Em 2015, o Conselho de Saúde da UNASUL aprovou as Diretrizes Estratégicas do ISAGS – um documento marco que propõe 5 linhas de atuação para o instituto:
Geração, produção e disseminação do conhecimento crítico, inovador e transformador das políticas e sistemas de saúde para a redução das desigualdades sociais.	
Realização de estudos e pesquisas junto aos Grupos Técnicos e Redes Estruturantes da UNASUL, publicação de livros, criação de bases de dados.	
Apoio à formação de pessoal estratégico para a formulação de políticas e gestão dos sistemas de saúde.	
Realização de oficinas, seminários, cursos presenciais e virtuais, programa internacional de estágio.	
Articulação intersetorial para gerar espaços de comunicação entre os demais setores e a saúde nos países membros da UNASUL.	
Criação de vários canais de comunicação, como o site, as páginas em redes sociais, a revista Saúde ao Sul, o boletim semanal e a realização de encontros na sede do Instituto.	
Fortalecimento da Diplomacia da Saúde na UNASUL, promovendo a construção de uma visão sul-americana e reforçando a reflexão crítica sobre a saúde global, alinhando posições e propiciando um círculo virtuoso para a cooperação em saúde.	
Apoio aos países e participação em foros regionais e globais de Saúde, assinatura y acompanhamento de acordos com instituições congêneres e outros organismos de integração regional.