Quando José Maurício nasceu, a cidade do Rio poucos anos antes havia se tornado capital da colônia, sucedendo Salvador, e passava por uma fase de modernização, sendo dotada de novas avenidas e embelezamentos, mas ainda era uma urbe bastante provinciana, cujas festas públicas eram basicamente as do calendário religioso e mesmo celebrações civis em geral contavam com a forte participação da Igreja. Porém, a transformação em capital começou a atrair para lá artistas e intelectuais de conceito, as irmandades religiosas tinham mais um motivo para acirrar sua tradicional competição organizando liturgias com música de qualidade e melhorando suas orquestras. O vice-rei, o marquês do Lavradio, procurou dar mais variedade ao ambiente e formar uma elite ilustrada, incentivando as Aulas Régias e a Academia Científica e ordenando a construção de um novo teatro, onde se iniciaram apresentações de espetáculos variados franqueadas ao povo, que incluíam comédias, dramas, mascaradas e até algumas óperas de compositores afamados na Europa, como Paisiello, Jommelli e Cimarosa, mas as encenações ainda eram muitas vezes amadorísticas. Provavelmente, em sua juventude, José Maurício entrou em contato com este centro de cultura, que era o maior da cidade, e pode ter participado de algumas apresentações.[11] Pelo que dizem seus primeiros biógrafos, nunca teve condições de adquirir um cravo ou pianoforte para exercitar-se, fazendo seus estudos práticos com uma viola de arame e tendo acesso a instrumentos de tecla somente em casas de alunos. Também diz a tradição que nunca teve professores de teclado, descobrindo seus segredos por conta própria, mas parece difícil que não tenha contado pelo menos com uma orientação informal de seus muitos amigos músicos profissionais, especialmente no que diz respeito ao aprendizado do órgão, instrumento de grande complexidade.[4][12]
Para completar sua formação, frequentou as Aulas Régias, recebendo preparo em História, Geografia, Francês, Italiano, Grego, Latim e Retórica Sacra e Profana com o padre Elias, e Filosofia Racional e Moral com o doutor Agostinho Corrêa da Silva Goulão, formado em Coimbra. Porto-Alegre refere que seu progresso foi muito rápido, dizendo que em pouco tempo seus mestres o consideraram capaz de substituí-los em suas cátedras. Goulão teria materializado o convite, mas José Maurício teria declinado, optando pela dedicação à música e à Igreja.[13][4][14]
Em 5 de janeiro de 1791, iniciando sua preparação para o sacerdócio, solicitou a abertura do processo para habilitação aos exames sinodais. Como era praxe, foi feito um inquérito para atestar seu bom caráter e seu pertencimento a uma família respeitável. Sua reputação como bom católico e pessoa de hábitos dignos, mais sua qualificação intelectual, permitiram que fosse dispensado da exigência de possuir "sangue limpo", necessária para a ordenação numa sociedade escravocrata e preconceituosa, onde ter sangue negro era um impedimento para uma carreira eclesiástica e mesmo mundana bem sucedida. Mas havia outra exigência, a de possuir patrimônio. Graças à generosidade do comendador Tomás Gonçalves, seu amigo e protetor, recebeu em doação uma casa na Rua das Marrecas, preenchendo assim todos os requisitos para habilitação.[15] Em 7 de setembro ingressou na Irmandade de São Pedro dos Clérigos, compondo para ela três Te Deums. Em 17 de dezembro, já subdiácono, inscreveu-se para a segunda etapa dos exames, e em 3 de março de 1792 foi ordenado padre, rezando sua primeira missa no Palácio da Conceição, residência do bispo.[16]
