Em outubro de 2001, Rita Lee recria sucessos dos Beatles em ritmo de Bossa Nova no CD Aqui, ali, em qualquer lugar (Abril Music), que na versão americana virou Bossa 'n' Beatles. No repertório, clássicos como A Hard Day's Night, If I Fell (que virou Pra você eu digo sim) e Here, There and Everywhere. Em 2001 e 2002, Rita Lee aproveitou o período de recuperação de Herbert Vianna e "seqüestrou" o baterista João Barone, que participou do disco e da turnê Yê Yê Yê de Bamba. Entre um show e outro, Rita Lee apresentou o programa semanal Saia Justa (GNT), acompanhada de Mônica Waldvogel, Marisa Orth e Fernanda Young.
Dois anos mais tarde, em sua terceira passagem pela Som Livre, Rita Lee lança o CD Balacobaco, tendo como carro-chefe Amor e Sexo, uma deliciosa balada musicada a partir de uma crônica de Arnaldo Jabor. Neste disco, Rita volta a flertar com o pop que a consagrou no início da década de 80, em canções como A Gripe do Amor, A fulana (inspirada em Namoradinha de um amigo meu, de Roberto e Erasmo Carlos) e Hino dos Malucos, tema da versão cinematográfica da série Os normais. Além disso, homenageia Roberto de Carvalho em Copacabana Boy e canta Já te falei, um presente recebido dos Tribalistas Marisa Monte, Arnaldo Antunes, Dadi e Carlinhos Brown.
Em janeiro de 2004, Rita causa frisson no verão carioca com a estréia da turnê Balacobaco, no tradicional Canecão. Durante as concorridas apresentações, surge uma polêmica: após declarar sua admiração pela Cidade Maravilhosa, os Paulistas se ofenderam, a ponto de Rita escrever uma carta aberta, como uma espécie de pedido de desculpas. No mesmo ano, nos dias 26 e 27 de agosto, grava o CD e DVD MTV ao vivo (EMI Music), registro de duas noites de apresentações no Hotel Unique, em São Paulo, com as participações especiais de Pitty (em Esse tal de Roque Enrow) e Zélia Duncan (em Pagu). Neste CD/DVD, Rita interpreta as inéditas Meio fio (de Roberto de Carvalho e Arnaldo Antunes) e Coração Babão, um iê-iê-iê composto por ela e por Roberto de Carvalho inspirado nas canções da ternurinha Wanderléa. No DVD, Rita canta uma versão de The More I See You, sucesso de Chris Montez nos anos 60 que, em suas mãos, virou Quando te vejo.
Um ano depois, em setembro de 2005, Rita volta à TV acompanhada de Roberto de Carvalho, para apresentar o talk-show Madame Lee, no canal GNT. Semanalmente, Rita Lee recebia celebridades em seu "consultório", mas nunca atendeu o paciente que, "pacientemente", aguardava atendimento na sala de espera. Alguns dos consultados por Madame Lee: Fernanda Torres, Hebe Camargo, Constanza Pascolatto, Glorinha Khalil, Jorge Fernando e o cantor Falcão, entre outros.
Em 29 de novembro de 2005 nasce Izabella Lee Alves de Carvalho, filha de Beto Lee e da cantora Talita Alves, e primeira neta de Rita Lee e Roberto de Carvalho.
Em 06 de junho de 2006 acontece o lançamento oficial do livro Rita Lee mora ao lado (Panda Books), biografia escrita pelo músico Henrique Bartsch. Através da personagem Bárbara Farniente, o autor narra histórias de Rita Lee Jones de Carvalho, desde antes de seu nascimento até meados da década de 90. Com um texto leve e irreverente, Bartsch (ou Bárbara) vai fundo em detalhes da carreira e vida pessoal de Rita Lee, incluindo Mutantes, Roberto de Carvalho, filhos, pais, irmãs, a amiga Elis Regina, afetos e desafetos. Em alguns momentos, o leitor tem a sensação que a própria cantora é quem abre o baú de memórias. Sobre o livro, Rita Lee declarou: "é um tratado arqueológico de minha vidinha vulgar, o encontro de vários elos perdidos". Uma biografia totalmente autorizada, onde ficção e realidade se fundem em torno de um ícone da MPB.
No mês de setembro de 2006, uma nova homenagem é prestada à Rita, desta vez no teatro, com a peça Um homem chamado Lee, de Rodrigo Pitta. Preta Gil, filha do compadre Gilberto Gil, sobe ao palco para interpretar Linda Lee, um travesti obcecado pela cantora que resolve sequestrá-la para assumir o seu lugar.
Durante todo o ano de 2006, Rita Lee se apresentou em vários estados do país com uma nova banda, testando o repertório que dará origem a turnê de comemoração de seus 40 anos de carreira, em 2007.
Em 25 de maio de 2007, Rita Lee recebeu, das mãos da vereadora Aspásia Camargo (PV-RJ), o título de "Cidadã Honorária do Município do Rio de Janeiro", cinco meses após ter declarado, em um show na Praia de Copacabana, que gostaria de se tornar carioca, impulsionada pela homenagem feita pelo seu fã-clube, que levou uma faixa com a frase "Rita Lee cidadã carioca".
Também em maio de 2007, Rita estréia na gravadora Biscoito Fino, lançando um box com três DVD's, onde ela própria reconta histórias de sua vida, entre imagens de arquivo, de shows pelo Brasil e depoimentos de Roberto de Carvalho, Beto Lee, Caetano Veloso e Virgínia Lee. O nome só poderia ser irreverente, como a estrela principal: Biograffiti.