Estando sob pressão de todos os lados, tanto dos ministros como por parte do povo, Elizabeth finalmente assinou a sentença de sua prima no dia 1 de fevereiro. Pouco depois, se arrependeu e solicitou o documento de volta, mas já era tarde demais. Dois dias depois, o escrivão do conselho, Beale, partiu para Fotheringhay com a ordem de execução. Após saber que seria decapitada na manhã do dia 8, Mary Stuart não dormiu, preferindo ficar em oração até o momento em que seria escoltada rumo ao patíbulo. Às 6 da madrugada, suas damas começam a lhe preparar para o último ato do drama que foi sua vida. Cada peça de roupa foi meticulosamente escolhida: um vestido de veludo carmesim escuro, com corpete de seda negra, gola branca encanudada e mangas amplas e pendentes. Sobre o traje, um manto de cetim negro, e na cabeça um véu de viúva. Embaixo de todo esse vestuário, uma túnica de tafetá vermelho, a cor do martírio católico. Quando deu 8 horas, vieram finalmente busca-la. Escoltada por duas de suas damas, a vítima carregava numa das mãos a bíblia e na outra um terço. Nenhuma condenada jamais se preparou tanto esmero para o seu fim como ela o fez. Quando entrasse na sala onde estava armado o patíbulo, não queria os espectadores tivessem qualquer dúvida quanto à sua dignidade real e a posição que ocupava neste mundo.
O cenário para a execução de Mary Stuart tinha sido preparado às pressas entre 7 e 8 de fevereiro. Um pequeno palanque, com a altura de dois pés, foi erguido. No centro, coberto por pano preto, colocou-se um tamborete com uma almofada. Encostados na parede, estavam o carrasco e seu ajudante. É de Stefan Zweig, um dos principais biógrafos de Mary, a narrativa dos acontecimentos a seguir:
Maria penetra serenamente na sala. Rainha desde os primeiros dias de sua vida, ela aprendeu há muito a conservar uma atitude real e tão elevada arte não a abandona, mesmo neste momento cruel. De cabeça erguida, sobe os dois degraus do cadafalso. Foi assim que, aos quinze anos, subiu ao trono da França, foi assim que, em Reims, avançou para o altar. Seria assim que teria subido ao trono da Inglaterra, se outras estrelas tivessem presidido ao seu destino. Ajoelhara junto do rei da França, depois junto do rei da Escócia, para receber a bênção do padre, com a mesma humildade e o mesmo orgulho que hoje espera a bênção da morte. É com indiferença que ouve o secretário reler a sentença. E as suas feições acusam uma feição tão amável, quase feliz, que Wingfield, um adversário notável pela sua ferocidade, não pode deixar de assinalar, no relatório que faz a Cecil, que ela acolheu a leitura da sua sentença de morte como se se tratasse de uma mercê (ZWEIG, 1969, p. 378).
As vestes negras são finalmente removidas, revelando por baixo os trajes de peregrina. Depois de ter perdoado o carrasco pelo que ele faria, ela finalmente se ajoelhou diante do cepo, deixando seu pescoço livre para a lâmina do machado. Enquanto murmurava continuamente a frase “In manus tuas, Domine” (em vossas mãos, ó Deus), o primeiro golpe caiu, errando o alvo e cortando o lado do crânio. Ela ainda estava viva quando o segundo golpe desceu afundando a lâmina do machado até metade do seu pescoço. No terceiro, a cabeça da rainha foi completamente decepada. “Assim pereçam os inimigos da rainha Elizabeth”, gritou o diácono de Peterbourough. Quando o carrasco levantou a cabeça da vítima, ela se desprendeu da peruca e caiu no chão, oferecendo uma cena grotesca para os espectadores. Imediatamente, percebeu-se que ainda existia vida no corpo decapitado daquela mulher. Na verdade, era o seu cãozinho de estimação, um terrier Skye, que se mexia sob as saias da dona e se recusava abandona-la. O martírio da rainha da Escócia estava, enfim, consumado. Com sua fé e coragem, Mary Stuart transformou sua derrota em vitória. Morria a mulher e nascia o mito da soberana romântica que lutou pelo seu amor e liberdade na mesma proporção com que brigou pela sua coroa.