Ele se lembrou de tudo o que era dito na classe, e tudo ficou claro em sua mente. Daquele momento em diante ele teve grandes progressos em seus estudos.
Em 1851 João Serguiev concluiu o seminário com distinção e ingressou na Academia de Teologia de São Petersburgo. A vida na capital não corrompeu o jovem; ele continuou sendo religioso e compenetrado como era em casa. Logo seu pai morreu, e para manter sua mãe, João começou a trabalhar na chancelaria da academia com o salário de nove rublos ao mês. Esse dinheiro era enviado na íntegra à sua mãe.
O jovem formando foi ordenado e nomeado padre da catedral de Santo André em Kronstadt (próximo a São Petersburgo). Desde o primeiro dia de sua ordenação, o padre João se dedicou inteiramente a serviço do Senhor e passou a oficiar diariamente a Divina liturgia. Ele rezava fervorosamente, ensinava as pessoas a levarem uma vida correta e ajudava os necessitados. Seu fervor era surpreendente.
No princípio algumas pessoas riam dele, considerando-o não totalmente normal. Por um tempo o padre João foi professor do Sagrado Testamento. Sua influência sobre os alunos era irresistível e as crianças gostavam muito dele. Ele não era apenas um educador frio, era um interlocutor interessante. Ele tratava seus alunos com calor e sinceridade, freqüentemente intercedia por eles, não os reprovava nos exames e mantinha diálogos simples, os quais eram lembrados pelos alunos pelo resto de suas vidas.
O padre João tinha o dom de acender a fé nas pessoas. Se compadecia muito pelos pobres e sofredores. Ele não menosprezava ninguém e atendia ao primeiro apelo dos mendigos e dos decaídos. Alí nas casas deles ele rezava e depois os ajudava, freqüentemente dando tudo daquilo que possuía. Às vezes sucedia que ao chegar a uma casa de família muito necessitada e vendo a pobreza e a doença, ele mesmo se encaminhava ao mercadinho ou procurava pelo médico na farmácia. Ele nunca se recusou aos pedidos de orações nem dos ricos nem dos pobres, nem dos famosos ou qualquer simples desconhecido. E o Senhor recebia suas preces.
Durante a liturgia o padre João rezava com fervor, exigente e ousadamente. O Arcipreste Vassily Shustin descreve uma das liturgias do padre João, na qual ele esteve presente em sua juventude, da seguinte maneira: "Durante o Grande Jejum (Quaresma) cheguei a Kronstat junto com meu pai, para jejuar junto ao padre João. Porém, como se tornou impossível ter uma confissão privativa com ele, tivemos que nos confessar na confissão comunitária. Meu pai e eu chegamos à catedral de Santo André antes do toque do sino. Estava escuro — apenas 4 horas da madrugada. Embora a catedral estivesse trancada, já havia um número relativamente grande de pessoas perto dela. No dia anterior nós havíamos conseguido do "starosta" (o responsável da Igreja) uma autorização para entrarmos no altar. O altar era grande e acomodava 100 pessoas. Meia hora depois o padre João chegou e iniciou os ofícios matinais. Nessa hora a catedral ficou lotada; ela comportava aproximadamente cinco mil pessoas. Diante do público havia uma cerca afim de conter os fiéis. O cânone matinal foi lido pelo próprio padre João. No final das matinas teve início a confissão comunitária. Inicialmente o padre leu as orações que precedem a confissão. Em seguida disse algumas palavras sobre o arrependimento e elevando a voz, para que todos ouvissem, falou: "Arrependam-se." — Aqui começou a acontecer algo incrível. Ouviram-se clamores, gritos e confissões verbais dos pecados mais secretos. Alguns procuravam gritar seus pecados o mais alto possível, para que o padre ouvisse e rezasse por eles. O padre por sua vez, ajoelhado e com a cabeça encostada na mesa do altar rezava fervorosamente. Aos poucos os gritos se transformavam em pranto e