O Barreiras entrou no profissionalismo em 2000, quando venceu o Torneio Seletivo (3ª Divisão), passando no mesmo ano para a disputa do Campeonato Baiano da Segunda Divisão. Conquistou o título após vencer o Jacuipense com um gol de falta de Esquerdinha aos 47 do 2º tempo No 1º jogo havia perdido por 3x0; na partida de volta venceu 3x0 e ficou com o título por ter tido melhor campanha.
Campeonato Baiano - 2ª Divisão: 2000
Em junho de 2016, após 12 anos de inatividade, o Barreiras Esporte Clube deu o pontapé inicial ao processo que culminará no seu retorno ao futebol profissional. O clube, que não disputa uma competição desde 2004 ficou cada vez mais próximo de voltar aos gramados da Bahia ao dar início na FBF - Federação Bahiana de Futebol, os trâmites para que a região do Extremo Oeste do estado volte a contar com um representante no futebol profissional.