O nosso sistema imune é programado para combater qualquer substância estranha que invada nosso corpo, porém, há uma certa tolerância quando essas substâncias entram pelo sistema gastrointestinal. Um paciente alérgico a um determinado alimento possui, na verdade, um sistema imunológico que reage desproporcionalmente à chegada de uma determinada proteína, achando que a mesma é um agente invasor perigoso (leia: O QUE SÃO PROTEÍNAS E AMINOÁCIDOS?).
Um paciente com alergia alimentar costuma apresentar outros tipos de alergia, como rinite, asma, alergias de pele, etc. pois o problema é produção de IgEs direcionadas a alvos inapropriados, ou seja, a proteínas não nocivas ao nosso organismo. Mais de 1/3 das crianças com dermatite atópica também apresentam alergia alimentar a alguma comida.