Adventure: É onde se passa a ação, em que você joga com o ouriço, interagindo no enredo com Shahra, que lhe dará instruções. São ao todo 8 fases (ou mundos), carregadas de varias missões para fazer você avançar no jogo. Neste modo, libera-se também extras do Special Book, ao pegar Fire Souls (Minigames).
Party: o modo Multiplayer do jogo, em que é possível jogar, ao todo em 40 party-games. Pode jogar até 4 jogadores, com 4 personagens diferentes, mais 4 destravaveis. Os mini-games serão liberados à medida que for coletando os Fire Souls. O “extra” do Wii-Mote, o Nunchuck, não é utilizado de nenhuma maneira.
Special Book: modo especial do jogo, em que é possível ver alguns extras, como Artworks, o enredo do ouriço, vídeos, capas de jogos, Sound Test, dentre outros especiais como o jogo em desenvolvimento. Esses extras serão liberados à medida que se progride no jogo, coletando medalhas de bronze, prata e ouro.
Last History: o jogo também possui um Last History. Para liberá-lo você precisa conseguir os sete World Rings. Ele fica dentro de Night Palace.
O jogo apresenta 8 fases. Para habilitar as fases, será preciso fazer algumas missões dentro de uma fase. Ou seja, se você terminar a Sand Oasis, não significa que a Dinosaur Jungle já será habilitada. É preciso fazer algumas missões dentro da Sand Oasis para que a fase seguinte apareça.
Lost Prologue: Primeiro nível do jogo, que funciona como uma espécie de tutorial para você aprender os comandos do jogo, assim como em Knuckles Chaotix.
Sand Oasis: Um belo deserto com oásis. Um típico cenário das arábias, com muitos obstáculos e monstros gigantescos. Lanças encantadas perseguem você de qualquer jeito. Prepare-se também para entrar em grandes corredores repletos de lança chamas e encontrar os famosos espinhos ao longo do derserto.
Dinosaur Jungle: Uma selva de dinossauros, que podem te ajudar ou atrapalhar. Os dinossauros herbívoros lhe ajudam estendendo seu longo pescoço, pelo qual você pode usar como trajetória para fase. Mas logo no final, existem Tiranossauros Rex que estão doidos para devorar Sonic. Tome cuidado e recue antes que ele tente te morder!
Evil Foundry: um castelo em estilo árabe, com muitas armadilhas, caracterizado pelo fogo. Aqui, você encontrará mais labaredas que em Sand Oasis e caminhos bem estreitos que podem fazer você cair na lava muitas e muitas vezes.
Levitated Ruin: Ruínas localizadas num palácio flutuante, cuidado com o vento nesta fase. Uma das fases com o visual mais bonito do game. Aproveite a carona da águia e voe no grande caminho que ela deixa. Aproveite para abusar do Speed Brake, caso tenha equipado ele.