Verifique o tamanho do cache L1 e L2, quanto maior melhor. Por exemplo, um processador com a mesma velocidade de barramento e CPU mas com 3MB é cerca de 15% mais rapido que um de 2MB. IMPORTANTE: Os processadores da AMD trabalham com cache de forma diferente da Intel, portanto em geral utilizam a metade do valor sem afetar a performance.
Consulte a tabela do CpuBenchmark (http://www.cpubenchmark.net/cpu_list.php), procure o processador desejado e veja sua colocação em relação aos outros, como a tabela abaixo:
Não vou entrar em detalhes no restante da máquina, pois em geral são componentes fixos. Nos sites da Dell, HP e outros fabricantes cada modelo de servidor já tem o chipset, controladora de disco e video pré-montados, a maior gama de opções são mesmo nos processadores.
E é importante os dados acima porque afetam muito mais que a placa de video ou rede em um servidor e PRINCIPALMENTE não esqueça de verificar se o seu processador (se for Intel) tem suporte ao Intel-VT.

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