Sinopse: A história é dividida em três partes. A primeira, situada no fim dos anos 60, mostra os primeiros anos de existência desse conjunto habitacional, para onde se mudam duas crianças, Buscapé e Dadinho. Buscapé tem 11 anos e seu irmão, Marreco, forma com os amigos Cabeleira e Alicate um grupo de bandidos conhecido como o Trio Ternura, cuja especialidade é assaltar os caminhões de gás que fazem entrega no local. Dadinho acompanha esse grupo de marginais e sonha ser como eles. Buscapé, por sua vez, não gosta de ter irmão bandido: "É a maior furada, sempre acaba sobrando pra gente", ele diz. Quer um futuro diferente para sua vida.
A segunda parte do filme se passa nos anos 70. Buscapé continua seus estudos e arruma um emprego num
supermercado. Ainda assim, vive na tênue linha que divide a vida "de otário" da vida no crime. Enquanto isso, Dadinho torna-se um pequeno líder de gangue com grandes ambições. Quer se tornar traficante. Acredita que o "negócio de assalto tá por fora", em um dia toma quase todas as bocas de fumo de Cidade de Deus e começa a vender cocaína.
Em pouco tempo, Dadinho torna-se o bandido mais perigoso e temido do local. Recebe um novo apelido, Zé Pequeno, e expande seu negócio. "Se o tráfico fosse legal, Zé Pequeno seria o homem do ano", diz o personagem de Buscapé, que também narra o filme.
A terceira parte, situada no começo dos anos 80, mostra como Zé Pequeno se transforma em um dos traficantes mais poderosos do Rio de Janeiro, protegido por um exército armado de crianças e adolescentes entre 11 e 18 anos. Até que ele cruza o caminho de um trocador de ônibus conhecido como Mané Galinha. Depois de ver sua mulher ser estuprada, Mané Galinha decide se vingar de Zé Pequeno associando-se a outro traficante local, Sandro Cenoura. Estoura a guerra na Cidade de Deus. Nesse meio tempo, Buscapé, que sempre sonhou ser fotógrafo, consegue sua primeira máquina profissional. Registrar essa guerra será a grande chance de sua vida.