Na prática, é a fundação que controla os recursos oriundos da produção, comercialização e distribuição de vacinas para o Ministério da Saúde, sob um inciso de 2015 na lei 8.666/93 que permite contrato direto entre as duas partes, sem convênios. Essa receita representa quase 100% do fluxo de caixa anual da fundação.
Segundo acordo entre a Fundação e o Instituto Butantan, a compra de equipamentos pela fundação pode ser feita desde que os mesmos sejam cedidos ao instituto "para uso em suas atividades de pesquisa, de ensino, tecnológicas, culturais, de produção de imunobiológicos e de outros produtos afins, sem prejuízo das atividades para as quais foram adquiridos ou cedidos", o que dá autonomia ao instituto em sua missão.