Durante a instrução do processo, surgindo novos fatos ou evidências, o instrutor nomeado pelo Corregedor ou Presidente poderá inserir outros artigos não previstos na capitulação inicial, garantindo o contraditório e a ampla defesa. O denunciante é interrogado sobre as circunstâncias da infração e deve apresentar as provas.
Tudo é feito em sigilo, para se preservar a privacidade do paciente envolvido. Durante o julgamento, feito de portas fechadas, é permitida apenas a presença das partes e seus procuradores, assessoria jurídica do Conselho e funcionários responsáveis pelo procedimento disciplinar.