Em último caso, uma amputação pode ser performada a fim de impedir que a infecção se espalhe ainda mais.
Quando as bactérias alcançam o osso e/ou a prótese, elas formam uma camada invisível (chamado biofilme), resistente à antibióticos, onde continuam a se multiplicar. Isso não é ruim para a prótese em si, mas continuar com ela pode ser perigoso para o paciente.
Caso haja limpeza de abscessos e partes mortas do osso e mesmo assim a prótese não é tirada, a infecção pode voltar, uma vez que um dos focos de infecção (o biofilme da prótese) não foi removido. Além disso, remover apenas o biofilme beira o impossível — por conta da resistência à antibióticos — e, por isso, o mais comum é substituir a prótese infectada por uma nova.
Raramente, a prótese pode ser mantida. Esses casos acontecem quando o tratamento é iniciado muito rapidamente e não dá tempo das bactérias formarem o biofilme.
A amputação pode ser uma opção quando a infecção é em algum dos membros (inferiores ou superiores) e não é resolvida com o uso de antibióticos e da limpeza cirúrgica.