Na apoptose uma série de eventos entra em jogo para remover uma célula. Nas fases iniciais, um conjunto de enzimas chamadas caspases começam a trabalhar. Estas proteínas quebram o andaime dentro da célula. Por sua vez, ativam enzimas caspases que destroem o DNA.
A célula neste ponto está visivelmente sofrendo autodestruição, como pode ser visto através de um microscópio. Sua forma se altera, combinando com as alterações bioquímicas que ocorrem no seu interior. À medida que o esqueleto da célula é desmontado, o citoplasma encolhe e seu núcleo também.
Várias características da apoptose mostram que este processo está em curso. Estes marcadores apoptóticos permitem que os investigadores vejam claramente que a apoptose é a causa da morte das células. Além da sequência bioquímica dentro da célula, os sinais visíveis de uma célula apoptótica incluem pedaços quebrados da membrana, e pequenas vesículas chamadas corpos apoptóticos.
Mudanças na superfície da célula de uma célula apoptótica, enquanto isso notificam os macrófagos para virem engoli-lo. Esta remoção limpa da célula evita os problemas inflamatórios de necrose.
Locais de ancoragem na superfície de uma célula recebem sinais, que podem pender a balança da química interna para a apoptose. Um sinal é transportado pelo fator alfa (TNFα) necrose tumoral. Este sinal é gerado por células do sistema imunológico, tais como células T e macrófagos ativados. TNFα produz a ativação imunológica adicional, e pode também desempenhar em apoptose, apesar de não ser particularmente um forte indutor de morte celular.