É essa mesma subformação que penetra nas áreas de Estepe, sob a forma de floresta de galeria ou sob a forma de capões.
Fragmentos da Floresta ombrófila mista, desenvolvidas em altitudes superiores a 1.000 metros, ocorrem no extremo leste do município, na borda do planalto. É uma vegetação arbórea, raquítica, constituída por indivíduos tortuosos, com copas densas e folhagem verde-reluzentes, em cujos galhos se desenvolvem musgos e líquens em face de constante ocorrência de nevoeiros na região.
A Floresta ombrófila densa ocorre nas áreas de encosta, mais dissecadas, desde a altitude de 600 metros até aproximadamente 900 metros, junto à borda do planalto, onde o solo é bem drenado, geralmente raso e algumas vezes rochoso, onde a serrapilheira (camada de folhas, flores, frutos, galhos e raízes caídos no solo) se instala, havendo uma rápida decomposição e ciclagem de nutrientes, em um ambiente úmido e de temperatura amena, o que leva a floresta a desenvolver-se de forma exuberante, constituída por árvores vigorosas, com largas copas perenifólias, resultando em uma cobertura fechada, de aspecto denso. Essa floresta tem sido chamada de Mata Atlântica e também apresenta, além das espécies arbustivas, como um grande número de mirtáceas e lauráceas, epífitos e lianas.
O município é formado por cinco bacias hidrográficas, que dessem do Planalto recortando as encostas, fazendo parte da Região Hidrográfica do Guaíba e da Região Hidrográfica do Litoral.
São Francisco de Paula possui um clima Temperado Marítimo Cfb ou Subtropical tipo Cfb, com verões úmidos e mornos ou frescos e invernos relativamente frios, com a ocorrência de neve todos os anos, principalmente entre julho e agosto, porém em poucos dias da estação. É o município mais chuvoso do Rio Grande do Sul com precipitações anuais acima de 2 000 mm de chuva por ano. Segundo dados do Instituto Nacional de Meteorologia (INMET), referentes ao período de 1931 a 1960, a menor temperatura registrada em São Francisco de Paula foi de −6,5 °C em 20 de julho de 1953 e a maior atingiu 34 °C em 31 de dezembro de 2 de janeiro de 1949. O maior acumulado de precipitação em 24 horas chegou a 136,5 mm em 6 de janeiro de 1956.[7]
O Poder Legislativo é constituído pela Câmara, composta por 9 vereadores eleitos para mandatos de 4 anos (em observância ao disposto no artigo 29 da Constituição). Cabe à casa elaborar e votar leis fundamentais à administração e ao Executivo.