Outra facilidade é no pós-install, não necessitando o download da aplicação, isso é uma “mão na roda” para quem tem Internet ruim.
Alguns contras são: Não ter downloads automáticos da aplicação, e nem sempre uma maior integração ao sistema, seu tamanho normalmente será maior que um “.DEB/.RPM”.
É uma ótima opção para utilizar softwares, que nem sempre você queira atualizar por algum motivo. No meu caso, uso o Kdenlive neste formato, pois tenho maior controle sobre sua versão, posso testar outras sem impactar meu sistema operacional, além de poder editar algum vídeo caso esteja numa máquina sem acesso a Internet que não tenha o Kdenlive.
Se você quer utilizar os softwares nas versões atuais sem adicionar um repositório instável ao seu sistema, o Flatpak é perfeito nestes casos.