Os protocolos de aplicação da EMT podem variar, em termos de frequência e intensidade. Porém, sabemos que pulsos aplicados em baixas frequências (1 Hz) são inibitórios, enquanto os de alta frequência (>5Hz) excitam a atividade cerebral [1].
Pulsos únicos, geralmente, são utilizados em pesquisas sob o princípio da “lesão virtual4“, o qual pode interromper a atividade neural em uma região importante para um determinado comportamento que é foco da pesquisa. Já o modo repetitivo (EMTr) tem demonstrado grande potencial terapêutico [5].