O Colégio Notre Dame Junior tem implementado, desde sua fundação, o Programa Gestão Escolar de Qualidade, da Fundação L'Hermitage, para o Planejamento Estratégico de sua Gestão. Este processo se concretiza no desenvolvimento de Planos Trienais de Gestão nos campos Pedagógico e Administrativo-Financeiro, utilizando a metodologia PDCA(em inglês: plan - do - check - act) e abrangendo as seguintes áreas: necessidades dos usuários dos serviços, liderança da direção, gestão das competências dos educadores, planejamento institucional, gestão de processos e gestão de resultados. Todos os Planos nascem a partir de de nosso Projeto Educativo institucional.
Os Planos Trienais de Gestão se desdobram em Planos Anuais de Gestão, os quais são enriquecidos com os resultados de Avaliações Institucionais Anuais, e contemplam um conjunto de prioridades, metas e ações anuais nos diversos campos e áreas da gestão, um cronograma de execução e estratégias de avaliação de sua concretização.
A reflexão sobre o Projeto Educativo do colégio dentro do Planejamento Estratégico, incluiu o desenvolvimento da estratégia de Gestão das Competências dos Educadores, resultando na definição de Perfis de Competências Profissionais para as diversas funções existentes na estrutura escolar, critérios de Seleção, Integração, Avaliação de Desempenho e Capacitação dos mesmos.
A finalidade da escola é a obtenção de resultados excelentes em relação aos propósitos de seu Projeto Educativo. Todo o sistema de gestão está a serviço dos resultados. O sistema de avaliações institucionais e avaliação de desempenho profissional é completado pelos sistemas de avaliações da aprendizagem dos alunos. Os indicadores das Avaliações da Aprendizagem integram o desenvolvimento dos Planos de Gestão e Planos de Curso, a partir dos quais são definidas prioridades, metas e um conjunto de ações, trimestrais e anuais, que impactam as práticas dos educadores, e visam a melhoria continua destes resultados.