Conta no LCPAD
Uso do R no LCPAD
Processos, logout, interrupções, etc
Configuração e uso do LCPAD
O LCPAD - Laboratório Central de Processamento de Alto Desempenho - disponibiliza recursos computacionais na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc.
O sistema disponibiliza várias máquinas com amplos recursos de processamento e de memória.
Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.
as máquinas do LCPAD devem ser acessadas remotamente através de outras máquinas via internet
O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso.
o acesso deve ser feito sempre à servidora lcpad.ufpr.br
a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando rlogin (mais detalhes abaixo)
O acesso à servidora lcpad.ufpr.br pode ser feito por ssh (inclusive gráfico com ssh -X) via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:
% ssh LOGIN@lcpad.ufpr.br
Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:
uma vez acessada a servidora pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se o comando a seguir e as informações serão exibidas na tela (digite "q" para sair da página de instruções)
% normas
O sistema operacional das máquinas do LCPAD é LINUX (debian). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com comandos básicos do LINUX
É possível rodar aplicativos gráficos na servidora lcpad.ufpr.br mas não nas demais.
Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma /home/users/est/LOGIN
O LINUX utiliza interpretadores de comandos (shell) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintexe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles.
O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o bash (born again shell) e o arquivo de configuração na área do usuário é o .bashrc
No LCPAD utiliza-se outro, o zshell e o arquivo de configuração na área do usuário é o .zshrc
na servidora principal lcpad.ufpr.,br é possível mudar o interpretador de comandos padrão com
nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o bash digitando-se:
a01% /bin/bash
para fazer esta mudança parmanente e obter o bash toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo .zshrc o comando de mudança de shell:
se voce não quiser se preocupar com nada destas configurações pode ainda copiar os arquivos de configuração de PJ:
% cp ../paulojus/.zshrc .
% cp ../paulojus/.bashrc .
Existem duas versões do programa R disponíveis no LCPAD
Uma versão disponível para acesso apenas na servidora lcpad.ufpr.br que pode ser usada inclusive interativamente e graficamente. Para iniciar esta versão do R em modo interativo digite:
e para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do job com:
% R CMD BATCH seu_programa.R &
% tail -f seu_programa.Rout
Nas demais máquinas do LCPAD não é possivel utilizar o R gráfico e foi compilada uma versão sem suporte gráfico do R que chamamos de Rnox. Par usar esta versão voce deve primeiro criar um alias nos seu arquivo .bashrc e/ou .zshrc (se voce copiou estes arquivos da conta de PJ isto não é necessário pois o alias já está nos arquivos copiados):
alias Rnox="nice -n 19 /home/users/est/paulojus/R/bin/R"
Depois disto voce pode rodar processos em qualquer máquina com:
% Rnox CMD BATCH seu_programa.R &
Usando o zshell se um processo em BATCH é iniciado com
% Rpj CMD BATCH seu_programa.R &
Paulo Justiniano Ribeiro Jr (paulojus@c3sl.ufpr.br) wrote on 14 April 2009 23:54: >se rodo um 'batch job' do R como por exemplo: > >Rpj CMD BATCH ap.R & > >e tento me deslocar da maquina enquanto rodo o prcesso recebo a msg a >seguir e se insisto no logout o processo ??morto. > >No bash isto nao acontece, e portanto estou imaginando que isto ??alguma >configura??o do zsh. Voce teria alguma orienta??o a respeito?
a02% Rpj CMD BATCH ap.R & [6] 3378 a02% disown % a02% exit
e o job continua. Ou ent??
a02% nohup Rpj CMD BATCH ap.R & [6] 3378
Vale insistir: não deixe de digitar na servidora o comando abaixo para ter mais informações sobre recursos e uso do sistema!!!
Agradecemos ao Prof. Carlos Carvalho (Depto de Física) o apoio, instruções e soluções para uso do LCPAD.
/home/dokuwiki/dokuwiki/data/attic/dicas/lcpad.1239889768.txt.gz · Última modificação: 2009/04/16 10:49 por paulojus