Criada em agosto de 2009, a Embrapa Pesca e Aquicultura está entre as mais jovens Unidades Descentralizadas de Pesquisa da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária vinculada ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA).
Instalada em Palmas (TO), a Unidade foi projetada para operar com cerca de 90 empregados e possui a missão nacional de gerar conhecimento e tecnologias para a pesca e aquicultura e de atuar regionalmente desenvolvendo soluções para a produção agrícola em sistemas integrados.