Ele recebeu uma bolsa Guggenheim em 1962 e foi o primeiro sociólogo a ser nomeado MacArthur Fellow (1983–1988). Mais de vinte universidades lhe concederam títulos honorários , incluindo: Harvard , Yale , Columbia e Chicago University nos Estados Unidos; e, no exterior, as Universidades de Leiden , País de Gales , Oslo , Cracóvia , Oxford e a Universidade Hebraica de Jerusalém .
Em 1994, Merton se tornou o primeiro sociólogo a receber a Medalha Nacional de Ciência dos Estados Unidos , por "fundar a sociologia da ciência e por suas contribuições pioneiras ao estudo da vida social, especialmente a profecia autorrealizável e as consequências não intencionais da ação social. "