Foi membro efetivo do Conselho Geral da Universidade de Lisboa (2015-2017). Presidente da FMH (Janeiro de 2010 a Julho de2014), faz atualmente parte do Departamento de Desporto e Saúde e do Laboratório de Comportamento Motor.
José Pacheco é Mestre em Ciências da Educação pela Faculdade de Psicologia e Ciências da Educação da Universidade do Porto.
Tornou-se conhecido ao fundar a Escola da Ponte em 1976, na cidade de Porto. A escola é baseada em três valores principais: a liberdade, a responsabilidade e a solidariedade, e em nada se assemelha às escolas comuns.