O Centro de Investigação de Políticas do Ensino Superior foi criado em 1998 como um centro de investigação da Fundação das Universidades Portuguesas (FUP). Em 2006 a FUP foi objecto de uma reestruturação profunda e foi considerado que o CIPES necessitaria de um nível de autonomia mais elevado. O CIPES transformou-se, assim, numa associação privada, fundada pelas Universidades de Aveiro e do Porto e aberto a outras instituições de ensino superior. Esta mudança ocorreu em 1 de Julho de 2007.
A área das políticas do ensino superior é uma área de estudos relativamente recente. Na Europa o desenvolvimento de investigação em políticas do ensino superior ocorreu na década de 70. O CIPES sempre pugnou por se tornar um centro de referência em Portugal, e no estrangeiro, na esfera da sua actuação. A nível nacional o CIPES tem como objectivo fazer avançar o pensamento crítico e promover um entendimento informado sobre as questões vitais das políticas de ensino superior. Depois de um período de crescimento significativo, o CIPES pretende consolidar a sua equipa de investigação. O CIPES é actualmente um dos maiores centros do mundo dedicados à investigação do ensino superior.