Em Portugal, as ameaças a que, actualmente, está sujeita a população de lobos são sobretudo a escassez de recursos alimentares (ausência de presas selvagens e/ou regressão da criação de gado em regime extensivo), a escassez de áreas de refúgio, a fragmentação do habitat e a mortalidade causada pelo Homem (e.g. furtivismo, envenenamento, atropelamento).
Na área a sul do Douro, é de salientar o isolamento e a fragmentação da pequena subpopulação que aí ocorre, uma vez que condicionam a sua viabilidade.
Em Portugal, existe legislação específica que confere ao lobo o estatuto de espécie estritamente protegida – Lei nº 90/88, de 13 de Agosto e Decreto-Lei n.º 139/90, de 27 de Abril. Esta legislação regulamenta, entre outros aspectos, o sistema de compensações financeiras aos proprietários alvo de prejuízos causados por este predador sobre os efectivos pecuários.