Como em qualquer outra disciplina, no entanto, a Econometria passa por limitações de método que podem dificultar o trabalho do pesquisador. Esses percalços podem envolver desde problemas com o banco de dados até o processo de escolha do modelo e das variáveis, além do tipo de método a ser adotado.
Atualmente, a Econometria se depara com novos desafios. O surgimento de métodos para a análise de gigantescas quantidades de dados, como Big Data e Machine Learning, têm colocado técnicas tradicionais em xeque.
Todas as mudanças recentes exigem cada vez mais reformulações de modelos e ferramentas para a obtenção de resultados e previsões robustas, de modo que a Econometria continue a se destacar como uma área importante para a Economia.