Ele aparece muito mais tarde, desta vez em Yesod, um dos vários distritos do Abismo. Lá, ele ativa para Aleph a tecnologia de Terminal usada no Abismo, para que ele possa salvar o jogo e se teletransportar sempre que quiser. Na Rota Neutra ele teletransporta Aleph para o Éden depois de derrotar o dragão Kuzuryu.
Kazuyuki Yamai (produtor de Shin Megami Tensei IV Apocalype) afirmou em uma entrevista que Stephen é a mesma pessoa em toda a série, viajando através do tempo e espaço para os vários universos em que cada game ocorre. No processo ele se tornou uma figura similar a Buda junto com Mido e o Santo Germain.