A segunda fase do fluxo operacional é caracterizada pela execução e controle do contrato de repasse celebrado entre a concedente (ministério) e a convenente (prefeitura). O êxito nessa fase do convênio depende essencialmente de dois fatores: seguir à risca o planejamento definido no plano de trabalho aprovado e observar as normas da administração orçamentária e financeira pública federal constante na Lei n. 4.320/64 (Lei n. 4.320, 1964). Elaborado a partir das informações levantadas, a Figura 6 apresenta uma síntese da aderência do modelo de gestão do SICONV a práticas em gerenciamento de projetos durante os grupos de processos de execução, monitoramento e controle no que tange cada área do conhecimento definida por PMI (PMI, 2013).
Por meio da análise do modelo de gestão do SICONV feita pelos autores, percebe-se que na fase de Execução e Monitoramento o modelo de gestão do SICONV dá mais ênfase às áreas de integração, escopo, custo (mesmo com o conceito de despesa) e aquisição. Por outro lado, desconsidera completamente as áreas de qualidade, riscos, stakeholders e recursos humanos.