No fim do ano passado passou a responder a um segundo inquérito (4141), por corrupção e lavagem de dinheiro, a partir de depoimentos prestados na Operação Lava Jato. Segundo Janot, Agripino não é suspeito de participar do petrolão, mas de ter acertado o recebimento de propina com executivos da OAS, uma das empreiteiras investigadas na Lava Jato. O procurador-geral quer apurar se houve repasse de dinheiro desviado das obras de construção do estádio Arena das Dunas, em Natal, construído especialmente para a Copa do Mundo de 2014. O caso é relatado pelo ministro Roberto Barroso. Quando o inquérito foi aberto, Agripino classificou a suspeita como “absurda, inverídica e descabida”.
Em dezembro do ano passado José Agripino passou a enfrentar um terceiro inquérito (4184), por peculato. A investigação, relatada pela ministra Rosa Weber, apura se o senador contratou um funcionário fantasma em seu gabinete. O salário-base do servidor era de R$ 7.415,57. O parlamentar nega ter praticado ilegalidade.