Entre Junho de 2014 e Outubro de 2015 a Igreja de S. Francisco e a Capela dos Ossos foram sujeitas a profundas obras de requalificação e de conservação e restauro.
O conjunto dos edifícios apresentava preocupantes deficiências estruturais e o rico património móvel carecia de restauros. Desejava-se também melhorar a experiência da prática litúrgica, sua função principal.
As galerias sobre as capelas laterais da igreja albergam agora a rica Colecção de Presépios da família Canha da Silva.
Na antiga ala das celas dos monges, sobre a Capela dos Ossos, foi construído o Núcleo Museológico com peças de arte sacra de várias proveniências, outrora pertencentes à igreja e ao convento.
Por fim todo o edifício foi beneficiado com mais adequadas acessibilidades, iluminação apropriada e um completo sistema de segurança.