Ao despedir-se do Brasil, no dia 17 de novembro de 1889, quando a família imperial foi injusta e cruelmente expulsa de sua pátria, após o golpe militar que instalou a República no país, como bem demonstra Laurentino Gomes em seu livro "1889", Sua Alteza Dona Isabel sofria. Era mesmo terrível aquele episódio feito sem apoio popular, obrigando aqueles que tudo fizeram pelo Brasil independente, de uma noite para o dia, saírem de seus palácios e meterem-se num navio, sem nenhuma preparação, para irem para a Europa, banidos de seus direitos e humilhados em sua dignidade. Os relatos da época demonstram que o povo amava a família imperial e venerava a Dom Pedro II como um pai e a Princesa como verdadeira mãe a quem desejava como Imperatriz sucessora. Porém, mulher forte, dotada de nobreza, de altivez e, sobretudo, de uma fé inabalável em Deus, partia com a alma lavada por ter vencido a ideologia escravocrata dos ricos fazendeiros e políticos que causaram a queda de seu idolatrado pai. É conhecido na história brasileira o diálogo entre a Princesa e o Barão de Cotegipe, quando, após a assinatura da Leia Áurea, disse ela ao Barão : "Então, Sr Barão, ganhei ou não a partida?" Ele, cortezmente, respondeu: "Certamente, Alteza, mas perdeu o trono".
Notável é a correspondência da Princesa com os Papas Pio IX (1844 - 1878), Leão XIII (1878 - 1903) e Papa Pio X (1903 - 1914) quando, entre outros assuntos, Sua Alteza propunha aos Sumos Pontífices a proclamação do Dogma da Assunção Gloriosa de Maria ao Céu, o que veio a acontecer em 1950, já com o Papa Pio XII (1939 - 1958), 29 anos após o falecimento da Princesa, ocorrido em Paris, aos 14 de novembro de 1921, com 75 anos de idade, tendo nascido no Rio de Janeiro, a 29 de julho de 1846, uma quarta-feira, às 18:45h. Hoje, os seus mortais se encontram na Catedral de Petrópolis.