As linhas de um programa de pós-graduação stricto-sensu representam a capacidade instalada de pesquisa do corpo docente desse mesmo programa. Definem áreas do conhecimento e temas que são objeto do trabalho científico dos pesquisadores, técnicos, estudantes e docentes.
O DHJUS possui duas linhas de pesquisa:
LINHA 1: DIREITOS HUMANOS E FUNDAMENTOS DA JUSTIÇA
Investigar a fundamentação da justiça, do direito e dos direitos humanos nos principais sistemas de pensamento contemporâneos. Pesquisar e propor soluções para as deficiências de efetivação dos direitos diante dos problemas sociais mais complexos submetidos à regulação ou mediação pelos sistemas de justiça. Os projetos desenvolvem o mapeamento dos principais indicadores de violações de direitos humanos e constroem respostas adequadas para cada uma das áreas investigadas. Criar protocolos e rotinas mais eficientes para aprimorar o atendimento às comunidades tradicionais, indígenas, quilombolas, imigrantes e demais povos amazônicos, assumindo, por princípio, a necessidade de melhor compreensão de suas identidades, necessidades particulares e a defesa da riqueza da multiculturalidade amazônica.
LINHA 2: POLÍTICAS PÚBLICAS E DESENVOLVIMENTO DA JUSTIÇA
Investigar e propor soluções para o aperfeiçoamento das instituições do sistema de justiça. Revisar e reconstruir práticas institucionalizadas e políticas públicas para efetivação de direitos, estudando novos meios e procedimentos com o uso da tecnologia e com a aplicação de metodologias inovadoras. Pesquisar e propor respostas para as dificuldades de acesso e humanização da justiça em razão das limitações impostas à melhor gestão e solução eficaz de demandas na região amazônica ocidental. Construir parâmetros científicos para combater a fragilidade econômica, a corrupção, o aumento da criminalidade e do crime organizado e outros problemas correlatos que afetam o desenvolvimento amazônico em áreas transversais de relacionamento com o sistema de justiça, tais como a segurança pública, sustentabilidade, organização social do espaço urbano e rural, a saúde, a economia e a educação.