A mudança definitiva para Coimbra aconteceu a partir de 1537, quando o Brasil ainda era um bebê. O rei da época, Dom João III, fazia uma espécie de migração entre a capital e a cidade, localizada na região central de Portugal.
Instalada no alto do morro, onde pode ser vista de qualquer ponto da cidade, a universidade tomou o espaço onde já existiram povos indígenas, romanos, muçulmanos e casa das principais dinastias portuguesas. Afinal, Coimbra foi a primeira capital do país até 1255.
No Paço Real da Alcáçova, hoje conhecido como Paço das Escolas, concentram-se todas as Faculdades da Universidade de Coimbra — Teologia, Cânones, Leis e Medicina. Hoje, porém, a universidade se espalhou pela cidade, tendo pólos em diversas regiões.