Escrito por Mark Bomback e pelos mesmos Rick Jaffa e Amanda Silver de Planeta dos Macacos: A Origem, O Confronto avança 10 anos em relação ao filme anterior e nos leva a um cenário pós-apocalíptico em que boa parte da humanidade foi dizimada por uma implacável gripe símia. Durante uma expedição motivada pela existência de uma usina hidrelétrica desativada nas redondezas, um pequeno grupo de humanos imunes à doença e oriundos de uma comunidade sitiada de São Francisco acaba entrando no território do bando de primatas liderado pelo pioneiro Cesar (Andy Serkis) e afetando a harmonia daquela população. A rispidez do encontro (contribuição, como não poderia deixar de ser, do tal Carver, um babaca confesso), porém, altera os ânimos de ambos os grupos: de um lado, os macacos prometem uma resposta violenta caso seu território seja invadido novamente pelos humanos, que por sua vez planejam secretamente um genocídio caso os símios dificultem o acesso de técnicos à tal usina, que promete solucionar os problemas energéticos daquela comunidade.