É comum que empresas tenham mais de um código, pois seus negócios podem abranger a produção de bens, prestação de serviços e venda de produtos simultaneamente.
Mesmo assim, é preciso escolher uma atividade principal na lista e incluir as demais como secundárias.
Se você tem dúvidas sobre como escolher o CNAE correto, é melhor procurar ajuda de um contador, pois qualquer erro pode gerar grandes prejuízos.