Seu ingresso na Igreja pode ter sido fruto de uma devoção autêntica, tendo sido atestado pelos seus primeiros biógrafos como um católico sincero desde pequeno,[17] mas de acordo com Vasco Mariz, no contexto da época, e considerando suas origens humildes e desabonadoras como filho de pardos forros, deve ter sido, talvez principalmente, uma opção de fundo eminentemente prático, sendo uma carreira que possibilitava obter estabilidade financeira e, com alguma sorte e talento, também prestígio e influência, além de abrir muitas portas no mundo secular.[5] Ao mesmo tempo, o tradicional cultivo da música pela Igreja deve ter sido um outro atrativo forte para que escolhesse este caminho.[18] Sua ascensão na Igreja foi também incomumente rápida. A rápida dispensa do seu "defeito de cor" é um indicativo de que nesta época já tinha prestígio entre o clero, e o bispo do Rio, dom José Caetano da Silva Coutinho, declarou que ele era um dos mais ilustrados sacerdotes de sua diocese, tornando-se seu amigo e o introduzindo no círculo de intelectuais que frequentavam os saraus literários e filosóficos que mantinha em seu palácio, e que incluíam o marquês de Maricá e o padre Caldas, entre outros.[4]
Novas obras apareciam em um ritmo regular, e em algumas das principais peças de vulto desta fase inicial, como a Sinfonia Fúnebre (1790), que lhe trouxe significativa fama e consolidou seu prestígio como compositor, já daria sinais de possuir uma voz própria.[19] Foi nomeado professor público de música em 1795, abrindo uma escola em sua própria casa. A escola era, no entanto, paupérrima, dispondo apenas de sua viola de arame para a prática. Não obstante, ali receberiam sua primeira instrução músicos que mais tarde fariam renome, como Francisco Manuel da Silva, Cândido Inácio da Silva e Francisco da Luz Pinto.[17] O ensino tinha como objetivo primário formar músicos para as cerimônias da Catedral, era gratuito e liberava os alunos da obrigação de prestarem o serviço militar.[5]
Em 1798 recebeu licença para pregar[4] e foi indicado mestre de capela da Catedral, substituindo o idoso cônego Lopes Ferreira no cargo mais prestigiado a que poderia ambicionar qualquer músico brasileiro do século XVIII, e que manteria até o fim de seus dias.[20] Na época, servia como Catedral a atual Igreja de Nossa Senhora do Rosário e São Benedito. Como mestre de capela, José Maurício compunha novas obras e dirigia os músicos e cantores nas cerimônias, além de atuar como organista, mas ele já compunha peças para esta igreja mesmo antes de ser designado para a função.[2] São conhecidas 32 partituras para uso litúrgico compostas até a data de sua posse, incluindo várias antífonas, salmos e graduais, as vésperas das Dores, de Nossa Senhora e dos Apóstolos, um magnificat, dois misereres e outras peças para a Semana Santa.[21] Em 1799 ingressou na irmandade ligada a esta igreja.[5]
Em seus primeiros anos na posição de mestre de capela recebia uma côngrua substancial de 125$000 réis. O prestígio inerente à função fez com que recebesse numerosas encomendas de irmandades, e o capacitava para concorrer na arrematação das obras encomendadas pelo Senado da Câmara para celebrações que não estavam incluídas no calendário oficial da Sé, como as festas de São Sebastião, Corpus Christi, São Francisco de Borja e da Visitação de Nossa Senhora, bem como as de casamentos, batizados e óbitos na família real e as posses dos vice-reis na colônia. Essas encomendas, contudo, eram irregulares, e com o seu salário o compositor devia pagar os músicos para a execução das obras. Pouco depois foi contratado pelo Senado em caráter estável, recebendo o salário de 102$400 réis, excluídos os custos de contratação de músicos. Para o Senado deixou várias peças, como as Matinas de Natal e seu primeiro Requiem.[22] Porém, surgiriam vários atritos com o Senado por questões financeiras, e o contrato seria desfeito em 1811.[14]
Entre 1802 e 1804 aperfeiçoou sua formação, recebendo aulas de retórica com Manuel Inácio da Silva Alvarenga,[5] um dos fundadores da Sociedade Literária, difusora das ideias do Iluminismo e ligada aos inconfidentes mineiros. O contato do padre com os membros desta Sociedade pode ter sido importante para seu aprimoramento intelectual, mas é discutível que ele tenha participado de suas reuniões. Ela foi dissolvida em 1794 por ameaçar os interesses da Coroa e seus integrantes foram presos, sendo libertados somente em 1797. Dos frutos do seu estudo com Alvarenga restam testemunhos de época sobre seus excelentes dotes como orador e pregador, e o registro de que teria composto cinco sermões em prosa, que foram perdidos.[23]
