É vastamente documentado o papel das APPs na beira dos cursos d'água como filtro de sedimentos, reduzindo a quantidade de fertilizantes e pesticidas que chegam ao meio aquático, para a promoção da infiltração de água e recarga dos aquíferos, a proteção do solo, evitando erosão e assoreamento. A eficiência e a extensão desses benefícios, porém, dependem da manutenção da integridade da vegetação e dos processos ecológicos ali existentes.