Manuel Gonçalves da Costa nasceu em Quintela, freguesia de Penude, no concelho e diocese de Lamego, no dia 1 de Agosto de 1910.
Iniciou os seus estudos no Seminário de Lamego de onde transitou para um colégio da Companhia de Jesus, em Espanha. Regressado a Portugal, licenciou-se no Instituto Filosófico de Braga, com um trabalho sobre filosofia chinesa.
É ordenado sacerdote em Roma, em 13 de Maio de 1942. Matriculado na Escola de Teologia da Universidade Gregoriana, a II Guerra Mundial obriga-o a ir para a Universidade Católica de Granada e, posteriormente, para a Universidade de Dublin, na Irlanda, onde se graduou em História, em 1945. De novo em Roma, especializou-se em Paleografia, dedicou-se à Arquivística na Cúria Geral dos Jesuítas e foi investigador dos Arquivos do Vaticano.
De volta a Portugal, lecciona nos Seminários de Lisboa, Évora e Lamego, em cuja Diocese se fixa, em 1950, tendo sido Pároco de Lalim. É-lhe cometida, pelo Bispo D. João da Silva C. Neves, a missão de escrever a História do Bispado e da Cidade de Lamego, obra que se desenvolve em oito volumes, seis dos quais já publicados. Foi, também, bolseiro da Fundação Gulbenkian para a pesquisa sobre o itinerário do Padre Jerónimo Lobo, explorador e missionário da Etiópia, trabalho apresentado na Universidade de Adis Adeba, em 1966, no âmbito de um Encontro sobre Estudos Etíopes.
A sua vasta obra de investigação histórica é o resultado do labor de um intelectual de envergadura excepcional. Foi admitido como membro da Academia Portuguesa de História em 1975 e agraciado com a Medalha de Ouro pela Câmara Municipal de Lamego, em Outubro de 1980.
Faleceu em Abril de 1997 e está sepultado no Jazigo do Cabido, no Cemitério de Santa Cruz, em Lamego.