Em posição estratégica, este trecho da costa foi sucessivamente ocupado, desde a pré-história, por populações ligadas à pesca, onde se formou, no alto do monte Molião, um castro. Visitada na antiguidade por navegadores Gregos, Fenícios e Cartagineses, à época da Invasão romana da Península Ibérica, a primitiva povoação, cujo nome foi latinizado para Locus Briga ou Lacobriga, foi transferida para o local onde hoje se ergue a atual freguesia de Santa Maria c. século I a.C.. A nova povoação recebeu, para a sua defesa, uma muralha de planta quadrangular. Ocupada por Visigodos e por Muçulmanos, estes, a partir do século VIII, denominaram-na Zawiya e refizeram-lhe a cerca.
No contexto de disputas internas, Abd al-Rahmman III, califa de Córdoba, conquistou a povoação 929, dotando-a de duas ordens de muros, reforçados por torres. A dimensão destas obras traduz a importância econômica e estratégica de que a povoação gozava, no acesso à Silves muçulmana.
À época da Reconquista cristã da península, foi inicialmente conquistada pelas forças de D. Sancho I 1185-1211 em 1189. Retomada em 1191 pelas forças almóadas sob o comando do califa Abu Yusuf Ya'qub al-Mansur, a sua posse definitiva só se efetivaria, entretanto, a partir de 1241, com a sua reconquista por D. Paio Peres Correia.
Do mesmo modo de que não dispomos de informações seguras acerca da evolução arquitectônica das defesas sob o domínio muçulmano, o mesmo ocorre para os primeiros séculos do domínio cristão. Sabe-se que uma campanha de obras iniciou-se sob o reinado de D. Afonso III 1248-1279, prosseguindo pelo tempo de D. Dinis 1279-1325 e de D. Afonso IV 1325-1357.
A partir de 1361, a vila de Lagos foi separada da jurisdição de Silves, alcançando a independência administrativa. D. Fernando 1367-1383, também teria promovido obras de modernização, relacionadas, acredita-se, com a crise vivida no continente com a Guerra dos Cem Anos.
No contexto dos descobrimentos portugueses, Lagos desempenhou um importante papel. Vizinha a Sagres, constitui-se em uma das bases de apoio para a conquista do Norte de África e para as operações do Infante D. Henrique 1394-1460, quando da primeira fase dos Descobrimentos. Daqui partiram:
1419– as embarcações para a descoberta da Ilha da Madeira;
1427– as embarcações para a descoberta do Arquipélago dos Açores;
1458 e 1472 – as expedições de D. Afonso V 1438-1481 para a conquista de Alcácer-Ceguer, Arzila e Tânger no Norte d'África.
Ao se iniciar o reinado de D. João II 1481-1495, a Casa da Guiné foi transferida de Lagos para novas dependências, em Lisboa 1481-1482. Este soberano e seu sucessor também teriam procedido a trabalhos de conservação nas defesas de Lagos, que fizeram dotar com um aqueduto para o abastecimento de água 1490-1521. D. Manuel I 1495-1521 outorgou-lhe a segunda Carta de Foral 1504, reformada uma década mais tarde, fazendo iniciar o edifício do Paço dos Governadores. No reinado deste soberano grande parte da antiga cerca medieval foi reconstruída, assim como uma segunda linha, a partir de 1520, mais dilatada para abranger as novas casas. Além desta segunda cerca, concluída apenas no reinado de D. João III 1521-57, foram erguidos quatro modernos baluartes defendendo a parte da vila voltada para o mar e para a ria Baluarte da Porta Nova, Baluarte da Porta de Portugal, Baluarte da Barroca e Baluarte do Trem do Quartel. Deles só nos resta atualmente o da Porta da Vila, no setor sudoeste da cerca.
para a ria, de oeste para leste: o Baluarte de São Gonçalo antiga Torre da Ribeira, o Castelo, os Baluarte da Praça, da Barroca, da Porta Nova e de Portugal;
Além dessas obras, para além das duas comunicações para o exterior até então existentes Porta do Mar e Porta da Vila, abriram-se mais seis:
para a ria: a Porta do Cais Porta de São Roque Porta Nova ;
No âmbito do projeto expansionista de D. Sebastião 1568-1578, Lagos foi elevada a cidade 1573, torna-se a capital do Reino do Algarve e a residência dos Capitães Generais e Governadores. O seu sucessor, o Cardeal D. Henrique 1578-1580, confirmou-lhe o título 1579.
À época da Dinastia Filipina, a solidez das defesas de Lagos, foi demonstrada na resistência que opôs ao desembarque das forças inglesas de Francis Drake 1587, levando-o a procurar ponto mais vulnerável naquele trecho do litoral, o que finalmente encontrou no cabo de São Vicente, arrasado na ocasião. Os danos então causados pela artilharia inglesa a Lagos, bem como o receio de novos ataques aquele litoral, levaram à reconstrução e modernização de suas defesas nos anos seguintes. Entre as principais mudanças, destacam-se:
1598 – concluídas obras na segunda cerca, ora atribuída ao primeiro Governador do Algarve, Fernão Telles de Menezes,ora a seu sucessor, João Furtado de Mendonça. Observe-se, por oportuno, que Alexandre Massai, na obra Descripção do Reino do Algarve... 1621 indica apenas um pano de muralha.
No momento da restauração da independência portuguesa, foram empreendidos trabalhos de conservação nas muralhas 1642, ocasião em que foi formulada a proposta para a construção de uma fortaleza de grandes dimensões, de planta pentagonal com cinco baluartes nos vértices, sobre a falésia ao sul da cidade 1643.
Posteriormente, a cidade e as suas defesas seriam duramente afetadas pelo maremoto que assolou o litoral algarvio em consequência do terramoto de 1755. A destruição resultante foi de tal ordem que os governos civil e militar se transferem para Tavira, menos afetada. No final do século, o centro da cidade foi transferido da antiga Praça de Armas atual Praça Infante D. Henrique para a Praça do Cano atual Praça Gil Eanes 1798.
Na segunda metade do século XIX a cidade conheceu um surto de expansão, a partir da instalação de indústrias de conservas de pescado. Nessa fase, são alargadas a Porta de Portugal e a Porta dos Quartos bem como erguido um chafariz no Baluarte da Porta Nova 1863 e, posteriormente alargadas, a Porta do Postigo, a Porta do Cais e a Porta Nova 1888.
Recentemente 2001, o Baluarte da Porta da Vila, foi requalificado como observatório astronómico.
Cerca Medieval, também chamada de cerca marítima, por estar voltada para o mar, a leste. Com paredes mais espessas c. 2 metros de largura por alturas que variam de 7,5 a 10 metros, percorrida por adarve, encimada por ameias e seteiras, desenvolve-se desde o Palácio dos Governadores atual Hospital de Lagos até à Porta de São Gonçalo ladeada por duas torres de planta quadrada e ao Baluarte da Torre do Trem. Este troço, segue, com interrupções, para sul, até à Porta da Vila, que se abre para o lado de terra. Neste ponto, inicia-se a
A cerca nova, adaptada aos tiros da artilharia, constituía-se por três baluartes de flancos retirados de Santa Maria, da Alcaria e de São Francisco e quatro torres ou meios baluartes da Praça de Armas, da Conceição, da Porta dos Quartos e de Santo Amaro.