Mas as manifestações foram brutalmente reprimidas pelo Exército, que tomou o poder em um golpe no dia 18 de setembro de 1988.
O governo militar convocou eleições nacionais em 1990, e o partido de Suu Kyi venceu o pleito, apesar de ela estar sob prisão domiciliar e de ter sido impedida de participar da votação.
Suu Kyi ficou presa entre 1989 e 1995. Durante o período em que esteve presa, participou de reuniões secretas com o governo militar e abriu caminho para o diálogo entre as autoridades e a oposição.
Em 2015, com a vitória de seu partido nas eleições gerais, ela se tornou a figura mais poderosa do governo, o que teria ampliado divergências com os militares de forma crescente desde então e encontra ecos no golpe de 2021. Isso porque Suu Kyi é proibida pela Constituição a impede de se tornar presidente por ter filhos estrangeiros, mas a partir de 2015 passou a ocupar os cargos de 1ª Conselheira de Estado e chanceler do governo, se tornando a líder de facto do país, ainda que não exercesse controle sobre o comando militar.
Em 2017, milhares de Rohingya fugiram para Bangladesh, país vizinho, devido à repressão do Exército provocada por ataques mortais a delegacias de polícia no Estado de Rakhine.
Os ex-apoiadores internacionais de Suu Kyi a acusaram de não fazer nada para impedir o estupro, assassinato e possível genocídio ao se recusar a condenar os militares ou reconhecer os relatos de atrocidades. Perante o Tribunal Internacional de Justiça, instância da Organização das Nações Unidas (ONU), ela negou publicamente as acusações de limpeza étnica contra a minoria muçulmana rohingya.