Uma das maneiras de “modular” a microbiota é a alimentação. Seguem-se algumas das possíveis interações e relações entre os macronutrientes e a microbiota:
O consumo exacerbado de fontes proteicas animais (nomeadamente de carnes vermelhas) parece estar associado a um aumento de espécies patogénicas e a uma diminuição das bactérias comensais como as bifidobactérias.
Para além disso, a ingestão de carne vermelha promove determinados géneros microbianos que foram associados a aumentos do óxido de trimetilamina (um composto que aumenta o risco de doenças cardiovasculares).
Por oposição, as proteínas de origem vegetal mostraram combater espécies patogénicas e aumentar a contagem de espécies comensais do intestino. Estas alterações estão associadas a uma melhoria da barreira intestinal bem como a uma diminuição do estado de inflamação.
Alguns estudos em humanos mostraram que dietas ricas em gorduras aumentavam o número de espécies patogénicas. Os ácidos gordos saturados em particular parecem ter um papel central nestes efeitos negativos.