O município está interligado ao ramal ferroviário que dá acesso ao Porto de Rio Grande, às fronteiras da Argentina e Uruguai, e a outros estados brasileiros, via Santa Maria. A capacidade de tração do tronco São Borja/Rio grande oscila entre 600 e 1.000 toneladas. Porto
O Porto de Pelotas está localizado à margem do Canal São Gonçalo, que liga as lagoas dos Patos e Mirim. Possui três armazéns alfandegados, com 6000 m² área coberta para armazenagem de carga, e um terminal de carvão mineral, com 5.000m², além de um terminal particular. O porto é dotado de cais acostáveis de três berços, com extensão total de 500 metros e calado de 19 pés. Integra o complexo portuário do Rio Grande do Sul, formado pelos portos de Rio Grande (marítimo), Porto Alegre, Pelotas e Cachoeira do Sul (fluviais), além do encontramento rodo-ferro-hidroviário de Estrela, no rio Taquari. Aeroporto
O seu moderno e funcional aeroporto internacional está equipado para receber aviões de grande porte e oferece quatro salas de embarque e desembarque de passageiros.