Durante os primeiros anos de Campeonato Nacional de Clubes, o futebol sofreu interferência política da Ditadura Militar. Em 1975, o presidente da CBD, João Havelange, deixou o comando da instituição para assumir a FIFA, e o almirante Heleno Nunes assumiu a CBD.
Visando agradar os coronéis de regiões em que o futebol não tinha muita visibilidade e criar um sentimento de integração nacional, o almirante Heleno elevou para mais de 90 o número de equipes do campeonato nacional. Com essa mudança, a competição mudou novamente de nome e passou a ser chamada Copa Brasil.
Em 1979, a CBD foi desmembrada para a criação da Confederação Brasileira de Futebol, a CBF, que era voltada especificamente para o futebol. No ano seguinte, com a nova instituição, o torneio passou a ser chamado Taça de Ouro e, pela segunda vez, contou com duas divisões. Um ano depois, foi criada a terceira divisão.
No final da década de 1980, o Brasil sofria uma crise econômica e muitos clubes e federações foram atingidos por essa situação. Com isso, a CBF anunciou, em 1987, que não conseguiria manter um campeonato nacional e sugeriu a volta de como era na Taça Brasil, com jogos regionalizados.
Os 13 clubes mais fortes economicamente rejeitaram a ideia da CBF, formaram uma instituição chamada Clube dos 13 e criaram o próprio campeonato: a Copa União. Em conjunto com a CBF, foi definido que a Copa União seria o Módulo Verde da Copa Brasil, enquanto a CBF organizaria o Módulo Amarelo. A proposta era que os campeões e vice-campeões de cada módulo teriam que se enfrentar, na final, para definir os dois representantes do Brasil na Libertadores de 1988.