A Museografia do Museu da Tolerância resultará do trabalho harmônico entre edifício e uso, entre a arquitetura e as exposições. Flexibilidade e inventividade são a única resposta correta a um museu tolerante.
Nesta etapa preliminar considerou-se inconveniente definir de maneira demasiado rígida a solução construtiva, que está definida também a partir de um campo de possibilidades flexíveis. A estrutura de pilares, vigas e lajes poderá ser em concreto protendido, pré-fabricado ou não, ou mesmo em aço; sendo independente dos vedos, que se sugere sejam conformados por placas cimentícias com textura e cor em tons naturais. Privilegiiar-se-á de preferência soluções construtivas que envolvam maior grau de precisão tecnológica e rendimento, com melhor adequação custo/benefício. Os vãos máximos de 15 m são perfeitamente viáveis dentro da melhor prática construtiva disponível na realidade brasileira e paulista atual.
Um museu precisa de um edifício - mas não é uma construção, e sim uma idéia, nascida do desejo de mudar o mundo para dele fazer um lugar mais tolerante. A arquitetura deve suportar o museu, sem determiná-lo. Deve ser expressiva, sem ser taxativa. O museu deve ser tolerante, como só pode ser um Museu da Tolerância.