Freitas comentou com os gestores que sua chegada foi marcada por três questões urgentes com as quais teve que lidar: o exíguo prazo para nomeação de aprovados no concurso, a reestruturação da Funai e a necessidade de mudança da sede do órgão em Brasília.
Dentre essas questões, o destaque foi para a reestruturação proveniente da Medida Provisória nº 870 e do Decreto nº 9.665, que retirou da Funai as atribuições voltadas aos assuntos fundiários e ao licenciamento ambiental. Apesar das recentes nomeações de novos servidores, a sensação externa da falta de celeridade dos processos contribuiu para a decisão do Governo Federal de delegar as competências ao Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (INCRA).
A proposta da presidência da Funai para a nova estrutura, de acordo com a MP 870, é de manter na Diretoria de Proteção Territorial a Coordenação-Geral de Monitoramento Territorial, Coordenação-Geral de Geoprocessamento, Coordenação-Geral de Índios Isolados e de Recente Contato e uma possível coordenação responsável pela articulação entre Funai e Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento (MAPA) no que diz respeito às atribuições retiradas do órgão indigenista. Já a Diretoria de Promoção ao Desenvolvimento Sustentável (DPDS) manterá suas coordenações perdendo apenas a Coordenação-Geral de Licenciamento Ambiental.
O presidente Franklimberg garantiu aos gestores que todas as mudanças acontecerão de forma cuidadosa, responsável e paulatina, visando garantir a força da instituição oficial do Estado que atua em prol dos povos indígenas brasileiros. Para o auxiliar nessa missão, o presidente apresentou a nova equipe formada por nomes de sua confiança, a maioria experiente em trabalhos na Amazônia. Fernando Melo, assessor; João Loureiro, diretor de Proteção Territorial; Giovani Filho, diretor de Promoção ao Desenvolvimento Sustentável; e Valdecir De Carli, assessor parlamentar. "Essas são as pessoas escolhidas para fazer parte desse time que vai estar focado em trabalhar pelos indígenas. Conheço o caráter e a competência de cada um. Eles vão colocar os recursos da Funai onde têm que ser colocados: em proveito dos índios", finalizou Freitas.