A segunda parte do Ciclo de Estudos do Doutoramento em Teologia (3º grau canónico) corresponde à fase de preparação e entrega da tese de doutoramento e tem a duração mínima de 2 anos.
Esta etapa é antecedida de um processo de candidatura durante o qual o candidato, com a supervisão do orientador, prepara e apresenta perante um júri (nomeado pelo Conselho Científico da FT) o seu projeto de investigação e tese de doutoramento. Aceite o projeto o candidato requer o registo e a inscrição na Tese de Doutoramento.