A Igreja proíbe o ensino do atomismo, mas as proibições não dão resultado e cada vez mais intelectuais aderem a essa teoria, incluindo químicos, físicos, médicos e até alguns religiosos.
Roma, o centro do catolicismo, era também um grande centro da descrença. No século XVII, a cidade era considerada a maior concentração de ateus de toda a cristandade. Só era proibido atacar o Pontificado, mas muitos protegidos dos cardeais e os séquitos das diversas embaixadas estrangeiras não escondiam sua descrença.
O número de descrentes também era muito grande na Inglaterra e na Holanda, onde havia uma relativa tolerância. Na Inglaterra era famoso o grupo conhecido como “Socinidinos”, que seguiam o italiano Fausto Socino (1539-1604), que negava a Trindade e a divindade de Jesus, além de criticar o credo católico e calvinista. Outro grupo inglês famoso foi formado em torno de Nicols Hill (1570-1610), que era partidário do heliocentrismo, da pluralidade dos mundos e do atomismo.
Durante o interregno entre 1649 e 1660, no Protetorado Republicano de Oliver Cromwell, quando as instituições foram interrompidas, surgiram grupos como os “Diggers”, um movimento camponês, que pretendia criar uma sociedade igualitária cristã, organizada em pequenas comunidades autônomas, que pregavam que o céu e o inferno foram inventados para manter as massas sob controle.
O casamento civil, introduzido na Inglaterra em 1653, diminuiu ainda mais a frequência de fieis nas igrejas. Em 1721, o Parlamento Britânico rejeitou um projeto de lei sobre a blasfêmia, apresentado pelo arcebispo de Cantembury.