O Departamento de Educação Física é administrativamente estruturado para realizar a gestão dos recursos financeiros, do pessoal, da utilização da infraestrutura, de eventos, das atividades de pesquisa e extensão, bem como da gestão em si. A instância decisória máxima da estrutura administrativa é a Assembléia Departamental.
Ao Chefe de Departamento cabe a execução da gestão, incluindo avaliar, direcionar e monitorar a gestão do Departamento, especialmente quanto ao alcance de metas organizacionais e deliberações da Assembleia Departamental. E atuando junto a Coordenadoria de curso nas definições administrativas relacionadas aos cursos e disciplinas oferecidas pelo DEF. Na sua ausência é representado pelo Sub-Chefe de Departamento.
O pessoal atuante no departamento é categorizado em professores, técnicos administrativos e funcionários terceirizados, cada qual atuando de forma colaborativa, a partir de suas atribuições específicas, para o alcance de metas organizacionais. Sua equipe é composta por 14 professores, 3 técnicos e 4 funcionários terceirizados.