No entanto, alguns mundos foram retirados. Hollow Bastion mudou muito, e tornou-se praticamente o mundo principal, empatado com The World That Never Was e Twilight Town, já citado. Hollow Bastion depois de completado, torna-se Radiant Garden.
Criado e ilustrado por Shiro Amano, conhecido por trabalhar em adaptações de jogos a mangás, com o conceito original de Tetsuya Nomura, serializado na revista mensal Shounen Gangan e publicado em volumes pela editora Square Enix.
A história do mangá é praticamente a mesma, diferindo somente em algumas partes ao longo da história, algumas vezes contando coisas antes ou depois do determinado no jogo, ou até cenas inéditas que nem aparecem no jogo.