Plantações florestais não devem ser estabelecidas em áreas convertidas diretamente de florestas nativas ou ecossistemas naturais. Em áreas degradadas, abandonadas ou sub-utilizadas, as florestas plantadas ganham grande importância para a proteção e fortalecimento da biodiversidade. Também assumem importante papel na restauração da paisagem.
Nas regiões tropicais, um dos indicadores para medir as funções das plantações florestais na proteção da biodiversidade é a redução da pressão de demanda sobre os bens e serviços das florestas nativas. Isso porque um hectare de floresta plantada pode corresponder a uma área de 20 a 30 ha de florestas nativas. A disponibilidade de alternativas e a opção de conservar, manejar florestas nativas ou de plantar florestas depende de políticas públicas, setoriais e extra-setoriais, assim como de forças de mercado. Nesta perspectiva, as florestas plantadas podem não ser suficientes, porém são necessárias para a conservação das florestas nativas (Kanowski, 2005). Plantação florestal em si mesma não é condição de ausência de fauna. Os impactos sobre a biodiversidade dependem do bioma e da situação prévia da região (Vital, 2007). Não se espera que as plantações tenham a mesma diversidade de uma floresta nativa; no entanto, podem-se aproximar da forma e de seu funcionamento, quando se adota o conceito de unidade de manejo florestal, entendida esta como o conjunto formado pelos povoamentos plantados, seus sub-bosques e as áreas naturais preservadas e protegidas. Estratégias e procedimentos que assegurem proteção e enriquecimento da biodiversidade na paisagem e diversificação do regime de manejo já estão disponíveis. Devem ser implementados mediante planejamento ambiental prévio, orientado para a criação de corredores ecológicos e mosaicos que permitam a conectividade entre seus componentes de modo a estabelecer habitats seguros para abrigo, alimentação, reprodução da fauna, fluxo gênico e conservação da flora. Estudos de vários anos em diferentes regiões têm catalogado centenas de espécies, inclusive ameaçadas de extinção, comuns às bordas de matas nativas e de plantações florestais (Scarano; Rios & Esteves; 1998). No Brasil, a legislação florestal preconiza percentuais mínimos obrigatórios de áreas de conservação de ecossistemas naturais, além das áreas de preservação permanente, em cada propriedade rural. O setor de florestas plantadas mantém índices de preservação que excedem o disposto na legislação: a cada um a dois hectares plantados, pelo menos um hectare é mantido preservado, ou então enriquecido. Esse procedimento confere maior equilíbrio ecológico, pois a maior biodiversidade reduz riscos e incidência de pragas e doenças.
Desmatamentos e usos inadequados de solos agropecuários deixaram um legado enorme de degradação em muitas regiões do mundo. O plantio de florestas tem-se mostrado atividade adequada para recuperar essas áreas em larga escala. Plantações florestais são os meios mais eficientes para mitigar ou reverter processos de desertificação, cujo fenômeno afeta mais de 5 bilhões de hectares no mundo todo e atinge mais de 25% da população mundial em mais de 100 países.