Alguns exemplos de equipamentos utilizados em ambos os modelos de construção de salas limpas são antecâmaras, painel de divisórias, pass through (caixas de passagem), luminárias que atendem à diretrizes do Good Manufacturing Practices (GMP), unidade de filtragem, unidade de ventilação, cantos arredondados, portas de abrir e correr com intertravamento, visores de vidro duplo e portas especiais para sala limpa desenvolvidas em aço, aço inox ou alumínio.
O layout de uma sala limpa também deve obedecer a determinados requisitos, como ser desenhado de acordo com o fluxo de pessoas, equipamentos, produtos e materiais, além de possuir salas, antecâmaras e corredores.
De acordo com a Isodur, não existem regras ou conselhos gerais que guiem os primeiros esboços. Em determinados projetos, as salas limpas localizam-se melhor no centro da área disponível, circundadas por salas adjacentes e de apoio, representando o conceito de controle da contaminação por zonas concêntricas. Em outras opções de projetos, a sala limpa tem condições mais favoráveis quando encostada na parede do prédio ou num canto, podendo existir uma grande área livre para embalagem. Ou então salas próximas às áreas fornecedoras de materiais ou quando se trata de uma área a ser reformada.