A NPC trata também de cálculos calicinais inferiores maiores de 20mm, pois a média de sucesso da LECO diminui progressivamente com o aumento do tamanho do cálculo.
As contraindicações na NPC são poucas. Durante a gestação e na vigência de sepse/pionefrose, deve ser feita somente a drenagem através de nefrostomia (orifício no rim para passagem de sonda), deixando o tratamento da pedra renal para um segundo momento. A alteração na coagulação do sangue não contraindica a NPC, contanto que seja corrigida previamente.