Uma disputa entre os recintos alfandegários e os terminais portuários por conta da taxa cobrada pelos terminais, tem gerado uma intensa discussão. O motivo: a separação e entrega de cargas importadas, após a descarga do navio. No Porto de Santos, por exemplo, o valor máximo da taxa chamada de Terminal Handling Charge (THC2) é de R$ 123 por container.
Em recente decisão, a 23ª Câmara de Direito Privado do TJ-SP (Tribunal de Justiça) decidiu a favor da legalidade da taxa cobrada por um terminal portuário de Santos. A ação foi ajuizada por um terminal retro alfandegado (TRA) - no qual se executam serviços de controle aduaneiro.