Na época a negociação acabou não se concretizando, porém, seis meses mais tarde, Jônatas finalmente conseguiu acertar seu retorno à Gávea. Todavia, durante o ano e meio em que ficou à disposição do Flamengo, acabou sendo relegado a um ostracismo total, não tendo sido sequer relacionado para o banco de reservas em diversas ocasiões.
Jônatas cumpriu seu contrato de empréstimo com o Flamengo até o fim, quando então transferiu-se para o Botafogo em meados de 2009, em um novo contrato de empréstimo feito pelo Espanyol a outro clube do Brasil. Sem conseguir firmar-se na equipe do Botafogo, ao término de 2009, Jônatas não teve o contrato renovado para o ano seguinte. Pouco tempo depois seu contrato com o Espanyol também veio a expirar, quando o clube catalão dispensou-o de vez.