As reservas alimentares estavam esgotadas e pela água só podiam contar com a água da chuva, faltando qualquer nascente na ilha. Todos os animais que ainda ficavam foram abatidos, e as rações de comida foram reduzidas, mas mesmo assim os hóspedes de Santo Stefano chegaram à beira da morte por inanição.
A única rota de fuga que apareceu aos presos foi a evasão. A revolta não foi o resultado duma longa preparação, mas um ato desesperado para não morrer de fome e sede.
Então, em 14 de novembro a rebelião estourou, desencadeada por seis presos, incluindo Sante Pollastro e Giuseppe Mariani, que não tinha sido libertado pelos aliados sendo condenado por um crime comum, o atentado de 1921 no teatro Diana em Milão, que causou o massacre de 21 pessoas.
Os revoltosos fizeram como reféns os carcereiros, pegados de surpresa, que reagiram matando um dos presos, Giuseppe Ligregni. Mais tarde, eles também fizeram como reféns o diretor da prisão De Paolis e os civis, entre os quais as famílias do pessoal. Durante a revolta, foram queimados o arquivo administrativo e os registros da penitenciária.
Não contando com navios para afastar-se em massa, uns rebeldes dirigiram-se com um grupo de reféns até Ventotene, com o barco dum fornecedor, que tinha desembarcado na ilha e também foi feito refém. A intenção era de negociar o fornecimento duma embarcação para levar em Santo Stefano para embarcar os rebeldes e levá-los em outro lugar. A ilha de Procida é claramente visível de Santo Stefano, e a costa do Tirreno da península não está longe.
De fato, em Ventotene os carabinheiros e, em seguida, os soldados britânicos tomaram o controle da situação, prenderam Mariani e mandaram-o para Santo Stefano para comunicar aos rebeldes a ordem de rendição, sob pena do bombardeio da ilha. Apesar da forte resistência de Pollastro, no final os prisioneiros se renderam, graças também à persuasão de Mariani.
Em julho de 1952, o novo diretor Eugenio Perucatti aassumiu o cargo na penitenciária, iniciando uma revolução na relação entre prisão e prisioneiros, graças à sua calorosa humanidade, que o levou a estabelecer relações estreitas com cada prisioneiro, prestando muita atenção às necessidades individuais, por exemplo, facilitando contatos e conversas com os parentes dos condenados.
Perucatti cuidou muito da formação profissional dos presos, como instrumento de redenção. A praça em frente ao prédio principal da prisão foi chamada precisamente "piazza della Redenzione" (Praça da Redenção). Perucatti também fez realizar em Santo Stefano um campo de futebol, incluindo bancadas e vestiários, e um cinema.
A política de abertura aos prisioneiros rendeu a Perucatti muitas críticas daqueles que defendiam uma abordagem intransigente e isenta de concessões, e algumas fugas de prisioneiros foram usadas como desculpa para removê-lo da direção de Santo Stefano. Em julho de 1960, Perucatti foi transferido e enviado para dirigir a prisão de Turi e depois para Roma, em um escritório de justiça juvenil.