A partir de 1808 a chegada da Família Real Portuguesa influiria diretamente na vida do compositor. Devido a reformas por que passava a primeira Catedral, assumiu esta função provisoriamente a Igreja de Nossa Senhora do Monte do Carmo. Segundo uma tradição, foi ali que o príncipe-regente dom João, ao desembarcar, ouviu encantado um Te Deum de sua autoria, sendo o primeiro contato entre ambos.[2]
A presença da corte transformou a vida da cidade e por extensão de toda a colônia. O Rio recebeu várias melhorias urbanas e foram fundadas uma série de instituições que organizaram o território nacional e alavancaram um rápido progresso em várias frentes, como a Biblioteca Nacional, a Imprensa Régia, o Jardim Botânico, a Academia de Belas Artes e o Museu Nacional e, a mais importante para o compositor, a Capela Real. Outras audições que Dom João fez de suas composições convenceram-no a nomear José Maurício inspetor de música e organista da Capela Real, com o substancioso ordenado de 600$000 réis, estando incluída a obrigação de compor novas obras e reger as cerimônias. A Capela funcionou inicialmente na Igreja do Carmo, que por determinação real acumulou em definitivo também a função de Catedral.[2][4] Porém, com a corte veio também a maioria dos ministros da Sé Patriarcal de Lisboa. Na reorganização do Cabido Metropolitano do Rio, que deveria incorporar esses recém-chegados, os cônegos portugueses tentaram excluir os cônegos residentes por serem brasileiros, e afastar José Maurício do posto de mestre de capela por ser mulato, atributo que pensavam incompatível com uma igreja que deveria servir de Capela Real e receber a presença do príncipe, a quem não se deveria dar "o desgosto de encontrar nela alguma pessoa com defeito físico visível", uma clara alusão à cor da sua pele.[24]
A manobra não resultou, e José Maurício continuou no cargo. O príncipe era um notório amante da música, reconheceu logo o talento do padre mulato e teve especial preocupação de dotar a Capela Real com um corpo de músicos e cantores recrutados entre os melhores da Europa, tornando-a uma das melhores instituições musicais da América de seu tempo. Com esta base sólida estabelecida, a Capela deu condições para José Maurício aprofundar seu trabalho e enriquecer seus conhecimentos, pois além de possibilitar apresentações de alta qualidade, dom João trouxera uma grande biblioteca de partituras e tratados musicais, através da qual o padre, também nomeado seu arquivista, conheceu obras importantes de notáveis mestres em atividade na Europa, como Mozart e Haydn, aperfeiçoando sua técnica de instrumentação e sua escrita vocal. Além disso, seus dotes de oratória lhe valeram a indicação para o posto de Pregador Régio da Capela.[5][2] Somando-se a essas atividades, dirigia apresentações na Real Fazenda de Santa Cruz, na zona rural do Rio, uma antiga escola onde os jesuítas haviam fundado um coro de excepcional qualidade, integrado apenas por escravos. Para a Fazenda ele escreveria diversas composições. Suas múltiplas funções oficiais exigiam muito esforço, prejudicando sua saúde.[14]
O período entre 1808 e 1811 foi o mais produtivo, durante o qual compôs cerca de setenta obras para várias funções sacras e solenidades, destacando-se por exemplo as duas missas São Pedro de Alcântara (1808 e 1809), o Te Deum para as Matinas de São Pedro (1809), um Stabat Mater composto sobre um tema cantado por D. João (1809), o moteto Judas Mercator Pessimus (1809), o moteto Ecce Sacerdos a 8 vozes (1810) e o Magnificat das Vésperas de São José (1810), a Missa Pastoril para a Noite de Natal, a Missa em mi bemol e um Te Deum em dó maior, todos de 1811. Segundo Ricardo Bernardes, a obra principal desta fase é a Missa de Nossa Senhora da Conceição (1810), uma das mais complexas de sua carreira e um atestado de sua plena maturidade como compositor.[2] Desta época também são suas composições dramáticas, como Ulissea Libertada, Drama Eroico (1809), alusivo à vitória portuguesa na primeira invasão do Reino, e O Triunfo da América, apresentado no aniversário de D. João de 1810, que coincidiu com o casamento de sua filha, a infanta Maria Teresa.[25]