Esta Congregação foi a motivação da sua incansável atividade evangelizadora, orientada para a cristianização da França. Por isto, padre Chaminade foi considerado um precursor da participação ativa dos leigos na vida da Igreja. Em 1801, foi nomeado, pela Santa Sé, missionário apostólico, que para ele constituiu a confirmação oficial das suas intuições sobre a Igreja desse novo tempo.
Nestes anos cuidou também da reorganização da diocese de Bazas, da qual foi nomeado Administrador Apostólico.