Para as limpezas diárias, a cidade conta com quatro caminhões pipa e 20 profissionais trabalhando nas ruas, avenidas, espaços públicos, unidades escolares, pontos de ônibus e, principalmente, em áreas próximas a unidades de saúde, com o objetivo de minimizar o risco de contaminação pela Covid-19.
As medidas adotadas no combate à pandemia de coronavírus em São Sebastião seguem os critérios da Organização Mundial da Saúde (OMS), dos governos federal, estadual e municipal – em entendimento ao decreto municipal 7.707/2020 – com acompanhamento do Comitê de Gestão de Crise (CGC), que adota e atualiza diariamente, os protocolos de combate ao novo coronavírus.