Várias reitorias pronunciaram-se sobre o bloqueio, mas limitando-se a apontar o risco de colapso financeiro antes mesmo do final do ano. Outras foram mais incisivas. A reitora da Universidade Federal do Mato Grosso (UFMT), Myriam Serra, emitiu nota intitulada “MEC corta R$ 34 milhões da UFMT”, em que classifica como “retrocesso inimaginável” o bloqueio de verbas. “Não é possível pensar em desenvolvimento econômico sustentável desatrelado do desenvolvimento social. Este deve ser capitaneado por políticas educacionais criteriosas, seguidas de perto por investimentos em ciências, tecnologias e inovações. Neste sentido, o ataque ao orçamento das universidades públicas brasileiras é uma agressão frontal a qualquer oportunidade de desenvolvimento do país”.
A Defensoria Pública da União (DPU), por sua vez, ajuizou ação civil pública na Justiça Federal de Brasília, no dia 3/5, com a finalidade de impedir o corte aplicado às instituições federais de ensino superior. São citados o MEC e a União. No entanto, a ação da DPU baseia-se nas declarações iniciais do ministro e portanto questiona os cortes aplicados à UnB, à UFF e à UFBA, que teriam o intento de “retaliar e punir universidades federais cujo perfil ideológico seja diferente daquele pedido pelo governo”.
Outra ação contra o bloqueio foi ajuizada pelo Diretório Central de Estudantes da UnB. Já o Ministério Público Federal de Goiás (MPF-GO) abriu três diferentes inquéritos para apurar os prováveis danos aos alunos das instituições federais de ensino existentes naquele Estado: Universidade Federal de Goiás (UFG), Instituto Federal Goiano (IF Goiano) e Instituto Federal de Goiás (IFG). Segundo o portal G1, o MPF-GO pediu explicações ao MEC e ao Ministério da Economia sobre os motivos que levaram aos cortes e indagou da existência de estudos quanto aos impactos que provocarão.
Embora o MEC tenha recuado da caracterização político-ideológica das federais como motivação para os cortes, o ministro, que é professor da Universidade Federal de São Paulo (Unifesp), não deixou de provocar as instituições: “Para quem conhece Universidades Federais, perguntar sobre tolerância ou pluralidade aos reitores (ditos) de esquerda faz tanto sentido quanto pedir sugestões sobre doces a diabéticos”, postou Weintraub no Twitter em 1o/5, em resposta às primeiras reações à decisão do governo Bolsonaro e às alegações utilizadas pelo ministro.