Nas vésperas da transferência para São Paulo, Padre Rossi, que possuía todas as faculdades para a direção das Filhas da Imaculada Conceição, cuidou da organização jurídica da Congregação com um capítulo celebrado em fevereiro de 1903, no qual Madre Paulina foi eleita Superiora Geral ‘ad vitam’.
O governo de Madre Paulina durou seis anos, durante os quais, com o afluir de vocações, ela fundou outras três casas no Estado de São Paulo.
Em 1909, ela sofreu uma terrível prova. Por causa de dificuldades criadas pela intromissão de pessoas estranhas, apoiadas por algumas religiosas e pela autoridade eclesiástica, Madre Paulina foi deposta. Mesmo assim, o título ‘Veneranda Madre Fundadora’ foi reconhecido e conservado.
De 1909 a 1918 viveu na casa que fundou em Bragança Paulista e então foi chamada à Casa Geral em São Paulo, com pleno reconhecimento de suas virtudes, para servir de exemplo às jovens da Congregação. Entre 1918 e 1938, distinguiu-se pela oração constante, pela amorosa e continua assistência às irmãs doentes.