​​​Em resposta à pandemia do Coronavírus, decretada em 11/03/2020 pela OMS, a Organização Mundial das Alfândegas (OMA) organizou uma Operação de emergência (Operação "STOP"), à escala mundial, que decorreu entre 11/05/2020 e 12/07/2020, na qual participaram 99 dos 183 países integrantes da OMA, assim como a sua rede de Regional Intelligence Liaison Offices (RILO), com o objetivo de concentrar e coordenar os esforços das autoridades aduaneiras dos vários países nos controlos relacionados com o problema de saúde pública originado pela pandemia.
As Alfândegas encontram-se numa situação privilegiada para o controlo dos movimentos transfronteiriços de mercadorias, na importação, na exportação, em trânsito ou transbordo e em espaços sob controlo aduaneiro tendo, durante a pandemia, especialmente no âmbito desta operação, reforçado as verificações no intuito de garantir o cumprimento dos critérios de segurança e qualidade dos Dispositivos Médicos, dos Equipamentos de Proteção Individual e ainda dos medicamentos importados.
Portugal integrou a operação "STOP" e as Alfândegas executaram controlos nas vias marítimas, aérea, rodoviária e postal, com o apoio de outras agências nacionais com responsabilidades na certificação destes produtos.
A operação teve por principal objetivo garantir que todas as autoridades aduaneiras orientassem os seus controlos, durante a pandemia, para garantir o cumprimento dos critérios de segurança e qualidade dos Dispositivos Médicos, dos Equipamentos de Proteção Individual e ainda dos medicamentos importados por cada país, produtos que registaram uma elevada procura no comércio internacional na fase inicial da pandemia.
Outra vertente da operação foi o combate a Grupos de Crime Organizado que, conforme se comprovou, rapidamente reorganizaram as suas atividades para tirar proveito do estado de pandemia, para se dedicarem à comercialização de produtos falsos, produtos de qualidade inferior que não cumprem com os critérios de segurança ou qualidade estabelecidos por cada país ou mesmo de produtos alegadamente destinados ao combate do novo vírus, sem qualquer prova científica da sua eficácia.
Em resultado dos esforços coordenados dos 99 países que participaram na operação foram obtidos resultados significativos, tais como 1.683 interceções, compreendendo mais de 300 milhões de doses de medicamentos, 47 milhões de unidades de Dispositivos Médicos (máscaras, luvas, kits de testes COVID-19, termómetros e batas) e aproximadamente 2,8 milhões de litros de gel desinfetante para mãos.
Consequentemente a Operação "STOP" contribuiu para a salvaguarda de vidas humanas, mitigou os efeitos da pandemia ao proteger os cidadãos do uso de dispositivos médicos e medicamentos potencialmente ineficazes ou mesmo prejudiciais à vida humana (por exemplo, medicamentos falsificados, com datas expiradas, sem princípios ativos anunciados ou contendo princípios ativos diferentes dos anunciados, dispositivos médicos não conformes as exigências legais, ou gel sanitário sem possuir efetivamente propriedades sanitárias) e contribuiu para tornar as fronteiras mais seguras (​veja aqui o co​municado de imprensa da OMA).
Portugal integrou a operação "STOP", através da Autoridade Tributária e Aduaneira, designadamente através das Alfândegas que executaram controlos nas vias marítimas, aérea, rodoviária e postal, com o apoio do Infarmed (no que respeita a Dispositivos Médicos e Medicamentos) e da ASAE (no que concerne a Equipamentos de Proteção Individual), cumprindo com a sua missão e atribuições mesmo durante a pandemia, garantindo a aplicação das normas a que se encontram sujeitas as mercadorias introduzidas no território da União Europeia, combatendo a fraude e os tráficos ilícitos, cooperando com organismos europeus e internacionais, tendo em vista assegurar a saúde e segurança dos cidadãos.
Não obstante durante o período da operação terem vigorado medidas temporárias excecionais a nível dos comprovativos de certificação de conformidade dos Dispositivos Médicos e dos EPI, os controlos realizados pela AT resultaram na apreensão ou na recusa da importação de 4.761.600 máscaras (das quais cerca de 134.000 consideradas EPI), assim como 62.627 artigos de Equipamento de Proteção Individual (dos quais 45.472 fatos de proteção e batas, 10.375 viseiras, 6.780 óculos de proteção) e ainda 5.000 termómetros digitais.
Relativamente a medicamentos apreendidos ou cuja importação foi recusada, foram contabilizadas 31.742 doses individuais de medicamentos. Entre os medicamentos que foram objeto de tentativas de importação há a salientar os medicamentos antigripais originários da China ("Lianhua Qinqwen Jiaonang"), populares entre a comunidade chinesa, alegadamente utilizados como medicamentos para o COVID-19. De entre estes, destaque para uma apreensão, pela Alfândega de Leixões, de mercadoria não declarada (19.800 doses individuais deste medicamento chinês), dissimulada entre outra mercadoria corretamente declarada. Entre outros medicamentos alegadamente usados contra o COVID-19, cuja entrada no Território da União foi recusada, contam-se a Hidroxicloroquina e o Fosfato de Cloroquina (1.454 doses individuais), Azitromicina (373) e Ivermectina (108).