Após meses de negociações, o tratado de paz foi celebrado. Porém a paz durou pouco. Em 1565 intensificam-se as lutas no Rio de Janeiro, quando Estácio de Sá, sobrinho do governador tentava aportar na baía da Guanabara.
Manuel da Nóbrega e Anchieta conseguem recrutar muita gente e reforçar a armada de Estácio. Os combates se acirram até a vitória portuguesa, com os tamoios subjugados e os franceses expulsos em 18 de janeiro de 1567.