A colonização da região começou com a chegada de imigrantes italianos que chegaram ao Porto de Itajaí por volta de 1876. Os primeiros imigrantes seguiram até Brusque e se alojaram em barracas e barracões na localidade, hoje, de Águas Claras. Em seguida, com o uso de canoas e balsas improvisadas, subiram o Rio Itajaí-Mirim e se fixaram nas terras que denominaram 'Porto Franco', hoje Botuverá.
O topônimo Bptuverá é uma palavra na língua Tupi-Guarani que significa 'Bons Brilhantes'. Nome Botuverá foi originado em conseqüência da existência de vários minérios no município, principalmente o ouro, que já foi um minério muito extraído, e foi uma das principais atividades econômicas do município.