Criada em 2009, a Agência de Inovação da Universidade Federal Fluminense (Agir) tem como objetivo gerir a política de inovação da universidade através da promoção da interação e aprendizado entre entes das esferas institucionais acadêmica, empresarial e governamental.
A atuação da Agir envolve a concessão de bolsas e auxílios para atividades de inovação, o estímulo a criação de empreendimentos inovadores através da incubadora de empresas e o estímulo a política institucional de propriedade intelectual e ao licenciamento de ativos do conhecimento através do Escritório de Transferência de Conhecimento - ETCO.
A agência possui ainda uma divisão de inovação e tecnologias sociais que tem como objetivo desenvolver uma política institucional para a introdução do tema desenvolvimento social nas atividades de estímulo ao empreendedorismo e de transferência de conhecimento da universidade.
O modelo operacional da agência é pautado em uma estrutura colegiada centrada no fórum de inovação e em fóruns específicos que tratam dos temas que permeiam a atuação da agência; fomento à inovação, propriedade intelectual, empreendedorismo e desenvolvimento social.