No que tange ao Sistema de Gestão Central (SGC), a concessionária deverá ter o prazo de um ano para realizar a implantação deste aparato. O SGC é responsável por manter o controle e supervisão das estações, subestações, pátio e CCO através de consoles dedicados. Segundo o governo, o prazo de um ano deverá contar a partir da finalização do STO (Sistema de Transmissão Óptico) na Linha 9-Esmeralda. Caso o sistema seja concluído antes da assinatura do contrato, o prazo será contabilizado a partir da conclusão da etapa de treinamento, onde é feita a transferência de conhecimento da CPTM para a nova operadora.
Outros esclarecimentos elucidam pontos gerais da concessão, como a responsabilidade por parte do poder concedente pelo sistema de arrecadação, contagem e recebimento de bilhetes, uma vez que a concessionaria receberá sua remuneração diretamente da Câmara de Compensação.