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Pizarro e Araújo destaca que a entrada e fixação das tropas portuguesas no baía da Guanabara só teria ocorrido em 1566, e não em 1565, como sugere o texto de José de Anchieta acima indicado.[1] Uma vez controlada a situação na baía da Guanabara, Men de Sá retornou para a Bahia, deixando seu sobrinho Salvador Correia de Sá no governo do Rio de Janeiro.[2] Alguns anos mais tarde, foi feita a repartição do Estado do Brasil em duas partes, a Repartição Norte, sob governo da Bahia, e a Repartição Sul, sob cuidado do Rio de Janeiro. Esta última iniciava-se no limite em que partem as duas capitanias dos Ilheos e do Porto Seguro[3]