O enredo de Desventuras em Série segue o clássico esquema de episódios contidos em si mesmos, porém sendo parte de uma trama maior. Cada dupla de episódios compreende um dos livros, e traz consigo seus próprios ambientes, excêntricos personagens e um plano diabólico do conde Olaf. No geral, a série consegue aliar muito bem a fidelidade aos roteiros dos livros com as escolhas próprias dos diretores. Quando a série escolhe seguir seu próprio rumo, o faz muito bem.