Para exemplicar seu uso temos a ilustração abaixo, nela temos um conjunto de balões. Queremos alterar a cor vermelha dos dois balões do lado esquerdo, com a Seleção por Cor conseguimos selecionar toda a cor vermelha com um só clique.
Dê um clique na Ferramenta Seleção por Cor e depois clique em qualquer parte da cor vermeha em um dos balões. Observe que a seleção é aplicada nos dois balões em toda a extensão preenchida de vermelho.
Agora escolha uma cor diferente e com a Ferramenta Pincel aplique sobre a região selecionada. Como a presença da seleção limita a ação do Pincel a área selecionada você não precisa se preocupar em ser preciso na pintura.