Na documentação histórica anterior ao século XX constam observações que se referem a dois instrumentos: um foi oferecido, segundo a tradição historiográfica, em 1499, à Igreja de Nossa Senhora da Conceição pelo rei D. Manuel, e um outro adquirido em 1746. No que diz respeito ao órgão manuelino podemos deduzir que ele foi colocado no arco que se abre sobre o cadeiral do lado do Evangelho da capela-mor. No século XVIII, o estado de conservação deste órgão terá deixado muito a desejar, verificando-se a aquisição do segundo instrumento em 1746. O órgão chegou à Madeira em 1752, tendo o Conselho da Fazenda contribuído, inicialmente, nas despesas da sua compra e, posteriormente, nos custos da sua instalação.
O recente restauro, da responsabilidade de Dinarte Machado, teve como objectivo principal restituir, na medida do possível, a sua constituição original, seguindo as indicações dadas pelas próprias peças durante a desmontagem. Assim, no decorrer do restauro optou-se por uma filosofia de intervenção que tivesse sempre em conta as particularidades das peças originais, desde à configuração da caixa e policromia, à reposição da registação, tubaria, folaria, e até à colocação do instrumento no seu local original - a capela-mor. Ainda em relação à composição do instrumento, reintroduziu-se o meio-registo da mão direita, de palheta, que o órgão indicava possuir originalmente e que, de certa forma, o caracteriza. O teclado original, encontrado a monte e que se conseguiu recuperar, mantém a extensão da época com Oitava curta. Ficou completada, com grande rigor, a nova tubaria de acordo com as características que os poucos tubos originais conservados evidenciavam, comparada com as próprias indicações e dimensões do someiro, que também foi minuciosamente estudado e documentado.
Não há dúvidas que se trata de um dos mais belos órgãos da Ilha da Madeira, sendo um dos instrumentos que conserva algumas das mais relevantes características da organaria do século XVII em Portugal. É de salientar ainda que o trabalho de restauro desencadeado nesta peça exigiu o estudo de muita documentação, assim como comparações com outros órgãos da época. Uma vez que tais instrumentos não existem em Portugal, teve de se recorrer a dados em outros países.