O IFSP foi criado por meio da Lei 11.892 de 29 de dezembro de 2008, que estabelece suas finalidades, objetivos e estrutura e é regido por um Estatuto, aprovado em 17 de agosto de 2009. O Conselho Superior, órgão máximo de decisões no Instituto, aprova resoluções que regem a administração da Instituição, incluindo a estrutura administrativa dos campi e a abertura de novos cursos.
Por ser uma Instituição educacional, o IFSP e sua estrutura estão subordinados também à Lei de Diretrizes e Bases da Educação (LDB), Lei 9.394 de 20 de dezembro de 1996.