Cada Loja ou oficina estava sob a autoridade de um mestre arquiteto, que tinha a suas ordens os oficiais companheiros (divididos em sub-graus e funções), que por seu lado vigiavam e dirigiam os trabalhos dos aprendizes. Esta estrutura ternária e hierarquizada de aprendiz, companheiro e mestre se encontra com os mesmos ou diferentes nomes unanimemente repartida em todas as organizações iniciáticas e esotéricas, pois tal hierarquia expressa um modelo do processo iniciático íntegro, que reproduz exatamente o desenvolvimento cosmogônico das "trevas à luz", do "caos à ordem".
Um dos poucos testemunhos que se conservaram dos desenhos realizados pelos maçons operativos é o álbum do arquiteto francês Villard de Honnecourt, ao qual pertence também o traçado de um labirinto, cuja forma é idêntica à de todos os labirintos iniciáticos: uma série de dobras concêntricas que conduzem, depois de um longo trajeto que começa na periferia, ao centro do próprio labirinto, ou ponto de contato com o eixo vertical por onde se produz a comunicação com os estados superiores e a "saída" definitiva do cosmos, ou seja, dos limites determinados pelo tempo – e seu porvir cíclico – e o espaço.
Junto aos maçons operativos encontramos os sábios alquimistas e astrólogos, perfeitos conhecedores das ciências da natureza aplicadas como símbolos vivos do processo iniciático e regenerador. Eles dotaram a catedral de numerosos símbolos baseados nas correspondências e analogias entre o macro e os microcosmos, o céu e a terra, a divindade e o homem, considerando-se os legítimos herdeiros da ciência sagrada de Hermes Trismegisto.
A "pedra bruta" que os maçons poliam e talhavam para a construção, representava, como já dissemos, o mesmo que a "matéria caótica" dos alquimistas: uma imagem da substância plástica indiferenciada na qual estão contidas, em estado não desenvolvido e potencial, todas as possibilidades de manifestação de um mundo ou de um ser. A pedra estava viva, não era simples matéria inerte, e ao mesmo tempo, sua dureza e estabilidade simbolizavam a imutabilidade e firmeza do Espírito. Em tudo isso, um detalhe não deve passar desapercebido: os alquimistas tinham a Santiago, o Mayor, como santo padroeiro, que junto com São João Evangelista (padroeiro dos maçons) e São Pedro (fundador da Igreja), assistiu aos mistérios da Transfiguração de Cristo no Monte Tabor. A partir de então, um "laço" fundamentado em um "Segredo" devia unir, acima das diferenças formais, a todos aqueles que estavam sob a proteção desses santos cristãos, uma mostra do que foram as fraternais relações que se viviam durante as edificações das igrejas–catedrais. Essa fraternidade entre alquimistas e maçons deveria perdurar ainda até o século XVIII.
A liberdade de movimento de que gozavam os maçons francos, facilitaria os intercâmbios de conhecimentos com outros grêmios de artesãos, dentre os quais se destaca a chamada Companheirismo, que agrupava diversos ofícios (entre eles os entalhadores de pedra e escultores), e que, da mesma forma que os maçons, tinham seus graus e segredos de iniciação.
Dessa forma, esses intercâmbios se deram com as diversas ordens monásticas e cavalheirescas. Não há que se fazer, portanto, um excessivo esforço de imaginação para formar-se uma idéia do clima espiritual que se respirava naquela fecunda e luminosa época. Poder-se-ia dizer, sem temor de exagerar, que ali o saber não tinha fronteiras. E mais: a cordial convivência existente entre as organizações iniciáticas e esotéricas, e aquelas de caráter religioso e exotérico testemunhavam o vigor e a saúde da tradição.
Os cavaleiros templários, esses monges guerreiros que eram também construtores e cujas regras foram inspiradas por São Bernardo, mantinham sob sua proteção numerosas lojas maçônicas. E isso não deve passar inadvertido, pois quando esta organização do esoterismo cristão desapareceu como tal em circunstâncias sangrentas (devido a um acordo do sinistro rei francês Felipe, o Formoso com o Papa Clemente V), essas mesmas lojas, sobretudo as da Inglaterra e Escócia, acolheram em seu seio muitos dos templários sobreviventes, que traziam consigo certos conhecimentos iniciáticos de sua Ordem que acabariam por integrar-se definitivamente na estrutura simbólica e ritual da Maçonaria. Digamos que dentre essas lojas merece destaque a Grande Loja Real de Edimburgo, fundada pelo rei Robert Bruce, que se opôs à extinção da Ordem do Templo combatendo ao lado dos templários.