A maioria dos morcegos tem apenas um filhote por gestação e de uma a duas gestações por ano. Há exceções como os morcegos do gênero Lasiurus, que costumam ter quadrigêmeos, e alguns morcegos Myotis, que podem ter três ou quatro gestações por ano [22]. A expectativa de vida do morcego vai de quatro a trinta anos, variando muito conforme a espécie[23]. Morcegos que se alimentam de plantas costumam ter sua sazonalidade reprodutiva influenciada pela oferta dos frutos ou flores de que mais gostam, porém em alguns locais as variações no clima podem ser muito importantes[24].
Morcegos apresentam uma grande variedade de comportamentos reprodutivos [25]. Em geral, a maioria das espécies de morcegos é poligínica, ou seja, um macho dominante mantém o controle sobre várias fêmeas (harém), enquanto machos subordinados lutam para conseguir copular secretamente com algumas delas. Há espécies de morcegos em que os machos têm glândulas de cheiro nos ombros ou pescoço, usadas para emitir odores que atraem as fêmeas. Em outras espécies os machos têm ornamentos, como cristas na cabeça, que desempenham um papel na seleção sexual. Além disso, algumas espécies apresentam comportamentos sexuais bem curiosos, como até mesmo felação [26].
Os morcegos pequenos são, às vezes, presas de corujas e falcões. De maneira geral, há poucos animais capazes de caçar um morcego. Na Ásia, existe um tipo de falcão que se especializou em caçar morcegos. O gato doméstico é um predador regular em áreas urbanas: pega morcegos que estão entrando ou deixando um abrigo, ou no chão. Poucos morcegos descem ao chão para se alimentar, salvo casos observados nos gêneros Artibeus e Centurio. Morcegos podem ir ao chão devido a acidentes enquanto estão aprendendo a voar, em tempo ruim, como estratégia de aproximação ou então quando estão doentes. Também existem relatos de algumas espécies de sapos e lacraias cavernícolas que predam morcegos, além, é claro, de morcegos carnívoros maiores, especialmente da tribo Vampirinii, que se alimentam dos menores. Marsupiais neotropicais, como gambás e cuícas da família Didelphidae, também costumam predar morcegos. Cobras também são importantes predadores de morcegos[27]. Há também registros de predação de morcegos do gênero Myotis por bem-te-vis[28].
Os piores inimigos dos morcegos são os parasitas. As membranas, com seus vasos sanguíneos, são fontes ideais de alimento para pulgas e carrapatos. Alguns grupos de insetos sugam apenas o sangue de morcegos, por exemplo as moscas-de-morcego, pertencentes às famílias Streblidae e Nycteribiidae. Nas suas cavernas, os morcegos ficam pendurados muito próximos: portanto, torna-se fácil para os parasitas infestar novos hospedeiros.
Um típico morcego nectarívoro (Lichonycteris obscura), fotografado na Reserva Michelin, no Brasil. Na foto, é possível ver o focinho e parte da língua, geralmente muito alongados em morcegos que se alimentam de flores.
Os morcegos interagem com plantas de diversas formas, como por exemplo através do consumo de frutos e sementes, do consumo de néctar e pólen, do consumo de folhas, da construção de tendas em folhas e do uso de cavidades em árvores como abrigos[29]. Essas interações podem ser classificadas quanto ao seu resultado para os morcegos e as plantas em quatro tipos [30]: comensalismo, ao utilizarem partes da planta como abrigo, sem causar-lhe prejuízo; parasitismo, quando consomem partes da planta sem matá-la, causando-lhe algum prejuízo; predação, caso matem as sementes ao consumirem os frutos; mutualismo, quando ambas as partes de beneficiam da interação, como no caso da polinização e da dispersão de sementes.
Atendendo a que o comensalismo não afeta a planta, o parasitismo por morcegos não chega a ser muito intenso e a predação também não é muito frequente (já que os morcegos não costumam danificar sementes, exceto pelos morcegos Chiroderma), o mutualismo é a interação que desperta mais interesse, tanto pela sua frequência quanto pela sua grande importância ecológica. Há duas formas básicas de mutualismo entre morcegos e plantas: a polinização e a dispersão de sementes.
Na polinização[31], os morcegos visitam flores para consumir néctar, e acabam por transportar o pólen de uma flor a outra da mesma espécie, ajudando assim na reprodução das plantas visitadas. Algumas plantas, como algumas espécies de agave (matéria-prima da tequila), dependem fortemente de morcegos para sua polinizacão; outras, como a Dyssochroma viridiflorum, dependem de morcegos tanto para a polinização quanto para a dispersão de sementes [32]. Os principais morcegos envolvidos nesse tipo de mutualismo no Novo Mundo pertencem às subfamílias Glossophaginae, Brachyphyllinae e Lonchophyllinae (Phyllostomidae), e à subfamília Macroglossinae (Pteropodidae) no Velho Mundo. Os morcegos mais especializados em se alimentar de néctar geralmente tem poucos dentes e algumas espécies tem línguas extremamente compridas, que as ajudam a alcançar o fundo dos tubos florais de plantas muito especializadas na polinização por morcegos[33]. Algumas plantas especializadas na polinização por morcegos têm até mesmo estruturas florais que ajudam na sua detecção através de ultra-sons [17].
