O Grande Oriente teve como o seu Grão-Mestre, José Bonifácio de Andrade e Silva, que era Ministro do Reino e de Estrangeiros, e acabou deixando o cargo para Joaquim Gonçalves Ledo. Na opinião de CASTELANI[35] havia, sem sombra de dúvida, uma luta ideológica entre os grupos de José Bonifácio e de Ledo Enquanto o primeiro defendia a independência dentro de uma união brasílico – lusa-perfeitamente exequível, o segundo, pretendia o rompimento total com a metrópole portuguesa, o que poderia tornar difícil a transição para país independente. O autor acrescenta que “essa luta não era limitada, evidentemente, às paredes das Lojas maçônicas, assumindo caráter público e se estendendo, inclusive, através da imprensa” [36].
As divergências entre Ledo e Bonifácio, viriam a público, com lançamento do “O Revérbero Constitucional Fluminense”, dirigido por Ledo e outro jornalista chamado, Cônego Januário, também maçom. O Revérbero teve uma atuação e influência no movimento emancipador, que refletia o pensamento liberal. Para combater as ideias pregadas por Ledo, José Bonifácio, lança, então, o “Regulador-Brasílico-Luso”, que veio a ser publicado, em 29 de julho de 1822. Segundo historiadores, foi José Bonifácio, o mentor da entrada de D. Pedro na Organização maçônica no Brasil. Por convite de José Bonifácio, D. Pedro teria se iniciado na Maçonaria, segundo os registros na Loja Comércio e Artes em 02 de agosto de 1822 e que o mesmo veio a ser Grão Mestre no mesmo ano.
“José Bonifácio, Gonçalves Ledo, o Grande Oriente maçônico e os patriotas que reuniram no consistório da Igreja Rosário no Rio de Janeiro, foram as grandes forças que ao final, desdobraram a teoria da Independência. Gerada nos quadros da revolução Francesa, na liberdade das colônias americanas, na Inconfidência Mineira, nas revoluções de Pernambuco e Bahia, teve sua apoteose no Grito do Ipiranga” [37],
José Joaquim da Rocha é apontado entre alguns historiadores, que através do seu Clube, como um dos propulsores do dia do “Fico”. O Fico de 09 de janeiro de 1822, conhecido na nossa história como: o dia do Fico, onde D. João escreveu para D. Pedro, solicitando o seu retorno à Portugal. Sabendo então do tal fato, a Maçonaria se mobilizou para a permanência de D. Pedro no Brasil, que, em seguida, respondeu ao seu pai D. João que ficaria no País.
Segundo D’Albuquerque, o “Fico”, foi um movimento idealizado por um grande maçom, José Joaquim da Rocha, verdadeiro promotor da permanência do Príncipe D. Pedro no Brasil. Foi devotado à Maçonaria pertenceu ao quadro da Loja Distintiva de Praia Grande (atualmente Niterói), foi da Loja Comércio e Artes, fundou em sua própria residência, o Clube da Resistência, constituído por maçons. Logo após, partiu para São Paulo, a fim de conseguir apoio dos paulistas, ao movimento para a “ficada” de D. Pedro.
O autor D’Albuquerque acrescenta que o “Fico”, por mais que forcejem os falsificadores de nossa história para encobrir a verdade, para mistificar os fatos não conseguirão ocultar que “o Fico” foi de iniciativa de um patriota Maçom e um movimento de caráter nitidamente Maçônico.
A aclamação da independência também é associada por alguns historiadores como um empreendimento maçônico, indicando que a independência brasileira foi proclamada dentro de uma Loja maçônica por meio de membros que ali constavam. A independência Brasileira culminou-se por meio de um longo processo desde a luta das duas maçonarias – vermelha e azul – para derrubar as monarquias absolutas.
D’Albuquerque, citando BARROSO, um historiador respeitado e inimigo da Maçonaria, confirma a resolução dos maçons proclamando a Independência do Brasil em 20 de agosto de 1822, com o seguinte trecho: “Vindo de Santos para São Paulo, ao beirar-se da cidade, à margem do Ipiranga. D. Pedro recebeu despacho do Rio de Janeiro que lhe davam, segundo se diz, notícias das ordens intransigentes das Côrtes para a sua volta e do envio de expedições militares. A cavalo, rodeado dos dragões de sua guarda de honra, e dos membros da comitiva, amarfanhou os papeis, arrancou a espada e pronunciou as palavras que abriram novos horizontes ao Brasil – Independência ou Morte!”[39].