Em 2003, aceitou o convite da tradicional Hermés e assumiu a direção criativa da Maison francesa, sendo a primeira vez na sua carreira que desenharia para outra marca. Gaultier repaginou a estética tradicional da marca e foi muito elogiado pela imprensa, além de trazer enormes ganhos financeiros para a Hermés até 2010, quando deixou o cargo. Depois de muita negociação, em 2011, o grupo espanhol Puig (que detém as marcas Nina Ricci, Paco Rabanne e Carolina Herrera) adquiriu 60% da empresa, sendo 45% comprados do grupo Hermès e 15% do próprio Gaultier. Hoje em dia a marca possui três coleções principais assinadas pelo estilista: GAULTIER PARIS (alta-costura) e JEAN PAUL GAULTIER (ready-to-wear), para mulheres e homens