Os principais objetivos da Federação são:
Promover a investigação no domínio da Ginecologia Pediátrica e Adolescente e reforçar o conhecimento assim adquirido na prática, com o objetivo de melhorar a saúde, o bem-estar e os direitos das crianças e adolescentes.
Promover a pesquisa e educação em Pediatria e Adolescente Ginecologia e apoiar a aplicação de conhecimentos para a prática.
Promover a cooperação entre as Sociedades Membros.
Melhorar o interesse e o conhecimento em temas de importância internacional relacionados com o PAG, particularmente no que diz respeito à prevenção, diagnóstico e abordagens terapêuticas adequadas.
Promover e melhorar a capacidade e habilidade dos médicos praticantes de PAG.
Promover abordagens científicas para PAG expandindo ensino universitário e pós-graduação e gestão da qualidade.
Cooperar com outras organizações internacionais que lidam com temas de natureza PAG.
Promover o desenvolvimento de PAG em países com grande população de meninas e adolescentes e sem estruturas PAG.
Na prossecução destes objetivos, a Federação observa a política básica de não-discriminação política e afirma os direitos dos médicos em PAG de qualquer país a aderir ou a associar-se com a atividade internacional no campo da PAG, sem distinção de etnia, religião, política ou filosófica ponto de vista.
A Federação é composta por Organizações Nacionais e membros individuais em países onde ainda não foi possível formar uma organização nacional.