soluços. Isto continuou por uns 15 minutos. Depois o padre se ergueu e saiu para o público; o suor escorria pelo seu rosto. Ouviam-se pedidos de intercessão, mas outros ficaram quietos e finalmente a catedral silenciou. Então o padre, erguendo bem alto o paramento sacerdotal, leu a oração de absolvição e moveu o paramento sobre as cabeças das pessoas. Depois ele entrou no altar e foi iniciada a liturgia. Havia 12 sacerdotes servindo e sobre a mesa do altar 12 cálices enormes e discoses. O padre servia tenso, exclamando algumas palavras em alto brado e manifestando como que uma especial intrepidez diante de Deus. Afinal de contas quantas almas arrependidas ele tomou sobre si! Foram lidas muitas orações antes da Comunhão, pois, era preciso preparar muitas partículas para a Comunhão. Para o Cálice foi colocado diante do público um suporte reforçado protegido por duas grades. Às 09:00hs da manhã o padre deu início à comunhão. Por diversas vezes o "batiushka" precisou pedir às pessoas para que não empurrassem umas às outras. Próximo ao cercado havia uma corrente de policiais, os quais controlavam a multidão, permitindo assim a aproximação dos comungantes. Embora houvesse mais dois sacerdotes nas laterais da catedral dando a comunhão, o "batiushka" terminou de dar comunhão após às 14:00hs, tendo pego Cálices adicionais por diversas vezes. Eu permaneci até o final da liturgia. Quando ela terminou, ainda restavam Sacramentos Sagrados no Cálice, e o "batiushka" então chamou para o Altar por aqueles que ainda não tomaram o vinho após a comunhão e colocando-os em semicírculo diante da Mesa de Oblação e segurando o cálice nas mãos, ele administrou os Santos Sacramentos pela segunda vez. Esta cena da Ceia Mística de Amor muito comovente. O "batiushka" não demonstrava nenhum traço de fadiga na face e com o rosto feliz ele congratulava a todos. Os ofícios e a Sagrada Comunhão nos deram tanto entusiasmo e forças que meu pai e eu não sentimos nenhum cansaço. Tendo recebido a benção do padre João, almoçamos ligeiramente e partimos para casa."
Algumas pessoas se referiam ao padre João com malevolência — uns por ignorância, outros por inveja. Assim, certa vez um grupo de leigos e de clérigos, descontentes com o padre João, escreveram uma carta de reclamação ao Metropolita Isidoro de S. Petersburgo. O Metropolita abriu a carta, olhou e viu diante de si uma folha de papel em branco. Chamou então os autores da carta e exigiu uma explicação. Eles afirmavam de que o Metropolita segurava nas mãos a carta de acusação escrita por eles. O Metropolita perplexo então chamou o padre João, perguntando o que sucedia. Quando o padre João rezou a Deus, o Metropolita começou a ver que realmente ele tinha em suas mãos uma carta de acusação e não um papel em branco. Entendendo, através deste milagre, que Deus defendia o padre João das calúnias, o Metropolita rasgou a carta e com raiva expulsou os queixosos, e o padre João disse carinhosamente: "Sirva a Deus batiushka, e não se perturbe!"
A oração de padre João era extraordinariamente poderosa. Através dela, ele curava milhares de pessoas tanto presentes como ausentes. Sabendo do poder de suas orações, pessoas não só de Kronstadt se dirigiam a ele, como também pessoas de todos os cantos da Rússia e até do estrangeiro. A quantidade de cartas e telegramas dirigidas ao Padre João era tão volumosa que o correio de Kronstadt repartiu para ele um setor particular. Essas cartas e telegramas eram habitualmente lidas pelo Padre João logo após a liturgia, com freqüência contando com a ajuda de secretários, e ali mesmo rezava fervorosamente pelos suplicantes. Entre os que foram curados pelo Padre João, havia pessoas de todas as idades e classes sociais; havia ali ortodoxos, católicos, judeus e muçulmanos.