Enquanto para o movimento estudantil e universitário autonomia sempre foi sinônimo de financiamento público integral, e liberdade para definir seu funcionamento interno, sua estrutura acadêmica, suas prioridades de pesquisa e extensão, e a melhor forma de alocação de recursos, para o governo Lula, autonomia quer dizer:
a) acabar com as amarras legais que impedem cada universidade de captar e administrar recursos, definir prioridades e estruturas de gastos e planejamento; b) elas poderiam captar recursos livremente, tanto no setor público quanto no setor privado, podendo administrar esses recursos de acordo com suas normas próprias e estatutos. (…) Ao mesmo tempo, para exercer uma autonomia não-autista, sem isolar-se do povo que a manteve, as universidades federais precisariam incorporar representações da sociedade em seus órgãos colegiados; c) contratar, nomear, demitir, exonerar e transferir, servidores docentes e não docentes, obedecidas as normas legais pertinentes estabelecidas em seus regimentos e respeitados os direitos dos trabalhadores; d) decidir seu plano de carreira; Seria necessária também, uma regulamentação das relações entre as universidades e as fundações privadas: hoje não é possível prescindir das fundações, que têm um grande papel a cumprir no funcionamento autônomo das universidades federais, ao mesmo tempo em que se definem regras claras para o funcionamento delas, pela lisura e transparência(GTI).
Ou seja, para o governo, a autonomia necessária para as universidades federais é a de buscar recursos na iniciativa privada. Isso seria feito de todas as maneiras possíveis (ver financiamento), sendo que todas elas levam à privatização interna das universidades. A regulamentação das fundações privadas é um dos eixos da proposta do governo. Já existe uma decreto do MEC e do MCT em tramitação no governo com este conteúdo. Na USP, onde existem 33 fundações que movimentam milhões, a idéia da reitoria é regulamentá-las até o meio do ano, como forma de aumentar a arrecadação da universidade em troca do uso de instalações, professores, nome, etc da melhor universidade do país.
Essa captação de recursos tem como conseqüência óbvia que as empresas determinem o que deve ser produzido pela universidade em termos de formação profissional, projetos específicos e pesquisa. Esse modelo é defendido por todo o governo (Fazenda, MEC, Casa Civil, Lula). Quando se fala em modernização, isso quer dizer adaptação das universidades às exigências do mercado. Zé Dirceu em especial tem sido um grande defensor desta tese: vamos mudar toda a relação das universidades com o empresariado, empresas fundos de investimento, citando como exemplo o ensino superior da China e da Coréia do Sul. O problema é que na Coréia do Sul, por exemplo, grande parte da pesquisa é dirigida e direcionada por 3 grandes conglomerados Daewoo, Hyundai e Lucky-Gold Star. Nestes países se cobram taxas dos estudantes, grande parte do ensino é privado, e os professores não têm estabilidade, sendo comum a demissão por delito de opinião
Aqui o governo volta à velha proposta de FHC de que cada universidade possa definir a carreira de professores e funcionários, acabando com a carreira única a nível nacional. Isso faria com que a universidade possa definir salários diferenciados, níveis e horas de trabalho diferentes, e competir entre si para ver quem consegue atrair os melhores professores.
Mais grave ainda é a possibilidade de cada universidade poder contratar e demitir pessoal, o que significa o fim da estabilidade no emprego, que tem hoje o funcionalismo.
Como qualquer falsa proposta de autonomia, a proposta do governo acaba por atacar a pouca liberdade que ainda resta as universidades. O contrato de gestão definirá as prioridades da universidade, não mais os conselhos universitários; o Novo Provão do governo (ver parte de Avaliação), prevê a formação de uma comissão nacional de avaliação em que todos os membros são indicados pelo governo, além de ter como objetivo fazer um compromisso entre universidade e governo, onde já constam as metas a serem atingidas; a Lista Tríplice e o peso de 70% para professores nas eleições para reitor e conselhos continuam existindo; além disso, a proposta do governo exige que exista a presença de representantes da sociedade (leia-se do mercado) nos seus conselhos superiores.