O Museu acompanha o início da fundação da Escola de Medicina Tropical sendo referenciado no seu primeiro regulamento de 1902 (Capítulos V e XI – http://hdl.handle.net/10362/108434 ) e na época possuía como missão principal, o apoio ao ensino e investigação através de "material recolhido no Hospital Colonial e nos Hospitaes das províncias ultramarinas" (art. 23º), mais do que a simples exposição ou mostra de objetos museológicos ou patrimoniais de interesse na área da saúde.
Atualmente, com 119 anos de existência, o IHMT detém um património cultural e museológico médico, científico e artístico únicos no domínio da medicina tropical e saúde pública e desenvolve uma estratégia institucional centrada na sua preservação e divulgação a nível nacional e internacional.
Cada unidade de ensino e investigação passou a reunir e guardar o seu material didático e de investigação, conjuntamente com equipamento de utilização específica. Alguns desses objetos tornaram-se obsoletos, mas, frequentemente, a memória que carregam impede a sua destruição e alienação de acordo com a carga histórica que possuem e reconquistam o seu lugar patrimonial no museu.
O Museu do IHMT, tem hoje para além do já secular fim didático, de apoio ao ensino e investigação, o objetivo e missão de garantir a salvaguarda do património de saúde institucional e nacional únicos no domínio da medicina tropical, da ciência e da saúde pública, porque quem não se conhece a si próprio e ao seu passado terá dificuldade em projetar eficazmente o futuro e fazer nova ciência.
Através das suas atividades de conservação, inventariação, curadoria, pesquisa e investigação, digitalização, exposição, divulgação e formação, o Museu do IHMT quer contribuir para a valorização da história e cultura da medicina tropical, portuguesa e internacional e para a sua preservação e divulgação.
Na estrutura orgânica institucional, o Museu é uma área, que com a Biblioteca integram o CGIC – Centro de Gestão de Informação e Conhecimento, sob a gestão direta da Coordenadora Principal e a supervisão da Subdiretora para o Ensino, Comunicação e Gestão do Conhecimento, apoiadas quando necessário, por curadores externos, representantes de instituições colaboradoras ou outras individualidades cooperantes com o museu.