A Nove Caudas continuaria aprisionada durante toda a vida de Mito, sendo transferida para outra hospedeira quando sua vida estava chegando ao fim. A próxima jinchuriki de Kurama foi ninguém menos que Kushina Uzumaki, que por sua vez manteve a raposa aprisionada até dar a luz a Naruto. Apesar dos preparativos feitos por ela e Minato para garantir que Kurama não escaparia, eles são atacados por um homem mascarado, que mais tarde é revelado como Obito Uchiha, o que faz com que a Nove Caudas não permaneça presa dentro de Kushina.
Ainda assim, Kurama não consegue sua liberdade, e mais uma vez é utilizado pelos humanos como uma arma quando Obito ordena que o Bijuu destrua a Vila da Folha. Eventualmente, Minato o libera deste controle, mas isso não é o suficiente para parar a Besta com Caudas. Devido a todos os anos que passou aprisionada, assim como ao fato de os humanos a verem apenas como um monstro irracional e a utilizarem como uma ferramenta, Kurama passou a odiar os humanos e a Vila da Folha, e continua a tentar destruí-la de acordo com sua própria vontade.
Mesmo este momento de liberdade de Kurama, no entanto, é breve. A raposa não consegue destruir a Vila, e é selada em Minato e Naruto, sendo dividida em partes Yin e Yang, já que seria demais para um bebê recém-nascido ter todo o poder da raposa selado dentro de si. Com Kushina a beira da morte, ela e Minato utilizam o que resta de suas forças para manter Naruto e a Vila a salvo, e para levar a metade Yin da raposa consigo Minato utiliza a mesma técnica que o Terceiro Hokage emprega anos mais tarde, ao selar os braços de Orochimaru: o selo Ceifeiro da Morte.