Aragão também teceu fortes críticas ao Procurador Geral da República, Rodrigo Janot, a quem atribuiu participação no golpe. A sua indicação, a partir de uma lista elaborada pela Associação Nacional dos Procuradores da República (ANPR), é inconstitucional segundo o ex-Ministro da Justiça. Esta configuração para a escolha seria um “sequestro da soberania popular”, uma vez que o presidente eleito escolhe livremente entre aqueles que são da carreira. “Não só do Ministério Público Federal, mas da União. Portanto, pode ser um procurador do trabalho, pode ser um procurador militar, da República ou do Distrito Federal. Todos estão igualmente habilitados”, afirmou.