Sim, pois a Lei da Ficha Limpa vale justamente para decisões tomadas por um colégio de desembargadores. Se os magistrados condenarem Lula, mesmo que haja recurso, a decisão torna o ex-presidente inelegível para as eleições de 2018. Mas isso não ocorre automaticamente. Se o caso for julgado na segunda instância antes da eleição, Lula corre risco de ter o registro de candidatura negado. Já se o TRF-4 só julgar o processo após o prazo para registro de candidaturas, Lula poderá tanto ter o registro cassado como concorrer sub judice (pendente). Já se a condenação ocorrer após a diplomação, a lei prevê que o diploma seja declarado nulo, se já expedido. Mas, no caso de presidente da República, a Constituição Federal prevê a suspensão do processo, o que deve gerar um embate jurídico.
Porque Lula não tem mais foro privilegiado desde que deixou de ser presidente da República. O foro especial por prerrogativa de função, como ele é chamado na lei, só vale enquanto o ocupante estiver no cargo.