Tim Drake foi forçado a desistir de sua carreira como Robin quando seu pai Jack Drake descobriu sua identidade.[219] Stephanie Brown, anteriormente Spoiler, procurou a posição e Batman concordou em assumi-la como seu novo Robin.[220] Ela foi demitida logo depois por desobedecer às ordens dele durante uma briga com o Escaravelho.[221]
Tentando impressionar Batman na esperança de mudar de idéia, Spoiler ativou um de seus planos de contingência para unir todo o Submundo de Gotham sob Fósforos Malone, sem perceber que era uma das outras identidades de Bruce. A reunião entre os grandes chefes ficou ruim e houve um tiroteio, criando um enorme vácuo de poder na cidade.[222] Máscara Negra acabou tomando o controle do crime organizado em toda a cidade.[223]
Batman teve que lidar com uma nova onda de velhos e novos criminosos em Gotham, sozinho.[224] Uma noite, a morte de uma jovem chamada Haddie McNeil fez Batman se sentir culpado e depois de capturar os responsáveis, um incêndio começou no Beco do Crime.[225] Depois de salvar o máximo de pessoas que pôde no incêndio, Batman tentou aliviar sua culpa pela morte de Haddie, levando o caso de uma garota desaparecida com o nome de Cassie Welles.[226] Em sua busca para encontrar essa garota, Batman percebeu que havia muitos vilões envolvidos no crime, incluindo o Pinguim,[227] Senhor Frio, o Ventríloquo,[228] e uma nova ameaça: um exército de homens feitos de terra. Após essa descoberta, Batman localizou Frio e resgatou uma garota sequestrada do vilão psicopata.[229] Pouco depois, Batman investigou um ataque ao ventríloquo e depois soube da morte de Cassie. Em uma busca para descobrir a verdade, ele investigou o corpo e descobriu que não era o verdadeiro Cassie. O exército de atacantes mascarados atacou novamente e eles se revelaram como O Corpo. Batman foi salvo pelo Pinguim, que contou a Batman informações vitais sobre esse novo inimigo.[230]
Batman chegou a Crown Point e se disfarçou de Donnie Maloy, um trabalhador da Waterfront Construction, a fim de aprender a verdade sobre O Corpo.[231] Após uma semana de tentativas, Bruce conseguiu fazer amizade com o líder de Crown Point e o chefe de trabalhadores. Investigando mais, ele descobriu que algo misterioso estava acontecendo no parque mais próximo.[232] Depois disso, Bruce testemunhou um louco se tornar a fonte de um medo contagioso.[233] Após outra tentativa malsucedida de entrar no parque, Bruce decidiu agir e derrubou o líder de Crown Point antes de ligar para Alfred e pedir que ele lhe trouxesse o Bat-Traje. Como Batman, Bruce finalmente conseguiu entrar no parque.[234] No parque, Batman aprendeu os segredos de O Corpo e, quando deixou o local, estava pronto para uma batalha final.[235] Batman atacou O Corpo e os levou a sua própria base de operações e lá, ele destruiu o local com uma explosão gigante, eliminando O Corpo também. Batman encontrou o assassino de Cassie Welles e tudo voltou ao normal.[236]
Como resultado do Superboy-Primordial perfurando as paredes da realidade durante a Crise Infinita,[237] Jason Todd ressuscitou como um amnésico e rastejou para fora de seu próprio túmulo, sendo finalmente levado por Talia al Ghul que restaurou sua personalidade através de um poço de Lázaro. Atormentado ao descobrir que Batman não se importou o suficiente para vingar sua morte contra o Coringa, ele assumiu a identidade de Capuz Vermelho e prometeu vingança.[238]
O Capuz Vermelho começou a aterrorizar o submundo de Gotham para alistar os soldados do Máscara Negra em sua própria organização, permitindo que o comércio de drogas continuasse sob seu controle com restrições mais rígidas.[239] Batman e o Asa Noturna o conheceram pela primeira vez quando ele explodiu um carregamento de armas em um barco que eles haviam derrubado, perseguindo-o até que ele soltasse um protótipo do Amazo para combatê-los.[240] Juntos, eles improvisaram e destruíram o andróide retirando seus componentes individuais, enquanto o Capuz Vermelho usava a distração para roubar outra remessa contendo várias centenas de libras de kryptonita.[241] O Senhor Frio foi enviado para recuperar a mercadoria e os quatro lutaram até o Capuz Vermelho partir, dizendo que isso tinha sido uma manobra para conseguir sua posição na terra.[242] Batman começou a investigar a possibilidade de ele ser Jason disfarçado, conversando com seus amigos com conhecimento de ressurreição, incluindo o Arqueiro Verde, Jason Blood e a Zatanna.[243] O Superman o ajudou a confirmar que, realisticamente, poderia ter acontecido. O Capuz Vermelho se uniu ao Ônix, embora ele a tenha traído quando ela tentou impedir o assassinato de vários criminosos.[244]
Durante uma briga climática entre os dois homens, Jason se revelou a Bruce e explicou sua intenção de mudar a face do combate ao crime. Para evitar centenas de tragédias desnecessárias, ele traria a morte a quem a merece. Alfred perguntou se o antigo traje de Robin deveria ser removido da Batcaverna, mas Bruce insistiu que isso não mudava nada.[245] O Capuz Vermelho destruiu a sede dos arranha-céus do Máscara Negra com foguetes, e o Exterminador pareceu oferecer seus serviços da Sociedade Secreta dos Super-Vilões na morte do Capuz Vermelho.[246] O Capitão Nazista, o Conde Vertigo e o Hiena foram os esquadrões de ataque enviados para matá-lo, e Batman estava profundamente em conflito sobre se deveria ou não salvar seu ex-parceiro. Bruce e Jason se uniram para derrotar os três vilões, mas quando terminaram, Jason matou o Capitão Nazista e escapou.[247]
Batman descobriu que o Capuz Vermelho havia capturado o Coringa e o estava mantendo refém, enquanto o Máscara Negra finalmente entrou em uma briga maciça com o Capuz sobre o território.[248] Bruce e Jason se enfrentaram no Beco do Crime, onde testemunharam outra tragédia do outro lado do rio.[249] O Químio foi lançado como uma bomba viva em Bludhaven pela Irmandade Negra, erradicando-o completamente.[250] Eles discutiram sobre a filosofia e a moral por trás da regra contra a morte, e Jason explicou que ele nunca culpou Bruce por não salvá-lo; ele o culpou por deixar o Coringa viver e continuar matando milhares de pessoas. Se suas posições tivessem mudado, Jason não hesitaria em vingá-lo e derrubar o louco. Segurando um ultimato final, Jason deu uma arma a Batman e ameaçou atirar no Coringa, a menos que ele fosse letalmente parado. Tendo um colapso emocional nesse ponto, Batman ricocheteou um batarangue na parede e atingiu seu aluno no pescoço de maneira não fatal para salvar seu inimigo. O Coringa aproveitou a oportunidade para pegar a arma e atirar nos explosivos dentro do edifício, detonando uma explosão maciça.[251]
Batman ficou paranóico com a comunidade de super-heróis desde que descobriu que eles tinham a Sociedade Secreta dos Super-Vilões incluindo Doutor Luz e Mulher-Gato, bem como a sua no passado.[252] Ele desenvolveu um satélite sensível chamado Irmão Olho para ajudar a monitorá-los, usando um banco de dados de todas as identidades secretas que ele conhecia. Esse sistema foi roubado por Maxwell Lord da Xeque-Mate, que queria eliminar todos os super-humanos, conectando-o ao Projeto OMAC.[253]