A rota é dividida em três regiões: Rio Paranapanema, conectando o Parque Estadual do Morro do Diabo, em São Paulo, e a Estação Ecológica do Caiuá, em Diamante do Norte; Rio Paraná, ligando a Estação Ecológica do Caiuá ao Parque Nacional de Ilha Grande, passando pelo Parque Estadual das Várzeas do Rio Ivinhema – região que está sendo implantada nesta primeira etapa; e, finalmente, o lago de Itaipu, conectando o Parque Nacional de Ilha Grande ao Parque Nacional do Iguaçu e ao Marco das Três Fronteiras.
A trilha aquática está inserida no Corredor de Biodiversidade do Rio Paraná e faz parte da Redetrilhas, associação que reúne e organiza o sistema de trilhas brasileiras, conectando as unidades de conservação do País, a exemplo do que já ocorre pelo restante do mundo. Ao todo, são 10.500 quilômetros planejados e 3.500 quilômetros de trilhas implantadas pelo território nacional.
O nome da trilha é alusivo à história do próprio Rio Paraná, um local que, ao longo dos séculos, serviu de acesso a diferentes grupos que foram responsáveis pela ocupação do território daquela região.
Começou com os indígenas guaranis que atravessavam o rio de canoa; passou pela ocupação do Brasil pelos colonizadores europeus no século 16, com os espanhóis que fundaram a Ciudad Real del Guahyrá; contou com as missões jesuíticas presentes no Sul da América do Sul; e com os bandeirantes que conquistavam territórios no Interior do Brasil. Por fim, foi a vez da chegada dos imigrantes italianos, alemães, portugueses e japoneses, que criaram raízes nas margens do rio.