Para Bolsonaro, Paulo Freire é um "energúmeno". Freire é considerado patrono da educação brasileira e autor do único livro brasileiro a aparecer na lista dos 100 títulos mais pedidos pelas universidades de língua inglesa consideradas pelo projeto Open Syllabus.
Seguidor de Olavo de Carvalho, Ricardo Vélez ficou no cargo 3 meses e 1 semana, uma das gestões mais curtas desde 1985.
Durante o período em que Vélez esteve à frente da pasta, houve ao menos 14 trocas em cargos importantes da estrutura do ministério e editais publicados com incongruências, e depois anulados. Vélez também deu declarações polêmicas, o que gerou críticas de diversos setores da sociedade.
O segundo ministro da Educação no governo Bolsonaro foi o economista Abraham Weintraub. Ele ficou no cargo de abril de 2019 a junho de 2020. A gestão de Weintraub foi marcada por diversas declarações polêmicas e embates do ministro com setores da sociedade.
Weintraub dedicou parte de sua passagem pelo MEC às ideias identificadas com as alas mais radicais, criando mal-estar com as universidades federais em várias ocasiões.
Em uma dessas situações, disse que havia nas instituições plantações "extensivas" de maconha. Em outra, disse que iria "caçar um pessoal" que fica "fazendo balbúrdia". Foi uma referência a uma greve estudantil na Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC).
No vídeo da reunião ministerial de 22 de abril de 2020, divulgado por decisão judicial, Weintraub aparece defendendo a prisão dos ministros do Supremo Tribunal Federal (STF) e chamando os ministros de "vagabundos". Weintraub é alvo do inquérito que apura ameaças aos ministros do tribunal.