Em 2016, aconteceu uma tragédia na 'melhor fase' da Chape em toda a sua história. O clube viajava rumo à Colômbia onde disputaria a final da Sul-Americana, no entanto, na madrugada do dia 28 para 29 de novembro aconteceu o acidente aéreo que vitimou ao todo 71 pessoas, incluindo jogadores, comissão técnica, presidente do clube e etc.
Costa foi o primeiro profissional contratado pela Chape após o acidente. Ele chegou com só um objetivo: reconstruir o time. E foi isso que aconteceu. Ainda faltando duas rodadas para o término do Brasileirão, a chape já tinha vaga garantida na Sul-Americana e na Libertadores. Além disso, conquistou o título catarinense, venceu o Avaí por 2 a 0 e assumiu pela primeira vez na história do clube a liderança do Campeonato Brasileiro série A.
O começo de 2018 não foi um dos melhores para a Chapecoense. A equipe catarinense se classificou no ano passado para a Libertadores, no entanto, foi eliminado ainda na fase preliminar do torneio continental para o Nacional, do Uruguai perdendo os dois jogos de 1 a 0. Além disso, a eliminação na Libertadores tirou a Chape até da disputa da Copa Sul-Americana - isto porque apenas dois dos melhores desclassificados na próxima fase preliminar da Libertadores estarão no torneio.
Eliminada da Libertadores e fora da Sul-Americana, o foco da Chapecoense voltou-se para o Campeonato Catarinense e mesmo assim não conseguiu o título sendo derrotada para o Figueirense na decisão.
Para reforçar a equipe neste início de ano, a Chapecoense foi para o Mercado - o time perdeu 17 peças no elenco, números que assustam, porém jogadores menos utilizados na temporada passada. Até o momento, o principal foco do clube foi em manter a maior parte do elenco que encerrou o Brasileirão como titular. Conseguiu. Além disso, repôs peças que saíram após o desempenho positivo em 2017, casos de Reinaldo, que retornou ao São Paulo e João Pedro, emprestado pelo Palmeiras ao Bahia. Para as funções, a Chape buscou Bruno Pacheco e Eduardo.
Além de Bruno e Eduardo, as novidades também foram Guilherme e Vinicius que surgiram como possibilidades para o técnico Gilson Kleina mudar a forma tática de jogo. No ano passado, a equipe catarinense era conhecida por ter jogadores de velocidade e neste ano o técnico optou em trabalhar modificações táticas e com mais estratégias. Além deles, Ivan, Rafael Thyere e Márcio Araújo também chegam para somar na equipe. O mais recente nome que chegou, foi o lateral-direito Marcos Vinícius que deve se juntar aos seus novos companheiros após a final do Campeonato Catarinense.
A temporada passada terminou com alegria para o jovem Bruno Silva, atleta das categorias de base da Chapecoense. A boa temporada no time sub-17 do Verdão rendeu ao atacante o status de promessa e uma vaga entre os profissionais neste ano.
O jovem atacante foi artilheiro da Copa do Brasil Sub-17, com sete gols, na campanha que levou a Chape até as semifinais do torneio. Bruno também fez parte do grupo que viajou o início do ano para o Qatar, onde disputou uma competição à convite do Xeque Hamad Bin Khalifa Bin Ahmad Al Thani, presidente da federção de futebol do país.
Ao que tudo indica a jovem promessa tem tudo para dar muito certo neste ano na Chapecoense e pode dar trabalho ao longo dos campeonatos.
O destaque nesse início de temporada fica por conta de Wellington Paulista. Em 2017, o atleta decidiu ter seu salário diminuído para continuar defendendo a Chapecoense, foi ai que a renovação de contrato do jogador foi anunciada por mais dois anos. Wellington foi um nome importante do time catarinense na reconstrução do elenco, assim, obteve um ótimo desempenho em 2017, ajudou na classificação para a Libertadores. Se tornou capitão e artilheiro da equipe com 17 gols anotados.
Neste ano, isso não mudou. O atacante se mantém o destaque da Chapecoense. No Campeonato Catarinense foi o vice-artilheiro com 7 gols, atrás apenas de Lima e Rafael Grampola, empatados com 9 gols cada.
A Chapecoense trouxe em outubro do ano passado, no final do Brasileirão, o atual técnico da equipe catarinense: Gilson Kleina. Juntamente com Gilson, se juntaram a comissão técnica os auxiliares Juninho e Fabiano Xhá.