Há muitas razões pelas quais a seleção natural pode não produzir um traço "perfeitamente projetado". Por exemplo, você poderia imaginar que os guepardos seriam mais aptos (produziriam mais descendentes) se eles pudessem correr um pouco mais rápido e pegar mais presas. Aqui estão algumas razões do porquê a seleção natural pode não produzir perfeição ou guepardos mais rápidos:
Falta da variação genética necessária
A seleção somente pode operar na variação genética disponível. Um guepardo poderia correr mais rápido se tivesse "genes para correr mais rápido" – mas se esses genes não estão na população devido a mutações ou fluxo gênico, a evolução não acontecerá nessa direção. Um guepardo "mais rápido" pode evoluir se o guepardo mais rápido dessa população passar seus genes "para rapidez" para sua prole.
Restrições devidas à história
Talvez uma organização diferente dos músculos e ossos das patas produziria guepardos que correm mais rápido – entretanto, a forma básica do corpo dos mamíferos é previamente estabelecida em seus genes e desenvolvimento de maneira tão mutuamente restritiva, que dificilmente seria alterada. Talvez realmente "não haja como chegar lá a partir daqui".
Alterar uma característica para o melhor pode mudar outra para o pior. Talvez "genes para correr mais rápido" estejam na população – mas há uma compensação associada a eles: correr distâncias curtas, mais rápido poderia significar que o metabolismo do guepardo requer ainda mais energia ou que suas pernas devam se tornar perigosamente delicadas. Ainda que ter os ossos dos membros mais longos possa aumentar o passo, suas chances de fracasso por aumento de carga na flexão aumenta também. Nesse caso, talvez não haja aumento líquido de adaptação como resultado dos "genes para correr mais rápido".
A seleção natural pode não produzir a perfeição, mas você esperaria que ela ao menos se livrasse de genes deletérios óbvios, não é? Talvez não.