A saúde em STP enfrenta sérios problemas de natureza estrutural agravados por um contexto de pobreza generalizada, carência de estruturas básicas de saneamento e água potável. O mesmo replica ao seu nível e nas diversas instâncias a carência de recursos humanos como competências de gestão, as deficiências de governabilidade política, que determina a mudança frequente dos governos e ministros e acaba por agravar a situação, impossibilitando a constituição de um património de memória do sistema que impeça a repetição de erros.
Após a independência em 1975, o sistema de saúde em STP sofreu algumas mudanças, por um lado manteve a estrutura sanitária do período colonial, com hospitais dentro das principais roças e por outro lado institucionalizaram-se serviços de saúde pública de natureza preventiva, assegurada pelo Estado a nível de cada distritos.
Em 1998 iniciou-se um processo de Reforma no sector da saúde, mas muitos factores têm condicionando o processo de reforma, como a descontinuidade governativa, a falta de revisão e de adequação da legislação, a ausência de um sistema de informação de gestão, bem como a falta de recursos humanos qualificado.