O Departamento de Fisiologia e Farmacologia resultou da fusão dos Departamentos de Farmacologia e Fisiologia em 1973, simultaneamente à implantação do Mestrado em Fisiologia. Tem como objetivo o ensino de Fisiologia e da Farmacologia na graduação e pós-graduação, assim como o desenvolvimento de pesquisas nestas duas áreas.
Atualmente o Departamento conta com 24 professores permanentes, 07 técnicos de laboratório, 01 veterinário e 02 técnico-administrativos. Dos professores, 22 são doutores, o que demonstra o investimento, desde sua fundação, na formação de seu corpo docente.
O Departamento está organizado em 9 setores (Fisiologia Renal, Hipertensão Arterial Experimental, Fisiologia Cardiopulmonar, Neurofisiologia, Fisiologia Comparada, Endocrinologia e Metabolismo, Neuroendocrinologia, Farmacologia Cardiovascular e Farmacologia de Produtos Bioativos) que dão suporte às linhas estabelecidas no Programa de pós-graduação em Ciências Biológicas - Fisiologia.