Deslocado para o meio-campo com a missão de ajudar a conter o Barcelona, Pepe não conseguiu cumprir a tarefa e viu o rival acumular a sétima partida sem derrota no Estádio Santiago Bernabéu, templo do Real Madrid. Mesmo sem ter sido expulso - como muitos apostavam -, o improvisado zagueiro foi o personagem controverso do clássico de quarta-feira, ao selar a péssima jornada e pisar na mão de Lionel Messi, que estava no chão após sofrer entrada violenta de Callejón, no meio-campo, quando a partida ainda estava empatada por 1 a 1.
Taxado pelo diário catalão Mundo Deportivo como um "perigo público" após a partida de quarta, Pepe foi criticado por torcedores, pela imprensa de Madri e por companheiros de profissão, como o atacante Wayne Rooney, do Manchester United - que não se fez de rogado ao chamar o camisa 3 de "idiota" pelo Twitter.
Eles não mostram só a revolta com o lance, que ocorreu aos 23min da segunda etapa, já com o zagueiro tendo cartão amarelo. Apenas externam a fama de violento e destemperado com a qual Pepe passou a ser rotulado, principalmente após a chegada ao Real Madrid, em 2007, por 30 milhões de euros - uma das cifras mais caras pagas por um zagueiro na história.
O marco para tal rótulo foi o dia 22 de abril de 2009, na partida Real Madrid x Getafe. Na oportunidade, após cometer pênalti infantil sobre Javier Casquero, chutou violentamente o adversário, que estava no chão, para depois pisá-lo.
Na confusão que se sucedeu, agrediu Juan Albín e acabou expulso de campo e pegou gancho de dez jogos de suspensão. Desde então, o luso-brasileiro nunca mais foi o mesmo, segundo analisou o ex-técnico Bernd Schuster, em declaração ao diário espanhol Marca, dizendo que quando o atleta veste a camisa, parece se tornar "outra pessoa".
Na Copa do Mundo de 2010, uma das vítimas das entradas com excesso de força do defensor foi o não menos controverso volante Felipe Melo, atualmente no Galatasaray, durante a partida com o Brasil na fase de grupos.
Na ocasião, ambos trocaram entradas violentas. Em uma delas, Pepe pisou no tornozelo do camisa 5, que teve que ser sacado preventivamente por Dunga, ainda na primeira etapa. Após o lance, que resultou em cartão amarelo, o jogador da seleção portuguesa sinalizou "1 a 1" com os dedos, explicitando o revide às investidas de Felipe Melo.
Já o lance com Messi causou revolta em torcedores e jornalistas pró-Real porque remeteu a outra dolorosa derrota para o arquirrival, em 27 de abril de 2011, na primeira partida da semifinal da Liga dos Campeões da Europa. Na oportunidade, a entrada sobre o lateral Daniel Alves (mesmo não tendo atingido em cheio o rival, entrou com a sola de forma ríspida) causou a expulsão do zagueiro, também improvisado como volante por Mourinho naquele clássico.
Por todo o histórico de Pepe com a camisa do Real - somente na Era Mourinho, ele é o jogador mais expulso, ao lado de Arbeloa, por três vezes -, o jornalista Miguel Serrano, também do Marca, fez duras críticas ao zagueiro: definindo o comportamento dele como intolerável, dizendo que não esta à altura e mancha a história do clube, além de defender a venda imediata, mesmo ignorando o fato de que o zagueiro renovou recentemente o contrato com o clube madrileno até 2016.
Alvo da ira de catalães e madrilenos, os únicos que saíram em defesa do camisa 3 do Real foram o companheiro de clube e seleção portuguesa, Ricardo Carvalho, que o taxou de "jogador agressivo em campo, mas leal", e o ex-companheiro Guti, que escreveu no Twitter que o atleta "se vê metido nestas coisas depois de ver coisas incompreensíveis", pregando respeito. Comedido, José Mourinho disse que não viu o lance, mas explica que, caso tenha sido proposital o pisão na mão de Messi, a atitude é "censurável".