Em 2015, foi integrado no Arquivo de Ciência e Tecnologia o arquivo do Instituto Nacional de Investigação Industrial (INII). Contabilizando mais de sete centenas de pastas e livros, a documentação deste arquivo espelha a atividade desenvolvida pelo INII no apoio e na promoção da investigação industrial. O Instituto Nacional de Investigação Industrial foi criado em 1959, na Secretaria de Estado da Indústria, tendo por missão “promover, auxiliar e coordenar a investigação e assistência” que interessassem “ao aperfeiçoamento e desenvolvimento industriais do País”. Em 1979 foi extinto, tendo-lhe sucedido o Laboratório Nacional de Engenharia e Tecnologia Industrial (LNETI).
Do Arquivo da Comissão INVOTAN destacam-se os processos de bolsas financiadas, existindo também documentação relativa ao acompanhamento e gestão dos vários programas de apoio no âmbito da Organização do Tratado do Atlântico Norte (OTAN/NATO). Criada em 1959, na dependência da Presidência do Conselho, a Comissão INVOTAN tinha por objetivo coordenar e apoiar as atividades científicas nacionais realizadas no âmbito da OTAN /NATO.
Ao longo das décadas, a Comissão passou por várias instituições: entre 1970 e 1997, funcionou na Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica; entre 1997 e 2003, no Instituto de Cooperação Científica e Tecnológica Internacional; entre 2003 e 2007, no Gabinete de Relações Internacionais da Ciência e Ensino Superior; e, por fim, desde 2007, está na Fundação para a Ciência e a Tecnologia.