Como reconhecimento de sua luta em defesa dos direitos humanos, em particular do direito a terra, José Vargas Junior recebeu o Prêmio João Canuto 2017, concedido pelo Movimento de Direitos Humanos (MhuD). Além disso, em 2018, ele também recebeu a medalha Paulo Frota, outorgada pela Assembleia Legislativa do Pará (ALEPA).