O subsídio por doença é atribuído excecionalmente desde o primeiro dia sem trabalhar. Corresponde a 100% da remuneração base durante um período máximo de 28 dias. Após os 28 dias, o valor é calculado com base na percentagem definida no regime de proteção na doença e corresponde a 55% da remuneração base nos primeiros 30 dias, 60% entre 31 e 90 dias, 70% entre 91 e 365 dias e 75% se se prolongar por mais de 365 dias. Nos casos de internamento hospitalar, é emitido um CIT com características idênticas.
No caso dos profissionais de saúde que tenham sido infetados no local de trabalho é emitido um CIT por doença profissional nos termos do Decreto-Lei n.º 22/2020 de 16 de maio. O médico do trabalho responsável pela vigilância da saúde do profissional de saúde com Covid-19 procederá à participação obrigatória por doença profissional (Mod. GDP 13/2018– DGSS). A Circular Informativa n.º 14/2020/ACSS sobre "COVID-19 - Certificados de Incapacidade Temporária por Doença Profissional estabelece os procedimentos a seguir.