O relacionamento interétnico dependia de muitas circunstâncias, e teoricamente Portugal impunha apenas uma condição à adopção da cidadania portuguesa, a religião. Contudo, na prática, as coisas não eram bem assim.
A falta de mulheres ocidentais nas províncias do ultramar fomentou a mestiçagem, e, por vezes, os casamentos entre raças, sem, no entanto, haver igualdade racial. Além dos mestiços, há que destacar os escravos negros, muçulmanos ou indonésios jaus", da palavra Java, nome de ilha. Serão estas populações autóctones, com um forte elemento inter-rácico, a tomar a seu cargo a recuperação dos territórios ocupados para a coroa portuguesa. Depois de 1640, apesar do reconhecimento diplomático da independência, potências como a Holanda prosseguiram a ocupação de zonas-chave do império português.
Um dos pontos estratégicos do ultramar português para o acesso ao Oriente e ao Brasil era o arquipélago de Cabo Verde, para onde foi enviado o governador Jerónimo Cavalcante de Albuquerque ainda antes de 1640 24 de Abril de 1638. As ilhas eram cobiçadas quer por Holandeses que ali iam carregar sal e sondavam uma possível invasão, quer por Castelhanos que aí adquiriam escravos e produtos da Guiné sem pagar direitos. A profunda desorganização do arquipélago levou a que a notícia da Restauração fosse aí acolhida com entusiasmo. O governador passou a dedicar-se ao reforço do aparelho militar e naval e o arquipélago manteve-se seguro.
O mesmo sucedeu na região dos "rios da Guiné", cujo capitão-mor Luís de Magalhães que aí se encontrava desde 1639, se empenhou no apoio à causa de Bragança, promoveu a colonização da zona e conseguiu que Santiago voltasse a ser escala dos navios que se dirigiam para o reino, dinamizando a região.
Mais complicada era a tarefa em Angola. O governador Pedro César de Meneses procurava, desde 1639, alianças com o rei do Congo para expulsar os Holandeses do porto de Pinda, onde adquiriam escravos. Além disso, eram constantes as frotas da Holanda ao largo da costa angolana, numa clara intenção de fazerem daquele Estado uma testa de ponte da segurança de Pernambuco. A notícia do golpe de 1 de Dezembro de 1640 surgiu numa altura em que o governador preparava acções contra este terrível inimigo. D. João IV foi aclamado rei em Luanda e nas principais povoações e fortalezas como Massangano, Muxima, Cambambé e Embaca. O mesmo sucedeu em Benguela. Contudo, os festejos foram de pouca dura, pois o perigo holandês espreitava. A 22 de Agosto de 1641 surgiu, frente a Corimba, uma armada holandesa aprestada em Pernambuco, composta por vinte navios que, dois dias depois, tomava São Paulo de Luanda. Comandada por Cornélio Jol, com a alcunha de o Pé de pau, esta armada, como outras, desrespeitou as tréguas de Haia 12 de Junho de 1641 e lançou golpes de surpresa sobre territórios do ultramar português que as armas de D. João IV não estavam em condições de enfrentar.
A resistência foi organizada a partir de Massangano e mais tarde estendeu-se ao outeiro do Gongo. Após alguns recontros desfavoráveis às armas portuguesas como o de 17 de Maio de 1643, regista-se a grande epopeia de Salvador Correia de Sá e Benevides, que se distinguira na guerra do Brasil. Este membro do Conselho Ultramarino é encarregado de uma missão extremamente delicada: enfrentar a Holanda no terreno e procurar que essa acção não hostilizasse Haia, cujo apoio à causa portuguesa era fundamental no confronto com a Espanha.