Assim, a sua posição aquando da sua passagem pela presidência da JNICT não deixou de ser conciliadora quanto à existência de um organismo como o INIC que considerava necessário à coordenação da investigação científica universitária e, portanto, útil de manter. Ele próprio se pronuncia a favor da «partição por dois institutos das funções até agora atribuídas ao IAC», num importante «Parecer sobre o projecto de Decreto-lei que cria o Instituto Nacional de Investigação para o Desenvolvimento (INID)»[2]. Para além deste INID, falou-se na mesma conjuntura na criação de um «Instituto Nacional de Transferência Tecnológica», que não saiu do papel[3]. A constituição deste INTT iniciar-se-ia com a constituição de um Grupo de Trabalho sobre Transferência de Tecnologia, instituído no Gabinete de Planeamento do Ministério da Indústria e da Tecnologia, sinal de que se preparava já um conceito de subordinação dos negócios da política científica aos das políticas para o setor do desenvolvimento tecnológico industrial e do planeamento a que a JNICT deveria aliar-se, com outros organismos como o Instituto de Apoio às Pequenas e Médias Empresas e o Instituto Nacional de Investigação Industrial. O INTT teria essencialmente uma função de coordenação entre estes organismos e os ministérios envolvidos, nomeadamente, o da Indústria e o dos Negócios Estrangeiros, para a parte da Cooperação e das transferências de tecnologias importadas. Posterior à passagem de Dias Agudo pela JNICT (1979), data igualmente a proposta, sem seguimento, de reconversão nominal do INIC num «Instituto Nacional de Investigação Universitária», INIU, de que se conservam várias informações no Fundo de Dias Agudo e que refletem um tempo indeciso atravessado de debates e discussões em torno do papel da ciência no contexto do desenvolvimento nacional, ainda carreada entre visões que tendiam a acentuar a clivagem entre a investigação fundamental e a investigação aplicada.
Embora convicto do caráter polinucleado da atividade científica, Dias Agudo permaneceu fiel ao modelo institucional tradicional que privilegiava a visão da investigação como corolário por assim dizer “natural” – a outra face de Janus –, da educação e do ensino superior (os antigos “altos estudos”). Mas já nos anos 70 ia ganhando força outra visão – triunfante a prazo -, da C&T como setor crítico que deveria submeter-se a um plano global de desenvolvimento, em íntima ligação com o tecido económico e a produção industrial, com a inovação tecnológica, a produção de patentes, em suma, com a questão crítica da transferência de tecnologia. Esta era a perspetiva defendida na JNICT, fortemente reclamada por um conjunto de técnicos superiores, entre os quais se destaca Beatriz Ruivo, e fundamentada – já no período da presidência de José Mendes Mourão (1979-1985) -, em diversos relatórios de avaliação ao «sistema científico e tecnológico nacional», produzidos por peritos estrangeiros ou nacionais[4] que aconselhavam maior racionalidade na organização do setor[5]. Em conflito de perspetivas, terminava assim a Comissão de serviço que nomeara Dias Agudo no cargo de presidente da Junta. Poucos meses mais tarde, será nomeado presidente do Conselho Científico das Ciências Exactas, um dos quatro conselhos constituintes do INIC.
O lugar da Ciência nos negócios públicos era disputado por dois campos irredutíveis, um dos quais haveria do soçobrar nas sinuosidades do tempo. Elo mais fraco, organismo duplicado no entender de muitos, o INIC era com frequência alvo de notícias dando eco de «reestruturações» eminentes, mais ou menos justificadas numa anomia que quase todos – defensores ou detratores – concordavam em que o Instituto se achava, sem meios para remediar tal situação, decorrido um breve período de apenas dois anos sobre a sua criação. Logo em 1978, a orientação do Instituto nos critérios seguidos para atribuição de bolsas e para a gestão dos laboratórios é posta em causa pelo Secretário de Estado da Investigação Científica, Alexandre de Sousa Pinto, precipitando a demissão do presidente do INIC, João Pedro Miller Guerra, e com ela, a demissão solidária dos presidentes de todos os Conselhos consultivos.
Em 1979, ganha corpo uma nova tentativa de «reestruturação» que visou efetivamente integrar o INIC na JNICT – ou num «departamento de Estado exterior ao Ministério da Educação» -, medida que não foi bem acolhida pela generalidade dos membros dos Conselhos Consultivos do INIC. Desta tentativa, porém, sairá uma nova orgânica para o INIC a qual, publicada em 1980, só virá a ser posta em prática em 1984, após a renúncia de Dias Agudo ao cargo de presidente do Instituto.
