Ao todo, mais de 256 riachos, ribeirões, córregos, veredas e rios nascem no município de Cristalina, sendo que a maioria nasce na zona urbana e corre para as extremidades do município, aumentando a importância da coleta e tratamento do esgoto a fim de evitar a contaminação desses mananciais.
Essa grande quantidade hídrica presente no município é fundamental para o desenvolvimento da agricultura irrigada, responsável pela grande produção agrícola durante os 360 dias do ano.