O Neo Geo CD tem basicamente as mesmas características técnicas do Neo Geo. As principais diferenças são: drive de CD-Rom de 1x (é óbvio), mais memória (56 Mbits), Memory Card interno.
A principal desvantagem do Neo Geo CD em relação ao Neo Geo é o tempo de carregamento dos jogos em CD. Como o drive de CD é de 1x os jogos (principalmente os de luta) demoram algum tempo para serem carregados para a memória. Esse problema de carregamento é visto em jogos com mais de 106Mbit de memória.