Entretanto, em 1981, publicado o Decreto regulamentar n.º 51/81 de 19 de outubro que vinha propor nova reorganização dos Centros de investigação do INIC, nova chuva de críticas se abate sobre os responsáveis governamentais pela área da Ciência, não poupando a presidência do Instituto, conforme se depreende do trecho que a seguir transcrevemos da autoria de Dias Agudo: «A publicação do decreto-regulamentar nº 51/81 de 19 de outubro, relativo aos organismos dependentes do INIC, originou algumas reações desde moções desaprovando o novo sistema de gestão dos centros até convencimento da sua desnecessidade, inoportunidade (…), insuficiência (…), dúvidas quanto à forma de o pôr em prática (…). Ano e meio na presidência do INIC tem-me mostrado os inconvenientes que resultaram (para o instituto) de se terem criado estruturas de investigação por despacho (de 1975) (…) sem que nunca tivessem sido definidas as relações entre o IAC/INIC e as universidades perante o funcionamento dos centros; (…) tornou-se completamente impossível prosseguir com uma política em que os habituais centros proliferam sem cessar, cada um deles exigindo depois ao INIC tudo o que julga ser-lhe necessário para o desempenho das suas funções. O decreto regulamentar nº 51/81 não deve, pois, entender-se como um convite a essa proliferação. (…) A criação de centros continuará a justificar-se quando as actividades a desenvolver ou transcendam as estruturas de uma universidade ou digam respeito a matérias de ponta que ainda não estejam suficientemente contempladas nos currículos universitários (…); além de que deve haver regras bem definidas que clarifiquem as relações entre as instituições envolvidas, fixando as contribuições e responsabilidades de cada uma delas perante o funcionamento dos centros. (…) é condição sine qua non para pôr em prática esta política que as universidades recebam directamente do OGE algumas verbas para a investigação (…) sem prejuizo do orçamento do INIC para as actividades que para ele devem ser reservadas[6] .
De pouco valeram esses argumentos e as reformas subentendidas: apesar das tentativas para estabilizar o formato institucional dos Centros de investigação do INIC, o papel do Instituto continuou a ser alvo de rebatidas em grande medida graças ao «vazio legal em que se encontram os centros do INIC» não preenchido pela legislação. Contestação, a um tempo agravada pela agitação da comunidade científica nacional frente à sempiterna escassez de orçamentos universitários, à falta de apoios consistentes para contratação de investigadores e de pessoal auxiliar, à inexistência de uma carreira de investigação científica, por fim, à ocupação de espaços físicos nas universidades por unidades de investigação que aquelas não reconheciam como suas. Sinal dos tempos, esses problemas surgiam agora agravados perante o entendimento da Ciência como fator estratégico para o desenvolvimento num cenário alternativo que não passava em exclusivo pelas universidades.
Dias Agudo por seu turno mantinha que a centralização “excessiva” dos assuntos da administração das ciências na JNICT podia representar uma ameaça para a autonomia – já de si frágil – da investigação científica universitária, tal como a concebia. No entanto, teve bem presente a necessidade de abrir as universidades e os centros de investigação do INIC à cooperação económica e industrial. Ilustram esses esforços alguns eventos promovidos na época, como o colóquio sobre «Ensino, Investigação e prestação de serviços na FCT [Faculdade de Ciências e tecnologia da UNL]», realizado em 6-7 de abril de 1983. Fernando Dias Agudo participou neste encontro com uma comunicação intitulada: «Investigação na Universidade: perspectivas futuras; relações universidade – indústria». Porém, sem tradição institucional significativa nesse território e sem financiamentos adequados, os resultados acabaram discretamente subsumidos nos debates públicos sobre os caminhos que deveria tomar a investigação científica nacional, ainda informados por diversas peritagens internacionais convocadas ao abrigo de acordos de assistência internacionais.
Em 1980, com efeito, realizou-se uma segunda importante avaliação ao «Sistema científico e tecnológico nacional» por nova equipa de peritos da OCDE. O relatório então produzido por Jean-Jacques Salomon, técnico especialista francês, publicava o veredicto mais severo em relação ao INIC, à investigação nas universidades, ao «sistema científico e tecnológico» português no seu todo[7], considerando-o fragmentado e retalhado entre instituições de fins idênticos disputando prevalências, recursos (escassos) e espaços de intervenção. Acontecera esta última avaliação já no período do V Governo Constitucional, saído das eleições de dezembro de 1979, no contexto da chegada de José Mendes Mourão à direção da Junta, pouco tempo depois da realização do SINACT, «Simpósio Nacional de Ciência e Tecnologia para o Desenvolvimento», igualmente promovido pela JNICT.