Em 2002, lançam o álbum "A Night at Opera", um álbum muito aguardado por críticos e fãs, fugindo um pouco do tema medieval e com novas sonoridades, dividindo os fãs. Em 2003 lançam mais um CD ao vivo, nomeado simplesmente como "Blind Guardian - Live", com seus maiores sucessos num cd duplo. O álbum é aclamado pelos fãs.
Em 2004 é lançado o primeiro DVD da banda, "Imaginations Through The Looking Glass", com um fantástico show ao vivo.
No mesmo ano, o Blind Guardian termina a longa parceria com a Virgin Records, mas logo assina contrato com uma nova gravadora, a Nuclear Blast.
Em 2005 os fãs são surpreendidos pela notícia da saída do baterista Thomen Stauch, devido a diversgências musicais. Frederik Ehmke é anunciado como substituto de Stauch.