Na dispersão de sementes[34], os morcegos pegam frutos de diferentes plantas para comer e, ao fazerem isso, ingerem ou carregam as sementes, dependendo do tamanho. Com isso eles transportam as sementes por longas distâncias, ajudando também na reprodução das plantas e na colonização de novas áreas. No Novo Mundo, os principais morcegos dispersores pertencem às subfamílias Carolliinae e Stenodermatinae (Phyllostomidae), sendo responsáveis pela dispersão de mais de 500 espécies de plantas. No Velho Mundo, os morcegos frugívoros pertencem a diferentes subfamílias de Pteropodidae. Morcegos usam diversos critérios para escolher os frutos que vão comer, dentre eles o tamanho[35], a cor, o odor[36], a forma e a posição na planta[16]. Há morcegos frugívoros que, além de dispersarem sementes, podem também consumir algumas, sendo classificados como predadores de sementes; é o caso dos filostomídeos do gênero Chiroderma, que possuem adaptações fisiológicas e morfológicas para a granivoria[37][38]. As interações entre as diversas espécies de morcegos e plantas que vivem juntas em uma dada localidade formam redes complexas, que são responsáveis pela manutenção do serviço ambiental de dispersão de sementes, especialmente de plantas pioneiras (ou seja, as primeiras a chegar em uma comunidade). Essas redes complexas de morcegos e frutos têm propriedades diferentes das redes de aves e frutos, e portanto umas complementam os serviços das outras[39].
Uma outra forma muito interessante de interação entre morcegos e plantas é a construção de tendas em folhas. Ainda não há consenso se essa interação é um comensalismo ou um parasitismo. Muitas informações interessantes podem ser consultadas em um livro de 2007 sobre morcegos fazedores de tendas [40]. Esse hábito de construir tendas e levar frutos para comer debaixo delas pode até resultar em benefícios para a dispersão de sementes de outras plantas [41].
Ainda que o perigo de transmissão de raiva se resuma aos locais onde essa doença é endêmica, dos poucos casos relatados anualmente em algumas localidades, a maioria é causada por mordidas de morcegos. Porém, na maioria dos lugares, especialmente nas cidades, os principais transmissores da raiva ainda são cães e gatos[42].
Embora a maioria dos morcegos não tenha raiva, os que têm podem ficar pesados, desorientados, incapazes de voar, o que torna mais provável que entrem em contato com seres humanos. Outras mudanças no comportamento do morcego contaminado são atividade alimentar diurna, hiperexcitabilidade, agressividade, tremores, falta de coordenação dos movimentos, contrações musculares e paralisia, seguida de óbito. O maior problema relacionado à raiva transmitida por morcegos são as mortes de animais de criação, principalmente bois[42]. Os principais morcegos transmissores de raiva são da subfamília Desmodontinae (família Phyllostomidae), os famosos morcegos-vampiros, porém outros morcegos[43] também podem se contaminar e transmitir a doença[42].
Embora não se deva ter um medo desmesurado de morcegos, deve-se evitar manipulá-los ou tê-los no lugar onde se vive, tal como acontece com qualquer animal selvagem. Isso porque os animais selvagens não tomam vacinas e nem visitam o veterinário, ao contrário dos animais domésticos.
Os morcegos-vampiros têm dentes muito afiados, então podem morder uma pessoa adormecida sem que sejam sentidos. Além disso, eles são muito pequenos (cerca de 30 g), seu ataque é muito sutil e sua mordida é superficial, por isso é difícil que acordem a presa. Morcegos vampiros tem ainda um sentido especial, a termopercepção[44], que funciona através de mecanismos fisiológicos finamente ajustados[45]. A termopercepção os auxilia a descobrir os vasos sanguíneos superficiais, propiciando assim uma mordida mais superficial e, portanto, menos dolorida. Morcegos-vampiros não têm anestésico na saliva, ao contrário do que algumas pessoas acreditam. Porém, eles têm um forte anticoagulante na saliva, que retarda a cicatrização da ferida, permitindo que se alimentem por mais tempo; essa substância tem sido estudada para a elaboração de remédios para a circulação[46].
Se um morcego for encontrado em uma casa e não se puder excluir a possibilidade de exposição, o morcego deve ser capturado e imediatamente encaminhado para o centro local de controle de zoonoses para ser observado. Isto também se aplica se o morcego for encontrado morto. Se for certo que ninguém foi exposto ao morcego, ele deve ser retirado da casa. A melhor forma de fazê-lo é fechar todas as portas e janelas do cômodo exceto uma para o exterior. O morcego logo sairá.