, à neoplasia do endométrio, e a neoplasias gástricas, mas a mutação germinativa também surge em até 10% das neoplasias gástricas famíliares.
A classificação molecular baseada no gene HER2 (também conhecido como ERBB2) foi introduzida para as neoplasias gástricas devido a implicações terapêuticas. O HER2, o qual é um membro do receptor do fator de crescimento epidérmico humano da família de proteínas, é uma tirosina quinase de receptor transmembrana que regula a proliferação celular, diferenciação, e sobrevida de adenocarcinomas gástricos são HER2 positivo. Alguns estudos relataram que o status HER2-positivo em Câncer gástrico está associado com a piora do prognóstico, aumento da agressividade da doença e sobrevida diminuída; outros estudos, porém, têm relatado nenhum valor prognóstico para o status HER2.