Nasceu em 24 de fevereiro de 1915, em Pinhal (SP).
Filho de José dos Reis Pontes e Natália Fernandes Pontes.
Graduou-se em Medicina e realizou doutorado pela Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP).
Livre Docente em Clínica Médica pela FMUSP, Professor Titular de Gastroenterologia, Nutrição e Endocrinologia do Centro de Ciências Médicas e Biológicas de Sorocaba (PUC-SP). Foi responsável pela criação de cursos de especialização, Pós-Graduação e Mestrado em Gastroenterologia e Medicina Psicossomática.
Criou, em 1954, o Instituto Brasileiro de Estudos e Pesquisas de Gastroenterologia (Ibepege). Envolvendo alunos e profissionais da área da saúde de todo o Brasil e países da América Latina, o Ibepege formou muitos médicos nos conceitos da Medicina Psicossomática – que faz uma abordagem interdisciplinar e integrada das diversas áreas da saúde – tornando-se referência na educação médica brasileira e latino-americana. Lançou a revista trimestral Arquivos de Gastroenterologia, publicação oficial do Ibepege, do Colégio Brasileiro de Cirurgia Digestiva (CBCD) e da Sociedade Brasileira de Motilidade Digestiva (SBMD).
Publicou muitas obras e artigos em conjunto com colegas das mais diversas áreas. Acreditando na relação médico-paciente acima de qualquer valor, Pontes diz que cuidava sempre do indivíduo como um todo, envolvendo diferentes especialistas, no que ele chama de "visão holística do homem".
Movido pelo ideal de dar aos médicos uma formação mais responsável e socialmente preocupada com o indivíduo, criou o Núcleo de Estudos e Apoio à Família (Neaf), no qual reunia, semanalmente, profissionais da área da saúde, para discutir assuntos que envolvessem o doente e sua relação com a família, buscando formas de apoio ao paciente.
Membro de diversas Sociedades Médicas no Brasil e no exterior, entre elas a Sociedade de Gastroenterologia e Nutrição de São Paulo (Presidente); Associação Brasileira de Medicina Psicossomática (Membro Fundador e Presidente); Associação Médica Argentina (Correspondente Estrangeiro) e a Associação Internacional para Estudos do Fígado (Membro Fundador).
Na ocasião de sua candidatura a Membro Titular da Academia Nacional de Medicina, publicou memória intitulada "Enterocolopatia Funcional: Um Modelo de Doença Socio-Psicossomática".